许多诸侯支持宗教改革不仅仅出于政治和经济方面的原因，同时还有宗教方面的原因：他们并没有摆脱教皇统治和税收的意图，也没有将教会财产世俗化的想法（虽然很多诸侯在此期间获得的财产比想象中的少）。到1528年，路德派的领主包括普鲁士的阿尔布雷希特·冯·霍亨索伦、黑森伯爵领主菲利普、勃兰登堡—安斯巴赫藩侯、曼斯菲尔德伯爵阿尔布雷希特、石勒苏益格公爵、布伦瑞克—吕尼堡公爵欧内斯特。由于霍亨索伦和韦廷两个家族的明争暗斗，萨克森成为宗教改革的重要中心之一。而在一些地方，贵族和小领主要求改革，却遭到了诸侯的拒绝，尤其是哈布斯堡和维特尔斯巴赫的领地上。许多城市很快进行了宗教改革，包括埃尔福特、茨维考、马格德堡、纽伦堡、不来梅、瑞士城市苏黎世、斯特拉斯堡、法兰克福，以及1534年加入的奥格斯堡。到了16世纪30年代早期，大约2/3的帝国直辖城市都站到了新教的阵营。由于当地条件和环境的不同，不同城市的宗教改革也存在着差异。例如，在纽伦堡，来自民众的压力让城市议会接受了宗教改革，但由于长期依赖长途贸易，城市不能违逆皇帝和周围的天主教诸侯，因此纽伦堡并没有加入黑森的菲利普领导的新教军事组织“新教同盟”（Protestant League），而只是在城墙内进行温和的改良。议会厅因此能够自由地任命牧师并控制教义，同时对城市外部位高权重的天主教派权威保持温和的态度。其他城市则经历了更为激进的宗教改革，尤其是在明斯特发生的事件。1534年，再洗礼派的信徒（Anabaptists）—莱顿的约翰成了神权政权的独裁者，这个政权的特征是财产公有制、对私生活的严格公共管控、一夫多妻和恐怖活动。在一场围攻战中，再洗礼派战败，诸侯对他们进行了屠杀。再洗礼派后来成了温和的和平主义，整个宗教团体更关注自身，再也不关心政治。而在瑞士城市苏黎世，慈运理[1]发起了更为激进的社会及宗教层面的改革。他与路德的许多观点相左，包括对于圣餐仪式中的“这是我的身体”一句的解读。慈运理将圣餐仪式视为象征性的纪念仪式，与路德的更为字面的解释相冲突。在日内瓦，法国人约翰·加尔文（1509—1564）提出了整体上更合乎逻辑、更激进的神学系统。为了完成第一代改革者未竟的事业，加尔文派发起了“第二次宗教改革”。虽然在加尔文派内部也有不同的派别，但加尔文派整体上还是和路德派明显不同，尤其是在“预定论”这一重要概念上。在加尔文看来，一个人不仅可以通过善行获得救赎（天主教的观点），还可以通过信仰获得救赎（路德派的观点）。而且，全能的上帝早就定好了一个人到底是选民（被救赎的），还是被诅咒的命运，而这个人无论做什么都无法影响他的宿命。但加尔文主义的宗教团体有着严格的社会准则和个人准则，不是所谓的听天由命（虽说“预定论”通常就是指这个），而是自我约束。自我约束正是教徒不断地祈求成为上帝选民而产生的心理迹象。在后来的几代人中，不同信仰的新教徒中产生的神学分歧和讨论成倍增长。
“Protestant”[2]这个概念来源于1529年所谓的“施派尔抗议”（Protestation of Speyer），该抗议反对将路德的支持者宣布为非法的《沃尔姆斯法令》。（德国人到现在还会区分福音派教徒和改革宗派教徒，而英格兰宗教革命中，伊丽莎白一世用实用主义的《信仰统一法》结合了两者的传统，因此英国人的所谓“新教徒”包含了英国国教会和后来内部的不同教派。）但路德和他的早期信徒并没有分裂基督教会的意图；他们只是想让教会摆脱那些亵渎教条的异教徒行为。他们为此做出了很多努力，试图弥合分歧。1530年奥格斯堡议会上，路德在维滕贝格的同事菲利普·梅兰希通（Philipp Melanchthon）草拟了所谓的《奥格斯堡信条》（Augsburg Confession），相对温和地向天主教廷做出了让步。当时路德还受到帝国的禁令限制，无法参加议会。虽然《奥格斯堡信条》的发布激怒了瑞士的革命者，但还是由在场的新教统治者签署了。虽然《奥格斯堡信条》有不明确之处，但还是成了路德派的基础文件。1530年的奥格斯堡议会召开时，新教与天主教的和解还是很有可能的。然而在几次误会和互不妥协之后，双方的关系陷入了僵局。帝王政治介入宗教事务，使其变得更为复杂。查理五世想让自己的弟弟斐迪南（Ferdinand）提前当选为德意志的国王，这让一些显赫的天主教徒，比如巴伐利亚的维特尔斯巴赫家族感到担忧，认为哈布斯堡家族想让帝国的王位变成世袭制。1531年1月，为了费迪南的提前登基，诸侯和主教之间又进行了许多政治活动和暗中交易。于是，1531年2月，施马尔卡尔登联盟（League of Schmalkalden）成立了，它是新教徒的军事防卫力量，最初由六名诸侯和十座城市组成，后来大多数支持新教的地区都加入了这个联盟。
