若说蒋介石行馆都是为独揽风光、游山玩水而设，未免太过偏激。毕竟对蒋介石而言，行馆等住所的方便之处，在于它可以免去许多舟车劳顿，隐秘而迅速地达到他所需要视察的地点。特别相较于蒋经国高度关注各地重大民生建设，深谙掌控部队重要性的蒋介石，有更多比例放在战务巡视上，因此从20世纪40年代与50年代之交，国民党大举迁台时期，设置在各战地或重要营区的行馆就是蒋介石检阅部队前的驻地。
例如西子湾宾馆与澄清湖宾馆，就是蒋介石南下高雄主持“陆军官校”阅兵的重要住所，澎湖第一宾馆也具有战线前哨指挥部的性质。其他位于部队营区内的战时行馆也为数众多。作为最前线的金门、马祖，受到更大的战争压力；退无可退的蒋介石当然更抱以高度重视，多次亲自巡视，或指派蒋经国到第一线督军，自然留下诸多印记。
例如1949年10月17日，汤恩伯不顾蒋介石当面下达死守命令，弃守宣称固若金汤、可守三到五年的厦门，败走金门。解放军将领叶飞自华南席卷而下，决定集中船只以15000人进攻大金门。此时汤恩伯已无斗志，急电蒋介石，认为金门势必无法守，要求撤往澎湖，巩固台湾防务。但蒋介石大怒之下立即回电“厦门已丢，金门不能再失”，并指派胡琏第十二兵团与台湾新军第二〇一师前往驰援。
此后，古宁头战役中解放军失利，蒋介石赢得了短暂的喘息机会，甚至等到朝鲜战争爆发，重拾与美国的关系。1953年1月，蒋介石还亲自到金门巡视，并手书“毋忘在莒”四个大字，以高四丈、宽两丈的尺寸，勒石在金门太武山上。
至于蒋介石在金门的行馆，据说设在位于太武山金防部擎天石室，这处基地号称一刀一斧从坚硬花岗岩石中雕塑而生，不但位置相当隐秘，更能借以发挥捍卫戒护效果，内部陈设则十分简单。至于古宁湖旁的三层楼建筑古宁楼，则是蒋介石相当喜爱的休闲、沉思去处，也常在这里召见将领，目前古宁楼三楼仍保存蒋介石生前陈设模样。
蒋经国恩师吴稚晖去世后，骨灰依遗言撒在大、小金门海域，蒋介石每到金门，也会特别到金门水头码头山上的吴稚晖纪念亭缅怀故人。由于当时两岸情势紧张，蒋介石前往金门行程不但一切保密，还会先绕道澎湖，同时紧贴海平面飞抵金门，躲过雷达追踪，以策安全。