文宗咸丰十一年，秋七月，帝在热河不豫。十六日子刻，疾大渐，召宗人府宗令载垣，右宗正端华，御前大臣景寿、肃顺，军机大臣穆荫、匡源、杜瀚、焦祐瀛至避暑山庄行殿寝宫，受顾命，立皇长子载淳为皇太子，并谕以载垣、端华、肃顺、景寿、穆荫、匡源、杜瀚、焦祐瀛为赞襄政务王大臣。翌日寅刻，帝崩，诸臣请太子即正尊位，诏改明年为祺祥元年。尊皇后钮祜禄氏及生母懿贵妃那拉氏均为皇太后。时虽以两后并尊，而仍微示区别。皇后称母后皇太后，贵妃称圣母皇太后，援明万历朝故事也。八月，丁巳朔，日月合璧，五星联珠。是日也，五星聚张、翼之间，钦天监占，以为楚地有贤才佐，致中兴之兆。以克复安庆及池州、桐城、宿松各郡县，道员曾国荃奖等擢有差。安庆为太平军所占据，已逾九年，上年冬间，国荃统领水陆诸军合围，至是月初一日克复，遂乘势收复池、桐、宿各郡县。九月，上两宫皇太后徽号。初，母后及圣母之称，帝生母那拉后深滋不悦，至是上太后徽号曰：“慈安皇太后”，生母太后曰：“慈禧皇太后”，并谕嗣后奏牍，以慈安、慈禧并称，不复有母后、圣母之别矣。奉天金州地震，压毙人口百十户。帝奉大行皇帝梓宫回京师，启行后，奉两宫皇太后先由间道还宫，奉慈安太后居宫东所之绥履殿，慈禧太后居宫西所之平安室，由是俗间有东太后、西太后之称。冬十月，授恭亲王奕䜣为议政王，在军机处行走；命大学士桂良，尚书沈兆霖，侍郎文祥、宝鋆在军机大臣上行走；鸿胪少卿曹毓英在军机大臣上学习行走。杀怡新王载垣，郑亲王端华，协办大学士户部尚书肃顺，革御前大臣景寿，兵部尚书穆荫，吏部左侍郎匡源，署礼部右侍郎杜瀚，太仆寺卿焦祐瀛职。先是，御史董元淳疏言：“皇上冲龄，未能亲政，暂请皇太后垂帘听政，并派近支亲王一二人辅政。”疏入，太后召见赞襄王大臣，命照所奏行。载垣等抗论，以为不可。有臣等奉遗诏赞襄，皇上不能听命于太后等语。退复以本朝家法禁母后临朝，令军机处驳还。时恭亲王奕䜣已至热河，太后将召见，杜瀚复言恭王于太后嫂叔不通，间太后居丧，尤宜远嫌。后奕䜣设计得见太后，太后虑载垣等专恣，弈䜣密谋诛之，召鸿胪少卿曹毓英密拟拏问各旨以备发表。奕䜣还京，启行后，太后亦即下诏回銮，命肃顺护送梓宫，载垣等扈跸，先从间道行。于是大学士贾桢、周祖培，尚书沈兆霖、赵光合疏请太后垂帘，皖豫督师内阁学士胜保亦奏请简近支亲王辅政。太后既至京师，乃下诏暴载垣等罪状，并降旨拏问奕䜣。俸诏宣示毕，命侍卫执载垣、端华二人拥之宗人府幽之。时肃顺方次密云，亦逮至京。旋赐载垣、端华自尽，弃肃顺于市，景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦祐瀛俱革职。穆荫遣戍军台，严治党援。尚书陈孚恩，侍郎黄宗汉、刘崐、成琦，太仆少卿德克津。太京堂富绩，太监杜双全、袁添喜、王喜庆、张保桂、刘二寿均革职，发遣有差，自是垂帘之局已定。 命议皇太后垂帘之仪。 帝行即位礼于太和殿，以明年为同治元年。初，载垣等拟建元为祺祥，载垣等遂得罪，遂改为同治。 