冯国璋刚到京时，冯段的关系表现得十分融洽。段祺瑞对冯国璋说，欢迎“四哥”进京当总统，并愿意随时就近向大哥请教。冯国璋赶忙说，哪里，哪里，今后府院是一家，上下是一致，内外是一心。觉得这么说还不够近乎，他又紧紧拉住段祺瑞的手说：“以后咱们再也没有府院之争了。”
接着，冯段又相携拜访王士珍。王士珍参与了复辟，并在复辟时出任议政大臣兼参谋大臣，段祺瑞平定复辟之后，他自觉无颜见人，已准备回原籍隐居。
冯国璋很恳切地挽留王士珍与之共事，继续担任新政府中的参谋总长。他还对王、段说：“今后的事情是咱们三兄弟共同来干，不要分什么总统、总理、总长。”
“北洋三杰”自此共掌中枢。在段祺瑞和王士珍面前，冯国璋这位大哥不但没有总统架子，而且表现得极其亲热，相互之间真有个“精诚无间”的模样。
随后冯国璋入主总统府。在他之前，总统府似乎还没怎么遇到过好事。原来袁世凯的办公地点设在居仁堂的东间，等到黎元洪继任，他嫌那间屋子不吉利，改在了居仁堂的西间。由于同样的原因，这次冯国璋入主总统府，干脆就弃掉居仁堂，将春耦斋选定为新的办公地点。
虽无法奢望像段祺瑞所担保的那样做一辈子总统，但冯国璋还是认为离前任们的霉运已经越来越远。那个时候，无论是他还是段祺瑞，都对此深信不疑。
支票请收回
作为北上的首要先决条件，冯国璋向段祺瑞提出，国务院秘书长的人选，除了徐树铮以外，任何人都可以同意。
段祺瑞也明白冯国璋内心忌讳什么，于是表示完全赞同，国务院秘书长一职遂由段幕中的张志潭担任。每天下午4点，张志潭照例要来到总统府，由冯幕成员、代理总统府秘书长职务的恽宝惠陪同，到春耦斋请冯国璋盖印。
盖印时，冯国璋、张志潭和恽宝惠分别坐在一张办公桌的三个方向，首先由张志潭把国务院的命令一件一件地递给冯看。冯看过之后，就照样递给恽宝惠，由恽宝惠拿着一寸见方，用白玉制成的“大总统印”，一个一个地往命令上盖。盖完了，再交给张志潭。
府院之争的喧嚣没有了，有的只是大家周而复始地重复盖印手续，场景极其和谐。自此以后，政府内的事情也都变得流畅顺利多了。
段祺瑞在成功地阻止张勋复辟，再执国政的时候，“一战”形势更为紧张迫切，对德宣战已刻不容缓，协约国驻华公使以及日本也再度催促中国政府尽快做出相关决定。与此同时，德国人则试图劝说段祺瑞，让他不要对德宣战。
德国公使特地来段公府拜会段祺瑞。他先牵连旧情，谈到“贵总理三十年前在敝国军事学校读书，又在克虏伯炮厂实习，对我国素抱亲善宗旨”，随后便转入正题，请求段祺瑞在“国际大战方酣，胜负未定”的情况下，继续过去对德的一贯亲善精神，纵然一时绝交，也不要再宣战。他还说，如果段祺瑞能够这样做，对中德两国均有利益，云云。
德国害怕中国宣战，从而加速其失败的命运，德国公使代表政府出此言行完全可以理解，让段祺瑞感到气愤的是，对方还有接下来的一出。
只见德国公使突然让随行的德华银行经理取出支票一张，上面已填写了百万巨款。他一边把支票放到茶几上，一边说道：“贵国政府同贵总理现在需用款项之处甚多，区区之数，略申敬意。”
在北洋系中，段祺瑞是个与众不同的人物。他为政廉洁，有“六不总理”之称，即“不抽、不喝、不嫖、不赌、不贪、不占”。冯国璋的“民元公债票”，他是绝不会从中沾染半点的。
段祺瑞自认高洁之名声播中外，没想到德国人情急之下，居然还把他作为贿赂的对象，这无异于对其人格人品的一种侮辱。当下他便板起脸，大声答复道：“贵公使适才一段话，站在贵公使立场，我不能说你的话不应该说，但是你的做法是荒唐的！”
接着，段祺瑞又针对公使话中的破绽进行了反驳：“我过去在贵国留学，那是个人的事，素抱亲善也是过去的政策。这次酿成全世界大战，是贵国皇帝穷兵黩武，有吞并全世界的野心，是犯众怒的狂举。”
在说明德国乃咎由自取后，他斩钉截铁地告诉对方，作为中国的总理，从中国的利害关系出发，他坚决主张加入协约国，“不唯绝交，即日将对贵国宣战”。至于公使对他的贿赂——“馈赠恕不能接受，支票请收回。”
段祺瑞义正词严，德国公使被驳得面红耳赤，只得拿着他的支票唯唯而退。
送客之后，段祺瑞犹有余怒。鉴于复辟期间国会议员星散，已不足法定人数，他迅速以国务会议通过总理负责的方式，推出了对德宣战案。1917年8月14日，冯国璋以总统令的形式予以公布，中国正式对德宣战。
一个月后，协约国公使团对中国的参战做出回应，同意德奥庚子赔款永远撤销，协约国方面的庚子赔款停付五年，停付期内不加利息。这对长久以来饱受庚子赔款拖累的中国财政而言，无疑意义重大。
按照与协约国的协约，中国最初直接派往欧洲的不是军队，而是华工。华工对于协约国来说也绝不是可有可无，“一战”犹如是欧洲人口的割草机，还没打上几年，各参战国后方就出现了劳动力奇缺的情况，特别是法国需要更为迫切。
早在中国对德宣战前，以梁士诒、叶恭绰为首的交通系就以将来提高国际地位为名，组织惠民公司，分别在华北、华东、华南招募华工赴欧。宣战后，招募华工赴欧参战正式上升为政府行为，英法两国与中国政府商定的华工数目，英国是十万，法国是五万，最后都招足了。这些华工的薪水以及本人衣食住行所需的各项费用物资，全部由英法政府提供。
华工招募后即分批赴欧，其中在威海卫招募了两千多人。赴欧途中，华工们历经千辛万苦，也亲身领略到了世界大战的残酷可怕——有一天，船头警戒的威海卫华工突然发现海面上出现了一个个可疑的“小点子”，船方一面鸣炮示警，一面下令船上的所有人都捆上救生带。
他们的运气还算不错，经护卫舰施放深水炸弹，警报随后解除，但在到达法国三个月后，有人从报上看到，那艘搭乘他们的大轮船还是被德国潜水艇的鱼雷给炸沉了。
“先生”
协约上本来说好华工不直接上前线，但许多华工到欧洲后却被要求在前线挖战壕。威海卫方面的华工就面临着这一境遇，而且他们挖战壕的地方已在敌军步枪射程之内，有些地方与敌方战壕的距离甚至不超过五十码，实际就在最前线。
挖战壕非常辛苦，壕不挖到一定深度和宽度，工人就不能出来。尤其是遇到雨雪天气，壕内泥浆没膝，轮班睡觉时只能站着睡。相比之下，在前线负责打仗的英国士兵只须在挖好的战壕里守护阵地，军官和机关枪手更轻松，可以在后面盖好顶棚的战壕中或坐或卧，有些还能玩扑克、讲笑话。
初上前线时，英国人还吹牛说他们发明的坦克厉害无比，德国则没有，等英军的坦克车多了，就要对德军发动大规模进攻。谁知在圣诞前夕，德军也有了坦克，而且一开上来就是一长串。华工发现后找监工的英军，英军却统统不见了踪影。众人只得仓皇后撤，一气跑了三十多里路，才撤到分区司令部。
到了分区司令部一看，几名英国军官连住处都找好了，正在让勤务兵给他们铺床哩。由于未能及时得到通知和保护，华工中仅工头就有四人受伤，大家对此非常生气，便集体向司令部告状。
英国人自知理亏，第三天便安排华工到后方去转运粮食和军需。后方的危险性虽然不及前线，可是劳动量并未降低，更令人无法忍受的是，英国监工和管理人员把中国人当牛当马，在工人们已完成计划中安排的工作后，既不准他们提早散工，也不允许休息。华工但凡提出一点正当要求，都会遭到打骂乃至惩罚。
有一名华工以前做过教书先生，大家都称呼他为“先生”。“先生”不仅有正义感，而且擅长中国武术，在他面前，连身材高大、自称精通拳术的洋人都占不得分毫便宜，因此大家都很敬重“先生”。
见受到欺负的工友们个个气愤难平，“先生”告诉众人先不要轻举妄动：“闹尽管闹，可是在没有计划好的情况下万勿动手，因为英国人显然想打我们一个下马威。”
