之后，草山御宾馆一度于1958年，外借给蒋纬国自德国延请的将军级装甲兵顾问的在台住所，其使用空间为和馆两间房舍，前后约3年到5年时间。直到20世纪60年代中期，被美国所限，无法反攻的蒋介石，改从文化争取正统性，因此国民党多方联系海外多位文学家或学者返台，发动“文化复兴运动”，也积极动员有象征性的国民党大佬与政治人物回到台湾。其中一位标志人物就是孙中山长子孙科［孙科（1891年10月20日－1973年9月13日），字哲生，广东香山人，系孙中山唯一的儿子，其母是孙中山原配夫人卢慕贞。美国加州大学柏克莱分校文学士，哥伦比亚大学硕士。曾任考试、行政、立法院院长等职。43名国民党战犯之一。孙科赴台后屡任公职，同时曾任东吴大学董事长之职，1973年病逝于台北。］。
孙科从1931年2月支持胡汉民反蒋开始，1932年立法院长任内主张联共抗日，之后虽屡任国民党高职，也当过行政院长，但与蒋介石关系一般。1949年后，孙科移居中国香港、法国巴黎、西班牙等地，并于1952年定居美国洛杉矶。直到1965年为纪念孙中山百年冥诞，蒋介石积极动员，孙科才前往台湾定居。
蒋介石为表达礼遇，特地将草山御宾馆拨给孙科作为官邸，同时也进行大规模整修，包括天花板全部更新，餐厅铺设地毯，阳台加铺地砖，增设西式卫浴设备，也把原本日式房舍的门厅改为驻警房舍，原本宾馆东侧的苗圃，之后也被新纳入成为御宾馆庭园的一部分。当时洋馆是孙家客厅与餐厅，和馆是孙科寝室与书房。之后随着孙科次子孙治强一家搬回定居，国民党还邀请设计孙中山纪念馆的建筑师王大闳在和馆旁新盖一间165平方米的砖造洋房，以方便居住。
不过由于孙科家人习惯美式居住环境，因此御宾馆不但加装窗型冷气，和馆内风格也渐渐因一些设施与装潢调整而改变，包括原有榻榻米地板被换成榉木地板，和式纸窗门也换成了毛玻璃。由于孙治强喜爱狩猎，还带回许多狮子、犀牛等兽头标本，放在洋馆中展示。
至于孙科先是受邀担任“总统府高级咨议”，并于1966年出任“考试院院长”。蒋介石与蒋经国每年大年初一还会亲自到御宾馆登门拜年，也会到宅为孙科贺寿，或邀请孙科夫妇同到士林官邸做礼拜。孙科1973年因心脏病逝世后，官邸仍由孙科遗孀与孙科子嗣孙治平、孙治强等人继续居住。因为风水考量，孙家把原先洋馆大门改了一个方位，并陆续加设了壁炉、烟囱等设施防寒，已不复当年裕仁来台时的旧观。
同时由于当地位居硫黄温泉附近，气候潮湿，加上长期缺乏维修，权管单位归属问题又复杂［当时草山御宾馆土地产权已因台湾政治区划变迁，由原先台湾省政府代管，改属为台北市政府所有，蒋介石是以借用名义，礼遇孙科住进御宾馆，同时出入配车以示礼遇。］，因此孙科去世后一段时间房舍就渐渐陈旧，不堪修葺，孙家于1986年间，向国民党当时的秘书长马树礼反映后，国民党决定拨款新台币2500万元，供孙家另购房舍，御宾馆则归还公家，但之后也不了了之。
李登辉出任“总统”后，御宾馆状况每况愈下，虽然孙科次子孙治强仍居住在内，但房舍陈旧不说，客厅屋顶已塌陷，孙科的书房杂乱不堪。屋外芒草丛生，几乎把木造主建筑整个遮住。经济状况不佳的孙治强因此上书李登辉求援，意外引发国民党是否怠慢孙中山后代的争议，甚至一度还传说孙家打算以摆地摊或收孙中山遗像费支应生活。不过随着风波逐渐平歇，相关问题还是没有解决。
直到担任“台北故宫博物院”顾问的孙治强因罹患前列腺癌，需往返荣总就医，他才于1997年暂时离开官邸，借住在友人家。1999年的“九二一”大地震，更让洋馆屋架受损严重，阳台墙面整片塌陷，不过为妥善保存草山御宾馆，台北市政府于1998年取得孙治强同意后，宣布当地与草山宾馆同列入古迹保存范围；孙治强则于2001年病逝于台北。由于产权复杂，所需经费数目庞大，因此至今尚未开始修复作业，徒留破旧的木造架构与暂时挡风遮雨的铁棚架，荒废在阳明山的杂草之间，当年荣景盛况已在风吹雨打中销蚀殆尽。