同文馆跟总理衙门一样，都是清朝同光新政的组成部分。后世一提起洋务运动，中央政府的改革似乎也就是这两项内容。但是，跟总理衙门不一样的地方是，总理衙门被逼的成分多一点，办这个衙门，清朝政府方面积极性有限。从形式到内容，都有糊弄鬼子的意思在——总理各国事务衙门，对洋人讲，这就等于你们要的外交部，对国内人讲，看，我们总理各国的事务，还等于天下的老大。而且衙门里的人，从一溜儿总理衙门大臣到办事的章京，都是从别的衙门临时凑来的，等于偌大的一个机构，没有人员编制。安着心，等形势转好，不怕洋人的时候，就将这个衙门给撤了。
但是，同文馆稍有不同，这是所学校，要入学习西方学问的学校，聘请的教师都是洋人。当初办的时候，指定从翰林院和其他衙门里正途出身的人员挑选，也就是说，打算让中国当时科举制下的精英人士，一群年轻的科门高第、进士翰林来学的。主事的恭亲王奕，经过太平天国战争和英法联军的入侵，所得教训深刻，明白西方来的洋人非同小可，怎么也得跟人家学点什么，才能应付未来的变局。虽然打的是学习天文历算的招牌，实际上就是学西学。对奕来说，给洋人刀架脖子上建一个专门跟洋人打交道的机构，多少还是一种耻辱，但学人家东西，算是知己知彼，绝对有必要。让中央政府里的年轻精英来学，起点高，学生素质也高，可以立竿见影，速见功效。
然而，这样的如意算盘，却遭到一个人的强烈阻击，这个人就是倭仁。倭仁，蒙军旗人，科举出身，是当年旗人中少有的饱学之士，跟曾国藩一样，一路从翰林庶吉士、编修、侍讲、侍读、学士这样走过来，属于标准的词臣。也同曾国藩一样，是当时著名的理学家，讲究修身明性，以人品好、学问优长，领袖士林。只是，在时代的大变局面前，曾国藩的选择是与时俱进，面对西方，而倭仁则抱残守缺，固守中国本位，对洋人深恶痛绝，把屁股对着西方。在同文馆酝酿期间，他同时担任同治皇帝的老师，深受东西两宫太后的信任。无疑，来自他的阻击，是来头挺大的，但阻击的子弹，却只是土枪里的铅沙。他说，中国人不需要学西洋的东西，我们的忠信仁义即可以为干戈舟楫。如果实在要学，也无需聘请洋人，因为中国地方大、人才多，找国产货即可。然而，奏章一上，马上有诏书说让他推荐这样的人才。当然，倭仁就是那么一说，自己夹袋里根本没有这样的人才。没法子，只好不再做声。这时，上面又有旨意，说要倭仁随时留意，发现这样的人才即刻推荐。接着，最有戏剧性的一幕出现了，讨厌跟洋人打交道的倭仁，被任命为总理衙门大臣，作为众大臣之一，跟着奕和文祥一起办洋务。有近代史论者说他接到这个任命之后，故意从马上跌下，以足疾为由辞掉了差事，其实并不确切。当年的倭仁的确差点从马上栽了下来，但绝非故意为之，而是真的郁闷生了病，所谓的痰厥之症，小中风了。这病的确跟让他做总理衙门大臣有关，但并非装的。过了没几年，倭仁还真的因为这个病，一病不起。
倭仁没有斗过奕，不止是两人地位上有差距，也是他的道理讲不过奕的道理。西太后虽然没受过什么教育，但却是个明白人，忠信仁义可以做干戈舟楫的鬼话，无论如何没法让她相信。倭仁被任命为总理衙门大臣，有人说是奕戏弄倭仁，其实未必，要是倭仁真的上任，有这样一个同事，奕还真的很难受。况且，这种大事，尽管当时奕是首席军机又兼议政王大臣，按清朝的规矩，他也说了不算。更大的可能，是西太后想要借倭仁牵制一下日渐“跋扈”的奕。
可惜，倭仁是个真性情的汉子，讨厌洋人，还真就身体力行，实践到底，顺便把自己气病了。只是，倭仁阻击失败了，但同文馆却也没有办好。当日倭仁的阻击，背后有强大的舆论支撑，京师上下，同文馆非议纷纷。翰林院加上各个衙门的精英，在舆论的强大压力下，居然没有一个人敢出来做“鬼谷先生”弟子的。一时间，跟洋人学习成了大逆不道的事儿。一个个进士出身的“孔门弟子”，集体抵制同文馆。即使有个别想进的，在众口铄金的情况下，也只能缩了。
无奈，奕他们只好退而求其次，又因为舆论压力，强调“政治正确”、出身可靠，只能在贫苦旗人中选人。即使这些人，也是看在同文馆优厚的待遇才来的——管吃管住，山珍海味，每月还有八两银子津贴。就这样，第一批也仅仅只有七十人报考。这些人人学之后，毫不客气地将旗人懒散的习气带了进来，吃喝玩乐都行，就是学习糊糊涂涂。据同文馆出身的齐如山说，他们同学学了九年俄语的，连俄文字母都背不下来。而学英文学得最好的张德彝，后来派到中国驻英国使馆做翻译，据严复讲，连日常用语都翻错。张德彝在西方转了好些年，写的游记居然记录了大量西方的儿童游戏，没多少正经事。
国家用重金请来外教，花大笔的银子办学，最后办成了这个样子，连所外文学校都资格不够，离奕当初的意图，差了不止十万八千里。同文馆兴办之初的一场风波，还真的吹掉了这个中国第一所官办新式学堂，让它有名无实，直到最后并入京师大学堂。