一、西线军事形势的恶化
1861年9月湘军攻占安庆后，曾国藩随即由皖南东流进驻该城，筹划进军金陵和围歼太平军的有关事宜。他决定先行肃清沿江一带的太平军，以巩固后方，即实行所谓“欲拔根本，先剪枝叶”的方针。曾国藩后来申述其理由说：“用兵之道，可进而不可退，算成必兼算败。与其急进金陵，师老无功而复退，何如先清后路，脚根已稳而后进。”①因此，1861年9月上旬以后，湘军除趁安庆之胜先后夺占池州、铜陵、无为及其东北的运漕、东关等重镇外，暂时停止进攻，休整部队，增募兵勇，调整部署，为进军金陵进行多方面的准备。
以洪秀全为首的太平天国最高领导集团，在安庆失守以后，基本上处于束手无策的状态，听任湘军从容备战，眼看着西线军事形势恶化下去。由于安庆失守，陈玉成受到革职处分，以致“心烦意乱”，“坐守庐城”。①杨辅清、黄文金等各路援军则陆续撤回皖南。以后，陈玉成为了“广招兵马，早复皖时②，除派马融和及捻军首领张乐行率部进至淮河以北外，继又派出扶王陈得才、启王梁成富、遵王赖文光、祜王蓝成春等率部远征河南、陕西，这就使皖北本已不多的兵力更形单保远征军派出不久，新任荆州将军多隆阿即会同钦差大臣袁甲三等率清军围攻庐州。在此情况下，陈玉成于1862年2月23日接连发出书信，向各方求援，要陈得才、马融和、张乐行等返庐“面议一切军机”③。可是，这时陈得才等已进入河南，张乐行、马融和等正在督军围攻安徽颖州府（今阜陽）。而且，这些信件全部被清军截获。于是，庐州陷入孤立无援的绝境。5月13日，陈玉成放弃庐州，率兵三千余人北走寿州，打算联络苗沛霖④，再作良图。不料苗沛霖已被钦差大臣胜保招抚，陈玉成一入寿州城，即被逮捕，不久被解往胜保军营，6月4日在河南延津遇害，年仅二十六岁。陈玉成是太平天国后期的主要将领之一，英勇善战，屡立战功。他的牺牲和庐州的失陷，不仅使太平军在皖北的防务瓦解，并使整个西线形势更加急转直下。①
二、十三王回援天京失利
（一）清军之大举东犯
1862年1月30日（同治元年正月初一日），清廷命曾国藩为协办大学士，仍统辖苏、赣、皖、浙四省军务。曾国藩受宠若惊，立即进一步筹划以东征金陵为主要目标的全盘军事行动。其部署如下：新任江苏布政使曾国荃率湘军二万（后陆续增至五万）自安庆沿长江北岸直趋金陵；同知曾贞干率湘军四五千人由池州沿长江南岸进攻芜湖；兵部侍郎彭玉麟等率湘军水师沿江而下，配合两岸陆师的进攻，兼负运输接济任务；提督鲍超率所部湘军数千人由赣入皖，经青陽攻宁国府；安徽巡抚李续宜率所部湘军万余人进援皖北颖州；荆州将军多隆阿率鄂军二万余人围攻庐州；浙江巡抚左宗棠率所部湘军及部分赣军、浙军共约二万余人全力进攻浙江，牵制李世贤部太平军；署理江苏巡抚李鸿章率淮军六千五百人会同外国侵略军进攻上海周围李秀成部太平军，尔后西进。以上共计八路，前四路为直接进攻天京的兵力。此外，尚有道员张运兰等部湘军数千人扼守皖南婺源一带，并为“游击之师”，防止浙江太平军入赣，以固徽州后路。同时，协攻庐州的袁甲三、防守江浦的李世忠、扬州的都兴阿、镇江的冯子材等部，也归曾国藩节制。曾国藩仍驻安庆指挥。
1862年3月15日，曾国荃率新募的湘勇八千人抵达安庆，24日即率全军自安庆出发，沿长江北岸东下。与此同时，皖北、皖南、浙江等地战事也进一步展开。各地太平军在敌人的全面进攻下节节后退。截至5月中旬为止，巢县、含山、和州、繁昌、南陵、青陽、石埭、太平、泾县、庐州等地均被清军攻陷。
5月18日，曾国荃率军十五营自西梁山渡江，会同水师攻占当涂，20日会同曾贞干部占领芜湖，26日进驻江宁镇板桥，旋占秣陵关、大胜关、三汊河。30日，彭玉麟督水师八营占头关、江心洲、蒲包洲，进泊金陵护城河口，曾国荃则督陆师直逼雨花台，距城不及四里。曾贞干所部湘军占领芜湖后，不久也前往金陵，与鲁国荃部会师。从此太平天国的首都天京处于湘军的直接威胁之下。