为了让罗马天主教廷和新教达成和解，各方又做出了更多的努力。从1532年起，与土耳其的战争以及为哈布斯堡家族争取在欧洲南部的利益占用了皇帝大部分时间。但在1539—1540年，他将中心转移至德意志的内部事务。1541年召开的雷根斯堡议会并没有得出任何定论。因此，很明显，两个教派的分歧无法弥合。而路德派把对权威的服从变成了对领主或地方统治者，而非对王权的服从。尽管1544年施派尔议会做出让步之后，信奉新教的诸侯在与法国的争端中支持了查理五世，但查理五世还是在德国对“异教徒”宣战，战争得到了教会的军队和金钱的支持。1546年路德过世，几个月之后，施马尔卡尔登战争爆发。途中，查理五世成功地占领了维滕贝格，差点把路德的尸体从主教堂的坟墓里挖出来。但查理五世的势力却再次因为教皇职位的争端而受到削弱。在天主教内部产生分歧的情况下，查理五世于1548年颁布了较为温和的奥格斯堡临时敕令（Augsburg Interim），但这并没有平息任何一方的不满。军事和政治动乱持续进行，而查理五世对王位继承权的分割计划使情况变得更为复杂（哈布斯堡家族由此分为西班牙分支和奥地利分支），法国还介入了诸侯对查理五世的反对。1552年签订的《帕绍条约》（Treaty of Passau）标志着查理五世的法律和宗教目标的失败。条约确认了移交和没收教会财产以及信仰路德教的合法性，并且不要求归还教产。最后，各方均意识到政治的僵局已然产生，天主教和新教都不会很快消失，因此，一份务实的协议就诞生了，这是一份同意又不同意的协定，于1555年在奥格斯堡签订。
1555年签订的《奥格斯堡宗教和约》旨在暂时搁置罗马天主教和新教的分歧，平息国内的政治动乱。然而，它并没有考虑除了路德教之外，新教内部其他的教派；它也无法解决慈运理以及其他教派的矛盾，也没有预见到加尔文教派发展壮大之后带来的问题。根据和约，诸侯有权力决定邦内居民信仰何种宗教，但不可插手其他邦内的宗教事务，也不可试图改变其他邦内的宗教信仰，更不可保护在其他邦内生活的同一教派的教徒。凡邦内信仰其他宗教者有权迁往其他领地，宗教上的少数派只能住在城市中。因此，宗教“自由”就只意味着领地层面的自由，而非个人层面的自由。后来，这一原则被称为“教随国定”（cuius region, eius religio）。这个结局令人啼笑皆非，毕竟宗教改革的目的最初是为了个人信仰，为了个人能够直接与上帝相通，为了个人忏悔的自由。极权主义领地中的教堂几乎不承认以《圣经》为权威的新教，而是顽固地维护教义在政治上的决定性作用。这个和约打破了帝国的文化统一，让政治上支零破碎的帝国更加分崩离析。
《奥格斯堡宗教和约》遗留了大量悬而未决的问题：不仅仅是加尔文教派和其他教派的问题，还有到底由谁来规定城市的宗教忏悔的问题。另外，“教产留置”（ecclesiastical reservation）帮助了天主教派的幸存，保证了任何改信新教的大主教、主教或男修道院院长都有新的天主教徒接替他们的职位。而无论各方从实际出发为和解作出了多少的努力，在16世纪末仍有狂热的反宗教改革的天主教派，想让新教徒重新改信天主教。如果我们就近比较的话，在宗教改革时代，天主教和新教徒的分歧和20世纪末冷战时期西方民主制度与苏联社会主义的分歧不相上下。
简短地暂停一下，思考宗教改革更为广泛的长期影响，是很有益处的。追根溯源，宗教改革影响了后来人类社会的许多发展和变革，包括现代资本主义、科学、个人主义、世俗化和“世界的去神秘化”（demystification of the world），以及现代政治的方方面面。至于宗教改革的原因，许多论点夸大了自己的论据：的确产生了一系列的变化，这些变化之间互相联系、互相作用，但将其中任何一个视作独特的原因，都未免以偏概全。当然，有些联系是有特殊意义的。
