考证学派所用的方法是欧洲研究自然科学的方法。我们从考证学大师戴东原的治学方法可以证明。梁启超曾举出它的十大特点，大意如下：
（一）凡建立一个主张，必须依靠证据。
（二）选择证据，以时代为标准，时代越古的证据，就越认为可靠。
（三）孤单的证据不能建立确定的结论：其无反证者暂时保存之，得有续证则渐又信仰之，遇有力之反证则抛弃之。
（四）隐匿证据或曲解证据，都认为不道德。
（五）最喜欢集合许多同类的事项，作比较的研究，而探寻其一般的规律。
（六）采用旧的学说，必须明显地引用，反对暗中偷用。
（七）彼此见解不同，尽量发展论争，弟子也可以驳难本师，被批评者并不生气。
（八）论争以本问题为范围，采客观的理智的态度，对于对方意见亦同样尊重，反对谩骂讥讽及牵涉题外。
（九）喜欢专门研究一个问题，作深入的探讨。
（十）文体主张朴实简洁，反对啰啰唆唆。
以上这十种方法，显然是西洋所谓实证主义的具体应用。胡适也曾经说过清代考据之学的特点有两个：（一）大胆的假设；（二）小心的求证。这两者就是科学方法的要点。
清代学者所用的方法虽然是进步的，但所研究的对象非常狭隘，所获得的成果非常微末——虽然有极可宝贵的收获，但就多数学者所耗费的精力而比例地说，那成果是相对地小。除天文学及算学外，广大的自然科学领域完全不被清代学者涉及。即就古学而论，所谓名物制度的考证是很少有辉煌的成绩的。最大的收获只是在文字训诂方面。当时以考证著名的有戴东原及惠栋两派，戴派比较地富于批评精神，研究的成绩就比较多，文字训诂方面的收获是他们的功劳，惠栋派拘守汉儒传统，缺乏批评精神，其考证支离琐碎，不得要领。