（二）十三王回救天京
湘军迅速进抵天京城下，使洪秀全等甚为吃惊，因为他们虽然估计到湘军“必顺流东下进攻天京，但从未准备彼等能突如其来如是之速”①。因此，洪秀全一日三诏地催促李秀成迅速回援。李秀成只得停止进攻上海，回到苏州，于6月22日召集各将领分析形势，商讨救京之策。他认为曾国荃所部湘军“由上而下，利在水军，我劳其逸，水道难争”，加之湘军近来屡胜，其势正锐，因而“不欲与战”，决定等两年之后，湘军“兵久而必无斗战之心，然后再与其战”。②于是，先将苏州的财物、米粮、军火全部解送天京，以利固守；同时，派李明成率兵一部赶回天京，加强防务。
1862年7月，天京外围的形势更趋严重。7月11日，西南屏障宁国府城为鲍超部攻陷。16日，保王童容海率部袭取便德，杀李世贤部守将马桂功后，宣布降清。①杨辅清、洪仁玕率部约二万人自皖南退至江宁淳化镇一带，回援天京，于7月20日约城内守军夜袭湘军军营，被湘军击退。
8月6日，李秀成在苏州再次召集各将领会商救京事宜。正在这时，洪秀全又遣人催促李秀成迅速援京，并申斥说：“三诏追救京城，何不启队发行？尔意欲何为？尔身受重任，而知朕法否？若不遵诏，国法难容！”②李秀成在洪秀全严诏催逼之下，只得抽调兵马，于9月14日由苏州出发，回援天京。
此次由李秀成督率回救天京的将领共有十三王，领兵十余万人（号称六十万），到东坝会齐后，分路进扎方山、板桥一线。与此同时，陈坤书等率四万人进至安徽太平府，拟攻金柱关，断敌芜湖之援；杨辅清、黄文金等则分路进逼宁国府城，以牵制鲍超部湘军。
（三）天京外围的激战
10月13日，天京外围的攻守战正式开始。李秀成督率援军与天京城内守军相配合，对围城湘军之东西两翼发起猛攻。湘军坚壁固守，俟太平军攻近，突以排炮轰击。太平军闻炮则伏，炮停即起，昼夜不停地进攻敌人。15日，西路太平军数千人冲上江心洲，抄敌营后路，拟断敌运道。曾国荃令连夜构筑十数垒，与太平军对峙于洲上，以保运道畅通。18日至21日，东路太平军集中洋槍洋炮猛攻，湘军固守营垒，拚死顽抗。22日，太平军“负片板蛇行而进”，并“束草填壕”，步步进逼。曾国荃见势危急，亲自督战死拒，被太平军击伤面颊。23日，李世贤自浙江率三四万人赶到，加强了东路攻势。太平军连日猛攻，更番迭进，并“用箱箧实土于中，排砌壕边，明防炮子于上，暗凿地道于下”，准备穴地轰毁敌垒。湘军先以火箭集中射击，继挑“锐卒”进行反击，破坏太平军的地道作业。①与此同时，湘军发现太平军西线营垒散而不坚，有隙可乘，遂于27日实施三路反击。太平军猝不及防，被毁营垒十二座，伤亡颇众。
11月3日，太平军并力进攻东路，用火药轰塌曾国荃雨花台大营附近的湘军营墙两处，随即“乘隙直上，万弩齐发，排炮雷轰，踊跃争先”，纷纷冲入缺口。②但湘军早有准备，地道轰发之后，立即从营中冲出，并力抢堵拦击。太平军往返冲杀达五六次之多，终不得入。次日，西路太平军决长江之水，冀断敌粮运。湘军水师出动舢板，驻守双闸，配合陆师保护运道。东路太平军则继续挖掘地道，向敌进攻。湘军以对挖的办法进行破坏，每挖通一处地道，或熏以毒烟，或灌以秽水，或以木桩堵洞口，使太平军的地道连连失效。
11月26日，李秀成、李世贤等以围攻雨花台曾国荃军营月余不下，不得已下令撤围。李世贤率西路退秣陵关，旋退东坝小丹陽；李秀成率东路进入天京。至此，十三王回援天京的作战完全失败。
李秀成此次带领十三王回援天京，在兵力对比上占压倒优势，在武器装备方面，据曾国荃称：“贼之火器精利于我者百倍之多，又无日不以开花大炮子打垒内，洋槍队多至二万杆。”①其言难免有所夸张，但当时太平军的火器优于围城的湘军是可能的。所不足者，湘军拥有水师，能控制长江水道，太平军则无可奈何。整个而言，太平军之所以久攻不克，既有湘军善于筑垒顽抗及太平军缺衣少粮等客观原因②，也有主观指导上的失误。
