度过朝鲜战争前的风雨飘摇，蒋介石在台湾地区的统治渐上轨道，包括士林官邸、草山行馆、草山御宾馆、“革命实践研究院”，乃至于日后陆续建立的中山楼、中兴宾馆、圆山大饭店，都位于草山山系，俨然是蒋介石在台足迹遍布最密集的地方，更是他相当重要的居住、生活区域。
以草山御宾馆为例，除提供党政军等政要在此商议要事、临时休憩，蒋介石与宋美龄也会不定期到此洗温泉。蒋介石莅临前，侍卫会通知管理员净空，管制出入，蒋介石通常约在下午3点抵达，偏好使用和式会馆的温泉浴室，洗浴后稍事休息即离去，不会在此用餐或住宿。但为了避免遭到轰炸攻击，国民党也陆续以钢筋混凝土等建材修建强化原有防空洞，使得防空洞长达60米，可防范炸弹碎片与爆风袭击；宾馆外侧也新增红砖围墙，同时插上“宾馆重地、请勿擅入”的木牌。
◆ 1913 年8 月27 日《台湾日日新报》上关于草山温泉的报道该篇报道记录了日据时期台湾草山温泉竣工的事宜，经过7 年的建设，草山温泉算是正式开发。1930 年刊印的《台北近郊的温泉案》一书内亦有如是描述：现在1913 年的公共浴场建设后，陆续有警察职员疗养所、山梅旅馆、巴旅馆等建筑。可见，草山温泉的开发逐渐展现其规模，成为日后温泉旅游的胜地。（上图）
不过冠盖云集的草山御宾馆，也意外见证了一场国民党内的政治冤案。
1955年6月6日，“国民党政府”宣称屏东发生“兵变”，指控有人企图利用南区国军阅兵场合兵变，矛头指向被蒋介石调到“总统府参军长”的名将孙立人与其少校联络官、陆军步校教官郭廷亮。包括孙立人在内，相关人士陆续遭软禁、逮捕，由于孙立人被认为是国民党内真正有作战实力的将领，与美方关系良好，立刻引发轩然大波。
事实上，美国在1949年已一度考虑“驱蒋自立”的可能性，尤其继策反陈诚无功，转而鼓吹留美出身、维吉尼亚军校毕业的孙立人取代蒋介石，执掌台湾省政与军政。消息频传，对孙立人相当不利。［如美国务院政策计划处主任肯楠曾建议美国国务卿接管台湾，并邀孙立人参加占领军新政权，以分化中国驻台军队。国务院参事莫成德在1949年2月3日电文中亦指出，美国需要“一干练笃实之人，不必听蒋介石之指挥，亦不必从李宗仁联合政府之命令，而专为台湾谋福利。孙氏经验，或有未足，但其他条件，却甚相合。”虽然孙立人回绝美方的邀约，但这些消息都踩到蒋介石痛处。］尤其在上海失守之际，麦克阿瑟发函约孙立人赴日晤谈，为期三日。
孙立人深知犯忌，请陈诚代向蒋介石请示，蒋复可后，方前往晤谈。据孙立人自述，麦克阿瑟告知国民政府势必垮台，美国保台立场明确，有意请孙负起责任，美国全力支持，“要钱给钱，要枪给枪”。孙立人当场称他“忠于蒋，不应临难背弃”，他也将在蒋介石指导下保台。孙立人返台后又亲往溪口向蒋介石说明，蒋介石批示“继续回台练兵”；但孙立人不知已踏到红线，蒋介石早已勃然大怒，双方互信基础薄弱，美方有意以孙代蒋一事，始终不绝于耳，甚至有美国情报官员居中提醒“国府”，要多留意孙立人。
因此虽然在1949年10月，蒋介石为拉拢美国而重用孙立人，他却在日记中强调，“共产党与俄国人”到处活动、阴谋挑拨，以孙立人为目标，“将行谗间”。他甚至写道：“接妻（宋美龄）密函，报告立人事……如非余之明见，则误大事矣。”
据说孙立人在1950年初，有次与蒋介石在士林官邸共进午餐。席间蒋介石突然对孙立人说，有人跟他讲，“你野心很大”。孙立人当场辩驳，“我是一个军人，只知道带兵打仗，保国卫民，不懂政治，何来野心”？类似中伤全属“分化阴谋”。
