萧如薰，字季馨，陕西延安卫人。万历中，由世袭百户任职宁夏参将，守卫平虏城。
万历二十年(1592)春天，継拜、刘东阳占据宁夏镇城反叛，派遣他们的党徒四出攻城略地。継拜的儿子継承恩攻掠玉泉营，游击傅桓拒守，被他的部下逮捕。叛贼已经进攻中卫和广武，参将熊国臣等弃城逃跑，邻近各城皆望风而降。叛贼土文秀掠平虏，唯独萧如薰坚守不下。萧如薰的妻子杨氏是前任尚书杨兆的女儿，贤明而足智多谋，支持丈夫死守，每天准备牛肉酒犒劳战士。継拜的养子継云最为骁勇，引导河套著力兔急攻。萧如薰在南关设下伏兵，假装战败，引诱叛贼进入伏击圈，射死継云，余下的叛贼逃跑，他又袭击著力兔的军营，夺得大量的人口、牲畜。著力兔气愤异常，又来进攻，被麻贵击退，平虏城得以保全。起初，皇上听说萧如薰坚守孤城抗击叛贼，大喜过望，重奖银币，提升他为副总兵。六月，萧如薰以都督佥事任宁夏总兵官，统辖延绥、甘肃、固原各路援军。这年秋天与李如松等共同平定叛乱，再次提升官职为都督同知，袭锦衣卫指挥佥事，妻子杨氏也被旌表。
万历二十二年(1594)八月，卜失兔西犯定边，闯入固原要塞，副将姜直无法抵御，卜失兔于是由沙梁破墙而入，直抵下马关，纵横内地近一个月。萧如薰被免官，姜直下吏部受审。不久，萧如薰又以总兵官之职镇守固原。河套边寇进犯，萧如薰击退了他们。青海的边寇纠集番族进犯洮、岷，萧如薰和临洮总兵孙仁抵御，抓住、斩首共三百四十多人，招抚叛乱的番族五千人，缴获骆驼、马匹、甲仗无数。他又镇守宁夏。银定、歹成的人数次入犯，都将他们挫败。移镇蓟州。过了很久，被罢官回乡。后又恢复原官职，镇守延绥。
天启初年，朝廷议论认为京城的军队不够用，召回边将分营训练。萧如薰统帅神机营。皇上召见他，赐予食物，嘉奖他劳苦功高。第二年出来镇守徐州。不久，他又被召回京城，再次以总兵官身份镇守保定。天启五年(1625)夏天，魏忠贤之流弹劾他与李三才联姻，于是遂被夺职务。崇祯初年死去，朝廷按制度予以赏赐、抚恤。
萧如薰作为将领老练持重。历守七镇，所到之处受到称赞。自从隆庆以后，和议互市既成，边境少有警报，朝臣将边镇将领视为外府之官。山人杂流，乞得朝士书信而来的人，没有不饱其所欲。守蓟镇的戚继光以诗闻名，尤其好延请文人学士，倾财结纳，取给于军中府库。萧如薰也能写诗，文人学士趋之若鹜，宾客常常满座。妻子杨氏、继妻南氏都是贵族家的女儿，到了脱下首饰供给宾客还不能满足的地步。军中颇以为苦，萧如薰不能推辞。一时成为风气，各边镇的物力为之耗减，有识之士没有不叹息的。
萧如薰的祖父萧汉，是凉州的副总兵、都督佥事。父亲萧文奎，京营副将、都督同知。哥哥萧如兰，陕西副总兵、都督佥事，前府佥书；萧如蕙，宁夏总兵官、都督同知；萧如芷，提督南京教场、都督佥事。