瞿式耜，字起田，常熟人。是礼部侍郎瞿景淳的孙子，湖广参议瞿汝说的儿子。他考中万历四十四年(1616)榜进士。授吉安永丰知县，任职期间实施利民政策。天启元年(1621)朝廷要调他到江陵。永丰县百姓请求让他留下来，朝廷任命他继续担任永丰知县。后来因为守丧回家去了。
崇祯元年(1628)他提升为户部给事中，上书说李国木普应该留在内阁，王永光应该主管选拔官吏，曹于汴应该掌管宪令，郑三俊、毕懋良应掌管户部事务，李邦华应主管军事。崇祯皇帝多半采纳了他的建议。不久他上书叙说朝政不公正，为王之肕请求抚恤，为孙慎行诉冤，请求立即杀掉杨镐、王化贞，澄清杨涟、左光斗勾结害人的不白之冤，追论原任辅臣魏广微、顾秉谦、冯铨、黄立极的罪过，进而又说到放弃守丧出任并为自己建祠的朱童蒙不可宽恕，罪恶累累长期免职的汤宾严不可使用。崇祯皇帝也采纳了他的建议。又极力论述来宗道、杨景辰曾追随逆党不能让他们在政府任职。他们俩不久也被罢免离去。御史袁弘弹劾大学士刘鸿川，实际上是逆党徐大化在主使他。川贵总督张鹤鸣以先曾被罢免，他重新得到起用是由于魏忠贤的帮助。式耜一并上书诉说。后来，他又赞扬杨莲、魏大中、周顺昌是清官中的清官，忠臣中的忠臣，这三个人因而得到追赠和加谥。没多久，上书对时事提出了七点建议：“起用废除官吏不能不审核，官吏提升不能不循序进行，选举官吏不能不谨慎。谥典应该严格把关，法纪应当整顿，评价人物应该仔细，对依附宦官的人应当加以区分。”又极力论述了馆阁用人中存在的奔走请告的弊端，要求崇祯皇帝亲临现场加以考试。最后说：“古代帝王身边设有左、右史记录天子的言行举止。现在陛下经常召集大臣问话，应该让史官在身边加以记录，向朝野公布。”他所说的事经过讨论大多得以实施。当时朝廷即将议论逆党一案，他请求把红本下发给大臣，以便确定这些罪行的轻重，又说宣府巡抚徐良彦没有追随谋逆的阉党，被崔呈秀诬陷弹劾贬到边疆充军，应当立即加以提拔任用。良彦于是得到起用。
式耜胆大口直地建功立名。所提出的建议大多符合皇上的心意，但是他敢于攻击豪门权臣，大臣们都害怕他的一张嘴巴。十月崇祯皇帝下诏让朝廷推选内阁大臣，礼部侍郎钱谦益因为同事周延儒正因为论事受到皇上的宠爱，担心和自己一起推荐上去自己就会落选，于是打算阻止他被推荐的可能性。式耜是谦益的门人，就为谦益向当权者游说，要大家把延儒排斥不予推选。而把谦益排在第二位。温体仁于是首先告发了他们，延儒也帮着他说话。谦益被免除官职，式耜因此被贬了官。式耜曾经颂扬过贵宁参政胡平表杀贼的功绩，请求提升他。后来平表做贵州布政便，因办事不谨慎被罢官。式耜因此又被贬官二级，也就是罢官在家了。很久以后，常熟的一个奸民张汉儒迎合温体仁心思，攻击谦益、式耜贪婪、放肆、不守法。体仁在朝中做主，下令法司逮捕他们治罪。巡抚张国维、巡按路振飞先后上书为他申冤，崇祯皇帝没有听取他们的意见。等到他们两人下狱后，体仁已经罢官，案件稍稍缓解。谦益因此削去了官籍。式耜用钱赎罪出狱。谏官上书推荐式耜，崇祯皇帝没有采纳。
十七年(1644)，福王在南京即位。八月起用式耜做应天府的府丞。后来，提升为右佥都御史，代替方震孺巡抚广西。第二年夏天，他刚抵达梧州，就听到南京城被打下。靖江王亨嘉打算僭取皇位，召式耜见他，式耜拒绝了他没有去，而且传檄文给思恩的参将陈邦传要他帮助把守，阻止了狼兵过去，不要听从亨嘉的调遣。亨嘉到梧州，劫持了式耜，把他囚禁在桂林，并派人去取回他的敕印。开始，式耜主张立桂端王的儿子安仁王。等到唐王监国后，式耜认为按照辈份、排行他不应该立为皇帝，就没有奉表劝进，到现在被亨嘉囚禁在这里了，就派遣使者前去为唐王祝贺，并请求帮助。唐王高兴起来，而这时亨嘉遭受丁魁楚的攻击，形势难堪，就只好释放了式耜。式耜与中军官焦琏召邦传一同捉拿了亨嘉，叛乱才平定下来。唐王提升式耜为兵部右侍郎，协助管理军事，暂时由晏日曙代理着。式耜没有入朝，而是退居广东去了。
