李圆通，京兆泾陽人。
他的父亲李景，以军士的身份隶属于武元皇帝，李景与他家里的僮仆黑女私通，生下李圆通。
李景不认他这个儿子，因此他又孤又贱，后来把他送给了隋高祖家。
等到高祖做隋国公时，提拔李圆通当参军事。
当初，高祖年少的时候，每逢宴请宾客，常常叫李圆通当监厨。
李圆通个性严谨，高祖的左右和婢女仆人都敬畏他。
只有世子杨勇的乳母仗着被宠爱而轻视他。
还没有招待宾客，乳母就常来厨房要这要那，李圆通不答应，她拿着东西就走。
圆通生气，就呵叱厨师打她几十下，叫喊的声音在楼内响起，大小辟员和身边的侍从，为此都替他害怕得失去了颜色。
宾客离开之后，高祖都知道了，于是召见李圆通，让他坐下，并赏赐他美食，从此以后特别地厚待他，认为他堪当大任。
高祖作了相国，封他为怀昌男爵。
过了很久，又授给他帅都督，晋封为新安子爵，把他当心腹。
李圆通力大快捷，擅长武功。
北周的诸王子一向害怕高祖，常常钻高祖的空子，谋划做不利于高祖的事，高祖多次靠李圆通的保护而免遭不幸。
高祖深深感念，于是让他参与政事。
授给他相国外兵曹的官职，仍然兼任左亲信。
不久授他上仪同。
高祖受禅后，授他为内史侍郎，兼任左卫长史，加爵位为伯。
历任左右庶子、给事黄门侍郎、尚书左丞、代理刑部尚书，很受信任。
后来担任左丞，兼任右翊卫骠骑将军。
在讨伐陈国的战役中，李圆通以行军总管的身份跟从杨素出兵信州，因功晋升为大将军，加封为万安县侯，授他扬州总管长史，不久转为并州总管长史。
秦孝王为人仁爱善良，处理事情缺乏决断，因此，府中的事情大多由李圆通处理。
后来李圆通进朝廷，做司农卿，兼粟内史，升迁为刑部尚书，数年后，又做了并州长史。
秦孝王因奢侈犯了罪，李圆通也因此罢了官。
不久李圆通又代理刑部尚书。
仁寿年间(601～604)，李圆通因是功勋老臣晋爵为郡公。
隋炀帝继位，授李圆通兵部尚书。
炀帝驾临扬州时，让李圆通留下镇守京都。
李圆通判决宇文述把田归还给老百姓，宇文述告他接受了贿赂。
隋炀帝大怒，征召李圆通，在洛陽面见炀帝，因此被免官。
李圆通因担忧害怕得疾病而死。
后追封他为柱国，爵位和从前一样。
他的儿子孝常，在大业(605～616)末年做了华陰县令。