讲实证的学术，分科繁而派别少，尚玄思的学术则相反。国学以古书为对象，文字艰深古奥，又不免有遗漏和错误，后世的人无法去找古代的原作者来质疑，就只好凭自己的意思来解释，因解释的不同，而派别便产生了。以前说的“义理”、“考据”、“词章”的三种学术，虽然是三个部门，但同时也是三个派别，因为学者所采取的道路不同，对于同一古书的解释会得到相异的结果。所以曾国藩说他们“各执一途，互相诋毁”。
在考据学全盛的清代中期，所谓桐城派词章之学也抬头起来。桐城派文人以“载道之文”相标榜而讥诮考据学的支离破碎，无补于圣道。考据学者则讥诮桐城派文章没有内容，根本无所谓“道”。考据学者批评义理之学的空疏，可是义理学派也讥诮他们的破碎支离。这几派之中，考据派在学术界虽然称霸，但清政府所奖励的却以义理之学为主。
义理学派即所谓宋明道学，因其解释经书遇着难解之处，不去找许多古书参证，考查原来的意义，只是“望文生义”，照字面去讲，所以人们说它空疏。其实这个学派不是完全不查考古字的意义，不是完全不注意古书的遗漏错误，我们一看《四书》的朱注便知。这个学派的特点，是在于借孔孟的话来宣传自己的学说，朱熹（晦庵）的四书注，就是宣传他的理气二元论。陆九渊（象山）更公然说“六经皆我注脚”。的确，他们表面上是注解经书，实际上是拿经书注解自己。可是朱熹还不敢公然这样讲，他的意思只是说，按之人情物理，孔孟的这些话应当这样解才对。朱氏是主张“格物致知”的，这就是从研究人情物理去了解孔孟之道。
因为这一点，使朱陆又分成两派。朱氏的学术，渊源于程颐（伊川），所以这派叫程朱派。陆象山之学，到明代王守仁（阳明）而有澈底的发展，所以这派叫陆王派。程朱之学，讲求穷理尽性，称为理学。陆王也讲理，但程朱的理有客观性，而陆王的理是纯主观的，陆氏说“心即理”，所以人们为与程朱的理学分别起见，又叫陆王之学为“心学”。
义理之学大致和现代所谓哲学相同，所以有派别，无分科。考据之学和现代所倡社会科学相像，所以有分科，也有派别。可是因为研究的对象不是社会而是古书，所以考据之学的派别，不是从理论上分的，而是从古书的传授系统上面分的。汉朝在秦始皇焚书坑儒以后来提倡经书的研究，许多儒生都用当时通行的隶书写着经书进献，据说是因为古经原本已不容易觅取，他们这些儒生都是凭着口耳相传的方法，一代一代地传授下来的。后来却有人贡献古本经书了，那些书据说是藏在什么古建筑物（如孔子故宅）的夹壁中间，或者什么山岩里面，被人家发现出来的。有了这一套古字的原本，于是就有一班儒生来研究它。由于这种版本和前面那种所用的文字有古今的不同，于是在研究者方面就分出今文派和古文派。
其实两者的分别不但在文字上，就是内容也有不同的地方，特别是思想方法方面（这点后面再说）。这两派经学家所做的事，或系考证古书的真伪，或系考证古书上的名词器物和制度，或系探讨古代文字的意义，或系探讨经书的微言大义，所以一般称为考据之学，因为考据之学创于汉朝，又称汉学，而和汉学相对待的义理之学，因为创于宋代，就叫宋学。
在词章之学方面，古文和骈文不但是两个门类，同时又是两个派别的名称。骈文是四六对偶的文体，古文（这个古文和经学上的古文，名同而实异）是不要对仗的散文，研究骈文的就反对古文，研究古文的就反对骈文，因而形成两大派别。清代除这两大派对立外，古文派内部又有桐城派和阳湖派的分别。