护法运动兴起后，段祺瑞政府决定对西南各省用兵，企图实现袁世凯未能实现的“武力统一”中国的计划。
护国战争结束后，各派军阀为了争夺地盘，拚命扩编军队。到1917年6月止，全国正规陆军已由护国战争时的五十万人增加到六十余万人②。其中北洋政府陆军部直辖的部队，已由护国战争前的十二个师、二十个混成旅增加至二十一个师、二十三个混成旅①；加上张勋的定武军七十营、倪嗣冲的安武军四十余营、姜桂题的毅军二十营②，总兵力达三十四万余人。其中能调往前线作战的部队，约在十万以上。这是段祺瑞赖以发动内战的基本力量。
以孙中山为首的护法军政府所统辖的军队及响应护法的军队，主要有由陆荣廷控制的驻广东的两师两混成旅、驻广西的两师一旅，由唐继尧指挥的分驻滇粤川的六个师，还有贵州的一师一旅和湖南的两个师①，以及由海军总司令程璧光率领的第一舰队（包括巡洋舰三艘，炮舰六艘，其它辅助舰只四艘）和陈炯明统带的二十营海军陆战队②，总兵力约十五万人。与北洋军相比，南军总兵力虽居于劣势，但由于在本地区作战，可将大部兵力投入战斗，因而在战场兵力对比上与北军不相上下。
段祺瑞“武力统一”的主要战略目标是广东，因广东不仅是护法军政府所在地，也是滇、桂、粤军的联合基地和西南各省与海外交通的枢纽。关于北洋政府的战略意图，段祺瑞的心腹智囊徐树铮后来透露说：“盖欲定大局，非谋统一不可，欲谋统一，非川粤同受政府节制不可。以川较粤，川可稍缓，而粤宜急，粤定川或随之而自定。我之争湘者，为图粤计耳；粤不定，湘即危，湘有事，鄂亦不安，大局则时有摇动之虞”①。简言之，段祺瑞要想武力统一全中国，必须征服粤、川，并以征粤为先，而征粤又必先攻湘。因此，湖南就成了北洋军阀进攻的首要目标。
湖南北通江汉，南接两广，西邻川、黔，是北军攻取西南诸省的必经之地。早在广州军政府成立之先，段祺瑞便利用北洋政府的“合法”地位，于8月6日下令免去湖南省长兼署督军谭延闿的督军职务，以皖系人物前陆军部次长傅良佐代之，并调北洋军第八、第二十师随傅入湘，企图不战而控制湘剩与此同时，段还派部分军队入川，企图控制川省；并令闽、浙、赣抽调军队攻粤，以策应湖南战场作战，使南军首尾不能相顾。
谭延闿是个介于进步党与国民党右翼之间的“八面玲珑”的政客，由于利害关系，和桂系头子陆荣廷关系甚密。谭被免职后，忙向陆荣廷求救。陆荣廷等桂系军阀清楚地看到，“湘省为两粤门户，又系滇黔咽喉，湘失则西南腹背受敌，不特进取之机全无，且（北军）得湘实足以制西南之死命而有余”②，故一面令桂军向湘边运动，做出援湘姿态，一面致电冯国璋，请冯设法收回撤换湘督的命令，维持湖南现状，并提出划湖南为南北军事缓冲地带，以保持南北和平。冯国璋把电报转给段祺瑞，段严辞拒绝，说：“今日文人不能将兵，已成各国通例，为军事计，为湘省计，为组菴③计，皆以专办民事为宜”；并声称“明令早颁，势难反汗”④。
谭延闿并不就此甘休，他电请西南各省迅速派兵援湘，以与段祺瑞兵戎相见。唐继尧、陆荣廷对谭的主张表示赞同。8月16日，陆致电西南各省说：“湘督易人，北方疑忌西南之心业已揭露。唇亡齿寒，急应力筹对待。”①次日，滇督唐继尧复电陆荣廷，表示：“湘危则全局破坏，亟宜协力援助”②。唐、陆虽表示援湘，但又各保实力，不愿在作战中打头阵。桂军陆裕光第一师进抵湘桂交界之黄沙河后，便顿兵不前，观望形势。
滇、桂不及时发兵增援，湘军主要将领对抵抗北军也表示冷淡，谭延闿出于无奈，于9月9日向傅良佐移交督军印信，微服潜往上海。至此，北军势力得以首先伸入湖南。
广州护法军政府成立后，孙中山即接连召开军事会议，讨论出师北伐的战略方针问题。10月9日，提出了基本战略设想，即：1.派员与陆荣廷及两广督军等磋商抵御龙济光①的计划；2.以滇军第三师援湘；3.以滇军第四师及海军即日誓师攻闽；4.饬陈炯明、朱执信两军长加紧招募训练部队，为滇军、海军后援；5.电陆荣廷、唐继尧火速出大军，会师武汉。
不久，护法军政府确定了基本作战方针：“以长江沿岸为主作战地，先克武昌，次定南京，击攘敌军长江一带之势力，再图直捣北京。”②据此，拟动员南军约十个师，组成中央、左翼和右翼军，分三路北伐。同时，拟定了分期作战的计划。第一期作战计划是：中央军由两广进击长沙，肃清入湘北军，待左翼军（滇黔军）进据四川并东入湖北时，与之合攻武昌；左翼军首先攻占四川，尔后派一支队扼守川北，牵制晋陕之敌军，主力乘势东下，与中央军合攻武昌；右翼军与海军协同，合攻闽、浙，再取淞、沪，待中央军、左翼军攻克武昌后，与之会攻南京，并肃清长江上、下游之敌军；海军在随右翼军占领淞沪后，即以吴淞为根据地，封锁长江门户，并消灭江内之敌舰，配合陆军进攻南京。第一期作战计划预计在1917年11月下旬全部完成。尔后，各路南军在长江以北过冬，补充给养，休养兵力。第二年春季开始实行第二期作战计划：中央军由津浦路北进；左翼军由京汉路北进，其川北支队出秦晋，袭击北军侧背，策应正面行动；右翼军则由海路北上。三路军分道并进，会攻北京。上述作战计划，虽然反映了孙中山的革命气魄和军事胆略，但以有限的兵力，分散于广阔的战线上，企图一举破敌，囊括全国，显然是不切实际的。后来由于军政府“有府无兵”，西南各省军阀“有兵无府”，根本不听孙中山的调度指挥，这一作战计划也就未能实行。