从袁世凯的思想基础和个人利益考虑，能够一直维持南北均势显然是最好的。一方面，在经历被迫“回籍养疴”的遭遇之后，他与清廷已没有多少情分可言，犯不着为这些曾迫害他、以后还可能会继续迫害他的满洲权贵们拼死拼活地捍卫江山。
另一方面，清廷之所以拿八抬大轿请他出山，讲穿了不过是被南方革命军逼着才不得不这么做。换句话说，一旦他真的傻乎乎地把革命军全给“剿”灭了，很可能接着就会迎来历代功臣都可能遇到的悲剧，即鸟尽弓藏，兔死狗烹，到时别说做内阁总理，就算再“回籍养疴”都没机会了。
如此一来，袁世凯所能采取的立场和策略也就很容易被理解了，即他既不能把革命军全部“剿”灭，同时又要给革命军以一定的打击。
对他的这些心思，段祺瑞心领神会，可是前线的冯国璋却一直糊里糊涂。冯国璋在“北洋三杰”中有两种比喻：一种比他为“豹”，喻其勇猛；另一种则比他为“狗”，喻其忠实。冯国璋是袁世凯一步步提拔起来的，他既是袁的部属也是袁的门生，甚至他的婚姻也跟段祺瑞一样，系由袁世凯撮合而成。对于袁，他自然很忠心，然而这并不妨碍他同样“忠于清”。
头脑里没有政治
每个人对事物乃至社会问题的看法，都可能和他的个人经历有关。冯国璋代理过正黄旗蒙古副都统兼陆军贵胄学堂总办，陆军贵胄学堂里曾设立了一个王公讲习班，摄政王载沣以下很多满洲亲贵都是这个讲习班的学员，在此期间，他们建立了较好的感情基础。以后载沣当国，对袁世凯及北洋系极力打压，唯独对冯国璋笼络有加。
冯国璋固然不肯背叛袁世凯，为此只好采取竭力回避的办法——先是以坠马受伤和原配夫人病丧为由，多次向朝廷请假。请假未准后，又来了个装聋作哑，假痴不癫，从此“钳口结舌，随声画诺，不复言天下事矣”。
冯国璋接替荫昌出任第一军总统，乃出于袁世凯的奏请。袁世凯当时就对他说：“非筹备周妥，计出万全，断难督师进攻。”那意思已经说得很明白了，就是你慢慢走，慢慢看，不要急着打革命军。
冯国璋对袁世凯这种挟敌自重、渔翁得利的复杂思路根本就不能领会。他只知道袁世凯复出后，两个忠现在可以归于一个忠，也就是忠于清了，他正好可以借此大展拳脚、建功立业。
早在离京南下之前，冯国璋就兴奋地对一位部下说：“这一来，咱的黄马褂算是穿上了，兴许后人还会世袭罔替哩。”一到湖北前线，他就铆着劲与革命军作战，甚至不惜纵火烧城。
看到冯国璋不能领会自己的意图，袁世凯很是不快，他对段祺瑞说：“华甫（冯国璋的字）这个人最大的毛病就是头脑里没有政治。”
为了不让冯国璋干扰其既定方针，袁世凯决定把段祺瑞调到汉口，并让他署理湖广总督，兼办剿抚事宜。
眼看着身处后方的同事突然变成了上司，自己在前线卖命却未得升迁，冯国璋心里自然不会痛快。尽管如此，他还是派参谋长张联棻代表自己北上迎接段祺瑞。
一见到张联棻，段祺瑞就问他：“你还想做清廷的官吗？”张联棻是北洋陆军学堂的毕业生，算是段祺瑞的学生。段祺瑞如此发问，让他不明所以，只好顺着对方的意思回答道：“我跟着老师走就是了。”
第二天，段祺瑞就让自己的参谋长给冯国璋打电话，要调一协的部队去后方维护治安。冯国璋不听则已，一听更加生气：你来我这儿到底是帮忙还是添乱？不增援就罢了，居然还抽我的兵！
他一个兵也没拨给段祺瑞。
其实段祺瑞的这个决定乃是袁世凯的主张。袁世凯调段祺瑞来汉口，为的就是要让冯、段一个唱白脸，一个唱红脸，抽去冯国璋的一协之兵，既可以名正言顺地减弱前线攻势，同时也能借此对冯国璋进行暗示。
在冯国璋拒绝抽兵后，袁世凯又通过朝廷发来电谕，直接命令他抽出一协给段祺瑞。
你有上策，我就有对策，牛脾气上来的冯国璋索性和张联棻商量了一个花招。首先，他们拍一份电报给朝廷，假装没有收到电谕，请求朝廷增兵前线，以用于进攻汉阳。接着，再发一封电报，说是刚刚收到电谕，尊重朝廷抽兵的安排，可是前线已经打了起来，战事吃紧，兵力单薄，一时难以抽调。
朝廷哪里知道里面的隐情，收到冯国璋的请示后，便同意暂时不再抽兵。冯国璋利用这一机会，在打退革命军对汉口的反攻后，就集中兵力进攻汉阳。
1911年11月27日下午，汉阳沦陷。因“收复”汉阳之功，冯国璋被朝廷封为“二等男爵”。当他在汉口的第一军司令部里奉到这一电旨时，心情异常激动，忍不住对自己的秘书说：“想不到我一个穷小子，现在封了爵啦！这实在是天恩高厚，我一定要给朝廷出力报效。”
冯国璋边说边流泪，等到话说完了，竟然大哭起来。
在这种亢奋情绪的支配下，冯国璋三番五次地给袁世凯发电报，说“时机万不可失”，又说“武昌唾手可得”，要求乘战胜余威，尽快给他下达攻克武昌的命令。
袁世凯怎么可能下这样的命令，他怕就怕冯国璋真的打下武昌。
汉阳失守之后，武昌方面人心惶惶，担任前线指挥的黄兴与黎元洪等人在战略战术上发生严重分歧，一气之下离开武昌返回了上海。这使得形势更加危急，黎元洪手足无措，对清廷和北洋军的态度也随之软了下来，甚至表示可以放弃共和，接受君主立宪。
对袁世凯而言，这正是他处心积虑想要达到的又一个利益平衡点，不过到了这一步也已经探底，不能再往前面去了。于是他急电冯国璋：“不接指示，不得轻举妄动。”与此同时，还警告冯国璋必须严格约束部下，决不能向武昌发动进攻。
“奸细”
为了让冯国璋这个榆木脑袋开窍，袁世凯除了一日连发七份电报外，又特地遣使火速赶往汉阳，继续对冯国璋进行暗示。
第一次派来的使节自己没有露面，只是暗中指使冯国璋的亲信向冯进言。这位亲信找不到其他不进攻的理由，就极言攻武昌之难，比如武昌倚长江之险，须有海军进行协助，但此时海军已经归附了南方政府。
冯国璋不以为然：“我打汉阳不是也没用着海军吗？不能从正面进攻，难道不可以从湘赣两省进兵，取迂回包围之势？”
亲信赶紧说，迂回包围不是不可以，可是用兵太多，而现在后方已没有多少可增援的部队了。即便能调一些过来，也旷日持久，不能像汉阳那样速战速决。
任亲信怎么强调困难重重，冯国璋仍然一门心思沉浸在扬名建功，为清室和袁世凯同时效力上——没有援军，我自个儿也扛得下来；援军来得晚，没事，我能等！
见旁敲侧击不顶用，第二次派来的使节只好直接去见冯国璋，当面劝他应“权衡轻重，量力而行”。冯国璋不但听不进去，还以当代文天祥、史可法自许，声称：“倘有不测，我当为国尽忠，以报天恩，他非所欲也。”
袁世凯第三次派遣的使节原本是去武昌的。此人名叫朱芾煌，系同盟会员，武昌起义爆发时正在日本东京，获悉起义的消息后才即刻回国。
在当时力主与南方和谈的袁府人物中，袁克定乃中坚分子。他与朱芾煌有旧，于是便派朱芾煌前去与黎元洪接洽和谈。
事情办完后，朱芾煌由武昌返回江北，不料却被哨兵当成“奸细”给抓了起来。冯国璋听完报告，对他的参谋长张联棻说：“交军法处正法得啦！”
冯国璋满脑子都是如何跟革命军打仗，如何直取武昌，对其他细节漠不关心。张联棻则注意到朱芾煌手上还拿着“直隶总督袁”所填发的护照，这种护照四边周围印着很多龙，故称龙票。
虽然一时难辨龙票的真伪，但张联棻认定其中必有缘故，于是回答冯国璋：“这件事且慢来。他既然拿着袁宫保（袁世凯）发给的龙票，还是问一问的好。”
冯国璋觉得张联棻言之有理，便亲自对朱芾煌进行审问。不料朱芾煌一看到他就说：“宫保叫你班师回京。”
冯国璋感到十分突然，忙问道：“有命令吗？”
“宫保大人叫我口头传达。”
见事情如此蹊跷，冯国璋只得出面发电报给袁世凯，问朱芾煌所言是否属实，以及请示究竟该如何办理。
