戒严时期，草山行馆是全台机枢之地，不知多少大事决策在此拍板。但蒋介石辞世后，地方原建议改建为纪念馆，因蒋经国主张产权交还原单位而作罢，所以行馆铁门深锁、宪警撤哨，更因杳无人迹，产权复杂，闲置荒废在蔓草间，使蒋介石生活遗迹不复辨识。［由于草山行馆土地本属“国有财产局”所有，建筑产权属台糖公司，因此草山行馆在军方撤哨后，系由当时的阳明山管理局管理，并因阳明山管理处于1980年12月裁撤，是以一并转交台糖接管。由于台糖评估此处属于阳明山公园预定地，没有太大开发用途，且房屋老旧，地板、天花板因潮湿而斑驳腐烂，因此台糖于1982年商请台北市接管，并将行馆暨附近六幢行馆侍从人员居所卖给台北市政府。之后行馆系由市政府公园处阳明山管理所就近管理。］
1984年，市政府曾将行馆略作整修，部分家具移放台北宾馆，也将一幢侍从居所整修为首长招待所。不过囿于经费，无法全面整修，行馆始终空荡荡的，无人进住，建材腐朽，自大陆携来的卧床和木柜破败弃置，许多旧桌椅、老式漆器灯饰、字迹文物散乱一地，甚至一张宋美龄提醒蒋介石“救命丸在铁盒里”的字条也胡乱丢在地上。
陈水扁当选台北市长后，因认为官邸闲置过于浪费，因此决定草山行馆应转型为历史与艺文展览空间，并指示市政府尽速修缮，之后行馆迅速于1998年开放。这也是陈水扁继收回士林官邸并对市民开放、拆除蒋纬国外双溪别墅后，又一次针对蒋家房舍采取的动作。
1998年3月，马英九击败陈水扁并出任台北市长，持续整修后侧主馆，并找到1950年帮蒋介石整修行馆的李重耀建筑师接手整建，建材也从日本进口，务求修旧如旧，虽面临设计工图因牵涉机密、年代久远后不知流落何方等问题，仍于2003年4月5日举行开馆典礼，成为艺文沙龙，并登录为历史建筑，耗资约2100多万新台币。维修后的草山宾馆，走进西式石砌拱门后先会进入一栋英式房舍，便是以蒋介石庐山别墅为名的“美庐”大厅；经过穿堂右转日式走廊，宋美龄画室兼卧室更名为“萃英堂”；隔壁较大的蒋介石书房兼卧房则更名为“大雅堂”。走廊尽头两面采光的小客厅更名为“介寿堂”，放置照片与各项蒋介石用品。例如蒋介石参加婚礼的大礼服、第二任妻子陈洁如的照片，以及一张于1965年4月17日换发、蒋介石所有、“中华民国”编号Y10000001的第一张身份证复本，职业栏上登记为“总统”。草山行馆也商请长期制作蒋介石贴身衣服、来自上海霞飞路的西服店老板许金地，重制一件肩挂五星等尺寸军常服在馆中展示。
◆火灾后的草山行馆
2007 年4 月7 日凌晨，台北市消防局勤务中心接获报案称草山行馆火灾。之后阳明山消防分队到达火警现场。从接到警报到赶赴现场，大约15分钟时间，行馆产生大面积的燃烧，实为罕见。到达现场的消防队在建筑外围拉上黄色胶条，浓烟滚滚，焦油味熏天，石墙内部的桧木结构付之一炬。时值台湾当局“去蒋化”的风口浪尖，蒋介石的草山行馆莫名起火，引得民众心生揣测。历史沿革，政权更迭，遗留的历史建筑和文物是时代的见证者，但它们却因自己的政治属性而难逃噩运。
◆蒋介石的身份证( 复刻件)
草山行馆内展示着蒋介石来台之后的许多文物资料，其中引人注目的便是台湾第一张身份证，编号Y10000001，姓名栏中书写“蒋中正”，于1965 年4 月17 日颁发。身份证上的黑白照片是蒋介石晚年采用的标准照，照片中的蒋介石神情慈祥，嘴角略微上扬，眼神中散发出老年人的安宁。据说，蒋介石也有怪异的癖好，喜爱照相而不爱照镜，家中的镜子往往蒙上白布，而许多照片流传于世。
由于规划得宜，草山行馆成为阳明山艺文活动及资源总站，并成为民众热门婚纱照景点。不过2007年4月7日凌晨，蒋介石逝世纪念日后一天，台北市消防局接获行馆旁住户报案，草山行馆突然起火，一发不可收拾。虽动员消防水车16部、救护车2部和50名消防警力投入抢救，但已无济于事，行馆下方高架木与泥土隔间墙都被烧毁坍塌，建筑几乎毁损殆尽，仅部分砖石结构留存。
◆修复后的草山行馆
