刘元珍，字伯先，江苏无锡人。万历二十三年(1595)进士。起初授职南京礼部主事，进为郎中，父母年岁大了，刘元珍回家赡养他们。后又起用为南京职方郎中，淘汰军营中老弱的士兵，每岁节省银两二万多。
万历三十三年(1605)京官考察，吏部侍郎杨时乔、都御史温纯，将宰相府的钱梦皋等全部贬退。大学士沈一贯秘密为之斡旋，皇上下诏给事中、御史被贬退的都留下，而且没发下考察的奏疏。刘元珍正当服丧期满等待依次补缺，上书直言：“沈一贯自从执掌朝政以来，亲近小人，窝藏奸险的人，凭借权势谋取私利，窃取朝廷的恩惠以获取好的名声，欺君罔上的不忠，没有比这更大了！从古至今，小人没有比这更大！最近看到钱梦皋有奏疏，每每用朋党之名强加于人。从古至今，小人没有不用朋党之说先控告好人的。这关系到治乱安危的大事，不是小事情。”疏奏上，被留在禁中，沈一贯赶紧为自己辩护，乞请明示独断之意，好让众人放心。钱梦皋也诋毁刘元珍是温纯的鹰犬。奏疏皇上都没有批示。没有多久，晓谕朝廷大臣以留用言官的缘故，将刘元珍降一级，调到边境。沈一贯假装申救，给事中、御史侯庆远、叶永盛等也替他争辩，皇上皆不听从。当时员外郎贺灿然、南京御史朱吾弼相继讨论京察。主事庞时雍则直接攻击沈一贯欺君罔上罪行十条、误国之罪十件，并且说：“沈一贯财富日日增加，陛下的社稷天天变坏。不久前南郊发生雷震，正当沈一贯上奏请求颁行敕谕之时。这不就是说老天讨厌他的奸诈，用以提醒陛下，让您早日除掉这邪恶的小人吗？”皇上看到奏疏大发脾气，命令一并降刘元珍、贺灿然职三级，调任最边远的地方。不久，庆远及御史李木冉等上疏救援。皇帝更加不高兴，停发他们的俸禄，将刘元珍等贬到最边远的地方任杂职。不久，御史周家栋指陈时政，言语过激。皇上迁怒于刘元珍等人，将他们皆从官籍中除掉。然而考察的奏疏也颁布下来，各被留用的人都自动免职离去了。
光宗即位，起用刘元珍为光禄少卿。当时辽、沈已经陷落，所以赞画主事刘国缙进入南四卫，以招抚军民为名，投递文书给督饷侍郎，命令发舟南渡。言官想推举他为东路巡抚，刘元珍上奏道：“刘国缙是李成梁的义子，李成梁放弃封疆，刘国缙在军营得以幸免，于是留下祸患。杨镐、李如柏丧师，刘国缙一为赞画，立即上奏担保二人，想以违反节制治杜松之罪。建议用辽人冒领官币二十万两招募士兵三万，结果没有一人能用。被弹劾解去官职，忽然拥兵数万，想从小道进入登、莱，逃窜于内地。万一敌人的间谍混入其中，拿什么防备呢？”奏疏下放到兵部巡抚议论，于是停止。
没有多久，刘元珍死于任上。当初，刘元珍被罢免官职回到家乡后，以讲学为业，旌表节义，抚恤鳏寡，名声、义气重于一时。