冯从吾，字仲好，陕西长安人。万历十七年(1589)进士，改任庶吉士，授官御史。巡视宫城，宦官置备名帖求见，拒绝不见。礼科都给事中胡汝宁奸诈狡猾、胡作非为，多次揭发都不离职。冯从吾揭露他的邪恶，才把他调往外地，正值考核地方官员的时候，冯从吾严加巡视，行贿者销声匿迹。
万历二十年(1592)正月上奏章说：“陛下郊庙祭礼不亲自参加，朝臣聚会不亲自驾临，奏章扣留在禁中不下发。请看戊子(1588)以前，周边国家效忠顺服，天下太平；己丑(1589)以后，南有倭寇告急，北有强敌犯边，天灾人祸，层出不穷。前者为励精图治的功效，后者是懈怠败坏的灾祸。近来传颂皇帝告谕，说皇帝身体欠佳，想以此为由自我掩饰，却不知宫内敲钟，声音已传于宫外。陛下每晚必饮酒，每饮必醉，每次喝醉了必定发脾气。左右的人稍有一句话不对劲，就用乱棍打死，外廷没有不知道的。天地良心，难道是可以欺骗的么！希望陛下不要以为天灾不足畏惧，不要以为人言不足忧虑，不要以为目前的太平安定可以依赖，不要以为将来的危险动乱可以忽视，如此，则是国家社稷的大坏事。”皇帝大怒，想处罚他廷杖刑。正好赶上仁圣太后的寿辰，内阁大臣极力劝解得以幸免。不久告假回家，起用巡视长芦盐政。为政清廉，优待商人，奸猾之徒大为收敛。回到朝廷后，正赶上皇帝因为军事事务大批废黜北京和南京的言官。冯从吾也被剥夺官籍，还是由于先前上疏的缘故。
冯从吾生性纯正而诚实，有志于濂、洛二个学派的理学，跟着许孚远学习。罢官回家，闭门谢客，用前辈学者的格言，对照自己的实践，造诣更加深邃。在家隐居二十五年，光宗即位，起用尚宝卿，提升太仆少卿，全因为哥哥的丧礼没有赴任。不久改任大理寺。
天启二年(1622)提拔为左佥都御史。才二个月，提升为左副都御史。朝廷讨论“三案”，冯从吾说：“李可灼拿至尊皇帝试验药物，却同意他称病回家，掌权者是何用心？至于梃击这个官司，跟揭发奸人的各臣作对的人，就是奸人。”因此众太监讨厌他。
不久，与邹元标共同创建首善书院，召集志同道合的人在里面讲学。给事中朱童蒙上疏诋毁。冯从吾说：“宋朝不兴盛，是因为禁止讲学的缘故，而不是讲学的缘故。我朝太祖、成祖宣扬‘六经’，皇帝布置讲经史的几席，皇太子出楼听讲，都是讲学。臣子期望皇帝讲学，自己却不去做，能行吗？原大臣王守仁，在行军打仗的空隙，还不忘记讲学，终于成就伟大的功业。这就是我们不计较名誉得失而兴书院讲学的原因。”于是再次称病辞职，皇帝下诏好言相劝，挽留他。给事中郭允厚、郭兴治又先后极力诋毁邹元标。冯从吾又上疏说：“我壮年时进入朝廷，就跟杨起元、孟化鲤、陶望龄等人创立讲学会，直到我告病回家才停止。北京讲学，过去就有了，为什么直到今天才被谴责？”于是再次上疏辞职。
天启四年(1624)春天，起用为南京右都御史，多次推辞没有批复，征召授官工部尚书。正好赵南星、高攀龙相继离职，接连上疏极力推辞，让他辞官回家。第二年秋天，魏忠贤的党羽张讷上疏诋毁冯从吾，剥夺官籍。同乡王绍徽一向怀恨冯从吾，等到在吏部任职，使乔应甲巡抚陕西，千方百计地搜集材料，但一无所获。于是毁坏书院，推倒先圣的像，丢在城角。冯从吾非常愤怒、忧郁，得病死了。崇祯初年，恢复官阶，赠封太子太保，谥号恭定。