酸枣那边散伙了，讨董联军从此进入各自为战的状态。
但是，董卓的压力依然没减，因为南面这一路实在太生猛，打得凉州军节节败退，到了初平二年（191）春天，围绕洛阳的争夺呈现胶着之势。
凉州军打退了孙坚的进攻，但孙坚很快重新杀了回来，前锋已到了洛阳的南郊。一向凶猛的凉州军之所以打不过孙坚，一方面孙坚确实是一员悍将，他久居凉州，知道凉州军的作战特点，所以有备而来。
另一方面，凉州军将士都知道马上要撤退了，连朝廷都迁走了，所以这段时间他们每个人的主要精力都放在了抢东西上，都在想着如何把这些东西运回去，最差劲的也要把自己活着弄回去，所以一打起来就往后跑，董卓约束部下很严厉，可这时也失去了效果。
董卓只好下令主力撤出洛阳向东运动，为了保证撤退的顺利，必须有人负责断后，这个光荣的任务落在了并州军身上。董卓命令吕布、张辽率并州军守住洛阳，为大部队撤退做掩护，他率凉州军主力向西，暂驻于渑池一带，随时可以回师长安。洛阳其实已经成为一座空城，朝廷不在了，百官要么去了长安，要么逃到了外地，吕布、张辽守着这座空城，等待孙坚的进攻。
孙坚率部向洛阳发起了进攻，吕布、张辽稍作抵抗后也撤出了，孙坚由洛阳南门之一的宣阳门攻入城中。
此时的洛阳基本上成了一片废墟，南宫和北宫一带一向是重地，附近是朝廷的重要官署和重臣们的宅邸，此时也都荒无人烟，看到此情此景，孙坚怅然流泪。孙坚命令士兵打扫皇宫和太庙的卫生，又到太牢进行了祭祀，整理邙山一带被破坏的汉室诸陵。
城南有一口甄官井，有人发现一个奇怪的现象，大白天井口不时发出异样的光亮，大家都觉得奇怪，不敢到这口井里打水。孙坚命人下到井中，在下面发现了一枚玉制印章，四寸见方，印上有一个由五条龙盘着的印纽。
这枚印章缺了一个角，印文是八个字：“受命于天，既寿永昌。”孙坚大喜过望，因为这就是传国玉玺。相传这枚玉玺取材于著名的和氏璧，上面的八个字由秦朝首任丞相李斯所书，象征受命于天，是国之重器。汉朝建立后一直由汉帝拥有，到灵帝驾崩后这个玉玺神秘地消失了，连董卓都没找到。
原来，张让、段珪等人劫持少帝仓皇出宫，当时一片大乱，负责保管玉玺的人（掌玺者）情急之下，把它投到了这口井中。这枚玉玺应归献帝所有，但他去了长安，孙坚得到这枚玉玺，暂时由自己保管起来。
关东联军虽然各自为战了，但攻克洛阳仍然算是他们取得的一场最大胜利，只是这场胜利没有激发起大家的热情，后来让大家的思想更迷惘了。
关东联军各路人马的革命意志本来就很恍惚，讨伐董卓的道理大家比较明白，但讨伐完董卓之后怎么做，大家的想法就比较多，董卓这一走，大家失去了一个共同的目标，无疑进一步勾动起每个人内心里的“活思想”。
孙坚想乘胜追击，袁术却命令他赶紧回军，因为后方出了问题。袁术表奏孙坚为豫州刺史后，孙坚在豫州也有了相当大的发展，豫州刺史部的一部分地区成了他的势力范围。当时的豫州刺史部基本控制在他和朝廷任命的豫州刺史孔伷手中，孔伷年龄比较大，身体也不好，没有多少野心，未来豫州刺史部就是孙坚的了。
谁知道袁绍这时来个了横柴入灶，派了个叫周喁的人当豫州刺史，公然来抢地盘。周喁、周昕、周昂是扬州刺史部会稽郡周氏三兄弟，周昕当过丹阳郡太守，周昂当过九江郡太守，他们跟袁绍、曹操等人早年在洛阳相识，关系一直不错。
