自汉至清，支配我国思想界的主流，为魏晋的玄学，隋唐的佛学，宋明的理学，两汉经学在这一期间等于中断，这时期中比较可注意的几点是：（一）今文经学的首先衰落；（二）南北学的分化；（三）隋唐义疏之学的兴起；（四）宋明理学的影响。
自汉魏间郑玄、王肃混淆今古文家法，而实际左袒古文经学，加以晋永嘉之乱，今文经传大部分亡失，今文经学就从此衰落下去，而古文经学则相对地日渐开展。
在魏晋玄学清谈的空气中，王弼注《易经》，何晏注《论语》，虽不免受道家思想的影响，大体仍以汉学为根据。南北朝时，南北经学的倾向颇有不同。最显著的分歧点，就是南方尊重郑玄的《易》注，杜预的《左传》注，北方尊重王弼的《易》注，服虔的《左传》注。
南北朝至隋唐间，所谓义疏之学发生，义疏者就汉儒经注再加以疏释之谓，就是注解的注解。两者合而言之，叫注疏，分而言之，“注”一类的东西，有传、记、笺、注、诂训、解诂、章句、章指、集解等；“疏”一类的东西，有义疏和正义。它们的体例是：注不破经，经不破注，注或迂曲，疏必繁称博引以说明之，但后来清人有些疏也纠正注的错误。义疏之学盛于唐，唐初孔颖达、贾公彦作五经注疏，为当时政府规定的经学标准。唐以科举取士，违反孔、贾义疏的就不予取录。孔氏所采经注以南学为主，将北学合并到南学里面，于是王弼、服虔之学散失，而唐之义疏风行于世。
宋儒讲经，不重视古注，各自发明义理，因研究方法的不同，终于形成了三派：一派以程颐、朱熹为代表，相当地采用归纳法；一派以陆九渊、杨简（慈湖）为代表，纯粹用演绎法；一派为批评派，以叶适（水心）、陈傅良（止斋）为代表，号称浙学，此派不空谈性理，而注重事功，再分为金华派（出于吕东莱）、永嘉派（出于陈傅良）、永康派（出于陈同甫）。宋儒理学虽系根据经书立说，实系自有体系，另详理学一章。
元明两朝，因朱熹之学为朝廷提倡，取得正统地位，陆象山之学得王阳明继续阐扬，也为当时学者所信仰，他们两派都是借经学讲理学，本不以经典为主，降至末流，便将经学书搁置不读，专门空谈，所以经学因而衰落。清代儒生，因矫时弊而反对理学，提倡朴学，学术风气为之大变。