日月潭与涵碧楼的风光，前后延续数十年，南投县政府还在日月潭成立了“南投县风景区管理所”。但随着蒋介石去世，以及美军度假、日本人旅游潮一退，台湾人民去外地旅游限制也渐放松，日月潭观光自20世纪80年代初慢慢难以为继。尤其地方急功近利，投入大笔经费，却只能建设出品位不佳、老态龙钟的观光景点，文化表演日趋商业化、庸俗化，更使游客大为扫兴。
例如台湾少数民族文化原本是当地重要的观光资产，地方政府却在拉鲁岛上兴建仿中国西湖风味的“月下老人亭”供游客膜拜祈愿，自然大不搭配。德化社也遭市地重划成为棋盘式街道，不但挤进大批汉人，邵族原有农庄建筑几乎被全部拆除，成了杂乱无章的店铺，摊贩扰人，镖客横行。1990年8月25日晚间，日月潭还发生游艇翻船事件，共57人罹难，仅25人获救，震惊各界，日月潭观光几乎一蹶不振。
至于耶稣堂在蒋介石去世后，过去为他祝祷的牧师及传道、信徒仍利用耶稣堂的空间集会，不对一般民众开放，连带引发不少争议。直到日月潭风景区管理处成立，宣布拥有耶稣堂产权，才慢慢说服牧师夫人，开放运用耶稣堂空间，供游客做礼拜。
涵碧楼命运同样多舛，随着省观光事业委员会与“励志社”在20世纪70年代初遭裁撤，为加强维护，台湾省政府交通处名下成立了涵碧楼暨慈思塔管理委员会，作为官方管理机构，同时交由以“励志社”为班底的涵碧楼招待所经营使用。蒋介石去世后，行馆内仍保留原风貌，行馆旁涵碧楼大饭店则于1985年重新整修后，完全对外开放营业。
只是随着台湾逐渐开放，涵碧楼半官半民的组织成为外界质疑焦点，因此引发产权所有人南投县政府与饭店经营者之间缠讼。当时经行政区域重划，涵碧楼主建筑产权已登录为南投县政府所有，以一年租金60万元租给涵碧楼，且20年租约即将到期。虽然县政府提高租金，租约也改为两年一签，但在议会要求下，与涵碧楼对簿公堂，宣称要拆屋还地。
通过诉讼手段，南投县政府收回涵碧楼产权，并封楼整修，因此行馆与涵碧楼间原有通路遭封闭，所幸行馆正门向潭面未受影响，才不致无法出入。至于涵碧楼经营单位也不是省油的灯，先是改组为私人出资的涵碧楼大饭店股份有限公司，趁着兴讼期间，另辟蹊径，在原址右侧新建一座大楼，并在潭边盖了批别墅式独栋旅馆，继续营业。
当时因各方争议，慈恩塔不但产权起纷争，管理维护费用也求助无门，因此长期欠缺维护，没有政府单位愿意接手。至于两艘为蒋介石而设计的铁壳船也因年久失修，废弃在潭边无人闻问，显得相当凄凉。
1998年，乡林集团宣布并购旧涵碧楼大饭店，取得饭店扩建的旅馆、餐厅大楼等地上物产权，准备大展身手。但没想到突如其来的“九二一”大地震，震垮了涵碧楼大饭店、蒋介石行馆与蒋经国行馆，日月潭满目疮痍，码头全毁、玄奘寺灵骨奉安塔遭完全震倒，慈恩塔上的顶珠也被震掉，唯独耶稣堂丝毫无损，完好如初。
◆涵碧楼入口处
如今的涵碧楼已非昔日之建筑，已由私人出资改组为豪华的五星级酒店涵碧楼大饭店，其高昂的消费并非普通平民能够轻松承受。令如今的涵碧楼颇为自豪的是其“极简”“禅风”的设计理念，由木头、石头、玻璃和铁四大建材构成，低调中隐含着奢华。（上图）
由于灾情惨重，县政府放弃修复可能，因此拆除蒋介石行馆，只保留原有车库，乡林集团则再斥资18亿元，打出宋美龄名言“我将再起”的口号，在涵碧楼饭店原址上新建以大量缅甸柚木做建材的七楼层现代化旅馆，委由澳大利亚希尔建筑师规划并与阿玛集团合作，只是仍沿用涵碧楼招牌。经营者同时尽可能使用遗迹堪用屋瓦、梁柱等建材，在饭店右侧重建自1920年就屹立在此的涵碧楼招待所，作为展览厅舍。
◆涵碧楼展示厅
涵碧楼展示厅的规模并不大，但其中展出的照片与文案颇具历史研究价值。引起两岸学术界高度关注的便是《风云聚会涵碧楼：两岸关系滥觞地》。展示中明确指陈蒋氏父子于1965 年在涵碧楼会见曹聚仁，对晤谈内容也有具体描述，但毛泽东与蒋介石通过曹聚仁的三次晤谈并未经得官方证实。（下图）
在陈水扁主持开幕下，终于让涵碧楼重见天日。2002年间，还打着“两岸和解”招牌的陈水扁，甚至一度安排长期游走两岸三地的新加坡前总理李光耀到涵碧楼一叙，研商有否可能透民间渠道促成三通开放事宜，不过消息曝光后因故取消。此时，通过民进党推动正名运动，陈水扁也将光华岛重新回复旧称为“拉鲁岛”，“德化社”改称为“卜吉社”，同时在拉鲁岛上种植两棵邵族神树笳苳树，作为去除“大中国主义”象征。
数十年过去了，从涵碧楼外望，湖光山色视野延伸依旧，只是涵碧楼的外观内装已不复往日。历史的波涛能够记住的也许只有蒋宋漂在湖面的桨声。