李应祥，湖广九溪卫人。凭借武生身份随军作战，累积战功做到广西思恩参将。
万历七年(1579)，巡抚张任征伐十座敌营，其中有李应祥的一份功劳。就在原地设置三个镇，修筑城池驻兵防守，李应祥正负责营建事务，正好提拔为松潘副总兵，主持修城的官员上疏挽留他，以新官阶上旧任。跟着总兵王尚文大败马平匪徒韦王明。不久代理都督佥事，进入朝廷担任五军营副将。
万历十三年(1585)改任南京左府佥事，出任四川总兵官。松潘、茂州各少数民族建立四十八座山寨，每年都是当地官民的一大祸害。王廷瞻巡抚四川时，曾派副将吴子忠击破丢骨、人荒、没舌三座山寨，各土著首领于是投降。按过去惯例，各土著每年都有赏赐，土著依靠武力要挟勒索没有止境。进入寨堡的，要交纳下马钱、上马钱、解渴钱、过堡酒钱和热衣气力偏手钱；驻军轮换驻防，也要交钱，叫作新班钱、架梁钱、放狗钱、踩草钱、挂彩钱。王廷瞻将它们全部废除，西部边疆才稍稍平定。仅仅过了六七年，土著势力又重新猖獗起来。这一年夏天，杨柳土著出击普安堡，侵犯归水崖、石门坎，于是进入金瓶堡，杀死守堡将领。巡抚雒遵交给李应祥征讨他们。李应祥带领三千士兵进入茂州，攻克一座山岩。土著依靠险要地形，照样抢劫。
不久，雒遵罢官，徐元泰代替他。传布檄文告知，使者来回有三次，土著不答理。土著窥探蒲江关，阻断归水崖、黄土坎的道路，在五哨构筑城墙，断绝东南方的声援。看到政府兵力薄弱，互相笑着说：“这般磨子兵，能把我们怎样！”所谓磨子，意思是说多次旋转运动但数量不增加。这年冬天，土著突袭平夷堡，抢劫平民百姓，剖开他们的肚子，将肠子绕在二个牛角上，牛一跪，肠子就一寸一寸地断裂。第二年正月，包围蒲江关，用土炮摧毁城墙。守将朱文达出城迎战，杀死几十人。匪徒慢慢离去，通往东南方的道路才开始打通。
徐文泰决定大规模征讨。各路兵力全部汇合后，命令游击周于德统帅播州兵充当前锋，游击边之垣统帅酉阳兵作为后卫，原总兵郭成统帅叙、马兵扼守要害地带，参将朱文达统帅平茶兵攻击两侧，而让李应祥在中间协调作战，参将王凤监军。李应祥下令在宫中树立红旗、白旗各一面。陷入匪徒阵中的平民百姓只要空手站在红旗下面，不依附于匪徒的土著只要空手站在白旗下面，就可以免除罪责。土著人虽多，到了危急的时候却不能互相营救。有位国师喇嘛，很狡猾，跟青海土著首领丙兔、湾仲、占柯等人结成亲家，将大小各姓连在一起刻在木板上，歃血为盟。到这时，邀请湾仲、占柯先侵犯归化攻打政府军。周于德用计谋抓获喇嘛、湾仲，守备曹希彬又杀死占柯。丢骨、人荒、没舌三座寨堡最顽强，周于德将它们都攻克了，又接连击破卜洞王等寨堡，朱文达、郭成、边之垣也各自攻破几座寨堡，跟周于德的部队汇合，于是占领蜈蚣、茹儿等敌军巢穴。嘉靖初年，边之垣的祖父边轮当指挥时讨伐茹儿的强盗，被强盗杀害，强盗把边轮的头骨上漆当作喝水饮酒的工具。到这时已有六十年，边之垣才得到它，把它拿回去埋葬了。
