1904年7月14日，麦克唐纳和荣赫鹏率领步骑兵二千人（携带火炮八门）及后勤人员二千余人，从江孜出发，向拉萨进犯。自江孜失陷后，西藏抗英斗争形势发生了很大变化。西藏地方政府中的妥协势力抬头，终于向西藏军民发出了停止抵抗的命令。噶伦降巴丹增放弃了指挥，再未进行有组织的抵抗。但西藏人民并没有屈服，在卡罗拉、浪卡子等地，自动组织起来袭击侵略者，给敌以重大杀伤。达赖几次派代表要求英军退回江孜谈判，均遭荣赫鹏拒绝。7月25日，英军抵达雅鲁藏布江边，达赖见大势已去，遂将政务委托给噶勒丹池巴大喇嘛，自己前往青海。8月3日，英军侵入拉萨。
英国侵略军进入拉萨以后，到处烧杀抢劫，存于布达拉宫的各种珍宝、文物和宗教书籍几被掠夺一空。侵略者的罪恶行径，进一步激起西藏人民的心中怒火。拉萨各寺曾组织大批喇嘛，准备抗击敌人，但因无人指挥而未成功。侵略军不但面临着可能再次出现的西藏人民的巨大反抗，而且还面临着冬季大雪封山、补给更加困难的严重威胁。哲孟雄至拉萨沿途高山，9月初就开始下雪，因而9月中旬以前英军必须撤出拉萨，否则就会被风雪所阻，孤军难返。达赖出走后，荣赫鹏找不到谈判对象，时间的拖延，对英军十分不利。荣赫鹏曾自供说：“余在拉萨只许居留一月半乃至两月，冬令前即须言旋。余既受此束缚，乃不得不加速进行条约之谈判，而外表则仍行所无事，似有充分闲暇者。要之，余此时内慌怯而外镇定”。又说：“余因期限短促，殊有进退维谷之慨。”①
但是，抱着“息兵求和”方针的清政府和有泰等人，不敢得罪英国侵略者，极力图谋通过妥协忍让的方法，尽快平息事端，这正好帮了英军的大忙。就在英军进入拉萨的第二天，有泰即亲自到英军营内，“以牛羊米面犒其士卒，及以礼物酬应办事诸员”②，并向荣赫鹏表示，愿意“协同工作，迅速努力于条约之完成”③。他严格限制和阻挠喇嘛和藏民的反抗，一再命令三大寺“不准再开兵衅”，并指令以噶勒丹池巴喇嘛为首的噶厦代表团出面与英军谈判。荣赫鹏见有泰如此软弱无能，更加肆无忌惮。谈判中，侵略者对藏方代表提出的公正要求，一概不予置理，叫嚣“惟有接受我方之条件，否则惟有听我继续以武力压迫”④。
1904年9月6日，西藏地方政府在英军的威胁下，与英国侵略者在布达拉宫签订了丧权辱国的《拉萨条约》。由于文案何光燮的劝阻，有泰才没有在条约上签字。这项条约规定：开江孜、噶大克（今西藏噶尔雅沙）、亚东三处为商埠，向英国赔款五十万英镑，自印度边界至江孜、拉萨一带的炮台、堡寨一律削平，所有驻防军队全部撤去，西藏一切内政外交都要请示英国，他国不得干涉。根据这个条约，西藏实际上变成了英国的殖民地。
《拉萨条约》签订后，英国侵略军于9月23日匆忙从拉萨撤走。
但是，该条约签订的消息一经传出，立即遭到中国人民的一致反对。清政府迫于人民的压力，也感到条约有损中国主权，令有泰切勿画押。12月，清廷派外务部右侍郎唐绍仪赴印度与英国重新交涉。直至1906年4月，中英双方于北京重新签订了《中英续订藏印条约》。虽然英国取得了原《拉萨条约》中规定的许多特权，但新约中规定“英国国家允不占并藏境及不干涉西藏一切政治”①，承认西藏是中国不可分割的一部分，从而使英国变西藏为殖民地的陰谋未能得逞。