彭清，字源洁，榆林人。当初承袭绥德卫指挥使之职，后因功被提升为都指挥佥事。弘治初年，彭清充任右参将，分守肃州。贼寇入侵，他率兵跟踪追击，俘获马匹、骆驼、兵器及所掠人畜而返。随即又与巡抚王继恢复哈密有功。
彭清虽位列偏校，却喜好谋划，富有胆略，闻名朝中内外，尤为尚书马文升所器重。他曾经因病请求退休，马文升在朝廷力争，安慰挽留他。八年(1495)，甘肃告警，因马文升的推荐，彭清被提升为左副总兵，仍驻守甘肃。不久，巡抚许进请求将彭清调往凉州。而这时哈密重又被吐鲁番所占，马文升正密图恢复，要倚仗彭清再立功劳，便说：“肃州多事，而彭清名闻西域，不能调离他。”此事才作罢。
马文升采纳杨翥之策，想趁势直捣哈密，袭击牙兰，于是派遣罕东、赤斤暨哈密兵，命彭清统领作为前锋，跟随许进悄悄出发。半个月后，抵达城下，力攻而破。牙兰已事先逃走，彭清于是安抚仍留在哈密的番人，然后全军返回。在这一战役中，马文升授以方略，准备从小路前往，而许进仍走旧路，致使牙兰得以逃跑，斩获无几。但是番人素来轻视中国，说中国人不能进入其地，到现在才开始感到畏惧。彭清功劳居多，逐渐进升为都指挥使。
十年(1497)，总兵官刘宁被免职，彭清以都督佥事的身份代替他。这年冬天，吐鲁番归附哈密忠顺王陕巴，并且请求进贡，西域重被平定。彭清多次以病辞官，请求解除兵权，未被允许。十五年，彭清去世。
彭清待部下有恩，长期镇守西部边陲，威名显著，番夷深为畏惧。他性情廉洁，在职镇守时遭逢母亲及妻、妹四人之丧，却因家贫不能归葬。他死之日，将士及民妇、仆人全都为之流泪。他遗命其子不得接受馈赠，所以也不能归葬。皇上听说后，命抚臣发放府库钱币，资助运送其灵柩返回故乡，并根据制度赐其祭葬。