袁世凯看了电报不由暗暗叫苦。他不能明言朱芾煌所说皆实，就在回电中说：“此人不是好人，专门在外破坏我们弟兄的名誉，请你按军法处理。”
可在电报末尾，他又加了一句看似莫名其妙的话：“克定（袁克定）不在北京，此事也可以问一问克定。”
冯国璋虽然迟钝，人却也不傻，一看后面这句就知道别有隐情。他依言再给尚在彰德的袁克定发报，很快就得到了袁克定的回电：“朱（朱芾煌）就是我，我就是朱，你们要是加害朱，我就到汉口与你们拼命。”
发完电报，袁克定犹恐不妥，又写了一封亲笔信给冯国璋，说：“朱君生还，如弟之脱死也。”
朱芾煌终于得以虎口逃生。通过这件事，冯国璋也总算了解到袁世凯暗地里在和南方议和，其真意是“不打”，自此以后就不敢再给袁世凯频发电报催着进军武昌了。
手下将领们跟冯国璋原先的想法一样，都认为武昌唾手可得，恨不得立刻过江“穿黄马褂”。现在发现冯国璋突然不起劲了，他们不知何故，纷纷跑来司令部请战。大家讲着讲着，就在司令部里吵闹起来，其中尤以标统张敬尧吵得最凶。
冯国璋心里本就窝着一团无名之火，见状不由大怒。他一把将桌案推翻，正告诸将：“如再抗违，决以军法从事。”张敬尧等人至此才不得不有所收敛。
尽管冯国璋已没有那么冲动，对手下也进行了约束，可他其实并没有真正想通，对已经形成的南北议和局面也反应冷淡，以至于当袁世凯再派代表试探他“革命军一旦反攻过来，你将如何办”时，他的回答居然还是“只有忠心报国，不知有他”。
袁世凯再也忍受不了了，他下令将冯国璋召回北京，任命他为禁卫军总统官。冯国璋被调走后，湖广总督段祺瑞同时兼任第一、第二两军军统，掌握了湖北前线的全部军事指挥权。
儒将之风
段祺瑞之所以能够顶替冯国璋，成为袁世凯走马换将的最适当人选，自然是因为他在和与战、共和与君主立宪等问题的看法上与冯国璋有着很大的区别。
段祺瑞不仅缺乏“忠于清”的牢固思想基础，在北洋系遭遇整肃的那段黑暗时期里，还被载沣、良弼等人穿过小鞋，这导致他对满洲亲贵十分不满。同时，他也有充分理由认为，大清江山弄到现在这种样子，全是这些无才无德却又嫉贤妒能的“小爷们”一手造成的。
以后袁世凯拟就了一个未发电稿，里面有一句话切中要害，可谓是对段祺瑞等人心声的直接反映：“三年以来，皇族之败坏大局，罪难发数！”
有人夸说段祺瑞：“段氏本主张革新之人，自居江北，又久吸南方之空气，所辖军队……无不富有革命思想。”这纯粹就是事后诸葛亮的说法。从段祺瑞当时所处环境、地位及其个人性格、从小接受的教育等因素上来分析，实在找不到他已有共和思想的明确证据。至于称段和段的军队“富有革命思想”，那就更是往泥菩萨脸上搽金粉了——“段氏”、“段家军”什么时候成革命党人了？
应该说，段祺瑞原先对“立宪”、“共和”这些舶来品都不是很感兴趣，也没有太深研究。不过他后来逐渐发现，无论是立宪还是共和，有一点是一致的，那就是一旦施行，君权将被削尽，满族权贵们也必须靠边站。这是最符合他心意的，由此段祺瑞才开始对政体变革表现出一定的好感和热情。
在冯国璋被调走之前，南北双方在武汉已达成局部停战协议，基本未发生过大规模的武装冲突，但手下将领仍有跃跃欲试之心，前线士兵寻衅滋事、破坏停战协定的情况也时有发生。
段祺瑞到任后恃其旧日声势，数日之间不与各将领见面。此举莫测高深，将领们没人敢主动跑来搞什么请战。与此同时，他又令徐树铮组织执法队，上街维持秩序。
徐树铮自信阳整饬军纪开始，在士兵们中就有了狠辣绝情之名。他所率领的执法队一律佩大刀、军棍，发现不良行为立即制止，情节严重的就地正法、枭首示众。
冯国璋在进攻革命军的过程中曾经纵火烧城，汉口许多地方都被烧成了一片瓦砾。段祺瑞为此电奏朝廷，请求拨款赈救和赔偿损失，这也使得他大得人心，一时间外界都盛传段祺瑞颇具“儒将之风”。
一俟稳住局面，段祺瑞即考虑如何同南方进行谈判。袁世凯、段祺瑞最希望的谈判对象是黎元洪，毕竟曾在北洋一个炕头上吃过饭，比较容易打交道。此前袁世凯派往湖北的朱芾煌找的就是黎元洪。当时朱芾煌带去了汪精卫致黎元洪的信件，内容是约定南北联合，逼迫清室退位，而后举袁世凯为总统。黎元洪对此已表示同意。
可是自汉阳失守，黄兴以及追随者返回上海后，武汉“首义之区”的地位和影响力下降，上海转而成为革命党人的活动中心，和谈地点也由武汉移往上海，事情要解决起来就没有那么容易了。
1911年12月18日，南北谈判代表团在上海正式展开和谈，结果谈判一开始，双方就产生了重大的原则性分歧：北方代表坚持立宪，南方代表主张共和。
北方代表秉承的是袁世凯之意。其实袁世凯并不是真的想立宪，共和对他来说更好，当然前提是必须让他当总统。问题是现在谈判对象变了，原先答应让他当总统的黎元洪已经插不上手，能够插上手的是上海方面，而上海方面却从没有做出过类似的承诺。
设想一下，万一他袁世凯顶着清廷的压力，同意改建共和了，可自己却当不上总统，那岂不是白忙一场，成了为他人作嫁衣裳？
袁世凯精明过人，在感到时机尚不成熟的情况下，他不得不一再告诫北方代表：“只有维持君宪到底，不知有他。”
谈判陷入僵局。作为武汉前线的北方最高指挥官，段祺瑞的态度成了社会关注的焦点。为此，各方面的势力纷至沓来，有的要摸清他的思想倾向，有的要对他进行游说。不管是接待哪方面的代表，段祺瑞翻来覆去总是一句话：“国家大事应由民众来决定，我等军人，将尊重民众的意见。”
在拿模棱两可的套话敷衍外界的同时，段祺瑞也在积极寻求破局之法。这时，他得到了帐下另一名幕僚靳云鹏的鼎力相助。
第一策
还在袁世凯小站练兵的时候，靳云鹏便加入了新军，不久他被挑到炮队随营学堂当学生。段祺瑞当时担任炮队统领，兼任随营学堂监督，所以二人有师生关系。
炮队学堂最重数学，段祺瑞不仅自己教数学，还从海关请了一个人专门教授微积分。靳云鹏虽然天分不高，但非常刻苦用功，数学也学得不错，因此受到段祺瑞的重视，遂将其选为学长（相当于班长）。
就在学堂临近毕业时，炮队出了一个排长的缺，靳云鹏以为自己一定可以调充排长，不料却没有被选上。气急之下他抓了狂，结果被迫回家休养了一年多。靳云鹏原有斜眼之症，人称“靳瞎子”，自此以后，大家又送了他一个新的绰号：“靳疯子”。
“靳疯子”毕业后，被段祺瑞推荐至云南的第十九镇新军中担任总参议。随着武昌起义爆发，蔡锷等人在昆明发动起义，靳云鹏化装成轿夫逃回了北方。此时恰逢段祺瑞署理湖广总督，听说靳云鹏北返，他的第一反应是“靳能生还，不禁狂喜”，对靳云鹏很是欣赏和信任，这样靳云鹏也就顺势投奔了段祺瑞。
靳云鹏新投段府，急于为幕主效力。在公开谈判陷于僵局的情况下，他提出不如与上海的革命党人进行秘密谈判，以摸清对方真正的筹码和底线。
徐树铮等其他幕僚听了靳云鹏之策后，也表示赞成。段祺瑞于是按计而行，以廖宇春等人为密使，派遣他们前往上海接洽。
在上海，双方经过一番讨价还价，最终达成五项协议。代表段祺瑞的廖宇春同意确立共和政体，上海方面则承诺“先推覆清政府者为大总统”。1911年12月24日，廖宇春返回汉口，向段祺瑞报告了这一情况。
对达成密约，段祺瑞高兴之余又不无担心。高兴的是，以实力而论，“先推覆清政府者”可以肯定为袁世凯莫属；担心的是，袁世凯是否肯答应还是个未知数，毕竟他在公开场合曾一再声称要坚持立宪。
见段祺瑞有此担心，廖宇春自告奋勇，表示愿意再辛苦一趟，北上一探究竟。
