在华东，上海陷落之后，日军扑向国民政府的所在地——首都南京。于是，第二次“正面的正规战”，即南京会战已迫在眉睫了。
首都得失，事关重大。蒋介石必死守，日军必猛攻，双方必定大战一番。
日军分三路进攻南京，蒋介石任命唐生智为南京卫戍司令，率十三个师组成南京卫戍军。
11月16日，中山舰升火，在一片凝重的气氛之中，徐徐驶离南京。中山舰是一艘著名的军舰。它原名永丰舰。1922年6月，陈炯明叛变之际，孙中山便是在这艘军舰上避难，蒋介石也正是在这艘军舰上护卫孙中山。1926年3月，著名的“中山舰事件”又成了国共分裂的讯号。这一回，中山舰再一次担负历史性的使命，它载着国民政府主席林森，离开首都，沿着长江，朝重庆迸发。
四川省主席刘湘发表致林森电报，表示“谨率七千万人翘首欢迎”。
林森此行，为何如此隆重？
11月20日，国民政府发表宣言：“国民政府兹为适应战况，统筹全局，长期抗战起见，本日移驻重庆。此后将以最广大之规模，从事更持久之战斗。”
从此，重庆这座山城成了“陪都”——战时首都。
不过，最初只是林森作为国家元首，先迁往重庆。国民党中央党部和国民政府机关，则就近迁往武汉。
就在日军重兵压境、三面包围南京之际，那位德国驻华大使陶德曼又求见蒋介石。他再度充当日、华之间的幕后斡旋人。
12月2日，踌躇再三的蒋介石，在会见陶德曼时表示退让：“中国政府愿以德国所提出的各点作为谈判的基础。”
德国所提出的“各点”，亦即日本所提出的七条。
蒋介石“降价”，日本却“加价”了！日本于七条之外，又另加了四条“亡人之国的新条件”！
日本外务大臣在给德国驻日大使的公文中称：“如中国方面总的承认这样一个媾和原则，向帝国政府表示乞和态度，则帝国准备答应开始进行日、华直接谈判。”
日本全然是一副盛气凌人的态度，他们要蒋介石“乞和”！自然，这是蒋介石所无法接受的。
蒋介石明确地拒绝了日本的条件。蒋介石说：“倭所提条件如此苛刻，决无接受余地。”此时求和，无异灭亡，不仅外侮难堪，而内乱益甚。“与其屈服而亡，不如战败而亡。”
这样，南京一战已无可避免。12月5日，日军兵临石头城下，蒋介石飞离南京，前往武汉。翌日，日军的飞机便大批飞向南京，狂轰滥炸，一场恶战开始了。
唐生智率众奋力抵抗，无奈不是日军的对手。12月12日——一年前的这一天，正是西安事变发生的日子，唐生智不得不败退。翌日，日军涌入南京，首都陷落。
一场空前的浩劫，在南京进行：日军惨无人道地施行大屠杀，三十多万中国人血染南京！日军甚至进行“杀人比赛”……
12月17日，蒋介石在武汉发表《告全国国民书》，表示：“目前形势无论如何转变，唯有向前迈进，万无中途屈服之理。”
中共立即对蒋介石的文告作出反应。《中国共产党对时局宣言》于12月25日发表，指出：
蒋介石先生本年12月17日《告全国国民书》所提出之“贯彻抗战到底”“争取国家民族最后之胜利”之主旨，与本党目前对时局的基本方针，正相符合。中共中央坚决地相信国共两党同志和全国同胞，定能本此方针，亲密携手，共同奋斗。
国共之间，你呼我应，互相支持，同仇敌忾。这是过去十年中所从未有过的。
不过，也就在这个时候，毛泽东在中共内部讲话中敲响了警钟，提醒全党，要牢记第一次国共合作失败的教训：“1927年陈独秀的投降主义，引导了那时的革命归于失败。每个共产党员都不应该忘记这个历史上的血的教训。”
值得顺便提到的是，正是由于第二次国共合作，在南京狱中被关押了三年的陈独秀，于1937年8月23日获释。陈独秀是中共的创始人，曾连任中共五届总书记。不过，此时他已离开中共达十年之久了……