对于董明珠来说，在为格力征战的历程中，她所担心的主要是外部的市场问题。但是，从2003年到2005年，格力电器的改制风波可能是董明珠进入格力以来所经历的最大的一场风波。这场风波，使得格力的前途一度出现迷惘。同时，也将珠海市政府、外部媒体、外部投资者等诸多方面牵涉其中。
在与格力集团多年的矛盾冲突中，董明珠一直如履薄冰，但她强硬的个性始终都没有改变。她毫不犹豫地说：“我是在不断地斗争。当然，我也不是跟所有的人斗，而是跟我认为不正确的人斗。斗争之中，我总有一种能赢的感觉，因为我是正确的。每次斗争的胜利，都会让我感到兴奋。这些年，我好像一直都在斗争，而且越斗越勇，越斗越能把压力变成动力。”
朱江洪和董明珠都是很有责任感的人，总感觉企业没有道理做不好。在格力电器的改制风波中，朱江洪和董明珠力排万难，理清乱麻，格力因他们而得到了重生。虽然这个企业不是他们自己的，他们也同样是打工的，但他们完全把发展格力作为自己毕生的事业，像对自己的孩子一样地来爱护格力，来培育格力，使格力不断成长。以他们的性格，要么就不做，要做就做好。因为他们清楚国企的复杂性，越是面临复杂的局面，就越不能违规。
2004年以来，格力集团不仅高层人事变动频繁，而且一名副总裁、集团旗下房产公司的总经理、集团旗下凌达压缩机厂的总经理等多人被拘留审查。格力集团多年来从银行贷款十几亿元，又从格力电器得到分红8亿元，完全可以踏踏实实地干出一番事业，可结果恰恰相反。集团陷入窘境不说，高达数亿元的到期贷款压得集团喘不过气来。格力集团最初大举借债进入的房地产、燃料油和压缩机等行业都是利润较高的行业，这些产业布局都没有问题，而且起点很高。但是，为什么这三项主业都会出现亏损呢？
随着格力集团越来越多的高管被抓，集团的黑洞也越曝越大，格力集团已经露出无法阻拦的败象。这时，与格力集团积怨颇深的董明珠强硬地说：“数亿国有资产流失的背后是不是放纵？放纵的背后是不是有什么见不得人的事？”
董明珠一直认为：国企的体制问题实际上还是用人的问题。有人就有一切。优秀的人就会做出优秀的企业，就这么简单。有什么样的思想，就能打造什么样的企业。只要选对了人，体制就不是问题。只要有不影响企业发展的环境，体制就不是问题。有些人认为国企不是自己的企业就不认真做。格力电器如果这样，并任人唯亲，也会搞不好。做国企要顶住压力，还要牺牲和放弃很多东西。
2003年，格力电器开始酝酿改制事宜。
董明珠对企业改制的看法是：改制既要保证国有资产不流失，还要保持企业的持续性发展。只要国有资产不流失，怎么改制都是可行的。以格力电器为例，格力电器当初亏损5000万元，现在资产有20多亿元，这就是资产的升值。如果再将企业卖到好的经营者手里，就是给国家创造了财富。国家既得到了资金，同时又使这个企业保持了可持续发展，这才是国有资产最好的转制。
面对改制，朱江洪认为：保证企业的持续发展才是最重要的。从企业的激励机制来说，如果员工能够持股，肯定会对一些不符合自己利益的决策进行抵制。如果企业的战略投资者较多，对形成科学的企业决策就会更加有力。改制的关键是要引进人才战略投资者，分散股权，规范决策程序，防止错误决策。格力电器需要的战略投资者，必须是对企业的重大决策有见解、能进行科学决策的机构或企业。
这次改制风波给格力电器以及董事长朱江洪引来了一个不小的麻烦。
2003年11月11日，《经济日报》整版刊登了题为《奋进中的珠海格力集团》一文，《粤港信息日报》也于同日进行了刊登，文中明显带有以格力小家电打压格力电器的痕迹。
格力电器授权律师事务所发给《粤港信息日报》的律师函中指出：格力小家电的产品质量水平、技术水平，与“好空调，格力造”在消费者心中的良好形象，有很大的反差。而《奋进中的珠海格力集团》一文，却对格力集团的格力小家电持肯定态度，文中极力宣扬格力小家电的市场地位和其产品质量、技术水平，称“生产的电暖器连续3年在国内市场销量名列前茅”，称“电风扇、电饭煲、电磁炉、饮水机也进入了行业前三名”，均与事实不符。
这时候，全国的媒体和网站也纷纷出现针对此事的评论文章，最多的一天，有三十几篇攻击格力电器的文章出现，其步调一致很是让人意外。董明珠和格力电器的领导层起初很是意外，但后来他们就习以为常了，因为几个月后与国美交恶时，媒体的表现也是如此。这也是国内财经媒体的一个“潜规则”。