得到段祺瑞的同意后，廖宇春随即动身出发。他首先找的是袁克定，袁克定倒很坦白，他告诉廖宇春，关于共和之举，袁世凯“心中已以为然，特口不能言耳”。也就是说袁世凯对共和并不排斥，只是限于身份，嘴上不能这么讲罢了。
接着廖宇春又去暗访其他在朝的北洋将领，但这回却遇到了障碍——冯国璋等人都不能接受南方关于共和的要求，主张继续开战。
还没有问到袁世凯本人就碰了壁，廖宇春不免有些沮丧。他向靳云鹏建议：“此事除由第一军主动，断难收效。”
靳云鹏迅速在第一军内部展开活动。有段祺瑞在背后支持，他四处联络，很快就有了满意的结果，前后总计有二百多名将校赞成共和。
在第一军内部取得一致已经没有太大问题了。当然这还远远不够，接着靳云鹏又拟定了实现共和的三策，其中第一策是：运动亲贵，由内廷降旨，自行宣布共和。
为实现第一策，继廖宇春之后，靳云鹏亲自入京拜见袁世凯。提及共和，袁世凯既未肯定也没否定，而是问段祺瑞的态度如何。靳云鹏回答：“第一军全体一致，主张共和，并议推举宫保（袁世凯）为临时大总统。”
袁世凯挺能演戏，他一听之后马上装出吃惊的表情，对靳云鹏说：“军心怎么一下就变到如此地步？”
装完了，袁世凯羞羞答答地给靳云鹏做了交代：“汝曹握兵权者，亦复如此，我尚何言？但使我得有面目与世人相见足矣。”
靳云鹏明白了，敢情袁世凯既要当婊子，还想立牌坊。换句话说，只要段祺瑞能够做得干净漂亮，不让他留下篡权之名，完全可以放手去做，他也会予以积极配合。
在与袁世凯取得默契的基础上，段祺瑞致电内阁、军谘府、陆军部，称其所部已经有一个标与革命军有瓜葛，而且这种情况其他镇也都有，“共和思想，近来将领颇有勃勃不可遏之势”。
外面段祺瑞造出声势，里面袁世凯就可以出来说话了。1912年1月16日，他与内阁大臣联衔向朝廷上了一道密折，建议尽快对南方提出的共和方案进行讨论。
根据袁世凯的建议，隆裕太后随后召集宗室王公御前会议。在连续几天的密集会议中，主张退位以保全皇室的观点虽有，却并不占上风，逐渐占据上风的反而是宗室王公中的强硬派，这就是铁良、良弼等人所组成的宗社党。他们力主与革命军决一死战，关于共和的讨论也在他们的坚决反对下搁置了。
看来无论段祺瑞的正面恫吓，还是袁世凯的幕后助力，都无法使不识相的亲贵们做出完全意义上的让步。1912年1月25日，靳云鹏密电段祺瑞：“内廷降旨，已为亲贵所阻，全归无效，请速谋第二策。”
真是岂有此理
靳云鹏的第二策是：由各军队联名通电，要求内廷宣布共和。
接到密电，段祺瑞当即复电：“第一策失败，本在意中。”他要在京的靳云鹏赶紧查明北洋各军将领的姓名及驻军地点，以便联名电奏。与此同时，他又致电内阁，借手下各将领之口，说将领们在听到亲贵们阻挠共和后，“多愤愤不平”。出现这一局面，让他很是为难，“压制则立即暴动，敷衍亦必全溃”。
最“愤愤不平”的当然不是各将领，而是段祺瑞自己。段祺瑞如此着急上火，是因为孙中山此时已在南京就任临时大总统，但孙中山同时也表示，如果袁世凯能倾覆清廷，仍愿让位于袁。
在收到段祺瑞电报后的第二天，内阁即以袁世凯、王士珍、冯国璋、徐世昌四人联名复电，劝告段祺瑞“服从命令，军人大道……切勿轻举妄动”。四个人里面，除了袁世凯属于装腔作势、掩人耳目外，其他人的保皇意图都很明显。
段祺瑞对此不屑一顾。1月26日，他联合四十六名北洋将领，由他亲自领衔，向北京发出了主张共和，奏请清帝逊位的通电。电文系徐树铮手笔，洋洋近千言，其主旨是撇开已成立的南京临时政府，让清廷将政权直接移交给袁世凯。
段祺瑞的电文一到京城，廖宇春马上印刷万张，加上各大报纸的刊行号外，在城内广为传布。时任禁卫军总统官的冯国璋也收到了这份通电，他一边翻着电报，一边脸上露出了很不以为然的表情。
看完电报，冯国璋转过脸来很生气地对随员说：“芝泉（段祺瑞的字）怎么会发出这样的电报？这个电报是不是有人捏造，还是他的本意，我一定要问一下。”
这时段祺瑞已回保定，而电报是由汉口发出的，所以冯国璋怀疑电报可能是有人假借了段祺瑞的名义。为此，他打算在发电报质问段祺瑞为什么要发逼宫电的同时，自己再发一个通电，问一问列衔在逼宫电中的其他人是不是真的和段的意见完全一致。
身边的随员们知道事关重大鲁莽不得，赶紧上前劝解道：“这个可以不必问了，谁还敢假冒他（段祺瑞）的名字呢？！好在这个通电里并没有列咱们的名字。”
冯国璋听了略一迟疑，才没有立即干出这种愣头愣脑的天真举动。
冯国璋的反应早在段祺瑞意料之中，根据他的安排，靳云鹏专门造访冯宅，替段祺瑞疏通。冯国璋当天戴着小帽，歪着短短的小辫，穿着便衣，嘴里叼着雪茄，就在客厅里接待了访客。针对通电一事，他质问靳云鹏：“这是哪个坏蛋出的馊主意？”
靳云鹏顺势解释说，通电是在段祺瑞离开汉口的情况下，由他们发出的，请冯国璋原谅。
虽然靳云鹏刻意强调拍发逼宫电时段祺瑞不在现场，但却并没有回避电报来自段授意这一点。冯国璋终于明白此事乃段祺瑞蓄意而为，顿时怒火中烧，拍着桌子大声斥责道：“当统帅的人，怎么能够私离驻地？他（指段祺瑞）不在，你们就敢发出这样的电报，真是岂有此理！”
接着他又狠狠地骂了靳云鹏一通，声色俱厉。靳云鹏窘得面红耳赤，几乎无地自容。经旁人解劝，靳云鹏才得以脱身而去。
靳云鹏走后，冯国璋尚余怒未息，又重复了一句：“真是岂有此理！”
既然段祺瑞已来打了招呼，多年故交，总不至于为此翻脸。冯国璋随后又冷静下来，说：“好啦！我也不再追究，不再回电了，我要是回电的话，就没有好的。”
和冯国璋一样，清廷开始也以为逼宫电是伪造的，经内阁电询段祺瑞，没有得到回电，这才知道对方是动了真格的。
事到如今，大家都把袁世凯当成了最后的救命稻草，即只要袁世凯表明态度，事情还有挽救的可能。因冯国璋忠于清室，并且身兼“君主立宪会”会长一职，于是就由他带着包括副会长在内的几名亲贵前去拜见袁世凯，请求袁支持君主立宪。
袁世凯对他们说：“我和你们大家的意思是一样的，可是有实际困难也不能不和大家说，现在最要紧的是军饷没有着落，还有宣布独立的地方太多了，我们的军队顾此失彼，实在是不敷分布。所以，我现在正和革命党力争。”
听了袁世凯这几句不得要领，同时又无懈可击的场面官话，冯国璋等人哑口无言，只得垂头丧气地退了出来。
一造共和
段府有一位叫邢宝斋的老人，是在段祺瑞父亲手里当过差的，年纪大了以后便留在段府干点轻省活，吃碗现成饭，比如出门买点笤帚、簸箕什么的。
邢宝斋常常跟人提起段祺瑞小时候的事。那时候段祺瑞的父亲在军队里当管带，段祺瑞也跟在父亲身边，邢宝斋一天到晚都能看到他。不过当时邢宝斋眼中的小段祺瑞可实在不怎么样——一天到晚淌着清水鼻涕，真是要多邋遢有多邋遢。
邢宝斋看着很窝火，就对小段说：“你这叫什么少爷呀？一点也不爱干净！”
教训过之后，小段依旧不改。邢宝斋气极了，忍不住爆出粗口：“你这个屌样！”
谁也不会料到，这个邋遢孩子长大后会做到这么大的官，更想不到他还能干出逼皇帝退位这样惊世骇俗的事。之后，当邢宝斋又唠叨段祺瑞小时候如何不起眼时，有人就会变得不耐烦起来：“你不是看不上他吗？他如今惊天动地，而你如今还得上街买笤帚。”
老头顿时被堵得无话可说，只好结结巴巴地说：“咱也不知道他有这么一天哪！早知如此，也对他好点儿啊！”
对于大多数人来说，即便想到惊天动地的事，也未必有能力或者敢于去做。有时段府厨房开出来的菜尽是萝卜，吃的人会抱怨：“怎么大师傅尽给我们萝卜吃呀？”马上有人用手指着里面段祺瑞他们吃饭的地方：“你想吃好的，到那一桌吃去！”