作为关东联军的总负责人，袁绍竟然带头把筷子伸进别人的碗里，孙坚听到消息后很气愤，慨然叹道：“大家一同举义兵，救社稷，董卓刚刚被打败就干出了这样的事，我还能跟谁同心协力呢！”说着说着，孙坚又流出了泪。孙坚是一员地道的猛将，一直以硬汉形象示人，但他似乎很容易动感情，动不动就流泪。
孙坚从洛阳撤出，回击周喁，周喁败走。大概就在这个前后，孔伷因病去世，孙坚趁机把自己的势力进一步向豫州刺史部伸入，想以此为基地徐图发展。
如果一切顺利，以孙坚的个人能力，在逐鹿中原的竞赛中他将发展得最快，超过袁绍、曹操，脱离袁术也是迟早的事。
董卓率主力西撤后，留守在洛阳一带的除了吕布还有朱儁，他也是董卓留下来对付关东联军的，但他的政治立场却是反董卓的。
董卓任命朱儁为河南尹，让他带领少量人马在洛阳一带活动，阻止敌人的进攻。但朱儁一脱离董卓的控制，马上就和关东联军建立了联系，他想趁机策应联军从东面进攻洛阳，但他势力单薄，酸枣方向的几路联军那时估计都在做着散伙的打算，所以响应得也不够有力。
朱儁最终失败，被迫逃往荆州避难。董卓随后又任命了一个名叫杨懿的人为河南尹，接替朱儁在洛阳周围打游击，哪知朱儁又杀了回来，打跑了杨懿，屯兵在洛阳以东的中牟县。一直在政治上态度暧昧的徐州刺史陶谦看到董卓大势已去，突然表态支持朱儁，表奏他代理全国武装部队副总司令（行车骑将军），并派出3000名精兵支援朱儁。
老谋深算的陶谦怎么突然来了这一手呢？这一手与其说是针对董卓的，不如说针对的是袁绍等关东联军。陶谦肯定不会不知道袁绍早已自称车骑将军，现在又抬出来一个朱儁，分明是想和袁绍分庭抗礼，主导“后董卓时代”的领导权。
但朱儁没有成功，董卓派凉州军主力数万人突然回击，大败朱儁。
在吕布撤出洛阳的时候，在袁绍督促下河内郡太守王匡率部靠近了黄河北岸，把主力集结在黄河上的重要渡口河阳津附近，随时准备渡河作战。
董卓命令刚刚从洛阳撤出的吕布等人在黄河以南布防，防备王匡突然出击，给他的撤退计划造成威胁。凉州军的主力击败朱儁后，仍然撤至洛阳至长安一线，董卓亲率董越部驻扎在渑池，段煨部驻扎在华阴，牛辅部驻扎在安邑，其他将领分驻在各个战略要地。
从上述部署中可以看出，并州军和凉州军的待遇很不一样，凉州军是董卓的嫡系，并州军是董卓眼中的杂牌军，说是掩护撤退，其实就是给自己垫背，如果关东联军一举把并州军消灭了，也没有多大关系。
但并州军也有很强的战斗力，他们没被消灭，吕布负责驻防的这一段黄河上至少有三个重要渡口，河阳津居中，西边有一个平阴津，东边有一个小平津关，等了几天不见动静，吕布决定主动发起攻击。
吕布把并州军分成两部，一部从东边的小平津关渡河，做出向河阳津发起攻击的阵式；另一部悄悄移动到西边的平阴津，在王匡全力迎击前一部分并州军时突然由此渡过黄河，从王匡背后发起攻击。这一招之前牛辅用过，对付的也是王匡。两面夹击之下，王匡所部再次大败，死伤殆尽，王匡仅率少数人马逃走，之后吕布从容撤退，与董卓的大部队会合。
初平二年（191）四月，带着从洛阳搜刮来的巨额财富，率领仍然十分精锐的凉州军主力，董卓来到了长安。
司徒王允率三公、九卿等百官到郊外迎接，董卓所乘的车辆到达，众人一齐参拜在车前。虽然是被敌人赶到关中的，但董卓的霸气一点儿不减，他睥睨着拜伏在脚下的人们，心里很满意。
董卓来到长安后，关中百姓从此生活在水深火热之中。董卓任命了一个叫刘嚣的人担任司隶校尉，负责长安一带的治安和行政管理，这个人名气不大，巴结奉承却有一套，对老百姓也比较狠。