谕：“见在一切政务，均蒙两宫皇太后躬亲裁决，惟缮拟谕旨仍应作为朕意。嗣后议政王、军机大臣缮拟谕旨，著仍书‘朕’字。” 东南方有声如雷。 停止热河避暑山庄一切工程。 命钦差大臣两江总督曾国藩统辖江苏、安徽、江西、浙江四省军务。时安庆既复，群臣争上书言事，多推湘楚军功，以为偏裨皆可督抚，因益重国藩，遂有是命。所有四省巡抚以下各官，悉归节制。国藩皇恐，三奏辞，不听。 十一月乙酉朔，帝奉两宫皇太后御养心殿垂帘听政。 十二月，谕曾国藩通筹进剿事宜。 诏饬东三省训练兵丁。 召前任副都统富明阿来京，讲求京旗各营训练事宜。
穆宗同治元年，春正月，命兵部尚书麟魁，两江总督曾国藩，均协办大学士。 总理各国事务衙门，奏请饬江苏等省筹款，购买外洋船炮，从之。 三月，命左副都御史晏瑞书赴广东，驻扎韶州，督办通省釐金，接济浙江等省饷需。 夏四月，命办山东亩捐，从科尔沁亲王僧格林沁奏请也。 五月，台湾民人戴万生等起兵，据彰化。命福建巡抚徐宗干剿办。 添设长江水师提督，驻扎芜湖。 六月，直隶蝗灾。 秋七月，有众星西南流，如织。 京师大疫。 八月，广东省城及近省各属风灾，纵横及千里，伤毙人口数万。 九月，诏畿辅行坚壁清野法，时畿辅教、土、捻、幅各党轰起故也。 冬十一月，己酉朔，日食。 大学士衔管理工部事务翁心存卒，予谥文端。时翁心存之子革职安徽巡抚翁同书，以失守安庆城池下狱，命释放。 予告大学士彭蕴章卒。蕴章初在政府，以力荐阿桂清被斥，及再起，条议时事，请撤湘楚军，裁抑曾国藩兵权，政府哂之，由是不获再用。 是年，黑虹见天，江苏等见大疫。
二年，春二月，设立同文馆于京师。 夏五月，谕减苏、松、太三属赋额。三属赋额，有较他省多至一二十倍者，至是，曾国藩及巡抚李鸿章合词奏请减之。 金星画见。
三年，春二月，停山东亩捐，从巡抚阎敬铭奏请也。 三月，苏、松、太各属地震。 夏四月，辛未朔，日食。 予西安将军多隆阿祭葬世职，寻予谥忠勇。多隆阿以黑龙江马队隶曾国藩军，从征楚皖，身经三百馀阵，克城砦二百有奇，生平爱士卒如骨肉，而威令严明智能兼备，故屡奏奇功。自提师入陕，剿回几尽。是年二月，督军力攻盩厔，中弹伤目，攻益急，遂克之。至是，伤发，薨，闻者莫不伤痛，陕西处处祠之。 五月，御史贾铎奏：“见闻有太监演戏，一赏十金，并用库存缎匹裁作戏衣，请饬速行禁止，用以杜渐防微。”旋奉懿旨：“览奏实堪诧异。方今各省军务未平，百姓疮痍满目，库帑支绌，山陵未安，深宫隐痛实殷，又何至有如该御史折内所指情事？况库存银缎，非奏准不能擅动，兹事可断其必无也。” 六月，金陵克复捷闻，封曾国藩等侯伯子男及世职官阶。 秋八月，以生擒洪福瑱，予沈葆桢等世爵、世职有差。
四年，春二月，以直隶等省雷雹灾异，下诏修省。 三月，命恭亲王奕䜣毋庸在军机处议政，并撤一切差使。奕䜣以诛载垣等功，两宫深为倚任。时太监安得海方有宠于慈禧太后，思用事，嫉奕䜣甚，以谗去其议政权。旋惇亲王绵恺、醇郡王奕