李祯，字维卿，安化人。隆庆五年(1571)的进士。授职为高平知县，征召为御史。
万历初年，傅应祯因为秉直劝谏被投入诏狱，李祯与同僚乔岩、给事中徐贞明前往监狱探视他，结果被贬职为长芦盐运司知事。调任归德推官、礼部主事，三次担任顺天府丞。万历十八年(1590)，洮、河地区出现警讯，他极力陈述贡市不是一种适宜策略，并趁机指责了边防官吏的四大过失。神宗认为已经互市通贡了二十年，不应当追究开始的事，于是压制了他的提议。他担任右佥都御史巡视湖广期间曾上书，说：“知县梁道凝遵循吏职，反而被记录下等考绩，应该惩罚徇私的人以便告诫其他的人。推荐官吏不应该专门涉及高品级的人，像赵蛟、杨果等下级幕僚，也应当大肆表彰他们。”赵蛟、杨果是万历初年由吏员破格提拔的人。神宗的诏令都答复可以。他被招见并任命为左佥都御史，再调任户部右侍郎。赵用贤因为拒绝婚事而遭攻击，户部郎中郑材又诋毁他。李祯驳斥了郑材的奏疏，话语触犯了他的父亲郑洛。郑材在气愤中又上奏指斥李祯，李祯请求退休，神宗不允许。御史宋兴祖请求将郑材改派到其他的部以回避李祯，保全大臣的体统，神宗就将郑材调出京城派往南京。李祯不久调往兵部升任左侍郎。
万历二十四年(1596)，日本受封朝贡的事情不成，首辅赵志皋、尚书石星都遭弹劾。朝廷大臣讨论战守的情况，奏章全部下达到兵部。李祯等人说：“现在所讨论的只是战、守与封贡三件事。封贡则李宗城虽被招回，杨方亨依然在职。如果就此提议罢黜，不要说将中国的几百人沉沦在异国他乡，而且我方的兵粮还没集结，形势很难进行远征。应该命令杨方亨静候朝廷通告，文书来就封贡，不来就终止此议。我认为战守是务实之举，应该伺机应变。况且朝鲜一向遵守礼仪，我军的驻地，应该严禁骚扰、劫掠。”所得的圣旨采纳了他们的建议。但是他在奏疏中称赵志皋、石星应当离职。神宗下诏责备李祯，只指令议论战守的事情，为何擅自提及大臣的去留，姑且不予追究。赵志皋从此对李祯不满。第二年，石星被治罪，神宗指令李祯负责部里的事务。李祯认为平壤、王京、釜山都是朝鲜的要地，请求修建一座大城，兴屯田，开辟市镇，同时陈述了战守的十五条策略，都被同意施行。后来他又多次陈述方略。
四川遭敌寇袭击。李祯上奏称：“四川与陕西接壤，但是松潘地区一向没有敌寇为患，是因为诸少数民族充当了屏障。自从俺答在西部放牧，陇右地区就一片骚乱。此后陇右防备森严，敌寇不能逞威，但祸乱就转移到了四川。现在各少数民族大半都定居西部边疆。我浏览地图，从北部边界延伸至西部由小路抵四川，最多不过九十里。幸赖层岩叠嶂、天险屹立，如镇虏堡是漳脑的门户，虹桥关是松城的咽喉。关堡之外，有岭有崖，都可以据守。驻守阿玉岭，敌人就不能翻越天险窥视堡寨。驻守黄胜场，敌人就不敢跨过塞墩而扰关。其他地方如横山、寡石崖尤其险要，都应该赶紧商讨设防，命令抚镇大臣报告计划。”神宗答复可以。
李祯性格刚直，办事的规划很恰当。有人想推举他任尚书，赵志皋因为先前的不满，暗中阻拦。而且张位、沈一贯一向与经略邢..、经理杨镐勾结，也不希望李祯任尚书；称李祯不是将材，只有萧大亨堪当此任。神宗不听。此后邢..、杨镐更加没有功绩，赵志皋等人又奏请罢免李祯，御史况上进弹劾李祯庸俗卑鄙。神宗都不听。甘肃巡抚空缺，李祯报上刘敏宽的姓名。给事中杨应文称刘敏宽刚刚被勘查，不应当推举他。神宗责备李祯，李祯说：“先前遵照诏令刘敏宽等待着巡抚的空缺，所以我举荐了他。”神宗恼怒李祯不认罪，将他调到南京。随后进行考核，南京的言官上书牵涉到李祯，于是神宗命其退休。
此后很久，他出任南京刑部尚书。过了一年又称病，没等到答复就径自回乡了，神宗很恼怒。大学士叶向高称：“李祯确实患病，不能过份指责。十多年来，大臣们请求退休获得批准的人，没有百分之一、二。李廷机、赵世卿都被留任几年，上奏达一百多次。现在尚书孙丕扬、李化龙又因为考核军政的奏疏没有下发，相继请求离去。如果他们再效法李祯，实在有伤国家的体统。各位请求离去的大臣，大约都有几条理由。患疾病的人应当离去，被疏论的人应当离去，没有尽职的人应当离去。应该体察他们的详情，可以留任的就挽留他，不可以留任者就听任他们离去。”神宗最终剥夺了李祯的官职，让他闲居。不久他就去世了。