“威海卫华工营”的营长是个英国军官，名叫李笛亚迪，此人是个贵族出身的大学毕业生，受过短期军训，平时很会摆架子，但实际上却非常胆小，遇到形势严重时，会立即改变方向。“先生”摸透了李笛亚迪的性格脾气，就决定从他身上打开缺口。
第二天一早，在“先生”的策划下，华工拒绝接受分派的工作，同时齐声高喊：“吃不饱，做不动，要减少工作。”李笛亚迪先是不以为然，答复说：“英国食品营养好，肚子没装满也不致缺乏营养，而且英国工头也是一样吃法。”
工友们早就料到他会如此敷衍，马上质问道：“我们也做英国工头那样的轻微劳动，行不行？”
李笛亚迪一看情况不妙，赶紧改口：“不要乱，不要乱，好好上工去，我去同司令部商量再说。”
工人们这才答应开工，但是当他们中午回营时，却发现营房外排列了许多荷枪实弹的英国兵，进营房后，又见到一位工友被华工营的英国大队长以造谣生事为由打得周身青紫。
众人目眦尽裂，发一声喊“大家打”，大队长立即被拖到操场上，起初是拳打脚踢，后来就用他打人的那根棍子，朝他全身乱抽，而且边打边数落他的罪状。洋鬼子吃痛不过，只得磕头求饶，答应永不再犯，工友们这才撂下他去吃午饭。
英国佬素来欺软怕硬，包括李笛亚迪在内，在同伴挨打的时候，全都躲得远远的，不敢露面，直到华工去吃饭，几个英国工头才不声不响地把大队长送去医院。
吃过中饭，工友们有的洗衣，有的下棋，有的整理房间，有的拉胡琴，就是没有一个人肯开工。李笛亚迪把中方翻译叫过去，问华工们准备怎么办。翻译告诉他：“不撤兵，不加口粮，就不开工。”李笛亚迪用可怜巴巴的语调说：“这些事不是我能做主的呀！”
恰巧此时前线急需运送给养，连同下午耽误的，共须装七十辆车。李笛亚迪急得满头大汗，赶紧又请翻译过来商谈。翻译说：“工人都是讲情讲理的，只要合情合理，事情没有什么难办，错就错在大队长不该打人。”
见事情似乎还有回旋的余地，李笛亚迪提起了精神：“你这个话有把握吗？”翻译说：“我是中国人嘛。中国人把情理二字看得非常重，不讲情理就会拼命，我怎么会不知道呢？”
李笛亚迪答应到司令部去报告。不到半个小时，营外的英国兵果然全都撤走了。李笛亚迪又返回对翻译说：“口粮没有问题，要紧的是今晚要装出七十辆车的给养去。”他还说，“司令部怕大家太辛苦，预备派一百个英国兵来帮忙。”
李笛亚迪已经意识到，这场中国人的“骚乱”背后一定有带头人，但他不知道是谁。问翻译，翻译矢口否认：“没有带头人，是大家的公愤。”
其实“先生”就是带头人和工友们的主心骨。在听翻译说完经过后，“先生”说：“该收帆了，我们也该露一手给他们看看。”
暴发户
“先生”让翻译代表华工答应李笛亚迪的条件，但同时也提出了维护华工尊严的几个条件。李笛亚迪全都应承下来。
当晚，华工们不仅把活干得又快又好，还创造了一些装卸货品的新方法。天还没亮，他们已装齐六十四车，而那一百名英国兵也装了六车，圆满完成任务。
由于任务完成得很漂亮，李笛亚迪也因此受到司令部的嘉奖。他十分高兴，特地把翻译叫过去，对华工们表示了衷心感谢。接着他又去仓库，询问管仓的英国人：“中国工人做得怎样？”
那位管仓员说：“昨晚做得还好。”李笛亚迪当即拉下脸来：“为什么说还好？我的中国工人干得比谁都好。他们昨夜的工作效率，比英兵要高出一倍，你没有算过账吗？”
英国人对华工的态度从此大变，华工在异国的境遇也有了很大改善。后来当他们回国时，不少华工还与附近的法国女子结了婚，并带回了中国。
赴欧参战的华工中有很多人却没有这么幸运。“威海卫华工营”那次从前线撤退伤亡尚不算大，但其他营伤亡不小。据说英国从青岛招募的十万华工，共死了三千人，他们大部分都是在撤退过程中被德军的炮弹给炸死的。
重出江湖后的段祺瑞除了着力推动对德宣战外，所关切的另外一件大事是获得外界的援助和支持。虽然中国政府通过对德宣战，取消了德奥庚子赔款，加上停付协约国方面的庚子赔款，使得国内财政困顿的情况有所缓解，但那也只是“出”的少了，“入”的仍然不多。
对这笔账最清楚的，莫过于在新内阁中出任交通总长兼财政总长的曹汝霖。在他履任时，北京政府依旧入不敷出：军政费用每月约需两千万元，而财政部的可靠收入合计还不足一千二百万元，缺口达到八百万元之巨。
如何维持生计，再次成为让段政府头疼的大事，而到了这时候，老段又开始盯上了邻国日本那鼓鼓囊囊的口袋。
日本本来也不是个富国。甲午战争前，为了跟中国进行军备竞赛，日本天皇还要带头捐款，每年挤出皇室经费用于海军建设。甲午战争后，中国的巨额赔款让它发了笔财，要不然恐怕连后面的日俄战争都打不起。
日俄战争打完，日本又没什么钱了，但是随后爆发的“一战”却意外地令其大发横财，真正成了暴发户——欧洲各国埋头苦斗，等于把赚取高利润发大财的机会拱手送给了置身于欧洲之外的日本。“一战”期间，日本的对外贸易大大出超，金融实力得到显著增强，由于国内货币过剩，甚至还出现了通货膨胀现象。
日本有钱，也曾在“中日亲善”的旗号下，打算借钱给中国，但在拨出第一笔交通银行借款后不久，北京政局即因参战之争发生混乱，段祺瑞也避走天津。鉴于当时局势极不明朗，日本寺内内阁决定中止经济援华政策，同时标榜不干涉中国内政。外务省和时任日本驻华公使的林权助也持全然不干涉态度，作为段派成员的曹汝霖等人曾想策动林权助支持段祺瑞，但都未能达到目的。
西原的见解则完全相反。经过几次访华，他对段祺瑞非常看重，认为段一定可以继袁世凯之后掌握中国的政权，即便暂时被免职，也不妨碍其日后东山再起。为此，他再次向寺内提出要前往中国援助段祺瑞。
寺内很信任西原，可他还是认为此行要冒许多风险，所以未同意西原的主张。西原是个极有个性的日本人，就算是老板不答应，只要他认为应该做的事，照做不误。其间他曾四度来华对段祺瑞表示支持，与以往实质上受寺内指派不同，这四次来华完全是西原自作主张的个人行动，而非官方意见。
直到张勋复辟，寺内内阁对公开援段仍感踌躇。后来见讨逆军兵临北京城下，张勋大势已去，寺内才同意帮助段祺瑞平定复辟之乱。
复辟既平，段祺瑞也在为新政府的外交政策定调。这时，曹汝霖提出了一个新见解。他认为，“远交近攻”是强国才能采取的策略，中国只是一个弱国，作为弱国，既不适宜于“远交近攻”，也不能单纯地“一律看待”，而只能采取“近交”、“善邻”的政策，说白了，也就是必须采取亲日政策。
曹汝霖的这一见解，博得了段祺瑞的赞赏。他在送此前一直在天津活动的西原回国时，特地请西原向寺内转达自己的意向：“中国的政局几经变化后，我再度出任总理。将来一切施政，当按预定方针进行。”
得到西原带回的这一重要讯息，寺内内阁做出决定：“对段内阁给予相当友好的援助。”至此，日本政府终于明确了全力援段的政策。
攻湘
虽然顺利完成了重新出山前未完成的两件大事，但段祺瑞也面临着入主中枢以来从未遇到过的一件棘手难题，这就是南方势力的挑战。
张勋复辟前，强迫黎元洪解散了国会，失去饭碗的国民党议员们即纷纷南下，以孙中山为中心发起护法运动。
孙氏“护法”，固然有捍卫民国、维护约法的政治追求，但亦有争夺中央控制权的实际考虑。他的直接诉求是要求北京政府恢复“旧国会”（即被解散的这届国会），因为“旧国会”中国民党议员占绝对优势，控制国会也就控制了中央控制权中的相当一部分。
孙中山有政治声望和影响力，也有国民党作为政治支撑，但自“二次革命”失败后，国民党就失去了自己的武装，必须依赖于西南军人。