但事实上，美国国务院与中情局等单位在1950年上半年确有发动政变、驱蒋自立的规划，美国国务院中国科甚至拟定《台湾政变草案》，计划发动孙立人为政变指挥官，执行“驱蒋、保台、反共”任务［甚至当时美国国务院远东事务助卿鲁斯克于1990年在接受台湾“中国时报”专访时还称，曾于1950年6月间接获孙立人要求美方协助政变的密函，只是为了保密并保护孙立人，他当下立即毁去原件，同时陈报美国国务卿艾奇逊，他也指出，密函中并未讨论计划而只是提及了构想，结果此事变成了一桩无头公案。孙立人晚年则对外否认他曾发出这封密函。］，让孙立人卷入美国“以孙代蒋”策略而无法脱身；他偏又频频会见美方政军界人物，不时抱怨国民党与军队腐化，全遭政工体系掌握，蒋介石防孙、去孙之心也越加明显。
表面上，蒋介石对孙立人表达信赖，却私下认定孙立人“有异心”，更曾在1950年6月的日记中记载，需“严戒孙立人阳奉阴违及招奸泄机各种不法行动”，并直批第三期国防工事尚未开始，是孙立人“荒唐误事”。因此，对孙立人的各种指控、整肃也不让人意外。
先是两名女性部属被逮捕判刑，让孙立人陷入挨打局面，由于非黄埔系的孙立人对蒋经国在军中布建苏维埃模式政工制度，成立“国防部总政治部”的做法也颇为不满，屡起争执，也让他成为箭靶，处境越来越不利。是以孙立人来台后虽担任过两任“陆军总司令”，但始终未循例擢升“参谋总长”，让自视甚高的孙立人心中相当不平。
1954年，蒋介石拔擢原“总统府参军长”桂永清转任“参谋总长”，“陆军总司令”由黄杰接任，他并将孙立人调为无兵权的“总统府参军长”。没想到桂永清到任即患病去世，与“两蒋”关系密切的彭孟缉又直接跳过孙立人，代任“参谋总长”，让许多孙立人部属发出不平之鸣。在这个负面信息笼罩下，1955年即爆发了震惊中外的“孙立人案”。
政工系统系于1955年5月蒋介石南下视察空军基地校阅前一晚，指称孙立人旧部属郭廷亮计划趁蒋介石在屏东机场阅兵时，煽动机枪手瞄准司令台，造成混乱，以发动兵变；之后，政工系统另指控孙立人曾向美方转达有意政变，并饬部属王善从、陈良壎侦察蒋介石出入频繁的阳明山、西子湾行馆地形以绘制地图，刺探高雄要塞警备情形，意图兵力包围，是以认定孙立人政变动机与迹象明确，宣告将他软禁在台北市南昌街的官邸之中。
但孙立人在受讯时则反驳，西子湾地形简单，根本不用侦察。甚至当时被要求自白的孙立人部属也指出，高雄武装部队在蒋介石抵达后根本不能随便行动，甚至“要塞警备森严，像一道城墙一样，根本没有办法进去，再加总统府内部警备森严……恐怕还有电网地道”。简言之，身经百战的孙立人想借此兵谏的说法实在太牵强。［当时台湾监察部门同时由陶百川等人发动调查，也质疑孙立人没理由用“印象不好”之人，率“不及一百”杂凑之兵，对警备森严之官邸，作三面包围或四面包围，以备自己进去苦谏。因此，“虽毫无军事常识之人在愤激狂妄之下，亦不敢冒生命之危险，作此绝无收获之行动，孙立人将军，军事学识、造诣深邃，谅不至愚妄如此。”］
尤其国民党手中并无任何孙立人涉及“兵变案”的直接证据，因此引起岛内外激烈非议，美国政府与军方均强调无法接受孙立人是共产党的说辞。加上蒋介石迅速明令批准孙立人以“总统府参军长”名义于8月3日所提，因郭廷亮、江云锦等事件引咎辞职的公文，更使争议持续扩大。
