魏允贞，字懋忠，南乐人。万历五年(1577)中进士，授职荆州推官。大学士张居正回家安葬，群吏争先恐后赶去，魏允贞一个人没有去，而且还鞭打他的仆人。
评定政绩时他列为最佳一等，升为御史。吏部尚书梁梦龙被罢官。魏允贞说：“吏部官职重要，过去都在会同推荐选任之前，有关官吏都受到当政之人和司礼中官的影响，所以任用了一些不恰当的人。”皇帝接受了他的意见，特地任用严清，中外感到信服。不久，他弹劾兵部尚书吴兑，吴兑引咎辞职。
过了不久，他上疏陈明有关时弊的四事，说：“自从张居正窃取权柄，吏、兵二部升迁、授职须先报告他，所以任用的都是与他有私交的人。陛下应当与辅臣好好考察两部的负责人，让他们有自己管辖的事宜。使辅臣不要侵犯部臣的权力而谋取私利，部臣也不能乘辅臣的空隙自行其私，则官风自会整肃。自从张居正的三个儿子连连进入制科，遗留的祸患到现在还未停止。请从今天开始辅臣子弟中了进士，等到离职后才允许参加廷试，或许可以使宠幸之门稍有杜绝。自从张居正讨厌听到正直的言论，每遇到科道员有空缺，都选择才性便于利用、善于谄媚、迎逢的人授给，致使正当的言论听不到了，小人得志。从现在开始考察、选任官吏时，陛下应该严厉告诫有关部门，不要重蹈故辙。自从与俺答互市以后，边备松弛。三军的月饷，克扣一半以充市场赏赐，又克扣另一半给达官要人，士兵没有隔夜的粮，怎么能抵御边寇呢？来自辽东的战功，尤其到了令人惊异的程度。军队的声誉日益振奋，而人口天天比过去有所减少。奏报失实，升迁出格，赏罚无章，何以能卫国？”奏疏上传后，皇上把它下到都察院。
先前，张居正对其子有私心，其他辅臣吕调阳儿子兴周，张四维儿子泰征、甲征，申行时儿子用懋，都相继举进士。甲征、用懋即将廷试，魏允贞的上疏刚好送上。张四维大怒，说：“臣在政府做事，没有什么不应当听说的。因为前人行私，就不让臣过问吏、兵二部事，这不是制度。”因而为他儿子辩诬，而且乞求告老回乡。申时行也上疏争辩，皇上一同安慰挽留，责备魏允贞言词过当。户部员外郎李三才上奏认为魏允贞是对的，他俩一同被贬官调出京城。魏允贞得到许州判官。给事中、御史周邦杰、赵卿等上疏申说救助，皇上一概不予接纳。魏允贞虽然被贬，但从此辅臣当权时，其子没有再登进士的。过了很久，逐级升到右通政使。
万历二十一年(1593)以右佥都御史巡抚山西。魏允贞平素刚正、果断、清廉、脱俗。因为山西地瘠民贫，力主裁减幕府的每岁上供和州县的冗费，用这样节约的万余银钱修治亭障，修建烽火台，购置器具、马匹以换取粮食。又上奏请求免除平阳站每岁的定额银八万，用山西省邮传节余的费用来补充。雁门、平定军因为逃避屯田粮税而逃跑，魏允贞上奏免除两军的地租，下令恢复开垦。岢岚互市，省抚赏给银钱六万。汾州有两个郡王，管理人员与军民杂处，知州职位太低不能制服，魏允贞奏请改为府。自从互市后，边政废弛，魏允贞看到了要害，修筑边墙万余丈。声名大振，皇上数次嘉奖他的才能。恰好下诏让宦官张忠在山西采矿，魏允贞上疏极力主张不可，皇上没有答复他。不久，西河王知燧请求开凿解州、安邑、绛县的矿产，以仪宾督促有关事宜。指挥王守信请求开凿平定、稷山各矿山。皇帝都批复同意。魏允贞恐怕老百姓受到更多的干扰，请求命令让张忠一个人管理，皇上也不同意。
三殿受灾，皇上下诏恳求大臣讲实话。魏允贞认为过错在于辅臣，历数赵志皋、张位的罪行。并且说：“这二个人在二月加了恩宠，过了一个月两宫发生灾乱。今年又加恩，三殿又受灾，天意啊！”张位极力为自己辩解，请求罢官。皇上安慰，予以挽留，责备魏允贞是边臣不当议论朝政，因为屡被推举不被任用，遂放肆乱言，被停发俸禄五个月。不久，魏允贞上疏推举被人忽视的贤明人士，请召回王家屏、陈有年、沈鲤、李世达、王汝训和小官史孟麟、张栋、万国钦、马经纶、顾宪成、赵南星、邹元标等，上疏被留在禁中。过了很久，他才按程序提拔为右副都御史。
万历二十八年(1600)春天，上疏陈明时政的过失，说：“从地方考察选取的各位臣僚，几经论辩、推荐，皇上还是没有轻意地授予一官。那个鲁坤、马堂、高淮、孙朝之辈，做了什么事，推举了什么人，皇上让他们拥有权力横行朝中，生杀予夺，全由他们一句话。朝廷大臣所陈明的都是国家大计，一切搁置阁中，不予实行，更有甚者被严加责备。那些监税之徒，都是无赖小人，为老百姓所不齿，却早晨上奏，晚上得到批复，如声音与回音一样相随。我百思不得其解。小官吏下乡，民间仍被干扰，更何况官役四出，如虎若狼，老百姓倾家荡产、家破人亡。如吴宝秀、华钰等人，就惨到极点，可陛下没有一点念及到他们。钱粮的出入，上下拖延，还有很多弊病。这些人大权在握，动辄数万。有关官吏不敢过问，抚按也不敢上报。难道没有吸民脂民膏而自己发财的吗？可陛下也没有一点察觉。黄金取于云南，不满足不停止索取。珍珠取自大海，不弄完不停止。锦缎取于苏杭，不到极端奇巧不停止。元老听任他们闲置，而正直的大臣几乎全被永远禁止参予朝政，陛下爱贤明的人士，还不如爱珠玉锦缎。”上疏奏上，皇上也不理会。
起先，张忠因开矿到山西，后来孙朝也来收税，责备、哀求的呼声来自四方，魏允贞每次予以裁定、抑制。恰好张忠打死太平典史武三杰，孙朝的使者逼死建雄县丞李逢春，魏允贞上疏揭露他们的罪行。孙朝发怒，弹劾魏允贞违抗命令、肆意阻挠。皇上将魏允贞的奏疏留下，而把孙朝的奏疏下到部院。吏部尚书李戴、都御史温纯等极力称赞魏允贞的贤明，请求将魏允贞的奏疏下到部院进行评议。皇上把他们的意见都留下了。山西军民数千人怕魏允贞离去，相继到京城喊冤，两京的御史也连连上奏救援。皇上于是将两个人都不问罪。第二年，张忠因为夏县知县袁应春对他不礼貌，弹劾，并要求贬他的官。魏允贞请求留任袁应春，皇上不答应。
魏允贞的父亲年已九十多，魏允贞年年乞求侍养，奏章上了二十回。朝廷大臣认为皇上特使为害百姓，不是魏允贞不能制服，所以留任了他。这一年五月魏允贞的要求更坚决，才让他回家乡。官吏、百姓为他立祠。不久，朝廷的视察人员上奏魏允贞守边疆的功劳，在家提升为兵部右侍郎。很快他就去世了。天启初年，追封谥号为介肃。