这里所说的西南主要包括云南、贵州、四川、广东和广西五省，其中势力最大的是桂系陆荣廷和滇系唐继尧。从袁世凯时代开始，西南军人便与孙中山的国民党系、长江下游的冯国璋系互通声气，形成了一种或明或暗的盟友关系，借以增强本系在中央的分量。
在张勋复辟前后，西南各省一面参与“护法”，一面宣告独立，其目的无非是巩固和扩展自己的势力。应该指出的是，这些西南诸侯不仅反对张勋，也同样反对段祺瑞。当段祺瑞根据黎元洪的命令复任总理，准备举旗讨逆时，唐继尧曾通电反对，其逻辑是复辟乃段祺瑞一手酿成，岂可再安居总理之位。
复辟被平定后，根据唐继尧的这一逻辑，西南各省不仅仍然没有取消独立，而且指段为复辟的罪魁祸首，要予以坚持反对和讨伐。段祺瑞早就看西南军人不顺眼，现在这帮人又要对他进行讨伐，并实际形成了南北分立的局面，他当然不肯示弱。
西南各省的地理位置都较为偏远，中央不宜用兵，这是连袁世凯当政时期都难以解决的一大难题。段祺瑞在总结袁世凯的一些策略办法的基础上，制订全盘的战略计划，即“入川以进攻云贵，攻湘以占有两广”，也就是以四川、湖南为枢纽，逐步削平西南诸侯。
围绕入川，段幕设计了一个周密的方案，即利用川、黔、滇三方面的矛盾，先使其互斗，再寻机取而代之。1917年8月初，川、黔、滇三军果然发生大混战，段祺瑞立即任命吴光新为长江上游总司令兼四川查办使，率六个旅入川查办四川问题，其目的是首先督促川军驱逐滇黔军，然后再拿下四川和控制滇黔。
与“入川”相比，“攻湘”更为困难和复杂。湖南省长兼督军谭延闿本倾向于西南，对北京政府只是表面敷衍。段祺瑞就以吴光新代之，但谭延闿在湖南甚得民望，湖南人以“湘人治湘”为口号，反对北方势力侵入湖南。
针对这一情势，段祺瑞采取了一个将计就计的办法，他决定派湖南籍的傅良佐去湖南，这样既可以堵住湖南人的嘴，又可以执行自己的计划。
可是段祺瑞的提议却遭到了冯国璋的极力反对。
冯国璋刚来京时，曾经很大度地说现政府既实行责任内阁制，那么他作为总统就应该“人事不参加”。比如陆军次长出缺，幕僚们建议让师景云干一下，他们对冯国璋说：“岚峰（师景云的字）伺候您这么多年了，现在陆军次长出了缺，是否可以提拔他一下？”
师景云乃冯幕首席，深得冯国璋的信任，其地位相当于徐树铮之于段祺瑞，但是冯国璋听后不同意，他对其中的一个幕僚说：“岚峰要去，我看还不如你去。可是我觉得你也不去的好，内阁里，咱们还是不加入为是。”
如果冯国璋能够始终如一地不过问人事和其他政府要务，冯段之间自然就不会有什么不同意见，然而事实上他却做不到这一点。
冯国璋后来追述他在北京当总统的这段经历时，曾经说：“以我老大哥的地位，以段向来对我唯命是听的那样态度，为了北洋的大局，当时我认为，我是可以说服段，做到府院合作的。”
其实仅此一句话，就足以说明冯国璋和他的前任一样，绝不甘心于只做一个责任内阁制下的“盖印总统”。
爆发
冯国璋就任总统不久，就提议要按照袁世凯设置陆海军大元帅统率办事处的成例，在总统府成立一个“统率办公处”，以王士珍为处长。
段祺瑞一听马上意识到自己的军权有被分割的危险：王士珍身兼参谋总长，一旦府院遇到不同意见，冯国璋和府方就可以坐拥三分之二的多数。
得知段祺瑞不同意设立“统率办公处”，冯国璋又提议在总统府内设立“参陆办公处”，由参谋总长王士珍和兼有陆军总长职务的段祺瑞共同负责。他还托人带话给段祺瑞说：“请芝泉无须多心，总统作为军队的统帅，对军事不闻不问毕竟是失职嘛。”
段祺瑞闻言不便再拒绝，终于同意设立这样一个组织，但又坚持“参陆办公处”必须附在责任内阁里面才算合法。他这一手的高明之处在于，不仅使得冯国璋实际无法分享国务院的军权，而且还把参谋本部变成了国务院的附属机构，从而最大程度地限制了冯国璋联王抑段的可能性。
这些情况被一些老北洋人看在眼里，令他们早早就看到今后的府院关系存在某种隐忧。时任黑龙江省督军鲍贵卿在小站练兵时期即为管带，他在进京谒见冯国璋后，特地去秘书厅找恽宝惠攀谈。二人先谈了一会黎段相争的情况，接着鲍贵卿便说：“他们老兄弟俩（指冯段）这还有什么说的，当然不会再闹像以前的那些个事……”
说到这里，鲍贵卿欲言又止，随后才用沉重的语调继续说道：“不过，他们老二位的性情各有不同。我和他们相处多年，可以说是相知有素了，希望你和远伯（张志潭的字）设法给他们从中调和弥缝，使得他们不至于闹出任何意见来，那就最好了！”
恽宝惠把这些话分别告诉了冯国璋和张志潭，张志潭又转告段祺瑞。大家都觉得鲍贵卿语重心长，意见很好，也都在口头上表示要引以为戒。无奈这世上的事，往往是你越怕什么就越会来什么——在度过短暂的蜜月期后，府院终于还是又回到了拢不到一块儿的状态，第二次府院之争很快就在傅良佐督湘这个问题上集中爆发出来。
冯国璋虽为北洋大将，但很早就与西南军人有密切联系。唐继尧曾是冯国璋的学生，早在冯住北京的时候，他和李烈钧从南方来京，即留住于冯宅。后来冯国璋到南京，又通过梁启超的关系，和陆荣廷、唐继尧建立了通信往来。那段时间，冯国璋、陆荣廷甚至还拜把子做了兄弟。
冯国璋能在地方上成为一大势力，连袁世凯在世时都不敢轻视，除了拥有地方兵权外，和西南军人的相互呼应也为其一大法宝。当年在袁世凯称帝时期，冯国璋领衔发出的“五将军密电”，更是几乎要了老袁的半条命。
西南军人反段拥冯，冯国璋和陆荣廷等人一直保持着秘密盟友关系。对西南军人完全不同的感情，决定了段冯在这方面的政见存在着根本分歧。概言之，段祺瑞主张武力统一，而冯国璋则力倡和平统一——虽然听上去都是要追求统一，但段祺瑞是真的要统一南北，冯国璋所谓的统一却只是个形式。退一步说，即便西南各省仍然保持独立或半独立的状态，可只要对冯国璋这个总统没有异议，他也可以容忍。
知道段祺瑞打湖南的主意，乃是为了动两广，冯国璋如何能够不予过问。他反对撤换谭延闿，其直接理由是谭延闿在湖南可以作为南北双方的桥梁，换了别人起不到这样的作用。
有一天，国务院秘书长张志潭循例来府盖印。在把需要盖印的命令一件件递给冯国璋的时候，他特地提到了傅良佐督湘的问题，并转述段祺瑞的意见：傅良佐是湖南人，又和湖南省内的军界人物有联系，所以由其督湘一定能够胜任。
冯国璋听后，一边把他已经看过的命令一件一件递给恽宝惠，一边对张志潭说：“恐怕不见得吧！你还是回去跟总理商量商量。”
冯段二人的年纪都比较大了，不像年轻时候那么喜欢到处走动。段祺瑞到总统府的次数不多，冯国璋也一样，就算他不认同段祺瑞的意见，都不肯去找段当面商谈解决，而是直接干脆地予以否决。
冯国璋无疑给段祺瑞出了道难题。傅良佐的父亲与段祺瑞是盟兄弟，傅良佐则是段祺瑞的学生，有着这两重关系，使得他对段祺瑞极为恭顺，见面总称段为“老伯”。同时，傅良佐不仅自日本士官学校读书起就成绩优良，而且本人还有很好的中文根底，写作俱佳，自然而然更得段祺瑞的赏识和提携。
世谊兼学生，亲信兼幕僚，允文允武，还正好是湖南人，人地相宜，段祺瑞就算是打破脑袋，也想不出再到哪里去找这样合适的人选。
可是冯国璋不同意怎么办？这时候段祺瑞想到了另一个人。
险途
傅良佐自日本留学归国后不久，曾作为借用人才，由袁世凯介绍给时任东三省总督的徐世昌。徐世昌发现傅良佐颇有文才，对他也很赏识，以后见其办事认真负责，又升了他的官。
因为有这段经历，段祺瑞便不对傅良佐直接任用，而是请徐世昌出头推荐。徐世昌的资历比段、冯都高，徐世昌亲自出面荐人，冯国璋没法驳他的面子，同时段祺瑞也免去了任用私人的嫌疑，可谓一举两得。
