政治方面出现的一系列变革，在一定程度上巩固了所谓的“德意志民族的神圣罗马帝国”。这一时期的帝国议会定期召开。它包括三个议院：七大选帝侯（美茵茨、科隆、特里尔、波希米亚、萨克森、普法尔茨、勃兰登堡）；其他的诸侯领主（四名大主教、四十六名主教、八十三名其他宗教领袖如男修道院院长、二十四名世俗诸侯以及一百四十五名伯爵和勋爵）；还有八十三个帝国直辖城市。帝国的另一行政机构，即帝国枢密法院（Kammergericht，或称帝国最高法院），是独立于皇帝的常设法庭，其职员均为受过法律教育的律师。为了支撑帝国枢密法院的运作，引入了固定的领土税，称为“直接财产税”（common penny，或Gemeine Pfennig）。法院试图平息争端并建立起长久的国家和平（Landfrieden），但没有完全成功。不过，虽然帝国的边疆仍然处于各方势力的争夺之中，但其边界开始变得清晰起来。1499年签订的《巴塞尔和约》（Peace of Basel），是与瑞士联盟（the Swiss League）的停战协议，它加快了13世纪起瑞士从帝国独立的步伐。依据和约，瑞士联盟不再向帝国交税。地方上，诸侯开始建立越来越多的常设法院和行政机构，官员数量随之增多。官僚机构的运转需要资金，这就迫使诸侯同意征税，同时这也大大提高了放债人和金融资本家的地位，其中最为著名的是奥格斯堡的富格尔家族（the Augsburg Fugger family）。
虽然司法的透明度有所提高，但同时也导致了大量摩擦和压力。查理五世名义上统治着欧洲超过一半的土地：除了哈布斯堡在奥地利的“世袭领地”（Erblande）之外，他继承的国土延伸至西班牙、西西里、意大利南部、荷兰、比利时、勃艮第。在1526年的莫哈奇战役（the battle of Mohacs）中，查理五世的弟弟斐迪南（Ferdinand）取得了波希米亚和匈牙利的土地，哈布斯堡家族的领地又扩大了。然而，这只是表面上的优势。过于广阔的领土使得政治和财政资源难以为继，皇室长期处于负债状态（尤其是欠富格尔家族的钱），同时无法获得真正的权力。1519年查理五世被选为皇帝，为了应对法国强大的竞争，继续向富格尔家族借钱以贿赂手握选票的人，因而又欠了很多债务，同时做出了“选举让步”（Wahlkapitulation），确认了选帝侯和帝国各大领地与帝王分享权力的地位。另外，建立中央政府（Reichsregiment）的努力也失败了，各地区不同意皇帝将中央政府并入帝国法庭，而皇帝则拒绝把自己降级为联邦政府的一个分支。除了这些国内的问题之外，查理五世还在一定程度上涉足与法国的明争暗斗，两者都试图获得欧洲的领导权。再者，查理五世还要定期驱逐西南部土耳其人的入侵。
地图3.1 宗教改革时期的欧洲
帝国内部局势动荡，帝国同欧洲早期的现代国家之间的外交关系也在不断发生变化。所有的这一切突然被一个火花引爆，就此改变了欧洲的宗教和文化体系—这就是宗教改革。1517年，一位当时还是无名小卒的修道士兼神学家，写了一篇《九十五条论纲》，批判教会滥用权力，并将其贴在维滕贝格城堡教堂的大门上。这名修道士名叫马丁·路德（Martin Luther）。这一举动本来是要引发公众讨论的再寻常不过的惯例，但却引爆了一系列矛盾，并最终导致了欧洲基督教会不可弥合的分裂。这一事件通常被认为是宗教改革的开端。