旁边又有一人接着搭茬：“他呀，他没有这个能耐！”说着，用手一比画：“人家三句话推倒了清家皇上。你，成吗？”
段祺瑞的逼宫电洋洋洒洒，到段府家人嘴里，就被归纳成了言简意赅的三句话：兵力单薄，粮草缺乏，清家皇上你快退位吧！
三句话让一个大清朝交待了，谁能做得到？只有段祺瑞！段府上下一提到这一点，无不心服口服。
其实，段祺瑞在递出“三句话”前后的思想是比较复杂的：一方面，他所理解的共和，和孙中山、黄兴等革命党人的概念未必一致；另一方面，他之所以如此不遗余力地主张共和，也绝不仅仅只是因为摸清了袁世凯的意图，要对其一味效忠。说到底，在那个历史阶段，但凡像段祺瑞这样具有政治头脑和前瞻性的政治人物，都能看清当时的历史趋势，即共和必然取代专制。
段祺瑞的“三句话”一出，犹如给清廷下了一道催命符。京城亲贵们人人为之震恐，就连良弼也发出哀叹：“现在除共和外无别路。”
就在清廷收到逼宫通电的当天，革命党人对良弼发起刺杀行动并取得成功，这位反对共和最卖力的亲贵被炸弹炸成重伤，两天后毙命。至此，亲贵们不但是怕，而且是要逃了，他们纷纷前往天津、青岛、大连等地避难，不能走的只能拉下脸来央求袁世凯派兵保护。
在这种内外夹攻的情势下，隆裕太后接连召开两次御前会议，并且在第二次御前会议上决定让清帝逊位。消息传到冯府，冯国璋颇有哀其不幸、怒其不争之慨，他用感叹的口吻对随员们说：“唉！皇族甘愿退让，我们今儿还给谁打？这样一来，大清国的江山就算完啦！”
虽然隆裕太后已做了逊位的决定，但在包括恭亲王溥伟在内的几个近支王公的坚持下，清室还想尽量拖延时日，以待变化。
在段祺瑞的逼宫通电发出一个星期后，清帝退位的诏书仍未正式下发。为免夜长梦多，段祺瑞下决心采用靳云鹏的第三策，即使用武力，胁迫内廷宣布共和。1912年2月5日，他联合第一军八名协统以上的将领发出代奏电，指出共和国体已成时代潮流所向，可是现在却因为“二三王公迭次阻挠”而无法顺利实施，结果导致了“恩旨不颁，万民受困”的局面。
对逆势而动的王室亲贵，袁世凯同样既不屑又痛恨，他暗暗写下了“陷九庙两宫于危险之地，此皆二三王公之咎也”的字句，只是以他所处地位，还不能公开这样说出来。段祺瑞则无此顾虑，他在电报中将“二三王公”认定为“败类”，并声称自己将率第一军全体将士入京，与之“剖陈利害”。
电报发出之后，段祺瑞真的将自己的司令部由湖北孝感回迁至保定，做出了要率兵入京的姿态。
2月6日，袁世凯召集王公大臣，把代奏电交给他们传阅。看完这份明对“二三王公”，实对清室的兵谏式通电，人人都相顾失色，噤不敢言。只有恭亲王溥伟愤然骂道：“本爵因朝廷愿让政权，已署名认可，何竟指为败类？祺瑞此电，逼迫太甚！”
虽然他这话听上去还算有点勇气，实际也是色厉内荏，已无半点招架之功。溥伟尚且如此，其他人更不敢再对清帝逊位说三道四了。于是会上就拟定了赞成共和的长电。
看到清廷已支持不住，段祺瑞趁热打铁，于2月9日参与直隶总督张镇芳领衔的电报，要求“宣布共和”。10日，他又在信阳发出电奏，“力催解决”。
除了硬的一手外，袁世凯、段祺瑞还有软的一手，这就是南北代表所共同商定的“清帝退位优待条件”。尽管王公亲贵们对拱手让出江山和特权仍心有不甘，但他们更怕段祺瑞带兵入京，导致最后连优待条件都得不到。2月11日，隆裕太后承认优待条件，第二天便以“宣统皇帝”的名义颁退位诏。
共和之局至此大功告成。毫无疑问，段祺瑞在其中起到了相当重要的作用，尤其他所领衔的前后两份主张共和的电报更为许多人称道，“一造共和”的赞誉也由此而生。
舍我其谁
以袁世凯为首的北洋系和革命党人虽然合力推翻清廷，建立了共和，但自合作初期开始，相互之间就不是完全信任。清帝退位后，为了对袁世凯进行约束和限制，孙中山在实践诺言辞去临时大总统职务的同时，又提出了附加条件，要求临时政府定都南京，以及新总统必须到南京就职。
袁世凯也不是一盏省油的灯。他暗中指使第三镇统制曹锟在北京制造兵变，对来京接他南下的使团进行恐吓，从而迫使孙中山不得不放弃这一附加条件。
3月10日，袁世凯在北京宣誓就任临时大总统，随后开始组阁。既然在定都上已经占尽便宜，他在组阁问题上就不能不做出一些让步，内阁中相对不太重要的一些部的总长职务，都让给了同盟会。
只有那些真正掌握实权的部，袁世凯仍紧抓不放，尤其是陆军部。兵权重要，大家都知道，所以对于陆军总长一职，南北双方都极力争取。南方推荐黄兴担任此职，袁世凯坚决反对，而他反对的理由就是黄兴还不够资格。
虽然辛亥革命带来了改朝换代、时势造英雄的机会，可是“国体虽非清社稷，朝纲仍是汉官仪”，在袁世凯主政时期，仍然特别强调资格。这种所谓的资格，又主要侧重于前清官阶，因为袁世凯自己在前清就已经出将入相，位极人臣，像他这样资格的人本来不多，就算有一两个资格较老的遗老，由于缺乏军事实力和政治资本，也难以成为他假想中的政敌。
以前清官阶作为资格，袁世凯便给同盟会以及其他新晋官僚设置了一道很高的门槛，黄兴等人就这样被“卡”掉了。
袁世凯的“资格论”倒不是只用于对付政敌。事实上，他对自己的嫡系人马用的也是同一标准：一般文武官僚即便什么错都没犯，也得按部就班地进行升迁，要想平步登天是不太容易的。这么做的用意，就是为了在部属的脑子里奠定根深蒂固的“旧属”意识，以巩固和提高他“袁宫保”作为老上司的威望。
以资格来衡量，段祺瑞虽然在辛亥一役中表现突出、功勋卓著，但要当陆军总长，还得排在王士珍后面——王士珍为前任陆军大臣，段祺瑞此前则从未进入过内阁。
王士珍也是“北洋三杰”之一。“三杰”有许多相似之处，他们都是武备生，同时充任新军要职，又都是在袁世凯的栽培下才得以迅速发迹。不同之处则是三人的性格和处事方式各异，王士珍为人大度雍容，深沉内敛，不孜孜于名利，经常扮演卧龙先生的角色，故被时人称为“龙”。
相对于“段虎”的锋芒毕露，“冯豹”的木讷迂钝，“王龙”的低调和淡然显然更让袁世凯放心。
问题是，“王龙”在政治态度上与“段虎”截然相反，却与“冯豹”完全一致。王士珍也是一个保皇派，在段祺瑞发出逼宫通电后，他曾致电责备段祺瑞，称皇恩浩荡，作为清廷高官不应发那样大逆不道的电报。
清帝退位之后，王士珍便向袁世凯递交了辞呈，虽然袁世凯对他百般挽留并退回了辞呈，但王士珍执意不肯再留于京中。
王士珍一走，袁世凯只能属意段祺瑞，调他来北京就任北洋政府第一任陆军总长。
作为军人出身的军界要人，段祺瑞绝非一介武夫。实际上他在辛亥革命中所展示出来的也不是用兵打仗的才能，而是过人的组织能力以及在权力场上咄咄逼人、舍我其谁的气势。
一到北京，段祺瑞就打算提拔自己的首席幕僚徐树铮为陆军次长，但由于在内阁通不过，只得改提南方的蒋作宾。不过在蒋作宾到任前，他却抢先荐任徐树铮为陆军部总务厅厅长，同时还任命了其他五位司长。
蒋作宾当然对此不满，段祺瑞则毫不相让，他强调总长有权委任厅长、司长，蒋作宾这个次长无权插手过问。
亲信中的亲信
总务厅厅长的权限本身也可大可小，全凭跟主管长官的关系而定——如果与长官的关系不深，便只能办理一些文书、庶务之类的事务性工作；而如果是长官的亲信，其权限就可无所不包，整个陆军部的工作都可以被“总”在里面。
徐树铮是段祺瑞亲信中的亲信。众所周知，段祺瑞起来得快乃是袁世凯一手提拔的结果，而段祺瑞提拔徐树铮也跟袁世凯提拔他自己一样，并且有过之无不及。