于是，张志潭在盖印的时候便又以徐世昌推荐的名义旧事重提，并且转达了段祺瑞让步后的新提议，即不让傅良佐兼任湖南省的军政长官，而是只专任督军。可是冯国璋仍然变着法地加以拒绝：“我原来是准备让谭延闿……”
段让步，冯寸步不让，照这样子，冯段真的有可能闹僵了，张志潭很着急，只得用眼睛示意一旁的总统府代理秘书长恽宝惠，意思是要恽宝惠帮他说几句话。
恽宝惠回看了张志潭一眼，忙紧扣着冯国璋的话说：“我们就是任命谭延闿为湖南督军，他也未必肯就。现在既是内阁提出傅良佐来，依我看也没有什么不可以吧！”
冯国璋一听，知道恽宝惠在调和气氛，加上碍于徐世昌的老面子，这才没有再说什么反对的意见，事情就这么定了下来。
傅良佐督湘的消息传出，同事朋友奔走相告，都来给他道喜。傅的好友陈文运闻讯也到傅家造访。
当陈文运赶到傅良佐家中时，贺客已经散去。见周围没有熟人，陈文运开门见山地对傅良佐说：“别人都来给你道喜，我却劝你别去。”
傅良佐听了很诧异，忙问为什么。陈文运说：“大家都知道你是段老师的学生，又是湖南人、日本留学生。你到湖南去，只许做好，不许做坏。”
陈文运给傅良佐分析了他此去所要面临的严峻形势：西南方面正在搞独立，湖南内部也不一致，情况如此复杂，非一般人所能应付。
除了这些，还有的东西陈文运不便明言，那就是傅良佐虽然办事认真负责，但办事的能力却不足，尤其缺乏应变之才。
民国建立后，傅良佐一度担任多伦镇守使，其间突然发生叛乱。尽管叛军离多伦还有二百多里地，但是傅良佐仍然手忙脚乱，慌成一团。因为发现傅良佐能力短绌，难以应付事变，后来袁世凯就将他内调到统率办事处去了。
在处理例行公事方面，不擅应变的傅良佐倒能够应付自如，这才使得他能够成为段幕中的重要角色，直至升为陆军部次长——当然有时也会露出马脚，比如由他做主策划的“公民团请愿事件”，就几乎把段祺瑞推入绝境。
同为段幕中的重要角色，徐树铮、傅良佐都是段公馆的常客。徐树铮脾气大，又好挑毛病，见着谁都是恶狼恶虎似的，家人们只要一看到他，便都躲得远远的。可是另一方面，众人又都不得不佩服徐树铮确实是个人尖儿，经常说的一句话是：“这是人家有才。你想，老头子能不喜欢吗？”
与徐树铮的“有才”相比，傅良佐差远了。可为什么“老头子”不但看不出来，还要委以重任呢？段府家人私下的解释别出心裁：靠打牌。
徐树铮到段公馆不谈私事，只谈公事，而且三言两语，从不耽搁。同时他也很少参加公馆的宴会，不陪老段打牌，来来去去，总是一副公事公办的严肃面孔。傅良佐则不同，他常陪老段打牌，双方一个“老伯”一个“世侄”地叫，就跟一家人一样。
听说傅良佐被派去督湘，段府家人就在背后偷偷地议论：“傅良佐打牌打出来一个督军。”
段祺瑞当然不至于糊涂到靠打牌选督军，但段府家人的意见也不能说没有一点道理，他们虽说不懂政治，可是来来往往的能人见得多了，反而更能鉴别出谁是真厉害，谁只是银样镴枪头。
陈文运深知傅良佐不是做湖南督军的材料，弄得不好，下场会很惨，为此他诚恳地向好友发出忠告：“我看你还是不去湖南为妙，不如继续在北京做你的次长吧！”
傅良佐听了之后眉头微微一皱，似乎思索了一下，可是很快就答复道：“总统已经有明令了，我哪能不去呢？”
陈文运见他官兴正浓，也不便深谈下去，更不能再说你不是那块材料之类的话，只好说：“咱们交情很厚，我不得不说，请你考虑考虑吧。”
傅良佐表面上连连称谢，感谢好朋友直言相告，但陈文运还是看出他内心有怪自己多管闲事的意思。
话不投机，陈文运匆匆告辞而去，傅良佐也就此踏上了一条他本不能胜任的险途。
隔阂
不出陈文运所料，傅良佐督湘的明令一发表，立即招致湖南和西南各省的反对。他们认为傅良佐虽然是湘籍，但自幼便随父随宦在外，无论过去的出生之地，还是现在的做事方式，都只能被归入北人之列，不符合“湘人治湘”的要求。
陆荣廷出面给冯国璋发来一份电报，要求收回成命，并主张划湖南为南北军的缓冲地带，继续维持湖南现状。
冯国璋由于已同意段祺瑞派傅良佐督湘，故而难以作答，只得把陆荣廷的这份电报交给段祺瑞。段祺瑞以国务院名义答复陆荣廷，把更换湘督说成是“为事择人”，拒绝了对方的要求。
1917年8月下旬，傅良佐以“衣锦归乡”的姿态，辞别段冯，离京前往湖南就职。
段祺瑞在发表任命时，曾表示傅良佐虽督湘，但不带北军入湘。可是面对各界如此强烈的反对，如果真的让傅良佐一个光杆司令入湘，段祺瑞自己也不放心，为此他在傅良佐赴任的同时，就派了两个师的北洋军开往湖南。
谭延闿内心不是不想抵抗，但原本答应援湘的桂滇军还没行动，北军已经大兵压境。至于湘军，只有两个装备较差的师，而且谭延闿还只能控制其中的半数，自然无法抵御北军。
在此情况下，谭延闿只得放弃抵抗。有人问他是否愿意留任省长，谭延闿说：“当惯了婆婆，如何能做媳妇？”
傅良佐到长沙后，谭延闿一俟办完交接手续，马上借口回籍省亲，离开长沙到上海去了。
谭延闿绝非俗辈，当年曾与谭嗣同等人并称为“湖湘三公子”。离职之前，他在与西南各省加强联络的同时，派原零陵镇守使望云亭赴京迎接傅良佐，望云亭的职务则由刘建藩署理。
谭延闿的举动表面看上去似乎是对北京政府的服从，其实暗藏机锋——望云亭是段祺瑞留在湖南的一个内线，把他调走乃为调虎离山之计；继任的刘建藩参加过“二次革命”，让他镇守零陵，无异于埋下了一颗反对傅良佐的定时炸弹。
傅良佐在就职的第四天也发现了谭延闿所布的这着棋，于是下令撤换刘建藩。刘建藩早有准备，不仅拒绝从命，而且通电全国，宣布独立。
消息传到长沙，傅良佐立刻慌了手脚，一面宣布长沙戒严，一面派兵前往讨伐。不料派去的本省军队全是软脚蟹，没几下就纷纷溃败。
傅良佐再命随其南下的那两个北洋师出战。北洋军久经沙场，炮火又相当猛烈，非刘建藩等所指挥的湘南军队所能抵御。在湖南地方的屡次请求下，10月中旬，西南方面组织湘、粤、桂联军，分路向北洋军发起反攻，湖南问题迅速演变为南北战争。
与南北战争相伴随的，是第二次府院之争的正式浮出水面。自傅良佐督湘事件以后，冯段就产生了隔阂，而且从此一天天地加深。
段冯本来当面接触的机会就不多，这时候越发少了。难得有一次，冯国璋突然打电话给段祺瑞，请他到府里来谈谈。段祺瑞接了电话说：“一定是四哥想打麻将了！”说完便高高兴兴地带了两百元现钞赶去总统府。
段祺瑞喜欢打麻将，但一般都在晚上下班之后。这次他上班也要打麻将当然不是纯粹为了玩，而是希望利用打麻将的机会重新加强二人的私人联系，冲淡彼此感情上的不愉快。
可是冯国璋在和他谈完公事之后，却并没有谈到打麻将的话。段祺瑞也不便提出，只得乘兴而去，败兴而归。
冯国璋本人其实不爱打麻将了，他也知道段祺瑞的癖好，但就是不肯迎合对方打上那么几圈。这也使得段祺瑞不能不怀疑“四哥”是在摆他的总统架子。
后来又有一次，段祺瑞主动去拜访冯国璋。当时恰巧府内有一处木桥坏了，段祺瑞的汽车无法通过。有了打麻将的尴尬经历，段祺瑞自然而然地认为冯国璋仍在故意摆阵势，不准备和他见面，于是当即就命令车夫掉转车头，愤然打道回府。
战而不宣
冯段之间越闹越僵，冯国璋也开始像他的前任黎元洪那样，频频对院方动用否决权。
刘建藩等人宣布独立后，段祺瑞以国务院的名义下令予以讨伐。可是命令送到总统府盖印时，冯国璋却以大事化小、小事化了为由拒绝盖印。