马丁·路德1483年出生于埃斯列本（Eisleben）。他的父亲是一名经济较为宽裕的矿工，爷爷是农民。父亲望子成龙，希望马丁·路德成为一名律师。但当1505年的一天，马丁·路德侥幸避开雷击之后，他就发誓要成为一名修道士。随后，在修道院的生活和学术生涯中（他后来成为维滕贝格大学神学教授），马丁·路德在精神和学术上都对《圣经》产生了极大兴趣，并对当时主流的一些观念产生了强烈的不满。马丁·路德的神学观和早期基督教的神学家奥古斯丁的虔诚观念很相像，他们都受到了圣保罗的影响。虽然马丁·路德相信上帝是全能的，而人类是无能的，这一点和人文主义相背离，但早期的路德教派也从人文主义中汲取了养分，并对经院哲学（scholasticism）、高位神职者的家长式作风（prelatical paternalism），以及被称为现代灵修运动（devotio moderna）和现代之路（via moderna）的信仰体系表示不满。很明显，马丁·路德是在与他所处的那个时代的主流宗教思想交锋。于是，在不断的精神折磨和思想碰撞之后，马丁·路德形成了自己独特的思想体系，并热情地向他人传播。他的观点起初并不是以分裂教会为目的，而是为了净化教会，让后者不再滥用权力。
而促使马丁·路德发表《九十五条论纲》的滥用权力事件是贩卖赎罪券（indulgences）。教会宣称，善行可以赎罪，这些善行包括向教会捐赠财物。教会甚至告诉民众，它能够替已经过世的亲人求情，使他们免受生前罪行的惩罚。购买赎罪券，就能够为自己或他人减轻罪责。原本的惯例是这样的：马丁·路德所在地区的选帝侯，即萨克森的“智者”腓特烈，在维滕贝格造出了许多耶稣的遗物，据说包括摇篮、襁褓布料的碎片、大希律王屠杀的婴儿尸体等。维滕贝格因此成为一个重要的教徒朝圣地，而罗马则专卖用于朝圣的赎罪券。1517年，赎罪券的售卖尤其骇人听闻。主教的代理人特次勒（Tetzel），同时也是富格尔家族放款事务的会计，负责售卖赎罪券以筹集款项。其收入的一半上缴罗马教廷（德国内部因此产生不满），剩下的一半则交付富格尔家族，用以支付勃兰登堡选帝侯阿尔伯特所欠的款项。阿尔伯特当时想获得第三个主教教职（即美茵茨大主教，拥有一张选票），但这在教规中是明令禁止的，因此，他就贿赂了教皇。而马丁·路德的反对不仅仅是因为穷人被剥削的缘由是如此不正当，更是因为他认为赎罪券本身的神学基础是错误的：上帝不可能以这种方式被收买。马丁·路德认为（由他的“高塔经验”得出的观点），只需要信仰就可以赎罪。在他的《九十五条论纲》中，他给出了一个精彩的论点，并用修辞和反语的手法来加以论证。这篇文章一开始是用拉丁文写的，后来迅速被译成了其他语言并广泛传播。
在短短的几周内，《九十五条论纲》就被大量印制并传出了维滕贝格，传播至纽伦堡、莱比锡、巴塞尔，很快就传遍了欧洲。教皇下令让马丁·路德去罗马，但腓特烈选帝侯却在德国境内给马丁·路德安排了听证会。在与奥格斯堡的红衣主教卡耶坦（Cardinal Cajetan）以及莱比锡的埃克（Eck）争论之后，发现矛盾不可弥合。1520年，马丁·路德写了三篇著名的文章：《致德意志基督教贵族的公开书》、《教会被掳于巴比伦》及《论基督徒的自由》。于是，教皇发出了《主兴起》教谕，欲开除马丁·路德的教籍。马丁·路德将这份教谕烧毁。1521年，教皇发出了破门律，强制马丁·路德的驱逐令生效。同年举行的帝国议会将德意志各领地的诸侯召集到沃尔姆斯，与新选出的皇帝查理五世进行协商。作为其中的一个议程，马丁·路德也被召到帝国议会为自己辩解。