日月潭波光潋滟，苍林翠绿，吸引民间团体大兴土木，尤其20世纪50年代中期，包括北边山腰处文武庙与临时安置玄奘灵骨的玄光寺等潭畔各类观光设施均开始兴建。[抗战期间，日本军官高森隆介在南京挖出一只石匣，上刻“玄奘大师灵骨”，内储有五铢钱数枚，及大如拇指、小如豌豆的珠粒一批，经鉴定为玄奘骨珠，日本人随后掠走灵骨，供奉在崎玉县慈恩寺。直到1955年，国民党政府经佛教界交涉，将日本窃据的玄奘灵骨迎接来台，并决定从台北善导寺移到日月潭畔玄光寺安置，游客到玄光寺求签也成一大盛事。]特别是在蒋介石协助下，台湾佛教界更在涵碧楼对岸临湖处，盖起一栋占地三公顷、仿唐式建筑的玄奘寺，作为玄奘灵骨的永久保存场所，蒋介石除了亲题“国之瑰宝”匾额，还特地要求将原定印度式建筑改为中国古代宫殿式，以增景仰[玄奘寺前临拉鲁岛，后依青龙山，地处日潭与月潭的陆地交界，海拔900多米，据说为“青龙戏珠”宝地，正殿分两层，分别供奉玄奘舍利子与释迦牟尼佛金身。由于工程耗大，约1964年才正式落成。]。
又如涵碧楼旁的学校迁校后，台湾省教育厅于1961年将当地改建为教师会馆，作为教师研习与度假园区。其他设施如台湾山地文化中心、“救国团”日月潭活动中心、孔雀园以及文武庙，也大都是在这个时期开始动工启用。
1962年，涵碧楼改由省观光事业委员会承租，再交由“励志社”经营管理。1965年，“励志社”再度出面，向林务局承租涵碧楼行馆附近潭边“国有”林地，并向台湾银行贷款，斥资1000万元扩建成四层楼、合乎国际标准的宫殿式建筑，取名为“涵碧楼旅馆”，并对外营业。这份租约承租使用期限为20年，且期满后涵碧楼也有优先承租权。
为配合改建，蒋介石行馆也同步更新为地势最高、景观最佳的三层楼洋房。行馆内依旧是格局简单，陈设朴实。据说格局完全仿照士林官邸。其余行馆下方五栋二层楼日式木造房舍则遭拆除，改为水泥楼房，仍用以招待外宾与特殊宾客。
据说行馆改建时，蒋介石原本觉得颇为浪费而反对，但为顾及新馆与行馆外观协调才勉强答应。之后，他一年到此停留近三四个月，甚至1966年还光临5次，为历年之最。
经常随侍蒋介石身旁的蒋经国，则在湖滨有座砖造二层楼中式别墅，供他静养时使用，朱红大门，风格古朴，较涵碧楼更贴近湖面，且尽观日、月两湖风光。别墅一楼中央是客厅，摆有浅绿色沙发，右侧是起居室，左边是餐厅，后侧是盥洗室，楼上有书房、起居室各一间。[蒋经国行馆虽是蒋介石指示为蒋经国治愈失眠等宿疾而建，但在蒋介石去世后，蒋经国即指示改为“总统行馆”，同时提供贵宾招待所功能。蒋经国去世后，李登辉在20世纪90年代中期，再度指示将相关建筑转赠“救国团”，供青年假期旅游之用，并开放一般人住宿。]与行馆连栋兴建的涵碧馆新馆，则成为当时潭畔设备最新颖的旅馆，逐渐对外开放，但门禁依旧森严，来访政要也常在此举行较正式会晤。新馆大堂一楼右边是中式餐厅，供应明湖佳肴曲腰鱼，对面客厅悬挂蒋介石与宋美龄游湖黑白照，落地窗外遍植玫瑰，环境清幽。
1971年1月，为信奉基督教的宋美龄在日月潭休憩时能维持做礼拜，蒋介石兴建了一栋具有一巴洛克风格的专属教堂，有四层楼高，黄色墙面对比蓝天，希腊石柱、桧木大门、木纹斜板屋顶、英式古灯，由大陆工程董事长殷之浩带队兴建，号称可抵御105榴弹炮攻击。
耶稣堂启用后，由基督教妇女祈祷会牧师何忆东执掌，没有其他教友，平日大门深锁，也成为日月潭仅有的教堂。蒋介石晚年来日月潭必至耶稣堂做礼拜，还曾带领蒋经国、蒋孝文、蒋孝武、蒋孝勇等人祷告。虽然晚年身体不佳，出入都需搀扶，但蒋介石唯独步上耶稣堂台阶，坚持要靠自己双腿步行。
至于文武庙也在20世纪70年代初重建，蒋介石改推“文化复兴运动”与发扬儒家精神，特别重视主祀关帝、岳飞、至圣先师孔子的文武庙重建工作，先后7次巡视，并指示庙宇以“北朝式”形式兴建，装点得金碧辉煌，在蒋介石要求下，文武庙在1971年竣工。
此外，蒋介石为感念母亲王太夫人恩德，纪念溪口慈庵而建的慈恩塔，也于1971年完工，位于潭畔海拔954米沙巴兰山上，塔高46米，塔顶正好为海拔1000米，共分9层，从塔顶瞭望，拉鲁岛、玄奘寺与慈恩塔约在同一条中轴线上，地形宛若龙头伸入潭中取水，成为日月潭地标，也说是日月潭龙脉之地。
慈恩塔系由省交通处、公路局等单位自涵碧楼经营所得中匀支经费设计监造，不过用地属于寺庙区。由于建料运送不易，因此过程相当辛苦，蒋介石多次前来探勘，匾额也为蒋介石亲题，塔内有一口巨大的镇塔铜钟，王太夫人灵位则奉于塔前宫殿式建筑。