冯国璋不盖印，段祺瑞也没办法，结果湖南那边已经打得昏天黑地，这边北京政府的讨伐令仍未颁布，段内阁也因此被外界讥刺为“对外宣而不战，对内战而不宣”。
及至南北战争爆发，段内阁下令罢免以两广巡阅使陆荣廷为首的西南三军头，冯国璋又拒绝盖印，理由还是原来大事化小的那一套。
冯国璋闹起别扭，比黎元洪更麻烦，因为“泥菩萨”其实没有什么强硬资本，冯国璋却有着不小的本钱，这就是从北洋系中逐渐分化出来的直系。
北洋系形成于小站练兵时期，还在其发展扩张过程中，内部就因权力之争而初步形成派系，只是在袁世凯的统驭下，派系现象受到了压制。后来袁氏称帝，尽管北洋系中的相当一部分军人已不完全听命于袁，但仍不至于公开分裂。
北洋系的加速分化是从袁世凯暴毙以后开始的，最终形成了直皖两大系统——冯国璋出生于直隶省（今河北省），以他为首的北洋军人集团称为直系；段祺瑞出生于安徽省，以他为首的北洋军人集团便称为皖系。
当时的江苏督军李纯、江西督军陈光远、湖北督军王占元号称“长江三督”，三人皆为直系的骨干分子，他们在长江下游联成一气，成为冯国璋在京的有力后盾。
南方联军誓师出征的当天，“长江三督”就联合提出解决南北问题的四项意见，不仅主张停止湖南战争、撤换傅良佐，而且还要求改组内阁、整理皖系倪嗣冲等部。
“长江三督”的意见一发表，即遭到皖系的强烈反弹。一部分皖系激进派以硬对硬，甚至酝酿要发动政变，以对付站在幕后的冯国璋。从1917年10月下旬起，北京谣言四起，都说在京的北洋军人要软禁总统。
毕竟自己身处京城，这样的迹象和谣言不免令冯国璋感到害怕。他这才做出让步，勉强同意罢免广东督军陈炳焜，但仍将罢免陆荣廷等其他二人的命令留下不发。
罢免陆荣廷本是段内阁罢免令的重点，冯国璋却来了个避重就轻，段祺瑞对此很不满。他又重新拟令，将陆荣廷调职来京，并催促冯国璋盖印。
见段祺瑞紧盯不放，冯国璋只好将命令交印铸局盖印后予以发表。可是到了晚上，他又后悔做出了这一决定，派人把命令从印铸局追了回来。
第二天，段祺瑞未见到总统命令发表，一问才知道冯国璋居然将命令追了回去，不由大为光火，当即声色俱厉地对冯国璋进行质问：为什么讲好发表的命令还要变卦？总统岂能出尔反尔？
冯国璋被问得理屈词穷，哑口无言，待段祺瑞走后，就无可奈何地把命令重新送至印铸局。
此时南北两军正在湘南交战，北军略占优势，已先后攻下衡山等地；而在四川境内，川军刘存厚部也在段祺瑞的支持下，击败了入川的黔军、滇军。段祺瑞不断收到捷报，自认为拿下西南已指日可待，于是便决定接受梁启超的建议，援引“临时约法”中的有关条例成立临时参议院。
临时参议院为代立法机关，有权修改“国会组织法”及“两院议员选举法”，并根据新法召集新国会。冯国璋是旧国会选举出来的总统，如果是新国会进行选举，变数就增大了许多。
亲段势力本身也有要推倒冯国璋的意图，他们内部有两种意见，“政变倒冯”是其中之一，但段祺瑞并不同意这么做。除了“政变倒冯”，另一种意见就是“合法驱冯”，成立临时参议院无疑为“合法驱冯”提供了一条便捷之路，这让冯国璋大感威胁。
俗语说得好，狗急了就要跳墙。冯国璋在北洋三杰中又被喻为“狗”，在此内外交困之际，他也想到了一招。
幸灾乐祸
1917年11月14日，正在湖南指挥作战的两位北洋军师长王汝贤、范国璋突然在前线发出主张停战议和的通电，提出他们不愿为“政客利用”。通电发出的当天，二人即率部撤出战斗，由衡山向长沙方向退却。
王汝贤、范国璋是直隶人，其所部官兵也多出于直隶，他们虽没有正式归入直系，但和直系渊源很深，王、范平时也多看冯国璋脸色行事。二人做此惊人之举，当然不像通电中所说的那么简单，事实上，他们恰恰乐于被“政客利用”，只不过利用他们的“政客”不是段，而是冯罢了——秘密指使他们停战的，正是冯国璋的女婿陈之骥。
傅良佐是个缺乏应变能力的人，一看到前线通电便手足无措，当晚就和新任湖南省长携带印信，乘坐轮船一同仓皇逃出了长沙。在此之前，段祺瑞为了支持傅良佐督湘，还从山西调来商震一个混成旅赴湘作战。由于商震和王、范没有直接联络，傅良佐又不通知，所以导致晋军要撤的时候都撤不下来，最后近乎全军覆没。
王、范通电到京后，冯国璋表现得幸灾乐祸，连声说：“快快送院，快快送院。”别人问他：“湖南问题闹大了怎么办？”冯国璋没好气地答道：“我有什么办法？有责任内阁。”又有人问：“王汝贤、范国璋擅自通电停战，此风殊不可长，总统以为如何？”冯国璋仍然是那句话：“问责任内阁。”
这些话传到段祺瑞耳朵里，他气呼呼地说：“问我，我只有一个办法，辞职！”
段祺瑞说到做到，当即递上辞呈。第二天，他又发出了一份言辞痛切的电报，称为“铣电”。在“铣电”中，段祺瑞认为北洋系是如今中国的正统势力，无北洋即无中国，与此同时，他责备直系军人不顾大局，“启阋墙之争”，使西南“收渔人之利”，而西南却正好施离间计来破坏北洋团结，即“始以北方攻北方，继以南方攻北方，终至于灭国亡种而后快”。
对于“铣电”，冯国璋倒也没什么感觉，按他本意，最好是立马批准辞呈，让对方滚蛋了事。可就在段祺瑞发出“铣电”的当天，总统府的日籍军事顾问青木宣纯即奉命来访，转达寺内内阁的意向，说：“欧战在紧张进行，中国内阁不宜有所变更。”日本驻华公使林权助也警告说：“倘因中国内阁变动引起纠纷，日本难以坐视。”
即便在北洋系内部，冯国璋也面临着不小阻力。身处北洋元老地位的徐世昌就认为，“铣电”说的不是没有道理，段祺瑞于此时辞职，一定会引起北洋分裂，切不可行。
处于内外压力之下，冯国璋只得暂时放弃立即罢免段祺瑞的念头。他一面对段祺瑞进行再三挽留，一面装模作样地通电申斥王汝贤、范国璋，说这两个人“不顾羞耻”，把“军人面皮丧尽”。
段祺瑞随后收回辞呈，通电各省督军表示愿意继续任事。正当众人都以为府院之争已暂告平息时，在冯国璋的秘示下，“长江三督”又掀起更大风浪，他们联名要求撤兵停战，与西南方面和平解决问题，并声明愿做调停人。
“长江三督”的联名通电对段祺瑞的政治主张和威望造成了很大打击。为争取主动，段祺瑞立即下令免除傅良佐督军一职，其职务由王汝贤代行，所有长沙地方治安也均由王汝贤、范国璋完全负责。
王、范擅自在前线撤兵停战，不仅没有受到军纪国法的处分，反而还要加官晋爵，这在段祺瑞的带兵史上是从来没有过的，可是为了稳定湖南局势，他又不得不做出违心之举。
尽管如此，冯国璋还是没有要善罢甘休的意思。他除了趁机解除段祺瑞陆军总长的兼职，由王士珍继任其遗缺外，还要求严惩傅良佐。段祺瑞虽然有意袒护傅良佐，但在自己也深陷困境的情况下，也不敢公开包庇，只得同意将傅良佐交付军法会审。
不过段祺瑞随后又提出一项意见，指出傅良佐名义上是湖南督军，其实只是个光杆司令，军权操于王汝贤、范国璋之手——王、范公然发表通电主张议和，又擅自撤兵，傅良佐赤手空拳，焉能在长沙继续坐镇下去，除了逃走还能有什么办法？
段祺瑞的结论是，傅良佐擅离职守，固然应当惩办；但追根溯源，王、范应负更大的责任，必须彻底追究。
心照不宣
段祺瑞长年在政治场上摸爬滚打，岂是可以任人揉捏的。沿着他所提出的意见，就会涉及很多极为复杂的内幕。比如王、范通电议和究竟是自作主张还是奉有政府的命令？若是前者，王、范作为军人，在发电之前就应该知道后果有多严重，所以这种可能性并不大；若是后者，到底是谁代表政府下的命令？
负责傅案的人初步查了一下。段祺瑞是国务总理兼陆军总长，但国务院和陆军部可以断言没有下过命令，这样颁发命令的人就只可能是冯国璋了。
