有一些关于GID的病因理论，但大多数都几乎没有实证数据的支持。在生物方面，一些激素的数据对这种障碍的形成提供了耐人寻味但非特异性的生物学证据。心理学理论则研究家庭的影响，尤其是亲子关系。
1.生物学理论
神经解剖学的研究已确定了男女大脑的差异（Michel et al.，2001）。一项研究发现，男性易性症者的大脑尺寸和形状与女性异性恋的大脑类似而不同于男性异性恋（Zhou et al.，1995）。但为什么男性易性症者的大脑结构不同，这一原因目前尚不清楚，但可能是产前激素不平衡造成的。虽然这些研究结果是耐人寻味的，它们需要被多次验证后才可以得出确切的结论。
可能造成GID的一种激素环境是先天性肾上腺皮质增生症（congenital adrenal hyperplasia,CAH）。患有CAH的男孩和女孩都缺少制造激素皮质醇和醛固酮所必要的酶，因此，身体产生过多的雄性激素，造成两性过早和不恰当的男性性发育。患有CAH的女孩在出生时外阴性别不明，这种情况多出现于男性身上。随着她们的成长，这些女孩逐渐发育出男性第二性征如声音低沉、出现面部毛发。男孩早在两三岁时即进入青春期。
除了身体上的差异，患有CAH的女孩比未患CAH的女孩更多地表现出跨性别角色的行为（Berenbaum et al.，2000；Cohen Bendahan et al.，2005；Zucker，2004）。她们确实随着年龄增长变得更加女子气，但一些患有CAH的成年女性（特别是症状严重的）比未出现激素失调的女性对异性更少产生兴趣而且女子气更少（Hines et al.，2004；Long et al.，2004）。我们仍然不知道，CAH或任何其他激素不平衡是否会导致GID的出现。我们只知道这种情况会影响产前激素水平、身体性征的发育和性别行为。理解CAH可以帮助我们理解女孩而不是男孩的GID发展。
2.心理学理论
精神分析学家假定，父母的拒绝可能对GID的发病起到一定的作用。例如，如果父母想要一个女孩，但他们却生了个男孩（Sharma，2007），他们可能会拒绝这个儿子。这种拒绝可能会导致男孩使自己的行为方式像一个女孩，以此来取悦父母。尽管父母强化孩子的男子气或女子气行为会使这些行为出现频率增加，但似乎单纯强化并不影响性别认同。一个众所周知的案例（Green＆Money，1969）表明，生物因素比环境因素的影响力更强。
约翰和他的弟弟是同卵双生子，在他们的割礼仪式上，医生不小心割掉了约翰的阴茎。通过和医生的多次协商，约翰的父母同意将他作为女孩哺养，给他重新起了个名字叫简。他的父母将简当成女孩看待并给他女性穿戴。在青春期，简被实施了女性激素重置治疗以使其发展出女性第二性征（乳房的发育）。尽管做了所有努力，简从不视自己为一个女孩并对成人的这些努力表现出反叛行为。最终，在14岁时父母告诉了她真相。有意思的是，约翰回忆起他在二年级的时候就怀疑自己其实是个男孩。在成年期，约翰做了性别重置手术，以男性身份生活、结婚并收养了三个孩子（Diamond＆Sigmundson，1997）。然而这个故事并没有一个幸福的结果，约翰患上了抑郁症，2004年，他在39岁的时候自杀了。
约翰自杀原因不明，但可能包括他不寻常的童年经历和具有抑郁症的明显家族史，约翰的母亲和孪生弟弟都患有抑郁症（Colapinto，2004）。他的孪生弟弟死于服用过量的抗抑郁药，约翰在他20多岁的时候曾两次企图自杀。虽然约翰的故事以悲剧结尾，它却给我们提供了一个重要的见解：单靠环境因素并不能克服生物学因素而建立或改变对性别的认同。