段祺瑞进京后，不但北京军政界的要人经常要来段公馆问候起居，就是由外省进京的官员也免不了要到段公馆禀见、禀辞、禀谢。按照段公馆的规矩，每天晚上都要在号簿上登记这些宾客的名字、官衔，有时还要把对方的住址、电话也一并记下来。在这本号簿中，“小徐”属于当之无愧的头面人物。
“小徐”是段家人背后对徐树铮的称呼。段公馆来宾，无论官职大小，一般都要预约和通禀。只有小徐是个例外，他是随来随见，用不着号房代他通禀便可径直闯入，而且闯入的还是内客厅——段祺瑞会见其他宾客都是在外客厅！
新来段公馆的家人往往会觉得奇怪，为什么老段对小徐这么信任呢？时间一长，他们也就慢慢明白了。首先是小徐对老段的确忠心耿耿，一心护主。其次，小徐是真有学问和本事。他具有惊人的记忆力，所有政府有关部门和负责人的电话从不用查问，全都可以清清楚楚地记在脑子里，丝毫不差。如果有某个问题需要找有关部门联系，他会立刻亲自打电话去问。
除此之外，徐树铮竟然还能做到五官并用：办公的时候可以会客；会客的时候，可以一只手批公文，另一只手拿着话筒跟别人通话……
清末时，有人说张之洞有这种五官并用的本事，而在北洋时代，似乎只有徐树铮能够做到这一点。
徐树铮虽然暂时没能当到次长，却胜似次长。因为段祺瑞对他太信任了，徐树铮可以在段祺瑞面前说一不二，段祺瑞从不驳回，反过来，段祺瑞吩咐下来的事，他却可以不照办。
徐树铮的说一不二，并不是那种表面的骄横跋扈。事实上，别人找他办事时，他一般都是满面春风、彬彬有礼，从不当面让人下不了台，但客气归客气，办起事情来仍然没有一丝一毫的通融余地。
曾经发生过这么一件事：有个姓李的军官被军队撤职了，穷得没有饭吃，他写信给段祺瑞，请求段祺瑞给他个差使干干。段祺瑞看他说得可怜，便答应给安排个职位。
文件批交徐树铮办理，但徐树铮签呈后又打了回来，打回来的文件上只有简单一句话：“查该员无大用处，批驳，验过。”段祺瑞看后没说什么，于是李军官重新谋职的事就只好拉倒了。
如果是面谈，为了照顾来人的面子，徐树铮一般不会一口回绝，而总是说：“这可要向老总（段祺瑞）请示。”只要他这么一说，对方就只能绝望了，因为知道事情肯定办不成。
陆军部的实质状况是，大大小小的事基本都是由徐树铮一人说了算，不仅有职无权的蒋作宾做不了主，就连身为总长的段祺瑞本人说的都不一定算数。可也正是在徐树铮的辅助下，陆军部的日常运作保持了较高的效率，而段祺瑞则可以腾出手来，集中精力思考和主持一些大事。
段祺瑞履职时，国内军制比较混乱，北方军队沿用的是前清旧制，比如部队编制中有镇、协、标、营、队。段祺瑞仿照南方革命军的体制，相应改称师、旅、团、营、连，军官官阶也从原来的都统、参领、军校分别改称将、校、尉。此外，地方军政长官一律改称都督，并设都督府。
袁世凯看到段祺瑞办事有主张有魄力，且善于体察自己的心思，对段祺瑞也更加信任。有关军事方面的重大措施，像各省裁军、改革军事官制、决定各省军民分治等，几乎都要先与段祺瑞商量，然后再做决定。
身为袁世凯的老部下兼政治盟友，段祺瑞对袁世凯同样忠心耿耿，政治策略上始终紧随其后。时任国务总理的唐绍仪与袁世凯产生了矛盾，段祺瑞便站到袁世凯一边，与唐绍仪对抗。
唐反对总统垄断一切大权，段就反对划清总统府与国务院的权限，主张凡事都要由大总统亲自决定；唐坚持内阁集体负责，段就否认国务院为有机组织，强调各部应奉行“独立主义”，各行其是；唐欲与同盟会合作共事，让接近革命党人的王芝祥当直隶都督，段就策动直隶各路的北洋军队集体发通电，反对王芝祥督直。
在袁世凯、段祺瑞的夹击之下，唐绍仪度日如年，不得不辞职走人。
当然这种紧随有时也是有压力和风险的，最典型的便是张振武被害事件。张振武是武昌首义元勋之一，他很瞧不起黎元洪，从黎元洪被推上台起，就“既推重又加以贱侮，甚至抽刀拍案，嘲弄辱骂”。
北洋政府成立后，黎元洪被选为副总统兼领鄂督。这时全国各地因为欠饷和裁军，不断有哗变事件发生。湖北为辛亥革命首义之区，鄂人喜动恶静，武昌起义中的部分有功官兵也恃功而骄，甚难节制。在湖北发生的一次兵变中，据说黎元洪就查到主谋人是张振武和湖北将校团团长方维，而且张振武还曾公开宣称：“鄂政不良，我等当再度革命。”
1912年8月15日，袁世凯、黎元洪合谋，以“蛊惑军士”、“倡谋不轨”的罪名，逮捕杀害了张振武。在杀张的执刑命令上，段祺瑞以陆军总长的身份签字副署，使之生效，因此对此案负有直接责任。
张振武被害事件发生后，舆论为之大哗，认为张案的办理不符合法治精神。参议院立即向政府提出质问案，要求大总统袁世凯、副总统黎元洪给予答复。
袁世凯见势不好，赶紧将皮球踢给黎元洪，而黎元洪为了逃避责任，又赶紧发长电委托段祺瑞到参议院登台答辩。
开始坐不住了
建立共和，并不意味着民主法制精神也相应而立。当时国内影响力最大的日报——同盟会机关报《民立报》便指出：“共和国家全赖法治，唯法律乃能生杀人，命令不能生杀人。”
张案的最大问题和漏洞，恰恰在于决定“生杀人”的不是司法官，而是大总统、副总统。参议院的质问案也将重点集中于此，声明：“不仅为振武一人言也，为民国前途起见耳。”
8月23日，段祺瑞在参议院为张案的处理进行辩护，其辩护理由主要包括：张振武的罪状“实有碍难宣布之处”；行刑前已“集合高等军官讨论数次”；张案涉及国家安全，只能执行“临时办法”。
这样的答辩不能让参议员们感到满意。在他们的连番追问下，段祺瑞理屈词穷，不得不承认手续“有错误，祺瑞身当其咎”。
参议院最初以同盟会占优势，在拥护袁世凯的共和党成立后，同盟会的优势才逐渐转为劣势。接下来，唐绍仪内阁的垮台更使同盟会失去了在政府的立足点。为了改变这一状况，8月25日，同盟会与一些小党合并，组成了以同盟会为主体的国民党，国民党成为民初人数最多、势力最大的一个政党。
在当时的参议院内，基本处于国民党和共和党两大政党对立的局面。8月28日，部分国民党籍参议员提出弹劾国务总理、陆军总长案，认为“副署之国务员段祺瑞辅佐乖谬”，要求按“临时约法”将其免职，“以彰国法，而固国本”。该弹劾案一经提出，共和党就与国民党发生了激烈冲突，参议院议长几乎无法维持秩序。最后由于难以形成统一意见，张案遂不了了之，段祺瑞才得以免遭弹劾和免职。
尽管参议院在张案上颇有虎头蛇尾之嫌，但能够让陆军总长在参议院接受质询，以及差一点弹劾成功，都在一定程度上显示出了民初民主法制的进步。
类似事件让国民党看到了自己的能量和潜力。国民党中心人物宋教仁更是热切希望通过组织责任内阁来架空袁世凯，夺回革命党人失去的权力。事情也似乎正朝这个方向发展，1912年年底到1913年年初，全国举行第一次国会选举，国民党在大选中获得胜利。在参众两院共870个议席中，国民党一家就获得392席，而包括共和党在内的其他三个政党总共才获得223席。
随着国民党在参众两院俱占多数，本来对国会并不是十分在意的袁世凯开始坐不住了，特别是宋教仁所力倡的责任内阁更令他寝食难安。
责任内阁与唐绍仪内阁、赵秉钧内阁不同，它是由国会中占多数席位的政党组成的。从选举结果来看，也就是内阁成员将主要由国民党员组成，到时段祺瑞等袁氏嫡系人马别说掌握不了重要部门，多半连内阁都进不了。
趁宋教仁在京养病期间，袁世凯派亲信、时任国务总理赵秉钧多次前去慰问，并带去他的意思，即可以答应让宋教仁担任下一届国务总理，但条件是必须放弃责任内阁制。