顺治三年(1646)九月，大清兵打下了汀州。式耜与丁魁楚等人决定立永明王由榔为皇帝，于是到梧州迎接永明王，于十月十日在肇庆监国。永明王晋升式耜为吏部右侍郎、东阁大学士，兼管吏部事务。不多久，赣州失败的消息传来，司礼王坤逼迫永明王前去梧州。式耜竭力阻止，没有成功。十一月初一，苏观生在广州拥立唐王聿钅粤。式耜于是同丁魁楚等约定迎接永明王回肇庆，派遣总督林佳鼎抵御苏观生的部队，林佳鼎战败死了。式耜到峡口检阅部队去了。十二月十五日，大清兵打下了广州。王坤催促永明王西逃。式耜前往追赶永明王，永明王已越过梧州向西去了。
四年正月，大清兵打下了肇庆，逼近梧州，巡抚曹晔迎降。永明王请求前去湖广依靠何腾蛟。丁楚魁、吕大器、王化澄都离开永明王各自走散，只有式耜以及吴炳、吴贞毓等跟从在身边，于是从平乐抵达桂林。二月，大清兵袭击平乐，同时分出兵力奔赴桂林。永明王打算逃往全州，式耜极力陈述桂林的形势，请求永明王留下来，永明王不听。式耜请求让自己留下来守卫桂林，永明王同意了。同时提拔他为文渊阁大学士，兼兵部尚书，赐给他尚方宝剑，给了他便宜行事的权力。平乐、涛州相继被打下，桂林的形势很危险。总督侍郎朱盛浓逃往灵州，巡抚御使秦延泰逃往融县，布政使朱盛氵调、副使杨垂云、桂林知府王惠卿以下的官员都逃跑了，只有式耜与通判郑国藩、县丞李世荣以及都司林应昌、李当瑞、沈煌仍然留在这里。永明王任命兵部侍郎丁元晔接替盛浓，御史鲁可藻取代延泰。他们还未动身，大清兵已于三月逼近桂林，派几十个骑兵突然进入了文昌门，登上城楼俯视式耜的公署。式耜赶忙命令援将焦琏抵御。
当初，永明王有一次被贼兵捉住，焦琏率领队伍攀上爬墙，进去砸坏枷锁把他救了出来。永明王病得不能走路，焦琏就背着他走。永明王因此感激焦琏，就借他打败清江王的战功，让他做了参将。到这个时候焦琏在桂林守御作战达三个月，功绩最大，元晔、可藻也尽了力。式耜冒着敌人射来的箭和打来的木雷石，与士兵们同甘共苦。老天连续下雨，城墙被浇坏了，官兵们面无人色，式耜仍然平静地监督守城，所以官兵们没有投降的想法。援兵来讨军饷，趁机起哄，式耜把仓库中的东西全拿出来还不够，他的妻子邵氏捐出簪珥帮助凑。不久焦琏的部下官兵不和，一哄而散，桂林城几次差点被打下来。正好这时陈邦彦等人攻打广州，大清兵退出向东去了，桂林才得以保全。焦琏也收复了阳朔和平乐，陈邦传也从浔州出兵收复了梧州。永明王听到捷报，封式耜为临桂伯，焦琏为新兴伯，元晔等人也不同程度地升了官。
式耜当初请永明王返回仓州，永明王不听。后来，请求他回到桂林。永明王已经答应，碰上武冈失守，永明王从靖州逃往柳州，式耜又请永明王回到桂林。十一月，大清兵从湖南逼近全州，式耜同腾蛟一起打退了我军。后来，梧州又被打下来，当时永明王正在象州，打算逃往南宁。因为大臣的竭力劝阻，才在十二月份回到桂林。
