李继贞，字征尹，江苏太仓州人。万历四十一年(1613)进士。任命为大名推官，提升兵部职方主事。天启四年(1624)秋天，主持山东科举考试，因指责魏忠贤而被降低官级，不久剥夺他的官籍。
崇祯元年(1628)起用为武选员外郎，提升为职方郎中。这时军事文书普遍增多，职方特地增设郎中一职，协助管理有关事情。李继贞干练敏捷，尚书熊明遇很信任并倚重他，说：“副将以下你推举的，我画押签字就行了。”
崇祯四年(1631)，孔有德在山东造反，熊明遇主张招抚，李继贞上疏陈述不同意见，还请求调关外官兵到内地镇压。熊明遇不能听从他的意见，最终还是用李继贞的计策消灭了贼人。当初，延绥有人造反，李继贞请求拿国库的银子，用董抟霄的“人运法”，买米运送到前线部队。并且命令四方要支付赎金和捐款的人，运送粮食到边境，用来安抚饥民。又说：“兵法招抚、围剿并用，所谓招抚并不是招抚贼人，而是招抚跟着贼人的饥民。现今一斗米要四钱，已经跟着贼人的还很少，没有跟随贼人但势必要跟随贼人的却有无数的人。请求按照神宗特别派遣御史发放粮食赈救灾民的先例，运送三十万粮食，来安抚饥民，使他们不成为贼人，以此孤立贼人的势力。”皇帝被他的话感动了，派御史吴生生带着十万两银子前往。李继贞认为太少，皇帝不听，后来贼寇果然一天天地强大起来。
李继贞为人性格刚强而不肯低首下人，处理事情公正，拒绝开后门。大学士周延儒，跟李继贞同一年考中进士，委托李继贞为总兵官。李继贞瞪大眼睛推辞说：“我不接受命令，一定会受刑罚处分。刑部监狱很宽敞，可以容纳李继贞。”周延儒怀恨他。此后，加封尚宝寺卿，应当提升了，皇帝就命令他长期担任此职。田贵妃的父亲田弘遇要以祖先的功勋请求破格提拔没获允许，多次上疏诋毁李继贞，皇帝不听，宦官曹化淳想任用自己的私党为把总，李继贞不同意，于是嘱咐戎政尚书陆完学跟尚书张凤翼说话，让张凤翼采纳李继贞的建议。曹化淳很不高兴，跟田弘遇每天等待机会，向皇帝进谗言。因为小的失误，降了李继贞三级官。正好记录甘肃的功劳，李继贞请求皇帝起用原巡抚梅之焕，皇帝于是发怒，剥夺李继贞的官籍。此后，讨论四川桃红坝的功绩，恢复李继贞的官籍，致仕。
崇祯十一年(1638)他被推荐起用，担任两京尚宝卿。第二年春天皇上召对，李继贞陈奏水利屯田十分详细，提升为顺天府丞，不久破格提拔为兵部右侍郎兼右佥都御史，巡抚天津，监督蓟、辽军饷。于是大兴屯田，向皇帝提出划分土地、招徕佃农、农田用水、选拔官员、轻徭薄赋五项建议。白塘、葛沽数十里之间，庄稼获得极大的丰收。
崇祯十四年(1641)冬天，下诏派水军支援辽东，因准备战舰不足，被除名。第二年夏天，征召任命为兵部右侍郎。患病，死在上任途中。当天傍晚，有一颗星星在院子中间陨落了。赠封为右都御史，荫封一个儿子做官。