陈瞞，字朝爵，广东翁源人。嘉靖末年，担任指挥佥事。随军讨伐英德强盗立下战功，提升为广东守备。参加平定大强盗赖元爵和岭东的残匪。万历初年，征讨平定高要土匪邓胜龙，又平定揭阳土匪和山匪钟月泉，多次提升到代理都指挥佥事，佥书广东都司。
政府军攻打诸良宝，副将李成立战败，总督殷正茂请求临时授予陈瞞参将职，让他自己统帅一支部队。土匪平定后，授予肇庆游击将军，调任高州参将。总督凌云翼将要大规模地征伐罗旁，先下令实行围剿。陈瞞一共扫荡九十个敌据点。不久，兵分十路大规模征讨。陈瞞从信宜进入，会合各路军，消灭了敌人，在当地设置罗定州和东安、西宁二个县。随即提升陈瞞为副总兵，代理东安参将事宜。不久，残匪杀死官民。责令陈瞞带罪杀贼。陈瞞会合其他将领朱文达等攻占石牛、青水各据点，捕获斩首三百六十多人，照原样给予他俸禄。
这时东安刚刚安定，陈瞞大兴土木，营建寺庙，役使他的部下，并且勒索他们出钱。士兵们都被激怒了，于是发生暴乱，抢劫州县，被巡抚御史罗应鹤揭发了，下诏剥夺了陈瞞的官职。不久抓住了匪徒，于是解除了对他的处罚，改任狼山副总兵。
陈瞞很有谋略，善于用兵打仗，然而所到之处都很贪财，又一次被弹劾剥夺了官职。废除很久了，朝廷中很多人爱惜他的才干，却不敢举荐他。万历二十年(1502)，朝鲜打仗，因为陈瞞熟悉倭寇的情况，命令提为神机七营参将。没多久，提拔代理都督佥事，充任副总兵官，协同防守蓟镇。第二年正月下诏以本官统领蓟镇、辽阳、保定、山东各军。抵抗倭寇保卫海防。正好朝廷议论封日本为王接受朝贡的事情，暂且休兵，改派陈瞞协助防守漳州、潮州。贿赂石星，被他揭发了，又被罢官回家。
万历二十五年(1597)，封日本为王的事情失败，起用陈瞞，恢复他的官职，统帅五千广东兵支援朝鲜。第二年二月提拔为御倭总兵官，跟麻贵、刘纟廷一起统帅部队。他的部下驻扎在山海关时大声喧哗，陈瞞受到谴责。不久命令他提督水军，跟麻贵、刘纟廷以及董一元分路前进，副将陈蚕、邓子龙，游击马文焕、季金、张良相等人跟着他们。士兵一万三千多人，战舰数百艘，分布在忠清、全罗、庆尚各海口。当初，敌人泛海出没，政府军缺乏战船，所以让敌人得志猖狂。等到看见陈瞞的水军，倭寇害怕不敢到海上行走。正好平秀吉死了，敌人将要逃跑，陈瞞急忙派遣邓子龙会同朝鲜将领李舜臣在丰道上截击敌人。邓子龙战死，陈蚕、季金等率军赶到，拦腰打击敌人，倭寇丧失斗志，政府军放火烧了敌战船。倭寇大败，逃脱登上岸的又被陆军歼灭，烧死溺死的数以万计。这时刘纟廷正攻打行长，把他赶进顺天城中。陈瞞派水军夹攻，又焚烧了敌人一百多条船，石曼子从西边支援行长，陈瞞在中途海面上将他截住，消灭了他，歼灭敌人三百多人。敌人退到锦山防守，政府军挑战，敌不出战。不久，渡海躲藏到乙山。这里悬崖深邃，道路险恶，官兵不敢前进。陈瞞率部队在晚上偷偷地摸进去，包围了岩洞。等到天亮，发炮，倭寇大惊失色，逃往后山，居高临下，负隅顽抗。众将士奋勇作战，敌人逃跑了。陈瞞分兵追击，将敌人一网打尽。论功劳，陈瞞第一，刘纟廷第二，麻贵第三。提升陈瞞为都督同知，世代荫封指挥佥事。
军队回来，碰上征伐播州的战役。任命陈瞞为湖广总兵官，由偏桥进军，副将陈良笿由龙泉进军，归陈瞞指挥。万历二十八年(1600)二月，军队驻扎在白泥，杨应龙的儿子杨朝栋率领二万士兵渡过乌江迎战。陈瞞在前面迎战敌人，而另分两支部队从两边包抄到敌军后面。匪徒受到小挫折，逃跑到龙溪山，与四牌的匪徒会合共同抵抗。四牌在乌江之外，与乌江之内的七牌都是五司的后裔，九股凶恶的苗民一向帮助匪徒。陈瞞广泛地招降安抚，于是进军龙溪。侦察得知敌人有埋伏，命令游击陈策用火器攻打。匪徒们占据天险，箭头火石像下雨一般。陈瞞首先登山，杀死后退的小校示众。把总吴应龙等人冲入敌阵，匪徒大败而逃，撤退到四牌保儿囤。陈瞞的二个副将迫近，中了埋伏。陈瞞招募敢死队跟随吴应龙等人猛攻，匪徒又一次失败逃跑，龟缩在山顶，晚上由山后逃走。天亮后追赶到袁家渡，再次打败敌人，四牌的匪徒于是全部被消灭了。
