成祖人金川门，建文宫中火起，永乐间修《实录》，以为帝已焚死。明代无人信之，所传建文行遁之书，不知凡几。而清修《明史》时，史馆中忽以建文焚死为定论，王鸿绪《史稿》创此说，而《史本纪》较作疑辞。盖当时馆中分两派，主修建文后纪者为邵远平，多数不谓然，乃以其稿私印行世，用钱谦益、李清之说。驳正《致身录》之伪作乃朱彝尊，世以为主建文焚死者为彝尊，其实彝尊特纠《致身录》之伪，其撰《建文本纪》独加以疑辞，不与《史稿》同意。今姑置明代野史所言不论，就即《史》及《明实录》等文证之。
《史·建文纪》：“都城陷，宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申，葬之。”
此《纪》据《曝书亭集》，彝尊自言为所撰之稿。当火起至火中出帝尸，乃一瞬间事，既出帝与后之尸矣，明明已知其所终，何以又云不知所终，且反先言不知所终，而后言出尸于火乎？是明明谓帝已不知所终，而燕王必指火中有帝尸在也。其所以作此狡狯者，主者之意，必欲言帝王无野窜幸存之理，为绝天下系望崇祯太子之计，即太子复出，亦执定其为伪托，以处光棍之法处之也。此秉笔者之不得已也。
至进《史稿》之王鸿绪，则不作疑词，且全书之首，冠以《史例议》一册，专论建文必已焚死者居其半，非但证其焚死，且若深有憾于建文，论其逊国之名，亦为有忝，虐杀宗藩，自遭众弃，势穷力竭，而后一死了之，何足言逊？鸿绪之意，力尊燕王而已。不知逊国之说，燕王所乐称，若不言逊国，则将谓帝本不逊而由燕王篡取之乎，抑竟能谓帝以罪伏诛乎？故鸿绪希时旨太过，转成纰缪。乃钱氏大昕作《万斯同传》，竟采此论人万先生传，谓先生之论如是，而后建文不出亡之论乃定。此钱氏误以《史稿》出万氏手，而以《史例议》为万氏所著也。其实《史稿》亦经鸿绪以意窜定，并非万氏原文，鸿绪进《史稿》时，亦未言及万氏，但直认为己之所作。至《史例议》中有云“康熙五十九年，岁在庚子，亡友朱竹垞仲孙稼翁携《竹垞文稿》见贻”云云。此语岂万氏所出，而可认《史例议》为万氏之说耶？此钱氏之疏也。故谓《建文本纪》为断定焚死，已非真相也。
《史·姚广孝传》：“十六年三月人觐，年八十有四矣，病甚不能朝，仍居庆寿寺，车驾临视者再，语甚欢，赐以金唾壶，问所欲言，广孝曰：‘僧溥洽系久，愿赦之。’溥洽者，建文帝主录僧也。初，帝人南京，有言建文帝为僧遁去，溥洽知状，或言匿溥洽所，帝乃以他事禁溥洽，而命给事中胡濙等遍物色建文帝，久之不可得。溥洽坐系十余年，至是帝以广孝言，即命出之。”如果成祖已得帝尸，何必系溥洽以求其踪迹？若谓溥洽造为其说，则应以妖言罪伏诛，何必假他事以久系之，至十六年而不决？清史馆中所倚仗言《致身录》为伪书者乃钱谦益，而谦益则言帝出亡，为帝削发者即溥洽。此当别有据。清修《明史》时已不免浑言之矣。兹录钱氏谦益《有学集》文如下：
《有学集·建文年谱序》有云：“文皇帝之心事，与让皇帝之至德，三百年臣子未有能揄扬万一者，迄今不言，草亡木卒，祖宗功德，泯灭于余一人之手，魂魄私憾，宁有穷乎？何言乎文皇帝之心事也？壬午以还，天位大定，文皇帝苟有分毫利天下之心，国难方新，遗种未殄，必翦灭此，而后即安，张天网以笼之，顿八纟厷以掩之，闭口捕舌，遁将何所？以文皇帝之神圣，明知孺子之不焚也，明知亡人之在外也，明知其朝于黔而夕于楚也，胡濙之访张邋遢，舍人而求诸仙，迂其词以宽之也；郑和之下西洋，舍近而求诸远，广其途以安之也；药灯之诅祝，剃染之借手，彼髠之罪，百倍方、黄，以荣国榻前一语，改参彝而典僧录，其释然于溥洽，昭于中外者，所以慰藉少帝之心，而畀之以终老也。文皇帝之心，高帝知之，兴帝知之，天地鬼神知之，三百年之臣子安处华夏，服事其圣子神孙，尚论其心事则懵如也。日月常鲜，琬琰如积，而文皇帝之心事，晦昧终古，此则可为痛哭者也。何言乎让皇帝之至德也？金川之师，祸深喋血，让皇帝苟有分毫不忘天下之心，凭仗祖德，依倚民怀，散亡可以收合，蛮夷可以煽动，卫世子之焚台，卫太子之诣阙，谁能惎之？让皇帝明知大命之不可干也，明知大位之不可再也，明知本支百世之不可倾动也，以神州赤县为孤竹之封，以休发坏衣为采药之遁，耄逊遐荒，自此退耕于野；头陀乞食，岂曰糊口四方？由是而内治外攘，逾沙轶漠，高皇帝之基业安，祖宗之统绪安，三百年之天地人鬼罔不大安，宁非让皇帝之所诒乎？让皇帝之至德，媲诸泰伯其难易尤相倍，而三百年之臣子不能言，言之不尽矣。”以下言世传诸录之作伪非实，而作《建文年谱》之赵士喆亦不过排比诸录，欲传二百年未死之人心，非争竹帛之名等语。文繁不具录。盖建文之出亡为真，而诸录则伪，谦益之分辨了然也。
