周宗建，字季侯，吴江人，是尚书周用的曾孙。万历四十一年(1613)进士，任命武康知县，调到仁和，有不同凡响的政绩，进入朝中担任御史。
天启元年(1621)为顾存仁、王世贞、陶望龄、顾宪成请求谥号，追究万历朝的小人，历数钱梦皋、康丕扬、亓诗教、赵兴邦扰乱朝政的罪行，并且诋毁李三才、王图等人。这时辽阳战事危急，上疏谴责辅臣。没多久，辽阳失陷，周宗建更加急迫地责备主事大臣，于是请求皇帝破格任用人才，召回熊廷弼。不久，议论兵部尚书崔景荣不应该信任奸邪的刘保，辅臣刘一火景不应该抑制言路，于是指责右通政林材、光禄卿李本固。林材、李本固称病离职。魏大中弹劾王德完庇护杨镐、李如桢。周宗建替王德完极力攻击魏大中，他的观点很多与东林党人相对。正好这年冬天，奉圣夫人客氏搬出宫城又回到宫中，周宗建首先上疏极力规劝，其中说：“天子说出的话，就如同儿戏一样，法律所在的宫禁之地，几乎跟老百姓的家庭相同。朝廷的行为不协调，朝廷内外的防范措施都被废除。这帮人一旦蒙受了皇恩，便有了非份之想，轻侮沉溺目无法纪，慢慢地变得骄横放纵，灾难和罪祸一天天增多，后患将难以杜绝。王圣、宋娥、陆令萱的覆辙，可以提供很多借鉴。”违背圣旨，受到责备。由此公众的舆论很看重他。
第二年，广宁失守。很多朝臣庇护王化贞，想加重熊廷弼的罪责。周宗建抱不平，为了辨明二人的罪案，很有些袒护熊廷弼，那些庇护王化贞的人于是憎恨周宗建。京师长期干旱，五月份下了场冰雹。周宗建认为这是阴盛阳衰的征兆，逐次陈述四件事。第一专门非难大学士沈翭。第二请求宽大处理因建议被废黜的诸臣。第三件事是说熊廷弼已有定案，不应该用这事罗织朝臣的罪名，暗地里指责兵部尚书张鹤鸣，给事中郭巩。第四件事是专门攻击魏进忠，大意说：“近来的政府事务，外廷颇有微辞，都说深宫之中，没有办法预料，圣旨诏书，必然有所依据。像魏进忠这样的人，目不识丁，而陛下与他同忧愁共欢笑，一天天地亲近。一切用人的行政权力，都按他的说法办理，东西改换了方向自己却不知道，邪恶与正直被颠倒了而自己却不觉察。况且内廷的借口，与外廷的投机者，互相支持。离间的祸苗将起于钻营之人，谗言陷害必定在到处传话的人中间发端。这些隐祸，无从说起啊！”
魏进忠是魏忠贤原来的名字。这时正勾结客氏，夫妻相称，很多朝臣都巴结依靠他，他的势力日益昌盛。看到周宗建的上疏，魏忠贤恨他入骨，但没有发作。邹元标创办首善书院，周宗建负实际责任。邹元标被罢官，周宗建乞求跟他一起罢官，没有批准。巡视光禄寺，跟给事中罗尚忠大力剔除奸邪弊端，节省了很多财力物力。不久请求核查地方上供的各种器物，惹怒了宦官，拿圣旨责问他。周宗建等人再上疏极力坚持，宦官更加不高兴。
给事中郭巩，先是因弹劾熊廷弼被贬职。熊廷弼失败，郭巩恢复官职，于是大力巴结魏进忠。得知魏进忠最恨周宗建，于是上疏诋毁熊廷弼，由此进而诋毁朝廷中举荐熊廷弼的人，周宗建是其中之一。势头很强劲，南京御史涂世业附和他，诋毁周宗建错举熊廷弼，从而耽误了边防。周宗建很愤怒，上疏驳斥涂世业，语言涉及郭巩，挑出他勾结魏忠贤的事情。郭巩也发怒了，上疏数千言，加倍诋毁周宗建，并涉及刘一火景、邹元标、周嘉谟、杨涟、周朝瑞、毛士龙、方震孺、江秉谦、熊德阳等数十人，全部指定为熊廷弼的叛党。周宗建更加愤怒了，上疏极力驳斥他的荒谬，并且说：“李维翰、杨镐、袁应泰、王化贞，都是使国家边防败坏的人。亓诗教极力主张速战，赵兴邦贿赂出卖边防大臣，他们都是耽误边防的人。其他举荐李维翰，举荐杨镐，举荐袁应泰、王化贞的人，也都是耽误国家边防的人。郭巩为什么不全部攻击，而唯独苛求于熊廷弼，并且诋毁举荐熊廷弼的人为叛党呢？”