五年(1648)二月，南安侯郝永忠驻守桂林，厌恶城外的团练兵，就把护城河东的十八个村庄全部攻打下来了。杀死无数的百姓，并且同式耜制造矛盾。式耜极力和解，永忠才驻军兴安。大清兵前进到达灵州，永忠战败，跑回桂林，请求永明王当晚上就向西逃。式耜竭力劝阻，永明王没有听他。周围的人都请求永明王立即出发，式耜又极力争辩。永明王说“：你只不过是想让我为国家捐躯罢了。”式耜为劝说永明王流下的泪都沾湿了衣襟。结果还是没有用。永明王刚走，永忠就大肆抢劫，用棍子打死了太常卿黄太元，式耜家里也被抢劫了，家人假借腾蛟的令箭才得以出城逃命。中午，赵印选的军队从灵川到来，也大肆抢劫，桂林城内外被一洗而空。永忠逃到柳州，印选等逃往永宁。第二天，式耜灭掉城中还在烧着的火灰，安抚周围地区的人民。焦琏以及周金、汤兆佐、胡一青等各自率领的部队到来，何腾蛟的部队也到了。三月，大清兵得知桂林发生兵变，前来袭击，抵达北门。腾蛟率领各位将领防御作战，桂林城得以保全。当时永明王驻在南宁，式耜派遣使者过去慰问三宫起居的情况，永明王才知道式耜没有什么危险，并为他流下了眼泪。
闰三月，广东李成栋、江西金声恒都背叛大清，占据着当地归附永明王。式耜请求永明王回到桂林。永明王听从成栋的请求，打算前往广州。式耜担心成栋挟持天子，自我尊大，像刘承胤所做过的那样，就极力劝阻，于是永明王驻在了肇庆。十一月，永州、宝庆、衡州都得到收复。式耜认为有机会可乘，请求永明王回到桂林，谋划出兵湖北的计划，永明王没有采纳他的建议。庆国公陈邦传把守浔州，自称陈家也要守广西，想仿效黔国公的事例。式耜特意上书弹劾他，正好朝廷内外有许多人争论此事，邦传才罢休了。广西巡抚鲁可藻自署官衔巡抚两广，式耜也上疏批驳了他。式耜虽然在地方上，朝廷有什么过失，他一定会上书进谏。他曾说过：“我与主上患难相随，休戚与共，不同于其他大臣。朝中的一切大事，我应当知道。”永明王为此表扬、采纳了他的上书。而这时成栋的儿子元胤专制朝政，懂得尊敬式耜，袁彭年、丁时魁、金堡等于是就争着追随式耜。六年正月，时魁等人驱逐朱时麟，不想让何吾驺做首辅大臣，召式耜入朝值勤，把文渊东阁大学士的官印给了他，但式耜最终还是没有入朝。不多久，腾蛟、声恒、成栋相继战败身亡，国家形势危急。可是朝廷中间的官员都还在扶植党羽相互争斗，式耜也不能够制止他们。
七年正月，南雄被打了下来。永明王害怕了，逃往梧州。大臣们攻击时魁等人，把他们打入监狱中，式耜七次上书挽救他们。胡执恭擅自封赏孙可望，式耜上书请求斩了他，永明王都没有听取他的建议。九月，全州被攻占。开国公赵印选居住在桂林，卫国公胡一清请把守榕江，与宁远伯王永祚都害怕得不敢出兵，大清兵于是进入严关。十月，一青、永祚到桂林分取粮饷，榕江没有防守的军队，大清兵得以更加深入。十一月五日，式耜传令印选出战，他却不肯出兵，二次催促他后，他就带领全家逃跑了。一青及武陵侯杨国栋、绥宁伯蒲缨、宁武伯马养麟也逃跑了。永祚向大清兵迎降，桂林城中没有一个士兵守护。式耜孤单地端坐在府邸中，他的家人也疏散了。他的部将戚良勋请求他迅速上马离开，式耜坚决不听，把他喝退回去。过了一会儿总督张同敞来了，发誓要和他一同死，两个人开始相对饮酒，一个老兵在一旁侍候他们。式耜召来中军徐高把敕文、官印交给他，嘱托他骑马送到永明王那儿去。这天晚上，他们两人点上蜡烛在室内正襟危坐。黎明时分，大清部队的几个骑兵来了。式耜说“：我们等死已经等很久了。”接着就跟着他们走了，到达清兵营部就叉着腿坐在地上。叫他们投降，他们不肯听从，就被囚禁在民房中。他们两人每天赋诗相唱和，总共写了一百多首诗。到闰十一月十七日，他们即将被执行死刑时，苍天忽然电闪雷鸣，半空中传来三声巨响，周围的人都感觉到奇怪。式耜就这样与同敞一起死了。同敞是大学士张居正的曾孙，他的事迹详见于《张居正传》。