当着赵秉钧的面，宋教仁表示国民党及他个人都愿意以在野的地位，帮助袁世凯把国家的事办好。宋教仁的这种表态，让袁世凯很满意。
身体痊愈后，宋教仁准备离京南下，袁世凯又通过赵秉钧“壮其行色”，赠送给宋教仁一张可以随意支取现金的交通银行存折，宋教仁也毫不推辞地收下了。
在袁世凯、赵秉钧看来，送存折就是重金贿赂，宋教仁如果拒绝，事情就又悬了，但宋教仁既慨然受之，便说明已没有任何问题。
让他们没有想到的是，宋教仁到南方后即到处发表演说，声称国民党必争政权，同时照旧抨击袁世凯，甚至设计了一个在正式总统选举时让黎元洪取代袁世凯的大胆计划。
袁世凯派人一路尾随宋教仁，早将这一切都报往北京。袁世凯大半辈子都精似鬼，临到头来却喝了别人的洗脚水，不由又急又气，多次诘问赵秉钧：“你说宋教仁拥护中央，何反复乃尔？”
赵秉钧窘迫万状，无言以对。他忍不住向亲近的一名议员诉苦道：“老弟，你说叫我怎么办？怎么向项城（袁世凯是河南项城人，故也称袁项城）交代？”
毁宋酬勋
袁、赵都低估了宋教仁的雄心和政治抱负。无论是在野的承诺，还是收受重金，宋教仁都不过是给他们玩了一招障眼法而已。
当然，政治场本身就是权力场，袁世凯在与唐绍仪等人的权力争夺中其实也耍了许多阴谋。归根到底，只要这种权力斗争被限制在民主法制所允许的范围之内，便无太多可指责之处。
宋教仁正是在规则里面玩游戏的高手，他在南方力倡“争内阁不争总统”的理念，并俨然以多数党候补内阁总理自许。这使袁世凯感受到了强烈的危机感，他时刻担心大权旁落，曾对自己的高级幕僚说：“我现在不怕国民党以暴力夺取政权，就怕他们以合法手段夺取政权，把我摆在无权无勇的位置上。”
眼看国会召开在即，形势之紧迫，大大超出了袁世凯及其派系人马的预料。1913年3月20日晚，宋教仁被刺杀于上海北火车站。一般人都认为，宋案系袁世凯、赵秉钧共同密谋，但也有资料称袁世凯并非主谋，宋案乃赵秉钧等人“毁宋酬勋”的独断行为。
宋教仁被刺，为袁世凯在政治上除去了一个大敌，与此同时，袁世凯还初步解决了北京政府所面临的财政危机问题。
最早出现财政危机的其实是南京临时政府。就在南北还处于战时状态时，有一次安徽都督派专使去见孙中山，要求马上接济部分军饷。孙中山批了二十万元，但手下人查了一下金库，却发现仅有十元存洋。
为了这个恼人的“孔方兄”，孙中山、黄兴伤透脑筋。当时每天到南京陆军部索饷的人员不下数十拨，时任陆军总长的黄兴被弄得寝食俱废，甚至急吐了血。
在袁世凯当选临时大总统后刚刚一星期，尚在执行职务的南京政府就提出需银七百万两，其中二百万两为急需。袁世凯也不是财神爷，他能想到的办法就是找外国借款。
袁世凯的法子，南京政府同样想过做过。孙中山在回国前后就多次借款，但外国银行家们多精明，南京政府能存在几天他们都不知道，又怎么肯把钱借给你？在那段日子里，孙中山每天都盼望能得到外国银行的复电，可是一直等到他辞去临时大总统职务，也没有见到钱的影子。
袁世凯出手借就不一样了。这时南北已走到一起，且北京政府就实力和信用而言，更符合外国银行家心目中“能负责任的中国政府”的形象。在此情况下，美英德法四国银行团便接受袁世凯的要求，付银二百万两给南京政府作为军政费用。
除了结束南京政府、遣散南方民军外，北京政府需要用钱的地方还有很多，其中比较大宗的就有整顿在京政府机构、偿付承接自清政府的外债和赔款、履行对逊清皇室的优待条件等。这使北京政府的财政困难程度很快就接近了当初的南京政府，而解决困难最方便最快捷的途径只有继续向外国银行借贷。
4月26日夜至27日凌晨，袁世凯以国务总理赵秉钧等人为全权代表，与英法德日俄五国银行团谈判签署了“善后借款合同”，这就是历史上的“善后大借款”。
据说著名学者辜鸿铭曾应邀在这次借款谈判中担任翻译。他说了一句名言：“所谓的银行家，就是晴天千方百计把伞借给你，雨天又凶巴巴地把伞收回去的那种人。”
辜鸿铭的话很形象地说明了借款合同的苛刻程度。根据合同规定，中国必须以盐税、海关税以及直隶、山东、河南、江苏四省所指定的中央政府税项作为担保，这还不包括其他一些有损国家主权的附加条件。
借款合同签署于第一届国会开幕后不久。依照国会组织法，政府所有法律、财政、国务院同意等案，都须得到参众两院的一致同意，像“善后大借款”这样重大且涉及国家主权的决策更不能例外，但国会却是事后才得知。
宋案和借款案引起了南方革命党人的极大愤怒。两案发生之前，孙中山、黄兴曾先后北上与袁世凯商讨国是，对袁俱有好评。二人还不约而同地做出过乐观估计，认为民国若能由袁世凯执政若干年，必可跻身于强国之列。袁世凯对孙、黄亦不乏好感，与人交谈时，曾称孙中山坦白、黄兴憨直，言下颇有相互提携之意。
两案一起，南北领袖之间这种一度尚算融洽的关系便告完全破裂，双方皆视对方为眼中钉、肉中刺，必欲拔之而后快。孙中山首先力主对袁世凯进行武力讨伐，袁世凯也被激起了怒火，他发出“传语国民党人”的长电，声称：“现在看透孙、黄除捣乱外无本领。左又是捣乱，右又是捣乱。我受四万万人民托付之重，不能以四万万人民之财产生命听人捣乱。”
多一个字也别想
在“看透孙、黄”这一点上，段祺瑞与袁世凯基本步调一致。他也认为国民党人不听约束，“左又是捣乱，右又是捣乱”。别的不说，当初揪住张案不放，对他又是质询又是弹劾的，不正是国民党籍议员们的所为吗？
议员无兵无勇，相对而言还容易对付，令段祺瑞深感威胁的还是那几个国民党籍都督。早在1913年年初，江西都督、国民党人李烈钧就未经陆军部批准，将采购到的一批枪械弹药由上海运往江西。段祺瑞闻讯密令九江驻军将枪械予以扣留，随后通知李烈钧：“此项弹药已分给各水师军舰。”
李烈钧通电表示抗议，声明购买这批枪械是南京临时政府曾经批准的，只是最近刚刚从上海起运而已。
对李烈钧的通电声明和要求发还枪械的要求，段祺瑞不予理睬，他在相应文件中批示道：“今日李督，通告天下，谓部扣留军械，是李不受善，莫可救药。”
虽然段祺瑞态度强硬，但鉴于李烈钧“多方布置”，“志极坚定”，袁世凯不得不做出让步，指示段祺瑞将扣留的枪械发还给他。
这一事件毫无疑问刺激了段祺瑞。事后，河南都督张镇芳写信给他，对共和政体下的民主表示不满，并建议对国民党人用兵。段祺瑞读信如遇知音，他随即在复信中吐露了自己的心声：“至于党派竞争，不顾大局，非武力镇慑不可，自当密为筹备。”
在准备用武力进行镇慑，以防止孙、黄“捣乱”上，袁世凯、段祺瑞可谓一拍即合。袁世凯在长电中也说：“自信政治军事经验、外交信用不下于人……彼等（指孙、黄）若敢另行组织政府，我即敢举兵征伐之。”
1913年4月30日，袁世凯在总统府内召开秘密军事会议，段祺瑞出席会议，并参与部署军事，其中包括“多购军火，增置募兵”和“分布军队办法”等项。
第二天，由于赵秉钧涉嫌宋案而被迫辞职，袁世凯命令段祺瑞以陆军总长代理国务总理。这一任命被外界解读为袁不惜用武力对付国民党的信号，国内政治气氛瞬间就有了火药味，段内阁也因此被称为“战时内阁”。
5月5日，就参议院对借款案提出的质问案，段祺瑞以代总理身份到部接受质询。当天，他身着陆军上将军服，挎着军刀，昂首挺胸，目不斜视地走进了参议院会场。在国务院席入座后，依旧双手握着刀柄，其神情仿佛不是来回答质询，而是来主持军事会议的。