按照法律，一旦确证冯国璋曾向王、范下达过明令，那么不仅王、范可以不负责任，傅良佐也能够得以完全脱罪。退一步说，即便搜集不到冯下达明令的确切证据，作为总统，他最低限度也应该出席军事法庭作证。
不管是哪一种结果，对段祺瑞而言都是有利的。可真要彻查下去，伤及国家体面不说，在南北分裂的形势下，北京政府估计也存在不了几天了，所以不到万不得已，段祺瑞不会走到这一步，冯国璋更是避之唯恐不及。
冯段心照不宣，谁都不再提及军法会审傅良佐的事了。具体经办的人见状，自然也不敢继续深入。于是乎，这桩公案就遵循北京官僚圈子里的“潜规则”，先是雷声大，雨点小，“只听楼梯响，不见人下来”，接着就不了了之了。
段祺瑞罢免傅良佐，容忍王汝贤、范国璋，为的是让后面这二位能够将功折罪，卖把力气将南方联军逐出湖南。可是王、范自恃有冯国璋撑腰，对此并不领情，只是一味想与南军谈和；更有意思的是，南军对王、范的谈和请求也不领情，上来照旧是一顿猛揍。
王、范慌忙抵挡，但他们麾下的北洋军早就因谈和而失去了斗志，稍一开仗便纷纷溃散。王、范见势不妙，也只好双双逃走。不久，南军便长驱直入，控制了长沙。
面对被直系搅得一团乱麻的湖南局势，作为负全责的总理，段祺瑞自感责无旁贷。这天，国务院秘书长张志潭到总统府盖印，盖印的时候便转述段祺瑞的话，说段祺瑞深悔用人不当，准备“引咎辞职”。冯国璋听后，只是简简单单地回答了一个“噢”字，没有丝毫慰留的表示。
非但如此，过了三五天之后，张志潭又来盖印，冯国璋竟然问他：“总理还不辞职吗？”此语一出，连一旁的恽宝惠都感到总统问得实在有些冒昧。因为不管冯段之间有什么仇什么怨，段祺瑞毕竟还是一个责任内阁的总理，在总统还没有找到继任人选之前，怎么能够任由总理递交辞呈呢？
恽宝惠怕张志潭感到难堪，但从段祺瑞到张志潭，显然对冯国璋的态度都早有准备。当着冯国璋的面，张志潭表情严肃地回答道：“辞呈就上来！”
辞呈果然很快就送了过来。这时冯国璋才意识到段祺瑞的替代人选还空缺着，于是加紧物色。
他首先想到的新总理是职业外交家陆徵祥，为此亲自坐着汽车前去拜访，请陆徵祥出面组阁，但却遭到了拒绝。
接下来，冯国璋又请熊希龄和王士珍一同来府商谈组阁问题。熊希龄在袁世凯时代曾出任总理，可他也无心再续前缘，并且郑重声明：“我是决不做冯妇的！”王士珍跟着开了句玩笑：“你不做冯妇，我倒可以做冯道！”
熊希龄马上笑容满面地说：“聘老（王士珍字聘卿）既然愿意做冯道，这件事还不好办吗？”
王士珍发现对方误会了自己的意思，急忙微笑着一再向熊拱手作揖，表示只是玩笑话，没有做总理的打算。
此后，冯国璋单独对王士珍进行劝说，请他顾念多年交情，勉强出面组阁。王士珍则说自己和段祺瑞也是几十年的交情，怎好卖友？
不管冯国璋如何苦口婆心，王士珍始终予以婉拒。事实上，为了顾及和段祺瑞的那“几十年的交情”，他甚至连陆军总长一职也称病不肯就任。
一圈人问过来，最后冯国璋找到了外交总长汪大燮。汪大燮正在生病，也不太愿意跳此火坑，为了摆脱冯国璋的苦求，他便在病榻上提出了一个就任条件：只做几天总理，只签署两个公文。
汪大燮以为这样古怪无比的条件会令对方死心，未料冯国璋一口答应下来。
冯国璋的这些情况都传到了国务院。看到“四哥”逐走自己的心情竟然比原来的黎元洪还要急切，段祺瑞的脸上无论如何都挂不住了。他马上赶到总统府面请辞职，冯国璋又假意请他荐贤。段祺瑞推荐的也是汪大燮，并表示愿意亲往劝驾。
1917年11月22日，冯国璋下令准予段祺瑞辞职，派汪大燮代理国务总理。
操盘手
汪大燮只肯做一个星期的过渡总理，在这一个星期里天天催请冯国璋发表继任人选。
冯国璋不能自食其言，只好再请王士珍出来相助。王士珍还是不肯，但答应帮他物色人选，问题是王士珍所物色的人选都是冯曾经请过的人，自然依旧是竹篮打水一场空。
冯国璋急了，对王士珍说：“总理问题且先放下，请看我的老面子，先就任陆军总长吧！”
王士珍一听这话，就像要杀了他似的，头摇得更厉害了。
已经辞职的段祺瑞得知情况后，为免冯国璋下不了台，遂登门拜访王士珍，请他以北洋团体为重，先就任陆军总长。王士珍不肯就职，担心的就是老段有想法，现在老段已经表了态，他也就答应先到陆军部看几天大门再说。
冯国璋这边趁热打铁，把王士珍单独请到家里，要他以陆军总长的名义兼署国务总理，并且对他说：“老聘（冯国璋对王士珍的爱称），你还能看我的笑话吗？”
王士珍见冯国璋实在没有别的人好请，也只好勉为其难地应承下来。
王士珍兼署国务总理后，府院倒是异常和谐，因为主意全是冯国璋拿，他说要和平统一就和平统一，要交好西南就交好西南。唯一一次闹得不愉快，是冯国璋派人去联系陆荣廷，可是又让国务院负责报销这笔“交际费”。
王士珍认为冯国璋太过吝啬，为此难得地大光其火，说：“这件事（指出任总理）还不为的是他，我又不贪图什么！我一天到晚狗颠屁股垂儿似的，我为的是谁？这一点钱，他还不往外拿？”
后来有人提醒说盐务署有一笔按月送来的机密费，可以用于报销，王士珍也就不再和冯国璋计较了。
王士珍如此迁就冯国璋，是抱定了给老朋友帮忙的态度，但冯国璋的逐段之举却大大惹恼了另一个老朋友的部下，这个人就是徐树铮。
徐树铮一生死忠于段祺瑞，段祺瑞辞去国务总理，他马上也跟着辞去了陆军次长一职，之后便成为皖系在幕后行动的主要操盘手。
日本政府因在华利益与段内阁息息相关，所以对段祺瑞辞职一事极为关切。日方代表特地询问徐树铮：为什么段辞职，各省没有进行挽留？
如果照实说，寺内内阁和西原很可能会对段的实力感到疑虑，进而放弃对他的援助。徐树铮回答得很巧妙：“这是以退为进。”
日方疑虑顿消，并表示寺内内阁对华方针不变，仍认定段祺瑞、徐世昌“为中国政局之中心，遇事力尽友谊援助”。为此，日本政府停止或减少了对西南军事力量和其他势力的援助，集中财力、物力，对段祺瑞及其皖系予以全力支持。
实际上，徐树铮对“各省没有进行挽留”的真实原因非常清楚。冯国璋、王士珍、段祺瑞同被称为“北洋三杰”，王士珍的政治倾向基本上与冯国璋一致，也就是说，三杰里面有两个人主张“和平”，只有段祺瑞一个人要求使用“武力”，再加上傅良佐事件和“长江三督”的影响，这才导致各省督军无法在拥段上形成一致的步调。
总结前一阶段的得失，显然段祺瑞在声誉和威望上已经失分不少。徐树铮接下来采取的做法，和现代社会中西方政客们竞选期间的伎俩相仿，那就是开动舆论机器，不遗余力地对段的竞争对手进行攻击和丑化，以期把对方的形象分打压下去，至少不能居于段之上。
徐树铮在北京城内和各省安插了许多眼线，随时收集掌握冯、王的言论行动，同时集合段派的谋臣策士，如曾毓隽、叶恭绰等人，在天津租界里终日开会，针对这些言论行动展开攻击。
虽然民国报界并非娱乐至死，但花边新闻同样为当时的读者所喜闻乐见，政客们若运用得当，其火力和杀伤力甚至远超正规的社论报道。徐树铮便经常亲自操刀，写一些这样的东西，然后在报纸上发表。
在“徐氏花边”中，王士珍被指为“认贼作父”，里面抖的自然都是他忠于清室以及与张勋复辟有染的料。这还不算猛的，相比之下，最让人喷饭的是“总统卖鱼”。
反击
冯国璋爱财，乃是北京政治圈内众所周知的一件事。据说他有一次饭后散步，看到中南海的池塘里养着很多漂亮的鱼，就问随从：“这都是些什么鱼啊？”