在董卓授意下，刘嚣规定无论官民，有为子不孝、为臣不忠、为吏不清、为弟不顺的，一律诛杀，财产全部没收。忠不忠、孝不孝，这都是不太好说的事，解释权在刘嚣的掌握中，他说谁不孝谁就不孝，他想收拾谁就说谁不忠，往往先看中人家的财产，再罗织罪名。
刘嚣还鼓励大家互相揭发，结果造成了大量冤假错案，冤死的数以千计。长安立刻成了一个恐怖之城，大家平时在路上见了面只能互相看一眼，话都不敢说一句。谁要让董卓觉着不顺眼，那一定得倒霉，不管你是谁，资格有多老，威望有多高，概无例外。
董卓也一改之前重用士人的做法，大肆封拜亲属，他的弟弟董旻被任命为左将军，封鄠侯，他哥哥的儿子董璜为侍中，兼任中军校尉，掌握兵权，还有不少董家的人当了大官，一上朝，董家人能站成一排。
连董氏家族抱在怀里的婴儿也都封了侯，颁发金印紫绶，小孩不懂那是什么，拿着当成了玩具耍。董卓被封为郿侯，郿县在长安以西260里，即今陕西省眉县，此地离后来著名的战场五丈原非常近。董卓在郿县筑起高坛，边长二丈多，高五六尺，坛成，让他一个外孙女乘着轩金华青盖车来到这里登坛，在郿县的文武官员，包括都尉、中郎将、刺史等高级官员都到车前，引导着这个小女孩儿上到坛上，董卓让侄子董璜为使者亲自颁发印绶。
董卓还在郿县修筑了一座城堡，号称郿坞，城高与长安城相等，里面储藏着够30年吃的粮食，董卓对外宣称：“大功如可成，就称雄天下；如果不成，就守着它安度晚年！”
董卓还喜欢玩一些新花样，他亲自设计了一种奇特的车子，这种车用青色的伞盖，爪画两藩（），大家给这辆专车起了个名字叫“竿摩车”。董卓觉得很得意，也很威风，出门便坐着。只有担任侍中的蔡邕平时还敢在董卓面前说几句，蔡邕认为天子和大臣乘坐的车子都有规定和讲究，董卓这么胡来很不妥，但又不知道该怎么劝。正巧，长安这时发生了一次小规模地震，董卓有点紧张，问蔡邕是什么原因，蔡邕趁机对董卓说：“这说明地下阴气太盛，是大臣逾制所造成的。您乘坐的青盖车不符合制度，大家都认为有点不恰当。”董卓还真虚心接受了蔡邕的批评，改乘皂色伞盖的车子。
董卓很快被刘嚣这样的小人所包围，大家一致认为，董太师的丰功伟绩无人能比，当太师有点委屈了，于是参照周朝开国宰相姜子牙的先例，要给董卓再上一个尊称，叫“尚父”。
人家姜子牙不仅是宰相，还是武王的岳父，才称尚父，董卓是什么东西，也敢把自己抬得这么高。但心里想归想，没人敢说。董卓吃不准，怕弄出个历史笑话来，就此向蔡邕询问，蔡邕趁机劝道：“姜太公辅佐周室，受命讨伐殷商，所以才加上这个尊号。今明公的威德没有问题，不过我以为现在还不是时候，应该等平定了关东，车驾返回旧京，然后再做。”董卓听了，觉得有理，采纳了蔡邕的建议。
在大家眼里，蔡邕是极少数被董卓尊敬的士人之一，董卓对他的话不仅相当重视，而且平时也非常尊重他。而蔡邕似乎也甘为董卓所用，每次宴会，董卓经常让蔡邕弹琴助兴，蔡邕也很用心。然而，蔡邕内心却十分痛苦，他曾经对从弟蔡谷说：“董卓这个人性情残暴，终究会失败，我想回兖州，但道路太远了，也不知道那里的人如何看我，真不知道该怎么办。”
蔡谷劝他说：“你长得跟普通人不一样，走在外面容易招致大家围观，你想秘密潜逃，那也太难了。”蔡邕究竟长成什么样史书没有明确记载，听蔡谷的意思他长得应该不是一般的特别，属于那种见一面就忘不掉的人。
蔡邕听了从弟的话，这才打消逃跑的念头。