草山行馆遭遇火灾后，台北市文化局力邀曾经两度修建草山行馆的国宝级古迹修复专家李重耀加入重建行列。83 岁高龄的李老先生拄着拐杖，来到浴火之后的草山行馆，走在满地的碎玻璃、砖块、木材残渣的瓦砾堆中，不无心疼地感叹：“每根柱子、每一扇门、每块材料都投入过真感情。”在李重耀的认知中，“‘国定’古迹与历史建筑修复与一般建筑修复不同，依规定，修建后的样貌、色泽、材料，要尽量恢复原貌”，在此前参与的两次重建过程中，李重耀对每一根柱子、每一扇门、每块材料都细细琢磨，到底要整支木材都换，还是部分取代，他都经过深思熟虑。修复后的草山行馆焕然一新，在阳光下闪耀着光辉，从外观上看，与2007年遭遇大火肆虐前的行馆相似度达到百分之百。大片的木板和梁柱，建材全部使用草山行馆兴建之初时使用的桧木和杉木，极具特色的黑屋瓦亦保留，只是当年日本制造的黑瓦已被不同制法的黑熏片所取代。
由于正值民进党发动“去蒋化”，相关部门态度十分保守。文化局估计，草山行馆内部木造结构皆烧毁，损失巨大，所幸文物多属复制品，只有宋美龄一幅兰花画为真品，加上台北市相关单位之前对草山行馆的调查研究相当详尽，因此复建在技术上不是大问题。
台北市长郝龙斌到场后除表示一定要修复，也强调所有历史建筑及古迹无辜也无价，任何政治人物都可接受批评，但不应将古迹或文物作为批判的工具。
蒋家后代、国民党立委蒋孝严质疑，这把火在整个“去蒋化”氛围浓厚时刻，原因并不单纯。最后警方则确定，系使用汽油等助燃剂的纵火案件，不过凶手已无从追查。所幸草山行馆二次整修时，建筑师仔细地把施工图保留下来，只需到日本找到工匠就能复原行馆特殊的黑瓦。台北市政府也表示会尽快恢复旧观，并重新开放公众使用。
之后，台北市文化局全心投入进行重建工程，并委由胡宗雄建筑师团队历经一年四个月，按照行馆的原设计样式、工法与格局，选用原材料的桧木与杉木，修旧如旧，让行馆风华再现；唯屋瓦原版因已停产，只能从日本进口形似者加以铺设。
这次重建工程并特别保留祝融元素，包括常设展间有利用焦黑碳化屋梁设计的观展座椅；主餐饮空间“饮和堂”地板强化玻璃下可见祝融纹身的地基；室内廊道有两面可透视昔日修复手法的展示墙“小舞壁”与“木摺壁”。室外廊道更可居高临下，一览台北各个季节美景。
2012年元旦，在各方的注目之下，草山行馆以“老故事，新风貌”的主题重新开放，除周一休馆外，每日上午9点到晚间10点开放，3月底前并开放民众免费入场参观。目前行馆前后规划有两间展示空间，前展间有草山行馆大事纪、草山介绍及不定期展览；有着壁炉的后展间则复刻情境，展示蒋介石的军常服及结婚晨礼服。70余张珍贵历史照片呈现在每个空间里。
特别为呼应草山行馆历史意象，当地还推出特色餐点，不同于过去未烧毁前行馆贩售牛肉面等“蒋介石菜”，这次菜色以苏杭口味时令菜色为主，推出包括“蒋介石私房菜——狮子头”等菜肴，希望透过味蕾，遥想故旧情怀滋味。
特别为吸引陆客上门，营运单位也引进台湾在地文创设计，以草山为主题进行商品开发，每季更换主题贩售。
草山行馆这番重建开放，为当地的文史、观光又带来了新的气象，台北市当局更希望借此提供新的观光景点资源，成为营销台北的热门景点，以招揽陆客人气，同时提供游客凭吊当年蒋介石生活起居、接待外宾、运筹帷幄的光景。
只是，草山行馆从落成的那天开始，就未摆脱其浓厚的政治象征意义，是否还会为它在未来的岁月里带来麻烦，谁也不敢打包票。
倒是从草山行馆的起起伏伏，正可窥见“两蒋”在台的岁月缩影，幕起幕落，俱成往事。功过虽已交给历史，依旧反映出岁月的落寞无情。
◆《草山行馆》（油画，赵宗冠）
赵宗冠1935 年出生于彰化秀水，后入东海大学美术系进修，是中山医学院毕业之妇产科医学博士，几年来连年担任台湾省美术展评审。他近年来大展宏图，力图发挥愚公移山之精神，呼唤众人关爱台湾本土。在其画展序言中，赵画家深情写道：“我怀着挚热的情感，呼吁国人要从各种角度来爱护自己的土地——宝岛台湾。因此我要‘一步一脚印，台湾画透透’。我以画笔来倾我对乡土关爱。承各县市文化中心、社教馆、美术馆之邀，我一县市一县市，一地区一地区旅游写生，然后展出该县市地区的美景风光及我多年来的得奖作品，庆幸的是在各地颇获方家，媒体及民众之鼓励与认同，让个人颇感温馨。”（上图）
◆草山国际艺术村的艺术家工作室
草山行馆遭遇祝融之后经过整修恢复一新，环绕行馆的四栋山间小屋也以“草山国际艺术村”之姿得以重生，让山上多了一处寻幽探艺的空间。藏身山林的四栋石屋原是蒋介石扈从侍卫居住的宿舍，有别于草山行馆正馆日式典雅的风格，它们造型简朴，在树木丛中平添几分恬适的欧式气息。由于远离市区，这些艺术家工作室仿若置身世外桃源，访客也多是误打误撞进来的山中游客，常常因奇妙的艺术空间而驻足流连。（下图）