匪徒屡次失败，处境困难，全都抛弃辎重引诱政府军。政府军不上当，杀敌入关，匪徒多战死。河东平定，不久渡河向西进军，接连攻克西坡、西革、歪地、乾沟、树底各敌据点。有一个名叫小粟谷的，首先叛乱。侦察大部队西行，不做防备。郭成在晚上偷袭它，大获全胜。牛尾砦形势尤其险恶，官兵分三路夹攻，放火烧毁栅栏，杀死敌匪头子合儿结父子，河西也平定了。各部军队缴获匪徒搜集的粮食，停留了十天，将所有的寨堡都放火烧了，在六月份凯旋回师。那些逃入深山老林的，请求偏头结赛投降，李应祥命令他们埋奴发誓，然后同意了。所谓“埋奴”，是指当地土著返回接来奴隶，把他们送到军队前面，指天发誓，立即把他们牵到大路上，挖坑埋葬，将头留在外面，一共埋了二十三个人。偏头结赛一向跟天竺僧人很好。僧人说鸡狗之年，土著有灾难，偏头结赛相信他的话，预先躲到深山里去。逃亡的匪徒把他当作神一样，跟着他，请求他收容，所以偏头结赛请求投降。这一仗，焚毁碉堡一千六百多座，活捉匪徒头目三十多人，俘虏数以千计。从此之后，各土著少数民族受到极大的震动，不敢再为非作歹，边疆人民树立石碑记载了这次功绩。
建昌、越..各卫所，各少数民族与汉人杂居。建昌叛匪头目有安宁、五咱、王大咱等人，跟越..邛部黑骨夷一起发作叛乱。巡抚徐元泰准备讨伐，征兵一万八千人。仍然让朱文达、边之垣分别带领，由李应祥统帅，副使周光镐监督。十一月，周光镐先渡过泸江，黑骨夷和王大咱已经占据相岭，焚烧了三峡桥，五咱等人也侵犯礼州、德昌二所。这时征兵还没有集中，周光镐先布置疑阵，来试探相岭的匪徒，匪徒果然退到桐槽据守。桐槽是王大咱的大本营。不久各路兵都抵达越..。李应祥命令朱文达攻击五咱，边之垣攻击王大咱，暂且将黑骨夷放到一边不做处理。半夜疾行军三百里直达礼州。匪徒渡河渡到一半，朱文达打败了他们，于是渡过河直捣敌人的老巢。边之垣也多次攻陷桐槽，王大咱逃入山谷中。
不久，五咱占领磨旗山向政府军挑战。政府军从两边夹击，匪徒撤退到毛牛山设防。毛牛山延绵广大六七百里，连接很多土著部落，朱文达部大败毛牛山匪徒，五咱向西逃跑，跟安守汇合，在西溪构筑防御工事。正好征集的三千盐井马剌兵赶到，面目狰狞，跳跃前进，形象不同于一般人，各土著非常害怕他们。李应祥侦探到匪徒将要来劫营，于是悄悄地将自己的军营迁走，而让马剌兵驻扎在自己兵营的原处。到了晚上匪徒来偷袭。马剌兵奋起还击，匪徒死伤遍地。各将领于是进攻西溪，北面到达磨砦七板番。各路兵汇合在一起准备攻打五咱，而命令副将田中科在麦达扎营，威胁安守。正好有间谍报告安守计划袭击田中科，李应祥跟材官高逢胜喝了三大杯酒，命令他率领三百人的敢死队疾行军七十里，抵达麦达设下埋伏，安守晚上到来，遇埋伏被活捉了。安守是众匪徒的首领，安守死，西南邛笮、苴兰、靡莫各土著首领都感到震动害怕。商山四堡的土著向边之垣乞求投降，大小七板番向朱文达乞求投降。各自在路旁埋奴，呼号叩头，发誓世世代代不敢叛乱。五咱势单力薄，逃往昌州，也被副将王言抓获了。
土木安四儿，居住在连昌城中，偷偷地到城外抢劫骚扰，到这时得知灾祸要降临了。率领党徒几百人逃到虚郎沟，把那里作为据点。各军消灭五咱后，李应祥把军队派往北边，装出将要讨伐黑骨夷的样子，安四儿于是放松了警惕。李应祥忽然挥军回头袭击他，抓获了安四儿。
又讨伐王大咱。当初，王大咱失败，躲藏到他的朋友普雄土著首领姑咱的住处，李应祥大军到来，姑咱害怕了，秘密告诉了副将王之翰，王之翰搜查到了王大咱，而黑夷的土著首领阿弓等七个人住在大孤山，在此之前也被王之翰抓获了。到这时建昌、越..各土著都平定了。献首级二千多兵，招降三千多人。这时是万历十五年(1587)七月。
