蒋介石去世后，在蒋经国推动下，西子湾行馆于1977年由“总统府”核定改移交高雄市政府接管，并改为蒋介石纪念馆，同时全面开放西子湾风景区供民众游览。
行馆陈设方面，一楼餐桌、餐具仍原物呈现。二楼有主卧室、蒋介石及夫人办公室各一间。办公室有文房四宝、蒋介石亲写的“澄清楼”匾额，及宋美龄手绘国画《长相左右》。走廊两侧挂了一张张蒋家生活照，还有手摇式电话、自上海运来的老式烤箱等设施；蒋介石座车停放在车库内，虽有发动保养，但不再开出去。蒋孝勇兴辟的鸟园虽尚存，但只剩几只老鸟。
蒋经国随后指示在西子湾办理“中山大学”复校，并由亲信李焕于1980年出任第一届校长，当地除海水浴场外，其余约45公顷都被划入“中山大学”。
为拓展校地，“中山大学”也划走了部分的行馆庭院，因此行馆越缩越小，缩在校园的一角，管理权也由市政府移交给“中山大学”。1999年，“中山大学”重新整修行馆，重新粉刷，把原来的木窗改为铝门窗，随后将侍卫室、起居室、浴室及厨房改为约270平方米空间的艺廊，其余如大厅、卧室等则保持原状，开放公众参观。