1524—1526年，德国西南到东北部到处都有农民和城市大众的起义。这个大众起义被称作“农民战争”或“人民宗教改革”，它一直是历史学家感兴趣的话题。马克思主义历史学家们继承了弗里德里希·恩格斯的观点，认为这是早期的“资产阶级革命”（虽然没有一个成熟的资产阶级领导它走向成功）。而非马克思主义的历史学家则从起因和进程方面分析和讨论这场运动中经济、政治和意识形态等各因素的重要性。
在农民战争之前已发生了一系列的起义：1476年“尼克劳森豪斯的风笛手”（Piper of Niklashausen）领导的起义（后来被维尔茨堡大主教镇压），1493年、1502年、1513年和1517年的“鞋会”（Bundschuh）运动，1514年的“穷康拉德”（Poor Conrad）起义，以及1513—1517年的一大波农民运动。1524年，在黑森林南部和博登湖 [1]附近发生了一些骚乱。1525年，这些骚乱扩大至上施瓦本地区的起义，并沿多瑙河、弗兰肯、图林根、萨克森蔓延，最远的是东普鲁士的起义。而东普鲁士附近并没有其他起义发生。至1525年4月末，农民武装扩大到了30万人。这个数字相当庞大，因为总人口只有1600万。农民军队（大约2000到15000人）组织得相当好，一些农民军队由贵族领导，比如哥茨·冯·贝利欣根（Götz von Berlichingen）。他们起初在德国西南部屡获成功，部分原因是一些领主的反应过于激烈，害怕过度，所以马上就投降了；同时也是因为施瓦本附近诸侯的军队正好在意大利和查理五世一起对抗法国的弗朗索瓦一世。查理五世在这场毫不相干的冲突中获得了决定性的胜利之后，诸侯才回到施瓦本平息农民的叛乱。由于诸侯军队组织得更好，并能联合不同地区的军队，因此，它最终成功地镇压了农民起义。这次的农民运动中，总计有10万左右的农民在起义中阵亡，更多农民残疾和失明。
图6 《热情的基督徒与反基督教者》木刻画，老卢卡斯·克拉纳赫（Lukas Cranach）作品。这一系列作品作于宗教改革时期，将基督徒与反基督教者形成鲜明对比。而教皇尽管热衷于宗教仪式，却被归为反基督教者。翻印自：Weltgeschichte（Berlin: Ullstein, 1907—1909）。
事实上，农民运动的一些领导人并不是农民，而是神职人员；有些支持者也不是农民，而是工匠和平民，或者城市中较低的阶级。起义者并不是最受压迫和最贫穷的农民，而真正领导起义的则是那些更为富裕的农民。起义的原因有很多。由于土地和资源的压力越来越大，农民内部的分歧越来越多，领主收取的租金和进城费也越来越高，农民的自治社区（the Gemeinde）总是遭到政治的干涉，他们在经济上和政治上的不满越来越严重。同时，马丁·路德事件引发的宗教争端和对所有权威的挑战，都包含在“神法”（godly law）的口号中。1525年3月，在梅明根（Memmingen）农民集会通过的施瓦本地区《十二条款》中，就可以十分明显地看出宗教改革的影响。第一条要求社区应当有权力选出自己的牧师来传播福音，并取消什一税。后续的条款涉及了一些基本要求，包括劳役、租约、租金、资源的利用、罪责，等等。第十二条以“一切严格按照《圣经》安排”来结尾，所有要求均引用《圣经》作为支持。
不同地区的起义均有不同的计划和行动。施瓦本人相对温和。而在法兰克尼亚（Franconia），农民抨击贵族和神职人员获得的特权，进一步要求废除封建苛税，并与罗滕堡的市民结成了联盟，包围了维茨尔堡主教座堂的教士，最终还是诸侯解了围。1525年5月，托马斯·闵采尔（Thomas Müntzer）已经在图林根建立起了激进的平等主义神权制。不过，这个农民、市民和矿工的联盟最终还是被残暴地镇压了，闵采尔被处决。上莱茵地区的农民争取议和，却遭失败，最后被屠杀。德国南部的帝国直辖城市的市政府基本能够维持秩序，而北部的许多领地城市却难以控制大量爆发的城市动乱。在萨尔茨堡和哈布斯堡的领地中，最后一次大规模的动乱围攻由蒂罗尔的迈克尔·盖斯迈尔（Michael Gaismair）领导。1526年，盖斯迈尔为奉行基督教平等主义的共和政府草拟了《蒂罗尔宪法》（Tyrolean Constitution）。
参加运动的农民和普通市民一直在追求社会和经济的变革，他们的诉求基于《圣经》中的“神法”，即他们支持的是基于《圣经》并且能够实现的另一种世俗秩序。这种秩序不是中世纪的乌托邦，不是千禧年主义，也不是对现有体制的简单反抗，而是社会革命。农民战争的失败强化了封建领主的权力。很明显，虽然宗教改革在一定程度上激发了农民战争，但农民战争也改变了宗教改革的方向。路德起初在1525年4月发表的《和平训诫》（Admonition for Peace）中批评农民和诸侯，但在一次去往哈茨山南面的讲道途中差点被杀之后，路德愤怒地抨击农民，写下了《反杀人行劫的农民暴徒》（Against the Robbing and Murdering Hordes of Peasants）一文。这也使得路德教派的宗教改革无法对所有的社会阶级都具有相同的吸引力：路德用《圣经》来捍卫自己的社会偏见，他支持的仍然是顺从世俗权威的世俗秩序。从此，宗教改革的平等主义基本只存在于其他教派中，而路德派在宗教改革中则更倾向于诸侯。
[1]博登湖，又译作“康斯坦茨湖”。——译者注