为平众议，蒋介石宣布由当时担任“副总统”的陈诚为主任委员，与王宠惠、许世英、张群、何应钦、吴忠信、王云五、黄少谷、俞大维等组成9人调查委员会，负责调查“郭廷亮匪谍案”。当时九人小组正式于1955年9月18日下午在草山御宾馆约谈孙立人。
虽然孙立人完全否认，并称他只是想在阳明山找地盖房，不希望打扰蒋介石官邸，因此要部属去找，之后也找到阎锡山官邸后一块用地。不过陈诚等人审讯郭廷亮等人后，仍得到“坦承不讳”等“自首”结果，并称因不满孙立人遭蒋介石打压，因此打算趁蒋介石巡视时兵变。
除在日本治疗眼疾的何应钦未参与调查，其他8名调查委员联署后，共同宣布由王云五整理撰写的调查报告，指称郭廷亮承认利用其与孙立人的关系，执行阴谋叛乱任务，孙立人则企图利用郭廷亮在军中建立个人力量，至陷入其中而不自觉，应负“未适当防范”“失察、包庇”之责。
孙立人曾是陈诚辖下印缅远征军旧部。据陈诚之子陈履安表示，当时负责孙案的陈诚明知冤案却无能为力，亲自探视遭禁闭的孙立人。孙立人谈话中奋力扯开衣衫，裸出全身伤疤，激动地大喊：我这辈子为国家这样子出生入死，为什么怀疑我变节！
为什么！［陶百川和张群当时也以“监察院”欲完成“孙立人将军与南部阴谋事件关系调查报告书”为由，尽力将孙立人请到“监察院”约谈。孙立人声泪俱下，直指他忠于“领袖”及“国家”，同时如果要反，何必等已无兵权、时局已变时再反？结果“监察院”的报告认为郭廷亮并无兴兵叛乱情节，“南部阴谋事件”仅是向蒋介石呈递改革部队行政建议书，无叛乱意图；至于孙立人遭人检举一事乃属军队内部派系构陷，不足为凭。但与九人小组差异过大，因此被国民党封锁，并以极机密封存数十年。］
◆草山温泉地图（1935 年展于台湾博览会）
日据时期建于草山的温泉旅馆及别墅，地理条件优越，除了坐拥优质的温泉外，建筑在景观视野上皆将山色尽收眼底，建筑设计和材质与日本国内一流的温泉旅馆相比亦毫不逊色。草山温泉旅馆善用借景手法，室内空间精巧，室外周遭庭院简约朴素，成为草山日式建筑鲜明的特点。（下图）
这段时间里，调查小组所有约谈、开会，到最后决议，都是在草山御宾馆进行。但俞大维晚年也自承，他虽被任命为调查委员，却从未被通知开会，只在王云五报告完成后被通知听取宣读内容，他认为孙立人背负极大冤屈，因此没有用印为报告背书，但最后报告上却出现了他的图章；许世英［许世英（1873年－1964年10月13日），字静仁，号隽人，安徽贵池人。1897年以拔贡生选送京师参加廷试，得一等，官位扶摇直上，1910年任山西提法使、布政使。1911年山西太原新军起义，许世英与新任山西巡抚张锡銮联名吁请清帝退位，拥护袁世凯。民国后，历任大理院院长、司法总长、内务总长、交通总长，1925年底被段祺瑞任命为内阁总理。1928年10月，任国民政府赈务委员会委员长、驻日大使。1948年以政务委员兼蒙藏委员会委员长身份，随阁揆张群总辞，移居香港。1951年应邀赴台，出任“总统府资政”，1964年病逝于台北。］更公开在调查书述明孙案“罪疑唯轻，恩出自上”。
但蒋介石已决心拔除这根痛刺，即便宋美龄、陈诚不断力保孙立人忠诚无虞，台湾当局仍在没有具体证据、未经正式审讯判决之下，于10月8日下令，孙立人“今即令准免去‘总统府参军长’职务，特准予自新，毋庸另行议处，由‘国防部’随时查考，以观后效”。蒋介石因此“不杀、不审、不问、不判、不抓、不关、不放”，把一代名将孙立人软禁在台中市向上路18号一间独栋日式住宅中，在看守他的副官、宪兵与在外戒护的特务人员监视下，被软禁长达33年。