2003年12月，《粤港信息日报》头版头条刊发评论性文章《格力再现褚时健式人物》，把朱江洪评析为另一个褚时健。褚时健就是云南红塔集团的原任董事长。文章称朱江洪“想通过股权置换，拟用MBO方式实现企业改制，把集团公司所拥有的58%的股份中的30%归他个人所有”，把朱江洪描绘成一个侵吞国有资产的“59岁现象”人物。
朱江洪认为此文是对他的严重诽谤。2003年格力集团亏损逾亿，管理一团糟，格力电器赢利逾3亿蒸蒸日上，而文中却把集团董事长描绘成是国有资产忠实的看门人，朱江洪则成了国有资产侵吞者。这种笔法使人感到寒心。他心力交瘁，叹息这是“创办格力以来最艰难的日子”。朱江洪于2004年初起诉作者仲大军侵犯其人格、名誉权。法院判决朱江洪胜诉，对方被要求除刊登文章向朱江洪道歉外，还向朱江洪赔偿10万元的精神损害抚慰金。
同时，关于格力电器建账外账、设立小金库、烧账本的传言到处流传。珠海的纪检、工商等部门也进驻格力电器进行调查。格力集团有些人的目的很明确，就是把朱江洪和董明珠赶出格力。
董明珠毫不示弱，她直指集团一些做法是想掏空上市公司、利用上市公司滋养腐败。董明珠疾呼：“无论是企业还是个人都要敢于揭短，敢于正视自己的问题，敢于把自己的丑陋、错误暴露给别人，让别人来帮助自己。在总结经验的过程当中，不要互相指责，而是应该帮助。”她在媒体面前毫不避讳地说：“格力集团长期运作不规范，出事是迟早的事儿。”
传言和诋毁袭来的时候，正是格力电器第四期工程竣工准备剪彩典礼的时候，也是格力电器为其未来的增长布局谋篇的关键节点。就是这样，朱江洪和董明珠往往是每天早上看完一厚叠媒体的“报道”，下午还要面带笑容出席公司扩建工程的奠基仪式。即使是去外地出差，也得匆忙赶回珠海，配合有关方面搞反复的“谈话”“调查”。董明珠心里明白：在国有企业，墨守成规把企业搞跨了可能还没有责任，异地做官就是了。反之，不管你把企业搞得多红火，但只要有一点违规，责任你都逃不了。在国企做领导，必须十分谨慎，不能犯错误。
在格力集团和格力电器的斗法中，董明珠是被集团拉拢的重点对象。集团派人来见朱江洪，开出的条件是：自动退休，退休以后拿5年的年薪，每年200万元共计1000万元。如果不退的话，就召开股东大会罢免他。对董明珠的条件是，朱江洪走后，董事长、总经理两个职位任她选。
得知了最后通牒的内容，董明珠对朱江洪说：“虽然这个人不懂企业，也不懂管理，但是我觉得他还是认可你的。”朱江洪一笑说：“他给我钱我也不敢拿，也不能拿，这不合法。”此时，朱江洪的心态是：无所谓，不让做就不做。不做不是我个人的损失，是企业的损失，是政府的损失。在承受如此巨大压力的情况下，朱江洪也想过走，但走了之后格力怎么办？股民的投资怎么办？员工的出路又怎么办？最后他还是决定留下来“坐以待毙”。这是一种完全凭良心干的想法。
关键时候，董明珠的斗志和能力爆发了出来。当时她就对朱江洪表示：这不是你做不做的问题，而是你对与错的问题。集团被那些人搞得亏了几十个亿，要是他们来做格力电器，企业很快就会被断送掉，这也势必损害了国家利益。这个时候，你一定要坚持，就算不做也得有一个说法。
在股权分置改革期间，珠海市政府组织一个班子专门到深圳、北京和上海等地考察，并拜访持股的证券公司，每到一处，让参与考察的官员们感到意外的是，基金经理们提出的第一个问题都是：“朱江洪还能留任吗？”有的人甚至还直言：“格力股改的具体条件我们不太感兴趣，我们最感兴趣的是朱江洪能不能不走。”
时任格力集团董事长徐荣本想在格力电器换届股东大会上，完成对朱江洪格力电器董事长职务的罢免事宜。而就在会议召开的前一天，由于获悉了内情，董明珠亲自去找了分管工业的市委书记，力陈利害关系。珠海市政府当天深夜做出决定：不准徐荣参加第二天的股东大会，让他写下委托书委托他人参加。这对集格力集团党委书记、法人代表、董事长、总经理于一身的徐荣来说，无疑是一个沉重的打击。这场斗法，以徐荣于2004年1月去职暂时告一段落。
最终，朱江洪与董明珠这对默契的“朱董配”，仍然带领着格力电器人嘹亮地唱着那曲“众人划桨开大船”。云开日出之时，格力电器依旧是珠海的一道鲜艳的彩虹。
改制后的格力电器结束了控股集团“一股独大”的局面，实现了股权的多元化，这不仅为格力的快速发展奠定了基础，也为国有企业改制提供了经验。