议员当然也没有这么好吓唬。除了亲袁议员默不作声外，国民党籍议员都对段祺瑞群起而攻之。他们根据“临时约法”发出严厉质问：政府为什么不先咨请国会讨论，就在借款合同上签字？这是非法签字，应判定借款合同无效！
议员们越说越气，开始控制不住情绪。有人跳到凳子上大骂袁世凯破坏约法，欺凌国会，有人拍案高喊打倒袁世凯的口号，甚至还有人向段祺瑞摔掷墨盒。
不管议员们问什么，骂什么，或者摔什么，段祺瑞始终神色自若，傲然不动，一副不屑一顾的样子。
轮到他发言了，他走上讲台，对议员们质问的一大堆问题一个都没有正面作答，只是简单地说了一句：“木已成舟，毋庸再议！现将借款案送交国会确认。”再质问，还是那句话，多一个字也别想。
参议院的质询就这么草草结束了。众议院紧接着也提出了质问案，但段祺瑞的出场和答复方式与在参议院一般无二。
这是段祺瑞自张振武案后第二次接受质询，可以看出他的态度有了明显变化，对议员们的轻慢和蔑视尽在不言中。
当然，袁世凯、段祺瑞也不是真的就敢不把国会放在眼里。自发现国民党在国会占据优势后，他们就采取措施“收复失地”，其中包括组织小党群，以及将共和党、民主党进行合并，组成足以与国民党相对抗的进步党。
小党林立，不仅分散了国民党的势力，而且相当一部分小党都得到了袁世凯的支持和资助，说白了就是袁家党。比如有一个新共和党，党费主要由袁世凯拨付，所以在小党之中最为阔绰。这个党别无党纲，唯知拥袁到底，其活动甚至比亲袁的进步党更加卖力，以至于进步党有时也被弄得啼笑皆非。
质询会期间，进步党和亲袁小党的议员们明知政府理亏，却还跑到休息室进行疏通，要求国民党议员满足段祺瑞的要求，对借款合同予以追认。
国民党议员虽然对段祺瑞轻视国会的态度感到不满，但当场也不能拿他怎样。质询会结束后，国民党本部召集两院的本党议员商量，认为借款合同既已签字，使用国会否决权也来不及了，同时如果使用国会否决权，势必还要对责任人进行弹劾。弹劾案一起，亲袁议员势必不会善罢甘休，在其现有力量已极大增强的情况下，到时弹劾不了不说，所掀起的政海波澜还将无止无休。商量下来，国民党决定对借款案不做硬性决议。
在国民党方面立场松动之后，借款案很快得到众议院的追认。参议院对借款案进行了自由投票，最后也以过半数通过。
逼上梁山
借款案的通过大长了袁派人马的气势。1913年5月6日，袁世凯下达一道命令，表示要“除暴安良”，矛头直指国民党。段祺瑞更是毫不掩饰，坚决主张在紧急状态下对南方用兵。自出任代总理以后，除国务会议外，他几乎从不到国务院，每天只在陆军部的办公室里处理军务。
在一次国务会议上，国务院秘书长张国淦曾表示“专靠武力，总不能根本解决”，并提出应就政治解决南方问题进行讨论。还没等他说完，段祺瑞就板起面孔，很不耐烦地说：“军事非你文人所知，不应干预！”
国民党方面，虽然孙中山一再主张“速兴问罪之师”，但由于裁军后南方兵力不足、国民党籍都督们意见不统一等原因而未能及时发动。趁此机会，袁世凯、段祺瑞加快了对国民党势力进行扫荡的步伐。6月间，袁世凯以反对借款、不服中央为名，先后下令免去李烈钧赣督、胡汉民粤督、柏文蔚皖督之职。
国民党被“逼上梁山”，终于不得不举起反旗。7月上旬，孙中山在上海召开国民党会议，决定兴师讨袁。7月12日，李烈钧奉命由上海转回江西，在湖口宣布起义，组织讨袁军。自江西独立后，江苏、安徽、广东、福建、湖南、四川、上海等地也先后响应独立，“二次革命”由此而起。
袁世凯闻报立即发布“讨伐令”。段祺瑞身为陆军总长兼代理总理，或派兵，或直接指挥“清剿”，鞍前马后，忙得不亦乐乎。
在北京政府已做好充分准备的情况下，国民党的讨袁之役一上来就出现极度被动的局面。不到两个月，独立各省全都一败涂地，国民党在南方的地盘尽失，孙中山、黄兴也作为“乱党”头目遭到通缉，被迫流亡海外。
打败国民党之后，袁世凯还面临着一个难题，那就是如何在10月举行的正式总统选举中获胜。
按照大总统选举法，有资格参加选举的议员须有三分之二出席投票，而获胜者得票数应达到四分之三。当时国会中的国民党籍议员至少有三百五六十人，这可都是一些坚决不买袁世凯账的主。
选举法规定，一轮投票达不到法定数，还可以再投第二轮。两轮投票都无人当选的，以第二轮投票中得票数最多的前两名进行第三轮决选，过半数者获胜。
第一轮投票就当选，连袁世凯自己都没有把握，他只能寄望于第二轮和第三轮，但一轮投票约需四个小时，三轮共需十二小时，一天是办不了的，至少得两天或三天。遇到这种延会的情况，国民党人就很可能会以不出席进行抵制，从而使得选举一再延期。
面对这些坐而论道的国民党人，袁世凯及其幕僚必然会有一种有力也无处使的感觉——“乱党”可以直接“剿灭”或通缉，国会议员却有国家法律作为后盾和保障，轻易触碰不得，从这个角度上来说，手无寸铁的议员其实也并不比国民党都督们更好对付。
选举延期，不仅意味着夜长梦多，也会让袁世凯的脸面受损，影响他在社会上的声誉和权威，这是无论如何都要避免的，袁派为此绞尽了脑汁。
逼选
作为新生事物，民初的选举制产生了不少滑稽可笑的奇闻逸事。当时中央政府无人口册籍清册可查，就采用自下而上造报的方法选举议员。按照这个办法，选民愈多，产生的议员就愈多。
浙江太平县（今温岭市）在选举时，觉得人数不够，有人就脑洞大开，提议由选举工作人员回去把自家的宗谱翻出来照抄。这样一来，那些死去的人也同活人一样成了选民，结果太平县的选民之多在全国各县中跃居第一，其议员数竟和云贵两省之和相等。
袁派人马用太平县式的思维对选举进行研究，最后终于想出了“逼选”的办法。
1913年10月6日，国会在众议院会场举行选举。国民党议员在京者全部出席，进步党人及各小党派也踊跃参加。他们的目的和出发点各不相同，前者大多是想反袁，后者大多是想拥袁。
当天统计到会选举人超过了应出席者的三分之二，但在第一轮投票结果公布后，不出所料，袁世凯所得票数仅仅过半，距法定票额相差太远。
此时已近中午，吃饭休息时间到了，可是议员们却发现会场已被军警装扮成的“公民团”重重包围，所有人许进不许出。议员偶跨大门即遭呵斥，逼令退回。
议员们这下惨了。烟瘾大的没法出去抽烟，在会场内被憋得眼泪直流。烟没得抽倒也罢了，肚子总不能饿着吧，可是又不让出去吃饭。进步党本部闻讯送来两担面包点心，“公民”不许他们入门，经解释是亲袁议员所用，才准予放行。国民党本部依例而行，但“公民”一听说是国民党的，不仅不放行，还破口大骂，说：“饿死也是活该！”
第二轮投票，袁世凯的票数虽然多了些，但还是不到法定票数。这样就得进入第三轮投票，即从得票数较多的袁世凯和黎元洪二人中二选一。
第二轮计票时已经薄暮，可是会场外仍被包围着，显见得是“不交考卷就不许出考场”的架势，于是只好马上进行决选。在这次投票中，十之八九都挨饿的国民党议员基本都选了黎元洪——本来他们也不想选黎元洪，可若选袁世凯以外的其他人的话，就要按废票论，而废票是不起作用的。
限制被选人之后，票数相对集中。统计第三轮计票结果，袁世凯得票数总算过半。主持选举会的主席大声宣布，袁世凯当选为中华民国第一届大总统。宣布时，台下掌声稀稀拉拉，原因是国民党议员不肯鼓掌，进步党和其他小党的议员疲极无力，也不愿意鼓掌。
虽然如愿当了总统，但袁世凯并不高兴，认为国民党让他下不来台，而进步党又太无能，尤其是在不得不进入决选时，居然让他和黎元洪并列，实在是贬低了他的身价。