随从回答说什么鱼都有，最近放进去的是袁世凯执政时期，由河南进贡的黄河大鲤鱼。这些鱼全部为珍稀品种，最令人称奇的是，自明朝嘉靖年间开始，明清两代的帝王后妃搞放生活动，被放生的鱼的鱼鳍上都拴有作为标志的金牌、银牌或铜环。
冯国璋听了不由脱口而出：“嗯，不错，把这些鱼卖了肯定能得不少钱吧！”
随从以为他只是开玩笑。不料这位总统真的动了卖鱼的念头，过后即开价十万出卖中南海的捕捞权，最后以八万元成交。一时间，北京的饭馆里都开始出现并竞卖“总统鱼”。
徐树铮将“认贼作父”、“总统卖鱼”等直接作为文章标题，并放大成头号字在报上刊登，在吸引读者眼球的同时，对冯、王的声誉进行极力贬损。
除了冯国璋、王士珍，被徐树铮列入黑名单的还有“长江三督”中的江苏督军李纯，因其对冯国璋跟得最紧，“和平统一”的调子也唱得最高最响。
徐树铮在报纸上把李纯骂得狗血喷头，甚至说李纯是北洋的叛徒。有一次李纯要召集各省议会代表到南京开会，以“协商和平”，徐树铮便让京师警察厅具呈，以违法为由请求取缔，同时通知各省督军不许参议会派代表前往参加。
在报上损人固然带劲，但更有效的显然还是让北洋军人们直接站队发言。北洋以杂牌居多，皖系或亲皖军人又主要集中于杂牌，如安徽督军倪嗣冲、浙江督军杨善德等。这些杂牌督军早已响应段的号召主战，可是他们在实力和声势上仍远不及那些嫡系将领。
当时的北洋嫡系部队一共有六个师，这六个师实际都是由清末的北洋六镇演化而来。第一师原为“京旗镇”，驻于北京，既然段已下台，当然就指望不上了。第二、第四、第六师的师长即“长江三督”，徐树铮判断第四师师长陈光远、第六师师长李纯都是铁杆直系，无法拉拢，只有第二师师长王占元因身在湖北，如果被南军逼紧了，出于自身利益考虑，倒还可能转过头来跟皖系一道主战。
剩下来的两个师中，第六师师长曹锟身兼直隶督军，本身属于直系，不过徐树铮认为可以拉也应该拉。原因是曹锟与皖系也一直保持着良好关系，号称直、皖二系的两栖督军。另一方面，第六师近在直隶，兵力又最多，可以随时威胁中央。若把这部分力量用上，让他们到前线去攻城略地，胜了，皖系沾光；败了，反正不是皖系的嫡系部队，对皖系而言，也不至于伤筋动骨。
为了拉住曹锟，徐树铮亲自跑到天津对其进行游说。他先对曹锟许诺，说明只要曹锟肯站在主战派一方，不久召集新国会时，一定想办法捧他为副总统。接着又举反证，指出如果曹锟想站到主和派一边，则不会再有出风头的运气，因为“长江三督”以李纯为首，早就在主和上拔了头筹。如果南北和平真的实现，李纯的政治地位必然提高，而曹锟却必然一无所得。
曹锟听后大为动心，于是立即单独发表“马电”，主张以南军首先退出长沙作为南北议和的条件。
六个师中的第五师师长张怀芝驻于山东，虽然该师战斗力并不强，但是资格老，而且听从段祺瑞，让他跟着走没有问题。
1917年12月2日，在曹锟和张怀芝的主持下，全国七省三区的督军和都统代表在天津举行督军团会议。这次会议除“长江三督”未派人到会外，几乎囊括了北洋系所能控制的各个省区，其规模和声势之大，不亚于过去的徐州会议。
天津会议是主战派的大联合，也是皖系对冯国璋和“长江三督”的一次有力反击，而冯国璋在这种反击面前又几乎找不到什么抵御的借口——说好要“和平统一”，可是南军却仍旧没有要与北军立即实现“和平”的迹象，不仅湖南方面的南军已攻至岳州附近，而且入川的滇黔军也攻克了重庆，吴光新已被迫弃城东下。
冯国璋曾责成李纯与陆荣廷接洽，主张南北军在湖南先行停战。陆荣廷倒是答应了，但南方联军中的湘桂军还想夺回岳州。岳州为湘北门户，驻守岳州的北军又属湖北督军王占元的部队，王占元当然也不肯轻舍。
冯国璋派人携自己的亲笔信到天津，要求天津会议本着“有备无患，先礼后兵”的精神进行，然而主战派已在会上占据绝对优势，一致要求组织强大兵力讨伐南方。
冯国璋被南军和主战派夹在中间，真是苦不堪言，有一次忍不住对女婿陈之骥说：“瞧瞧我都被他们弄到这个地步了，想想黎黄陂（黎元洪），也真难为他了！”
不是总理的总理
出于形势所迫，冯国璋只得把段祺瑞和王士珍一并请到总统府商议解决办法。段祺瑞表示除下讨伐令外，别无他法，这本在冯国璋的意料之中。他找王士珍前来，就是想一道说服段祺瑞，以抵制天津会议的压力，可是没想到王士珍也变得一筹莫展，乃至说出了“如须作战，不如请芝泉（段祺瑞）出来主持为好”这样令他大失所望的话。
这时不仅国内形势波诡云谲，国外的“一战”也出现了变数。眼看德、奥将败，原在东线与德国作战的俄国突然爆发革命，新生的苏维埃政权与德国单独媾和，退出了“一战”。这不仅意味着德国减除了来自东线的威胁，而且当时还有一种猜测认为，它很可能会从苏俄那里得到援助和支持。
如此一来，对于协约国方面还能不能取胜，北京政府内部又产生了新的争论，有人认为参战乃失策之举，身为总统的冯国璋也有些胆战心惊。
为了应付可能发生的与苏俄的大规模战争，冯国璋决定设立参战督办处，并打算由段祺瑞负责。当征询段祺瑞的意见时，段祺瑞未有任何犹豫或为难之色。他先是让冯国璋坚定信心：“俄国虽然撤兵回家革命，但参加协约国的已经有十九个国家，德势已孤，寡不敌众，结果必败。”接着又慨然表示：“我决不推卸责任，总统不要怕，参战督战办令一下，我决不推让，立刻走马上任。”
1917年12月18日，冯国璋任命段祺瑞为参战督办，段芝贵为陆军总长。同一天，他还下达了一道手令，规定以后参战事务均交参战督办处理，不必呈送府院。
冯国璋的算盘打得很精明，他是要一箭双雕，一方面让段祺瑞去替他应付棘手的外战，另一方面又要把段的权力限制在对外问题上。可是最后实际上是弄巧成拙——参战督办并不隶属于内阁，段祺瑞的一切决定都可以直接发交有关各部办理，对内可以发号施令调动军队，对外则可以凭借这个机构直接取得外援。
冯国璋自己要搞的参战督办，结果却让段祺瑞重新掌握了国内的军政大权。段祺瑞虽然已辞去了本兼各职，但自此以后，凡国内重大事务特别是南北问题，他都要不断予以过问，成了不是总理的总理。
1918年1月中旬，正在陆军部任职的陈文远奉命到前线视察。此前冯国璋、王士珍已让谭延闿回任湖南督军兼省长，希望谭能够收拾残局，阻止事态继续扩大，但谭延闿却无意回任，而湘桂联军更是乘胜追击，不肯罢手。
陈文远到湖北时，湘桂联军距岳州已只有几十里路。为了解前线的真实情况，他冒着危险亲自去了一趟岳州。可是下火车后，什么人也找不到，于是陈文远只好在城内草草巡视了一番，结果发现驻城部队虽然不少，可大多为从前线溃退下来的部队，其中既有王汝贤、范国璋的残部，也有山西商震的一部分败兵。这些残兵败将无一例外地都无精打采、狼狈万状。
陈文远不敢在岳州逗留，连忙又乘车返回武昌。一见到湖北督军王占元，他就直言相告：“我看前方军事危急得很，而且士气颓丧，岳州恐怕也难久守。岳州一丢，（北军）在湖南就站不住了，战事立刻会扩展到湖北省来。你还不赶紧想办法吗？”
王占元皱着眉头对陈文远说：“我有什么办法呢？我的力量单薄得很，要想守住湖北都不容易。”
见王占元尚未完全认识到事态的严重性，陈文远想了一下说：“我在岳州匆匆看了一下，人心已经慌乱到了极点，地方上经过这场战事，真是糜烂不堪了。我看再经过十年，也不容易恢复元气吧。”
王占元一听这才慌了，急忙请求和陈文远联合拍个电报到北京，申述地方危急的情形，请立即派队伍前来，以安定人心。
王占元虽为“长江三督”之一，但正如徐树铮所分析的那样，火如果烧到他的家门口，就不可能再装腔作势地“主和”了。王占元的请求正中陈文远下怀，他当即表示同意，并立刻拟了一份电稿，让人发往北京。
