周遇吉，锦州卫人。从小就胆大，有力气，喜欢射杀鸟兽。后来参军入伍，每次打仗都率先登上城墙，累积战功做到京营的游击将领。京营中有很多高官、太监家的子弟，他们看遇吉为人质朴、粗鲁，有点瞧不起他。遇吉说：“你们都是些纨礻夸子弟，怎能抵挡大敌。干么不在没事的时候锻炼一下胆力，准备日后派个用场，却在这里浪费国家的粮食呢？”他的同事们都瞅着他傻笑。
崇祯九年(1636)，都城受到军队攻击，遇吉跟随尚书张凤翼几次同敌人血战，立了功，连升两级，当上了前锋营副将。第二年冬天，他又跟随孙应元等人到河南讨伐贼寇，在光山、固始作战，都取得很大胜利。十一年班师以后，得到了提升和赏赐。第二年秋天，遇吉又出兵讨贼，在淅川打败了胡可受，收降了他的全部兵力。杨嗣昌出兵襄阳时，遇吉跟着宦官刘元斌前往会师。正好张献忠快到了房县，嗣昌料想他一定会偷渡郧滩，派了遇吉去扼守槐树关，张一龙驻兵光化，贼寇这下就没敢来犯。十二月，献忠在兴安战败，打算逃到竹山、竹溪，遇吉又遵照嗣昌的军令赶到花街、草店，把守那里的要害地段，贼寇于是全部逃入四川境内。接着遇吉就跟随元斌驻守荆门，专门守卫献陵。第二年，他和孙应元等在丰邑坪大败罗汝才。又过了一年和黄得功在凤阳追败贼寇。后来在回师途中，又在寿张打败了另外一名贼将李青山，追赶到东平，差不多把他的人歼灭净尽，于是青山投降了。经几次晋升，遇吉做到了太子少保、左都督。
十五年(1642)冬天，山西总兵官许定国因罪被判处死刑，朝廷让遇吉接任。他到任以后就裁汰老弱士兵，修造甲仗器械，操练勇敢作战的兵马，使得全军极其精锐。第二年十二月，李自成攻占了整个陕西，即将来犯山西。遇吉认为黄河沿岸有一千多里，贼寇处处都可以渡过来，就分派部队抢守在上游，把下游蒲坂一带交给巡抚蔡懋德防守，又向朝廷请求增兵。朝廷派副将熊通带两千人来增援。十七年正月，遇吉命令熊通防守黄河。正好当时平阳守将陈尚智已经派人去迎接贼寇，让熊通回营劝说遇吉投降。遇吉喝斥道：“我蒙受国家的大恩，难道能跟着你背叛朝廷？而且你领兵两千，不能杀贼，还要反过来给他们当说客！”立刻把他斩了，把他的人头送往京师。到二月七日，太原失陷，懋德死于守城。贼寇于是打下忻州，包围了代州。
遇吉开始在代州阻止贼寇北犯，一方面凭借城墙坚守，一面偷偷出兵奋战。连续几天，杀了无数贼兵。当军粮吃光，救援无望时，只好退保宁武。贼寇又紧跟着到了，大喊如果五天不投降就杀掉全城的军民。遇吉朝四面八方发射大炮，打死了一万贼兵，火药就要用完了，城外的包围圈越来越小。有人请说些好话把贼兵骗走算了，遇吉说：“你们太胆小了！现在如果我们能打胜，全军都是忠臣义士；就是支持不住，把我绑了交给贼兵也就罢了。”于是在城内设下伏兵，派出弱卒诱引贼兵往城里边进攻，即刻放下闸门，杀死了先进来的几千名贼兵。贼寇用大炮轰炸城墙，城墙两次塌而强修，并且打伤了贼军的四员猛将。自成怕了，想退兵，他的将领们说“：我们的兵力有他一百倍那么多，只要用十个对付他一个，轮流攻打，没有不能获胜的道理。”自成听取了他们的意见。于是贼兵前队死了，后边跟上，不间断地猛攻。官军气力用完了，城就被打了下来。遇吉跟贼兵展开巷战，座下的战马倒在地上后，他徒步跳跃闪转，亲手杀死贼兵几十个人。他的身上像刺猬一样被箭射中多处，最后被贼兵抓住，他大骂不屈。贼兵把他绑在很高的木柱上，用乱箭射死了，又一片一片割下了他的肉。宁武城中的百姓、士绅受到遇吉忠贞、义勇的感动，在小巷中跟贼兵厮杀，打死的贼兵不可胜计。遇吉家里的孩子们开始跟随遇吉在外边跟贼兵搏斗，死得差不多了。他的夫人刘氏一向勇猛，率领几十名妇女守卫着山顶上的官署，她们登上屋顶射击贼寇，每一支箭射死一名贼兵，贼寇不敢靠近她们，便点火焚烧，她们全家都被烧死了。
自成召集手下商量说“：宁武虽然打下了，我们的将士也死伤了很多。从这里到京师，中间经过大同、阳和、宣府、居庸，都驻着重兵。如果都像宁武这个样子，我们的士兵还能剩几个呢？不如先回陕西休息，以后再来打吧。”定好日子就要逃走，可是大同总兵姜王襄的使者、宣府总兵王承荫的投降书也送到了，自成更加高兴。于是决定长驱直入，经过大同、宣府到了居庸。太监杜文秩、总兵唐通打开城门，引贼入城，京师就这样失守了。贼寇后来经常对人说“：别的兵镇再有一个周总兵，我们怎么能有今天！”
福王在位时，追赠遇吉为太保，谥忠武，把他放在旌忠祠里加以祭祀。