所有这些抱怨最后都会被归结到对共和制度的不满上来。10月10日是武昌起义后的第二个“双十节”，袁世凯在太和殿举行大总统就职典礼。典礼的第一个程序是读誓词，誓词为：“余誓以至诚执行大总统之职务，谨誓。”
有人离袁世凯的座位非常近，侧耳静听，袁世凯先高声读了一个字“余”，继而读“誓以至诚”，声音却微弱到了几乎听不到的程度，接着再读“执行大总统之职务”，调门恢复至洪亮有力。到了“谨誓”，重又变得低沉起来。
言为心声，不诚无物，袁世凯读誓词时声音的忽高忽低，似乎也在一定程度上反映出，他真正感兴趣的其实只是“执行大总统之职务”以及由此所享受到的权力。
下午，为庆祝总统就职，袁世凯下令北洋军举行阅兵仪式。已卸去代总理职务的段祺瑞以陆军总长身份担任阅兵总指挥。在袁世凯阅兵的时候，他始终陪同其后，亦步亦趋。
因帮助袁世凯镇压“二次革命”有“功”，段祺瑞被封一等勋位，此次担任阅兵总指挥，更标志着他的声望和政治优势全面超越“北洋三杰”中的王士珍、冯国璋，真正成为北洋系中排名仅次于袁世凯的第二号人物。
有评论说，这时的段祺瑞已被袁世凯倚为“干城肱股”。在袁世凯正式就职总统初期，这样的说法并不为过，当时凡袁世凯碰到有关大局之事或难以处理的问题，一般都会安排段祺瑞亲自出马。
“二次革命”后，袁世凯最不放心的人，已不再是流亡海外的孙中山、黄兴，而变成了湖北的黎元洪。黎元洪为人处事一向唯唯诺诺，对袁世凯也从没有表现出什么“不臣之心”，但湖北地处要冲，战略位置显要，黎元洪身上又有着“开国元勋”的光环，一旦有了异志，登高一呼，其后果实难预测。
这个可能性不是完全没有，“二次革命”初起时，黎元洪就曾通电劝告国民党息兵，并有“元洪誓以铁血担保共和”之语。虽然立场仍是站在北京政府一方，可与袁世凯、段祺瑞坚决予以武力镇压的态度毕竟还是有所不同，这也导致有些国民党人对黎元洪尚存好感。
再退一步说，就算黎元洪本人能够一直安分下去，也难保别人不借他的声望来反袁。总统选举就是一个最好的例子，之后到副总统选举，黎元洪一次投票即当选，全场一致鼓掌，掌声比袁世凯当选那天晚上不知响亮了多少倍。明眼人都能看出，这是国民党人的功劳，而国民党人这样做，目的无非是要给袁世凯难堪。
经过一番暗中运作，袁世凯决定以迎黎北上的办法来解决这个问题，这一办法也得到了黎元洪的配合——自武昌起义后，黎元洪虽然位高名显，但一直受部下挟制，所以也有急于脱离湖北的愿望和想法。
黎元洪是湖北地方可以利用的一块金字招牌，倘若迎黎北上的消息被提前泄露给当地军政界，就很难轻易脱身，同时黎元洪一旦离开，湖北也必然会出现人心动荡的情况。这都是让袁世凯感到棘手的地方，为确保万无一失，他决定派段祺瑞到南方进行具体操作。
裂痕
1913年12月8日，段祺瑞南下武汉拜访黎元洪，之后宣布北归，黎元洪过江送行。到火车站后，段祺瑞下车，黎元洪则留在车上并就此乘车北上。
整个计划天衣无缝，而且事先被高度保密，仅段、黎及一两个高级幕僚知道实情。
送走黎元洪，段祺瑞即奉命暂代黎元洪的湖北都督一职。早在辛亥革命时，他就署理过湖广总督，现在以中央大员身份兼任地方，自然没人敢说不行。
按照黎元洪临走前留下的计划，段祺瑞对湖北军事进行了整理。由于行动周密，准备充分，一切程序都进行得非常顺利，因黎元洪北上而在短时间内掀起的波澜也迅速归于平静。
不到两个月，已稳住湖北局面的段祺瑞又被袁世凯调回北京，用以对付另一个大患——白朗起义军。
白朗起义是北洋时代规模最大的农民起义，同时也是中国历史上最后一次农民起义。起义军自在河南揭竿而起后，以“打富济贫”为口号，应者云集，声势浩大。其影响之广，连南方的国民党都对此引起重视，“二次革命”期间，黄兴就曾写信给起义领导人白朗，要求配合讨袁。
中国古代的农民战争虽然也可以称之为革命，但起义领导人的政治诉求基本都局限于“风水轮流转，明年到我家”，而且起义本身对社会经济具有极强的破坏性。据记载，白朗军在占领洮州后，城中所有房屋大半被付之一炬，葬身火海者不计其数。老百姓在争相出逃的过程中互相践踏，各城门“积尸高至数尺”。白朗军也因此被称为“狼匪”，领导者白朗更被称为“白狼”，可见其在时人眼中，行为几与土匪无异。
北洋政府成立后，袁世凯调动军队对白朗军进行过多方“追剿”，但白朗军不但未被消灭，反而日益壮大，三年间经略中原，征战千里，破城四十余座，夺关隘无数，引得朝野上下一片惊恐。
负责“追剿”白朗军的主将是河南都督张镇芳。张镇芳在清末考中过解元（即举人第一名），读书应试是一把好手，唯不知兵，用袁世凯的话来评价，乃“一介书生”。在他的指挥下，许多参加“追剿”的北洋正规军都受到了很大损失，甚至还有全军覆灭的。
由于张镇芳“剿”办不力，袁世凯决定免去他的职务，由段祺瑞兼任河南都督，全权指挥对白朗军的“围剿”。
1914年2月，段祺瑞赶到河南信阳，召开鄂豫皖三省剿办会议，并在会上制定了“不在急击使散，要在合围聚歼”的作战方略。
白朗军和历来的农民起义军一样，都具有作战灵活机动的特点，一旦散开，官军根本就抓不住。冯玉祥也参加过对白朗军的“围剿”，他回忆那时经常从上司那里接到十万火急的电报，一会儿说白朗军到了这里，一会儿又说到了那里，弄得他疲于奔命，乃至于都不知道对方是“打哪里窜走的”。
段祺瑞取“合围聚歼”之策，是吸收了曾国藩“剿灭”太平天国的经验。同时，陆军总长的身份，也使得他在调兵遣将上运用裕如——陆军部前后共抽调了北洋正规军和三省地方军数万人，已足以形成合围之势。
由于袁世凯担心陆军总长一直在外，反而会让各国驻华公使对白朗军更加重视，从而影响他及北洋政府的声誉，所以在段祺瑞尚未完成“围剿”目标之时，就将他调回北京。虽然段祺瑞没能亲手消灭白朗军，但他所主导的各省“会剿”还是把白朗军逼入了不归路。几个月后，白朗中弹身亡，白朗起义也以失败告终。
就在段祺瑞不辞辛劳，替袁世凯鞍前马后东征西讨的时候，二人之间的裂痕却在不断扩大。
袁、段的矛盾不是一朝一夕形成的。“二次革命”前，按照制度设定，国家军事大权本应由陆军部和参谋部分掌。可参谋部只是个毫无实权的空壳，以至于袁世凯想让黄兴当参谋总长黄兴都不愿干，最后只得由当时尚在武汉的黎元洪遥领。参谋部的具体事务由参谋次长负责，实际发挥不了什么作用，更谈不上对陆军部进行牵制。
袁世凯为此在总统府设立了军事处，规定军机要务须由陆军部、参谋部提出处理方案，呈请总统批示执行，具体怎么执行，由军事处研议。
就像民初的国会和政党政治一样，制度听上去都不错，但实际运作往往又是另外一回事。军事处原处长李书城是同盟会会员，毫无权力，甚至于连文件都看不到，到任不久就气得挂冠而去。李书城一走，日常事务便由副处长傅良佐完全负责。
傅良佐也是段祺瑞的幕僚出身，他自然不会对陆军部的事多插手，而段祺瑞也根本就不把军事处放在眼里，有时对袁世凯交代要办的事都爱理不理。
由于缺少制约，军事大权中的相当一部分尤其是军官的任免，一直被陆军部所掌握。对军官的进退，段祺瑞往往不请示袁世凯就直接下达命令，在他所提拔的军官中，又有很多是门生旧部。段祺瑞与这些军官函电往来，广泛联系，外人看来，从中央到地方已隐然形成一个派系，其势头犹如当年袁世凯与北洋系。
后来段祺瑞所谓的皖系当时实际并未形成，但袁世凯还是感到非常不安，他对段祺瑞的猜忌也开始一步步加深。