土著部落腻乃属于邛部，邻近马湖。它的首领撒假跟他的表兄安兴、木瓜部落的白禄、雷坡的强盗杨九乍等人，多次侵犯抢劫内地。巡抚曾省吾准备讨伐他们。正好都蛮战役，没有实行。于是修建六座碉堡，增加防守兵力一千二百人，而各土著仍像过去一样猖狂。等到建昌、越..打仗时，各土著又窝藏叛匪。徐元泰于是命令都指挥李献忠等人分兵围剿。匪徒假装投降，诱惑抓住李献忠等三位将领，杀死士兵数千人，势力更加猖獗。李应祥等人回师凯旋，徐元泰更加征发播州、酉阳等地的土著兵，一共五万人，命令李应祥统帅朱文达、边之垣和周于德各将领分三路进入，原总兵郭成也随军出征。十月，周于德首先打败白禄兵，追到马蝗山，攀登索梯上山，匪徒溃败。乘胜攻击木瓜部，射死白禄。追赶到利济山，雪有几尺深。周于德首先登山，再次大败匪徒，放火焚烧了敌据点。当初，撒假跟陈九乍率领一万人占据山头，播州兵把他们打跑了。到这时，朱文达又一次在大田坝打败他们，汇合周于德部追击，所到之处都取得胜利。游击万鏊在鼠囤偷袭撒假，抓获了他的妻子、儿子。郭成又在三宝山跟撒假大战，活捉了他。安兴据守大本营，朱文达、万鏊分兵进击，抓获了他的母亲、妻子。安兴在逃跑途中丢一些金子，减缓追赶他的人的速度，于是才得以逃脱。不久，各路大军深入进剿，最终抓获了他。其他土著部落害怕而投降的有二千多人。全部都交出了田地，愿意向朝廷进贡，于是罢兵。一共斩首一千六百九十，俘虏七百三十多人，在这个地方设置屏山县。按军功，李应祥累积加官到都督同知，徐元泰也做到兵部尚书。
这时，四川一带厉害的盗匪都已平定，李应祥威名远扬。御史傅霈巡检部属，责备李应祥冒领军饷。李应祥贿赂他八千两银子，被他上报了，罢了李应祥的官。兵部推荐李应祥做南京右府佥书，给事中薛三才坚持不同意。
万历二十八年(1600)大规模征伐播州。贵州总兵官董元镇停留不前，总督李化龙弹劾他，推荐李应祥代替他。这时军队分为八道，贵州分为乌江、兴隆二道。下诏董元镇充当事官由乌江道进入，李应祥由兴隆道进入，各道限定在二月十五日进兵。李应祥还没有上任，副将陈寅等人已连克数座敌营，将匪徒赶到四牌高囤下面，另外派小分队从小路直捣龙水囤。其他将领蔡兆吉又从乾坪抵达箐冈，经过四牌。强盗头子谢朝俸经营他的根据地，四面都是丛林峭壁，前面有二道关隘。强盗们从高处往下呐喊冲击，政府军拼死作战，俘虏了谢朝俸的老婆孩子，乘胜利之势进抵河畔，正好碰到乌江失败的书信到达，收拾部队原地待命有十来天。等到李应祥上任，便催促各将领快速渡河，陈寅等人于是一边从其他途径渡河，一边却偷偷地架设浮桥渡过大部队。各军渡河后，匪徒失去可以凭借的天险，纷纷乞求投降，李应祥全都接受了。匪徒所凭借的只有黄滩关，它像墙壁一样陡直，众匪徒在那里死守。正好匪徒石胜俸等率领一万多人投降，告诉说：“离黄滩三十里有三个关隘，是进入播州的门户，先攻取这三关，那么黄滩就孤立难守了。”李应祥同意了这个计划，命令陈寅率领精兵四千人在夜晚抵达关下。石胜俸带着几十个骑兵引诱匪徒开门，然后歼灭了守门匪徒。黄滩的匪徒们害怕了。陈寅统领各位将领渡河猛攻关前，石胜俸从坟林暗渡偷袭关后，匪徒于是大败。李应祥直达海龙囤，联合各路部队一起消灭了杨应龙。
播州平定后，回师镇守铜仁。第二年改派镇守四川，播州匪徒的余党吴洪、卢文秀等人讨厌有关部门法令太严，而遵义知县萧鸣世又不得人心。吴洪等人于是宣称杨应龙还有儿子在世，聚集众人叛乱。李应祥随同副使傅光宅一起搜捕他们，将他们全部抓获。李应祥不久死于任上。因为平定播州有功，赠左都督，世代荫封为千户。
李应祥作为将领，有勇有谋，所到之处都捷报频传。平定四川三大盗匪，李应祥居功最多。