这个时候，魏忠贤势力更加昌盛。周宗建担心他们内外联合，祸害将更大，天启三年(1623)二月上疏直接攻击魏忠贤，大意说：
“我在去年指名弹劾上奏，魏进忠没有一天忘记卑臣。于是乘他的私党郭巩进入北京时，唆使他排挤我和各意见与他不同的人。郭巩于是创造‘新幽禁大幽禁’的说法，掌握选举法令，将廷臣数十名的姓名编成一个名册，想把他们一网打尽。又写匿名信，罗织五十多人的罪名，丢在路旁。给事中则以刘弘化为首，其次为周朝瑞、熊德阳等若干人；御史则以方震孺为首，其次为江秉谦等若干人。卑臣也为其中之一人。他既想罗织各臣的罪名，来报复发泄私人的仇恨；更想以中臣独断，来替魏进忠解除遗憾。由此看来，选举法令不是由朝廷掌握的，只不过是郭巩和魏进忠的选举法令。幸亏正义在于人心，郭巩的说法不能奏效，这才另借熊廷弼的罪名，想设置陷阱一网打尽。
“郭巩又因为我的议论涉及王安，讥笑我与他有什么牵连。陛下知道王安是怎样死的吗？他身首异处，他的肉喂饱了乌鸦，他的骨头丢给了黄狗，真是古今没有的惨状。郭巩假如有心亲近魏进忠，何至于伤天害理，并且牵连刘一火景、周嘉谟、杨涟、毛士龙等人，说他们都是王安的同党。请求陛下深入调查王安的死究竟是什么人陷害的，那么这件事就是魏进忠的一大罪状。郭巩讨好魏进忠，这就可以作为证据了。
“前朝的汪直、刘瑾，虽然都是恶魔，幸亏言路清明，大臣之间互相不予结交，所以时间不长就失败了。现在有权的宦官报复大臣，反而利用言路来实行，言官的声势，反而利用有权的宦官来加强自己。几个月以来，熊德阳、江秉谦、侯震阳、王纪、满朝荐被排斥了，邹元标、冯从吾被罢官了。文震孟、郑曼阝被驱逐了。最近又压制孙慎行、盛以弘，不让他们进入内阁，扩大案情，牵连无辜，正直的人战战兢兢。整个朝廷的大臣都爱惜自己的生命，没有人敢直接与他们抗衡，我假如还贪生怕死，不上疏报告，那么朝廷内将有魏进忠作为指挥，旁边有客氏作为羽翼，朝廷外有刘朝等人举兵示威，而又有郭巩等人巴结攀附，内外勾结，将好人赶尽杀绝，国家的事情还有什么可说的呢！”
奏疏递入，魏进忠更加恼火，率领刘朝等人环立在皇帝面前哭诉，乞求自己剃去头发受刑，想用这种刑罚来激发皇帝的愤怒，皇帝于是命令周宗建陈述他们相互勾结的实际情形，将加以严厉的谴责，周宗建回奏更加刚毅正直，魏进忠主张处以廷杖的处罚，内阁大臣极力争论，于是只剥夺了他的俸禄，正好给事中刘弘化、御史方大任等人纷纷上疏帮助周宗建攻击魏进忠、郭巩，郭巩再次极力诋毁各人。下诏让廷臣讨论各奏疏，廷臣们的意见分为两派。于是降旨严厉斥责，剥夺郭巩、周宗建三个月的俸禄。这时，刘朝负责操练宫内士兵，于是谋求外任。廷臣听到一点风声，都不敢站出来说话。周宗建说：“郭巩自己说他从没有勾结内廷，现在果真能拿出片言只语制止刘朝，请让我为他洗刷勾结的罪名。”郭巩闭口不说一句话。周宗建于是上疏极力进谏，一一陈述“三不可”、“九害”。正好刘朝跟魏进忠有矛盾，事情也就中止了。这年冬天周宗建被派出巡按湖广，因赴父母丧礼回家。
天启五年(1625)三月，大学士冯铨怀恨御史张慎言曾议论过他，叫他的门生曹钦程弹劾诬陷张慎言，而以周宗建为首，并且包括了李应升、黄尊素。魏忠贤于是假传圣旨削夺周宗建的官籍，交给抚按追查赃物。第二年魏忠贤认为有关部门结案太迟缓，派黄衣使者逮捕他治罪。不久列入李实的奏疏中，下诏投入狱中毒打审讯，许显纯厉声骂道：“还能骂魏上公目不识一丁吗？”最终定罪接受熊廷弼贿赂一万三千两，将他在狱中杀死。
周宗建死后，追查赃款更加紧迫。跟他亲近的副使蒋英代他交纳，也被定罪削去官籍。魏忠贤失败后，下诏追赠周宗建为太仆寺卿，荫封他的一个儿子做官。南明福王时，追赠谥号忠毅。