葫芦里到底要卖什么药
陈文远在湖北也没有再停留，随即就动身回京。一下车，顾不得回家休息，就先到总统府，把所见到的情况和与王占元的谈话内容向冯国璋进行了详细汇报。他结合所见所闻，极力强调湖南乃南北之枢纽，现在南军即将完全占领湖南，而湖北也岌岌可危，如果政府再不出兵，将来形势恐怕很难乐观。
冯国璋已经看过电报内容，见连王占元都要求派兵，自然不能再重复“先礼后兵”之类的托词。只见他无奈地摇了摇头，说：“我本来一向主张和平，不愿国内再见战事，免得生灵涂炭，但南方既然坚持用兵，那也就说不得了，只好用武力周旋周旋。”
冯国璋让陈文远去找段祺瑞：“请他从速布置军事行动吧。你告诉他，就说我说的，马上准备派军队到湖南去。”
陈文远立刻赶到段公馆，向段祺瑞转达了冯国璋的意见。段祺瑞听后说：“早就应该如此。国家不用武力统一，各省都不听命中央，那还成什么国家！”
段祺瑞以为冯国璋已下定了对南方用兵的决心，但总统府依旧未能出台“讨伐令”。冯国璋如此犹豫不决，是因为他知道南北全面战争一旦重开，直、桂两系的联盟势必要被打破，而他的政治影响力也将大大降低。
几天之后，岳州被湘军占领，北军全部撤离湖南省境。消息传来，北京政府大为震惊，冯国璋也更加心慌意乱。情急之下，他向徐世昌求教，徐世昌便出主意让他主动邀请段祺瑞商议对策。
由于对冯国璋迟迟不肯下达“讨伐令”很不满意，在被冯国璋请到总统府后，段祺瑞只是冷冷地坐在那里，什么话也不说，问他意见，他也只说了句：“我没有什么好说的，该讲的都讲过了。”
冯国璋这时忽然站起身来，开始大骂南军，说南军欺人太甚，不把北洋派当回事，是可忍，孰不可忍之类，其态度之慷慨激烈，倒仿佛他一直“主战”，而在座的段祺瑞、徐世昌一直“主和”，并且已经挡了他主战的道路似的。
段、徐和冯国璋在北洋系里共事二十多年，从来也没见过对方这种样子，二人顿时被弄得莫名其妙。
骂完南军，冯国璋宣布：“为了团结和巩固北洋派，我决定亲自出征，不挫败南方的气焰决不罢休！”
理由很正当，但就和不明白他为什么要大骂南军一样，段、徐仍然不知道冯国璋今天的葫芦里到底要卖什么药——兵都还没出一个，大总统就先御驾亲征？
徐世昌滑头，来了个“未置可否”，只有段祺瑞很认真地劝冯国璋不必亲自出征，可是冯国璋态度固执，非要亲自出征不可。
接着，冯国璋又把王士珍内阁单独召至春耦斋，宣布要“南巡”，不过理由又与先前有所不同：“我这次到南方去，主要是为了征询南方他们几个人（即‘长江三督’）对于和、战问题的意见，往返最多不过七天。”
说完之后，他用眼神向众人扫视了一遍，意思是征询一下有没有什么不同意见。
自总理王士珍以下，大家起先都沉默地坐着，谁也没有什么表示。就这么沉默了一两分钟，内务总长钱能训才说了一句：“总统还是不要轻动为好。”
当时盛传徐树铮已和奉天的张作霖拉上关系，准备进兵北京，发动政变。钱能训担心，如果奉军真的进关“称兵犯阙”，冯国璋出京城容易，回来可就难了。
冯国璋似乎完全没有这些顾虑，他紧接着钱能训的话说道：“现在非我亲自走一趟不能解决。”
冯国璋的行动计划就这么定了下来。不过从他离京开始，“御驾亲征”的说法便不攻自破——前线在两湖，出征该走京汉线，但冯走的却是津浦线！
冯国璋在临行通电上为他的南下提供了另一种由头，所谓“南行巡阅”。可是他一路上行色匆匆，既未下车巡视，也没有检阅军队，所谓“南巡”被证明根本不是事实。
不是“亲征”，不是“南巡”，只剩下了他对内阁所说的理由，即征询“长江三督”的和、战意见。然而若认真推敲，这种话更是欺人之谈，因为谁都知道“长江三督”都是附和其意见的主和派，即便湖北督军王占元因面临自身地盘被夺的威胁，不得不向京城请兵，但基本政治倾向还是反对对西南用兵。
试问，大家本来就属于同一个阵营，冯国璋还有什么和、战问题需要向他们征询呢？
此路不通
有人说，冯国璋在出发之时，不仅专门挑选了一旅精兵护卫，还携带子弹两百余箱，辎重数十车。这一传言后来被证明不是事实，冯国璋南下，只带了一个姨太太和很少几个随行人员。
纵使轻装简从，但在冯国璋走后，连总统府的人都纷纷议论，说这次总统到了南京之后，如果看到北方情况对他不利，他就会暂时留在南京不回来了。
总统府的人站在冯国璋的角度，仅仅认为是主战派或奉军可能入关的压力，逼得冯只好逃离京城。段祺瑞分析后，则判断冯国璋不是逃离这么简单，他其实是在用“南巡”的手法，继续维护其主和政策，甚至于在脱离主战派的包围之后，还会宣布总统蒙难，并以南京为临时行辕，反过来联合南军对皖系进行讨伐。
段祺瑞赶紧密令安徽督军倪嗣冲予以阻止。冯国璋的专车还没到蚌埠，倪嗣冲就命令车站将信号旗落下，铁道岔开，使火车不得行进。等专车到达后，他又登车将冯国璋强劝下车，迎入自己的督署。
双方坐定，倪嗣冲问冯国璋为什么要南下。冯国璋回答说：“我离开南京已经半年，想念同人，要去慰劳他们，并与秀山（李纯的字）有事相商。”
对冯国璋的这番说辞，倪嗣冲早已有备：“我已打电话给秀山了。北京是国家首都，各国使节都住在那里，大总统不能离开北京，我劝大总统还是回去。”
冯国璋哪里肯听，执意要等李纯来接他，而李纯早就接到了冯国璋要来南京的电报，可是他打心底里其实也不希望冯国璋来南京。
李纯虽然向以冯国璋的忠实信徒自居，但如果冯国璋真的以大总统的身份长居南京，便无异于在他的旁边安上了一个什么事都要过问的“婆婆”。对他来说，由“媳妇”升“婆婆”比较容易接受，再由“婆婆”降为“媳妇”，那就太难熬了。
李纯遂以生病为托词，派自己的参谋长作为代表由南京赶到蚌埠，与倪嗣冲等人一道劝冯回京。
李纯方面都这么说，证明“此路不通”，冯国璋只得怅然北返。临登车时，他气得发牢骚说：“要论咱们北洋的资格，其实还轮不到我。谁叫你们当初把我拥戴出来呢？既然把我拥上了台，又都不听我的，叫我怎么办呢？”
倪嗣冲马上回敬道：“我们拥护你，是希望你给我们当家做主。现在你却一点担子也不肯担！”
倪嗣冲说这句话的时候已经是声色俱厉，态度很不礼貌。冯国璋下不来台，便又愤愤地说：“哼，项城（袁世凯）在世的时候，你们再也不敢这样。”
此话不说犹可，一说倪嗣冲更加气不打一处来。他是当年最忠于袁世凯的督军之一，也是首先上表称臣劝进的所谓“洪宪余孽”。就在袁世凯最后召开御前会议，徐世昌、段祺瑞都劝袁世凯急速取消帝制的时候，倪嗣冲还坚持说：“君主政体，中国行之数千年。何物小丑，敢以取消为要挟？臣誓死扫荡群丑而后已。”
冯国璋对袁世凯的背叛，恰恰就是导致袁世凯垮台的直接因素之一。今天冯国璋突然提起袁世凯，倪嗣冲被触及旧恨，顿时便朝对方开起了连珠炮：“袁大总统在时他能给大家做主。可是他要做皇帝，当年若不是你带头反对，他的皇帝早已上当了，何至于气死呢！话又说回来了，他要不死，大总统也轮不到你呀！”
冯国璋被数落得哑口无言，只得忍气吞声地回北京去了。他这一趟南下不仅没有成功，而且还搞得威信扫地，至此，只要他一出台倾向于和谈的政策便立即遭到官员们的反对。面对这一尴尬局面，连素以和事佬著称的国务总理王士珍也一筹莫展，不知如何是好。
无奈之下，冯国璋只能向段祺瑞和主战派做出全面妥协。1918年1月30日，他终于下达了他几个月来曾用各种方法加以回避的“讨伐令”。曹锟、张怀芝、张敬尧等奉令率部南下，对南军“痛予惩办”。