在痛苦的自我质疑之后，马丁·路德决定坚持自己的观点，并毫无悔改之意。在他回家的路上，腓特烈选帝侯将其绑架并把他带到瓦尔特堡，以保证他的安全。在这里，马丁·路德度过了高产的一年，他写了许多赞美诗（例如，《上帝是我的坚固保障》。如果你到瓦尔特堡游览，就能欣赏到所谓的“坚固保障”）。路德还将《圣经·新约》翻译成了德语。翻译《圣经·新约》的重要性是难以言喻的。马丁·路德认为，《圣经·新约》的德语译文应当是“家里的母亲们、胡同里的孩子们、市集上的贩夫走卒们”使用的语言。而同时马丁·路德的译文对德语的统一和规范作出了巨大的贡献，由此，新高地德语开始凌驾于不同的方言之上。当然，对马丁·路德来说，语言本身并不重要，最重要的是用德意志人民能够听懂的语言，将上帝的话传达给他们。
那么马丁·路德的神学思想主要是什么呢？首先，“因信称义”是最基本的。赎罪不是通过善行达成的，而是上帝授予的，获得救赎的人们体验到了一种“新生”的感觉。这导致了一些后期的路德派抱有情感主义（emotionalism），向内观照自己的精神状态。其次，马丁·路德认为基督教的权威不是教皇，也不是大公会议，而是《圣经》，而教徒对《圣经》可以有自己的理解。这就改变了神职人员的角色：他们不再作为信徒和上帝之间的中介，主持自动显灵的仪式和圣餐；而是传道者，向那些不识字的人传播福音。马丁·路德强调个人的救赎体验和对《圣经》的解读，因此可以说“每个人都是修道者”，“每个信徒都是祭司”。另外，中世纪天主教认为，神圣的生活就是成为一名神职人员，而路德派认为，每日所行之事也是在行使上帝的旨意。这也意味着神职人员不用再禁欲了，马丁·路德自己幸福地开始了婚姻生活。马丁·路德的神学思想看起来像是在推动个人主义和信徒之间的精神平等（而非世俗平等），然而他的观点并不是很严谨，这就引发了对其观点的不同解释，其他人也开始阐释上帝在《圣经》中所说的话。
马丁·路德思想的传播受到了各种各样因素的影响。一方面，查理五世虽然知道帝国内存在宗教分歧，但这只是帝国诸多问题的之一。除却西班牙和意大利的事务，查理五世还对土耳其人的入侵威胁非常恼火。作为欧洲广阔地域的统治者，查理五世在德国事务上所花的时间并不多，因此，这些争端因没有受到帝王决定性的干涉，而最终慢慢发展起来。马丁·路德思想的传播还有其他原因，其中印刷术的应用发挥了重要的作用。1518年，德国只出版了150本书，然而到1524年就达到了将近1000本。马丁·路德善言词、热心传教，几乎每天都能诞生一部作品。这些作品不仅仅是手册，还有漫画和说明性的大幅告示。他的作品展示了支持基督者和反基督者的区别，并将教皇归类为后者。同时，在那个大多数人不识字的时代，口耳相传和当众传道是非常重要的。大量流动商贩和手工艺人将消息和意见在城市间传播。另外，那个时期，随着人口的增长，资源的压力增大；骑士、诸侯、城市和皇帝之间的摩擦不断；反神职人员和反教皇思想盛行，这些都促进了马丁·路德思想的传播。虽然很少有人真正明白马丁·路德思想在神学上的重要性，但马丁·路德引发的宗教动乱仍然导致了遍及德国的改革运动，人们要求聆听新教的布道，改革神职人员，并广泛改善宗教和社会生活。这些运动在1521—1524年此起彼伏，差点酿成社会甚至政治大动乱。甚至在“新教教义”（Postestantism）这个概念产生之前，许多更为世俗的问题就已经卷入了改革的动乱之中，并影响了人们的想法和行动。