郑晓，字窒甫，浙江海盐人。嘉靖元年(1522)考中乡试第一名，第二年中进士，做了职方主事。期间，他坚持天天披阅过去的文牍，得以通晓天下远塞近山及各地兵马的虚实、强弱。尚书金献民嘱托他编写《九边图志》，书成以后，人们争着抄写、传阅。因为“大礼”之争受到廷杖的刑罚。大同兵变后，他上书极力论说不可赦免主犯。张孚敬掌权后器重他，想把他安排在翰林院和谏官的位置上，他都不予理睬。父亲死后他回家守丧，过后很长时间得不到起用。
许瓒当时是礼部尚书，把他调入吏部，做考功郎中。夏言被罢相后，世宗恨谏官们没有纠举他，就命令吏部对他们加以考察，分别去留。大学士严嵩想借此排挤自己不喜欢的人，可是郑晓却拿掉了乔佑等十三个人，这些人大多和严嵩关系很好。严嵩这下很是恨他，就把他调入文选司。严嵩想用赵文华来负责考功司，郑晓对许瓒说：“过去黄祯做文选，调李开先做考功，他们都是山东人，所以皇上不同意。现在调文华来，我就只好避开了。”许瓒用这个理由谢绝了严嵩。严嵩又想让他的儿子世蕃做尚宝丞，郑晓说：“治中升做知府，符合常例；升做尚宝丞，过去没这个先例。”严嵩更加恼恨了，后来用郑晓举荐在贬官员周铁等人的名义，把他贬出去做和州同知。稍后郑晓升为太仆丞，经南京太常卿，又召入朝，做了刑部右侍郎，不久改调兵部，兼副都御史，负责总督漕运。
当时大江南北都可以看到倭寇，漕运的船只几乎无法航行。郑晓请拨发国库银数十万两，用以建造战舰，修筑城堡，操练兵将，收集粮草。世宗颁诏同意。中国的奸民得到倭寇的贿赂，很多人和倭寇相勾结，通州人顾表尤其残忍、狡黠，替倭寇充当指导。因此倭寇的营地都位于要害地带，官兵的虚实也知之无余。郑晓悬重赏抓住顾表并斩了他。招募勇猛强悍的盐客当兵，增设泰州海防副使，修筑了瓜洲城，并在庙湾、麻洋、云梯等出海口都增派驻兵，设立..望台。就这样先在通州打败倭寇，又在如皋、海门连着获胜，在吕泗袭击他们之后，把倭寇围困在狼山，前后斩敌九百多，倭寇败逃而去。论功后，郑晓又得到晋级，三次受到世宗赏赐的银币。
当时倭乱中有很多中国人参加。郑晓为此上书说：“勇武有谋的中国人，因为无所施展，所以才甘心作贼。国家如果不对这些人广行网罗，让他们有出人头地的台阶，恐怕会有像孙恩、卢循那样的人从中冒出，那样祸就大了。洪武时倭寇侵略到海州县，凭着高皇帝的声名，加上谋臣老将，修筑城墙，训练士兵，经营了几年，还没能平定下来。后来招募渔户、岛民、盐客、..户编成一支水军达几万人，又派使节过海到倭国宣示刑赏，很久以后，倭人才不敢来侵扰。现在长江以北虽然太平无事了，但是海面上船只往来，倏忽千里。倭寇依仗华人做他们的耳目，华人又仗着倭寇做自己的爪牙，不详加区分处理，后患可不容易消除啊。”世宗很是采纳了他一些意见。
不久他被召还朝做了吏部左侍郎，又升为南京吏部尚书。世宗因为郑晓懂得军事，改用他做右都御史，协助办理军事，不久任命他为刑部尚书。俺答把大同右卫围困得很紧，世宗让兵部尚书杨博前去指挥大军作战，于是用郑晓代理兵部事务。郑晓上书说“：现今军事问题正难办，可是挑选出来听候调遣的三五千京军士兵，竟然还命令他们出去服役打工，怎么进行战务呢？请调他们归队！”世宗即刻听用了他的意见。
不久他又回去办理刑部的事务。那时严嵩的权势更加炙手可热。郑晓一向不喜欢严嵩这个人。那时候的一些大案如总督王忄予因办案不当，中允郭希颜因论事谬误，郑晓一并从轻判案，严嵩却援用重典。南京造反士卒周山等人杀死侍郎黄懋官，海盗汪直勾结倭寇作乱，郑晓援用重典，严嵩却有意对他们宽大处理。只有巡抚阮鹗、总督杨顺、御史路楷数案，因为严嵩曲意庇护，郑晓不能完全绳之以法，所以议论者说他断案时罪重罚轻，不合律令。
按照先前的事例，在北京的军民诉讼，都呈递状纸给通政司然后送法司审讯、判决。各个部门有应加审讯的犯人，也要向上送交法司办理，没有自行判决、发落的。后来各个部门不再遵守成规，办起案来纷纷攘攘。郑晓上书请照先前成规进行，世宗同意了，于是刑部有时也在京郊的府县逮捕犯人。而巡按御史郑存仁认为诉讼应当从下向上，所以传令州县官吏，法司要追拿的犯人，不要轻易交出。郑晓听说后，领着侍郎赵大..、傅颐按着先前的成规向皇帝争取，存仁也根据律令递了奏章。他们的奏章都被发放给都察院会同刑科评议。都察院的决议还没有报上去，郑晓又上书为自己辩护。严嵩借此鼓动世宗的火气，使世宗严厉批评了郑晓，然后罢了他的官，两个侍郎也被贬了两级。
郑晓通达经术，熟悉国家的典章制度，当时声望很高。但是被权贵压制，他无法完全实现自己的抱负。回乡以后，他戴着棱形头巾，穿上平民百姓的服装，和家乡的父老交游，碰上他的人并不知道他原本是达官贵人。他死后，他的儿子郑履淳等向朝廷申诉他抗击倭寇的功绩，皇上下诏恢复了他的官职。隆庆初，追赠太子少保，谥端简。