在著名的《新教伦理与资本主义精神》（于1904—1905年初次印刷）中，德国社会学家马克斯·韦伯（Max Weber）指出，新教世俗的苦行主义和资本主义严肃理性、追求利益的再投资（而非像享乐主义一样去享受）的道德观是有文化上的相似性的。而韦伯所论述的天主教、路德教和加尔文教派在道德观上的细微差异本身就有些模棱两可，它强调的是文化上的相似性，而没有写出严密的因果关系，因此引发了激烈的争论。有些文章援引了许多例证，证明新教和资本主义发展没有任何联系，用以反驳韦伯的论点。但这些文章的证明方式都太过粗糙，不具备说理所必需的许多要素。韦伯还在其他作品（例如《普通经济史》）中阐明了除文化因素以外的其他因素。更多的唯物主义历史学家看到的是相反方向的联系：那些参与早期资本主义活动的人们，更容易发现新教能够“响应他们”[spoke to their condition，这是新教教派之一的贵格会（Quaker）的用语]。详尽的历史研究揭示了在任何情况下，宗教倾向和经济活动间都有复杂的相关关系。在某些情况下，对于少数族群宗教信仰的政治迫害，会逼迫他们从事特定的经济活动。在另一些情况下，成为某个社会阶层中的一员，就意味着要接受这个社会阶层的文化、生活方式和随之而来的宗教信仰。当然，推论不可能在所有情况下都适用，我们也应当认识到，相关关系并不等同于因果关系。
另外，学者们也注意到了新教与政治的关系。在德国宗教改革中最广为人知的，可能也是最站不住脚的推论是这样的：不同于加尔文教派对不敬神的统治者的合理反抗，路德教主张服从权威，这就强化了臣民对政治的漠不关心。实际上，神学也一直被认为激发了不同的政见和政治活动，毕竟宗教信仰的界限相当宽泛。更有意思的是宗教组织的模式和政治的关系，以及教会和政府的关系模式。马克斯·韦伯在一篇文章中指出，尤其是在17世纪的美国，早期教会和教派的教徒中的平等主义可能是自由主义的民主（liberal democracy）的来源。另外，宗教改革和政府形式的关系尤为重要，这一点可以从英国和德国宗教改革的不同结果中看出来。
英德两国宗教改革的不同不在于传统解释的所谓信仰不同（强调德国路德教的寂静主义和被动性），而在于政治结构和组织的不同。英国的宗教改革加强了中央集权制国家的王权地位，同时还从经济、文化和政治上巩固了从教会获取财富和权力的封建领主的地位。而在德国，每一个领地的情况各不相同。一些像符腾堡这样的地区，经历了宗教改革的教会在很大程度上仍然维持了自身的财富和权力，而非像人们普遍认为的那样，变得弱小而恭顺。在其他地区，教会就没有那么幸运了。只有对大量的当地资料进行编撰和整合，才能阐明其中涵盖的不同因素。但很明显的是，德国领地内宗教改革的进程与政府的组织结构息息相关。海因茨·席林（Heinz Schilling）对利珀（Lippe）和莱姆戈（Lemgo）所做的区域研究表明，邦内恭顺的路德教教会与叛逆的加尔文教派的富裕市民，两者之间的差异并非人们想象的那样明显，有时候甚至完全相反。实际上，对于自我的界定，以及在依据文化和政治划分阵营上，不同的信仰似乎不如教派的政治形式重要。席林认为，德国宗教改革中教会在各领地内部的政治垄断地位，是后来诺博特·埃利亚斯（Nobert Elias）等学者强调的军事和税收垄断的前提。
对于德国的宗教改革来说，不容置疑的是，它并没有为德国的统一创造任何条件。众所周知，德意志在政治上已经支离破碎，而信仰天主教的国王还必须承认国家在宗教上的分裂。宗教改革在早期的现代德国中，是邦国发展的重要因素。它导致了1555年后领地间的诸多政治和军事冲突，这些冲突导致了军队和官僚的增加。在三十年战争期间，宗教分歧在诸多矛盾冲突中已经显得越来越不重要，1648年后也不再是政治冲突的主要因素。但当宗教分歧在17世纪末至18世纪仍然是个政治问题的时候，它主要发生在领地内部，而非领地之间，领地的邦国建设也远远超出了宗教合法化的最初阶段。
[1]慈运理，又译：茨温利（Zwingli）。——译者注
[2]新教徒，字面意思是“反抗者”。——译者注