朱鸿谟，字文甫，山东益都人。隆庆五年(1571)中进士，授官吉安推官。在诸生中赏识邹元标，待他很优厚，提为南京御史。邹元标和吴中行被治罪，朱鸿谟上疏救援，言语触怒张居正，被贬为平民。
朱鸿谟回到家乡，闭门讲学，不入城市。张居正死后，以原官起用，出使江西。上奏减免因水灾造成减产的赋税，请求减去饶州磁器，奏章没有被上报给皇帝。又上疏推荐因谏议被削去官职的人，违背了圣旨，被停发俸禄。提拔为光禄少卿。由大理寺少卿升为右佥都御史、操江提督。后又改为巡抚应天、苏州十府。征引二位先皇帝节俭的美德，请求裁减上供的纺织品，报告给皇帝。苏州一带徭役不均，命令以占有的田地为标准，不足百亩的不服徭役，县里予以登记，定出差别、等级。纨绔子弟横行乡里，无赖之徒与他们为非作歹，远近谣传他们将图谋不轨，朱鸿谟将他们一网打尽，上疏报告皇帝有叛乱。朝廷议论要出动部队，兵部主事伍袁萃极力劝说尚书石星，命令再做勘察，于是调解。朱鸿谟不久提为刑部右侍郎，死于任上。不能下葬，同僚凑钱才办理丧事。赠为刑部尚书，谥号恭介。