《史·胡濙传》：“永乐元年，迁户科给事中。惠帝之崩于火，或言遁去，诸旧臣多从者，帝疑之。五年，遣濙颁御制诸书，并访仙人张邋遢，遍行天下州郡乡邑，隐察建文安在。濙以故在外最久，至十四年乃还。所至亦间以民隐闻。母丧乞归，不许，擢礼部左侍郎。十七年，复出巡江、浙、湖、湘诸府。二十一年还朝，驰谒帝于宣府，帝已就寝，闻濙至，急起召人，濙悉以所闻对，漏下四鼓乃出。先濙未至，传言建文帝蹈海去，帝分遣内臣郑和数辈，浮海下西洋，至是疑始释。”宦官《郑和传》亦载此事。夫果成祖已确认火中之有帝尸，何以海内海外分途遍访，历二十余年，然后得一确息而释疑乎？濙来见时，已寝而起，急不能待明日，四鼓乃出，奏对甚久，则必有建文确踪，并其无意于复国之真意，有以大白于成祖，而后不复踪迹。明年成祖亦崩。此皆史文之明在者，可以无疑也。
近日故宫发见乾隆四十二年重修《明史本纪》刻本，以前但于《乾隆朝东华录》中见四十二年五月丁丑谕旨：“所有《明史本纪》，并着英廉、程景伊、梁国治、和珅、刘墉等将原本逐一考核添修。”并未见添修之本。岂料宫中竟有其书。《建文纪末》云：“棣遣中使出后尸于火，诡云帝尸。越八日壬申，用学士王景言，备礼葬之。”是正史早已改定，特未明诏颁行。改正原刻之《殿本》，今始传世耳。然又因以发见《四库本》之《明本纪》早用添修本，缘《四库》系写本，当时刻本未成，遂未行世。《四库本》人不易见，即有能读中秘书者，亦留心于外间所无之书，无人料《明史》之有异同，遂疑误至今，以为官修正史，于明建文竟定为焚死，其实《四库》定本早已改定。盖至乾隆时朱三太子案相隔已远，无庸避忌，乾隆初告成之《明史》，尚是康熙间所修，故有此曲笔耳。此已论定疑案之一也。
明初名教，嫡长之分甚尊，懿文太子以长子得立，既死则应立嫡孙，故建文之嗣为一定之理。燕王既篡，无以表示应得国之道，乃自称己为马皇后所生，与太子及秦、晋二王为同母，时太子及秦、晋皆已故，则己为嫡长，伦序无以易之矣。此事当见于《太祖实录》中，预将诸王之生，明著其母，故永乐中将建文所修《太祖实录》改修两次，即系阑人此等文字。后修《永乐实录》则直云：“高皇后生五子：长懿文太子标，次秦愍王樉，次晋恭王，次上，次周定王。”《明史稿例议》云：“《玉牒》诸书并同。当明时，诸家颇有异议，但为《实录》、《玉牒》所压，通人多不敢置信。”至修《明史》时亦仍之。《成祖本纪》云：“母孝慈高皇后。”与兴宗孝康皇帝即懿文太子。同。然于《列传》乃漏出两证，证成祖之非嫡出。
《黄子澄传》：“子澄曰：‘周王，燕王之母弟，削周，是翦燕羽翼也。’”此可证明燕王自与周王同母，并不与懿文太子同母。周王只为燕王之羽翼，于建文帝较疏也。
又《太祖成穆孙贵妃传》：“位众妃上，洪武七年九月薨，年三十有二。帝以妃无子，命周王行慈母服三年，东宫诸王皆期，敕儒臣作《孝慈录》。庶子为生母服三年，众子为庶母期，自妃始。”此事证明周王本是庶子，故可认他庶母为慈母，而为之服三年。周王既与燕王同母，即燕王亦庶出也。
潘柽章《国史考异》云：“《南京太常寺志》所载孝陵神位，左一位淑妃李氏，生懿文太子、秦愍王、晋恭王，右一位妃，生成祖文皇帝。”潘氏引此志，尚未亲见神主，故《史例议》又力辟其妄。清末乃有李清之《三垣笔记》刊版，盖以前谓为禁书，只有李氏子孙所藏钞本，后禁网渐弛，然仍删节印行，至近年则更有足本出矣。《三垣笔记》中言北都破后，弘光复都南京，乃发旧太庙，妃神主具在，均如《南太常志》所云。由此始悟明北京太庙，一帝止有一后，继后及列帝生母皆不配享，殆即成祖迁都定此制，以便抹杀生母，不留痕迹。夫因欲冒应嗣之名，而至没其所生之母，皆成祖之贪位而忍心害理者。以前为疑案，《明史》中纪传自相矛盾。自《三垣笔记》出而证《明南太常志》之文。此已论定疑案之二也。