三月十五日，各军架浮桥渡江，得知强盗头子张佑、谢朝俸、石胜俸等人在七牌野猪山安营，陈瞞立即连夜进军抵达苦练坪。前锋跟敌人交战，后续部队到达，前后夹击。强盗逃进老林中，政府军于是进入苦菜关。碰上童元镇在乌江战败，陈瞞害怕了，请求撤退，总督李化龙不同意。陈瞞于是进军楠木桥，驻扎湄潭。匪徒全都聚集在青蛇、长坎、玛瑙、保子四座囤子里，地势都很险要，而青蛇囤为最。陈瞞商议，同一天进攻四囤则兵力不够，只攻击一囤，那么其余三囤一定来增援。于是先攻击三囤，然后进攻青蛇囤。陈良笿部也来会师，让他到囤后埋伏，另外派一支部队把守板角关，防止敌人逃跑。陈瞞统领各将大力攻击了三天，敌人死伤无数，三囤于是被攻占，青蛇囤四面都是悬崖绝壁，陈瞞包围了三面，用重金收买不怕死的人从玛瑙后面爬着树藤到山后放炮。匪徒惊慌失措，各路大军进攻，放火焚烧茅屋。匪徒退进囤内，木头石块纷纷落下。将士冒死冲锋，摧毁了两重大栅栏，前后夹击。匪徒大败，斩首一千九百多人，七牌的匪徒也被消灭了。
于是分兵六路，攻克大小三渡关，乘胜直达海龙囤下。各将都攻击海龙囤前面，唯独水西安疆臣在后面攻击。战局四十多天相持不下。部下接受匪徒的重礼贿赂，很多人与他们勾结，还偷偷地把火药送给匪徒，所以匪徒事前不做防备。后来陈瞞知道了，跟监军商量，让安疆臣后撤三十里。陈瞞也把部队转移到别处，在距离囤子一丈多远的地方安置一百多个铁牌，匪徒强劲的弓箭也就失去了作用。又用竹子削成箭板安放在栅栏前面，匪徒每天晚上出来抢劫，被竹箭板钉伤，不敢再出来了。杨应龙到了山穷水尽的地步，聚集在一起哭泣。李化龙当初下令，让各将分开时间轮番进攻。六月六日，轮到陈瞞和吴广进攻，陈瞞在晚上四更时分让士兵含竹木片上山。匪徒正在熟睡，杀死守关的匪徒，树起白旗，鸣放大炮。匪徒十分惊慌，四处逃散，杨应龙放火自焚。吴广的军队也到了，匪徒全部被消灭。
于是转移军队征讨皮林。皮林在湖广、贵州交界，跟九股苗接壤。有一个叫吴国佐的，是洪州司特峒寨的苗民，凶暴狡猾，是个无赖。他的叔父大荣因叛乱被杀，吴国佐收容了他的小老婆。黎平府把他逼得紧了，于是造反，自称“天皇上将”。他的党徒石纂太称为“太保”。联合攻击上黄堡，引诱参将黄冲霄并打败了他，把他追赶到永从县，杀死守备张世忠，把他烤着吃了。抢劫了七十多个屯堡，焚烧了五开南城，攻陷永从县城，包围了中潮所。这时正在征伐播州，抽不出时间来讨伐他们。播州平定后，偏沅巡抚江铎命令陈瞞和陈良笿联合兵力征讨他们，陈良王比失败。第二年，江铎移驻靖州，命令陈瞞率领副将李遇文等人分七路进军。陈瞞抓获苗民首领银贡等人。游击宋大斌攻破特峒，放火烧了它。吴国佐逃到天浦四十八寨，又进入古州毛洞，追击并抓获了他。石纂太逃到广西上岩山，指挥徐时达诱惑并抓获了他。叛党杨永禄率领一万多党羽屯兵白冲，游击沈弘猷等人夹攻，活捉杨永禄，各苗民都平定了。
征伐播州时，陈瞞派使者到李化龙家行贿。正好碰到刘纟廷的使者被李化龙的父亲赶出来了。陈瞞的使者赶快跑掉了。李化龙向朝廷上疏，刘纟廷获罪，陈瞞无罪。后来兵部尚书田乐推举陈瞞镇守贵州，给事中洪赡祖于是揭发陈瞞投机钻营。皇帝因为陈瞞东征西讨屡立战功，最终同意了田乐的建议。贵州东西二路的苗民叫仲家苗，盘距在贵龙、平新之间，是各苗民最大的团伙；在铜仁、思石之交的水臺山居住的叫山苗，是红苗的有力帮手。自从平定播州后，贵州的人力物力都非常贫乏，苗民逐渐有了反叛的企图，抢劫掠夺没有一天停止过。万历三十二年(1604)冬天，巡抚郭子章向朝廷请求出兵。第二年四月命令陈瞞率部一万人攻打水臺，游击刘岳率领宣慰使安疆臣部一万人进攻西路，全都攻克了，于是命令陈瞞移师到新添，单独进攻东路，又攻克了。活捉苗民头目十二人，斩首三千多，投降的一万三千多人，辖区内从此安宁了。改派镇守广东，死在官任上。先因为平定播州有功，加封左都督，世代荫封指挥使。死后，又因为平定苗民有功，追赠太子太保，再次荫封为百户。