1861年冬，湘军因兵力不足，暂时停止了攻势，但洪秀全等并未抓紧时机加强西线的防御，使曾国荃部湘军得以迅速窜至天京雨花台。即使这样，当时曾国藩远在安庆，鲍超部被牵制于宁国府一带，左宗棠部远在浙江，多隆阿部为对付入陕的太平军正调赴陕西途中，因而曾国荃部显系孤军深入，再加湘军疫病流行，“曾国荃金陵营中，病者亦逾万数”③，因此，当时曾国荃部水陆各营虽有近三万人，能作战者不过六七千人。故对太平军来说，仍是重创甚至全歼敌人的好机会。但由于天京当局事先没有准备，直至湘军兵临天京城下，才仓卒调兵，及至各路援军赶到，敌人已深沟高垒，以逸待劳，增加了反击作战的困难。
李秀成率领十三王回救时，面对已经修有坚固工事的湘军，未能很好地配合城内守军设法先予敌以消耗，再进行有准备的围攻，而是一到天京外围就连日轮番攻击，企图速胜，结果钝兵挫锐，力屈罢攻。另外，没有正确地选择好主要攻击方向。进至天京的湘军立营于江边至雨花台之间的狭长地带，其西面是水师与陆师的结合部，又是粮运孔道。李秀成如果将主要兵力置于西路，首先断敌水路与陆路的联系，绝其粮源，进而集中兵力攻歼西路之敌，动摇雨花台大营，则取胜的机会还是存在的。
三、“进北救南”计划的落空
由于未能击败曾国荃部湘军而解天京之围，洪秀全对李秀成“严责革爵”，并要他“进兵北行”。至于北进的企图，据湘军缴获的太平军文件透露：太平军过江之后，将由舒城、六安趋霍山、英山、麻城、宋埠，然后兵分两路，夺取黄州与汉口，以调动长江南岸之敌北援，下游之敌上援，冀解天京之围。①其基本策略仍然是“围魏救赵”之计。
1862年12月1日，李秀成遵照洪秀全“进兵北行”的指令，命林绍璋、洪春元、郜永宽、李容发率领第一批部队数万人自天京下关渡至九洑洲，隐蔽于芦苇丛中，准备北进。8日起，太平军一面猛攻浦口江南提督李世忠（即叛将李昭寿）各营，一面昼夜赶渡。渡江后，于18日占领安徽含山，19日占巢县，21日占和州，以后又连占铜城闸、运漕镇和东关等要地，并在这一带等待主帅李秀成及后续部队的到来。
当时，曾国藩已识破太平军北进企图。他在给曾国荃的信中指出：李秀成“往年以偏师攻破浙江，分官军之势，而以全力攻扑金陵老营。此次或以攻窜和、含、巢、庐，效往年破浙之故智，而以全力再攻弟营（按：即雨花台曾国荃军营）与金柱”②。曾国藩一面指示曾国荃坚守大营，一面纷调援军入皖，堵截太平军。
1863年2月27日，李秀成会同陈坤书、吴如孝等率领第二批部队数万人（一说三十余万，号称五十万）渡江。陈坤书等率部绕江浦西进和州、含山。吴如孝率部进攻李世忠大营，并于3月22日占浦口，4月3日占江浦，从而恢复了天京与江北间的通道。
3月31日，李秀成进抵巢县，准备取道无为州西进。由于三个多月来曾国藩已从各地调集了万余援军进入皖北，使太平军西进遇到很大困难。4月19日，太平军自巢县进抵无为州的石涧埠，围攻湘军道员毛有铭、按察使刘连捷部。敌军凭垒坚守待援，太平军进攻多日未下，乃于5月4日撤围西走。7日攻庐江不下，8日攻舒城又不下，于11日进逼六安。时六安城内仅有粮台道员曾广翼、知州何家聪率两营兵据守。但由于敌军拚死力拒，太平军连日攻城都未得手。当时正值青黄不接，粮食奇缺，加之敌军堵截甚严，李秀成被迫放弃原定进军计划，于5月19日撤六安之围，折往寿州，随即东返，6月2日进入天长县境。留守和州、含山、巢县一带的太平军也先后放弃上述各地，退守江浦、浦口。
在李秀成率军北进的同时，天京当局曾命皖南的刘官芳等部由徽州、宁国出发，古隆贤等部自太平、祁门出发，黄文金等部自青陽、石埭出发，三路同时西进，以与李秀成部相策应。但由于上述三路太平军对敌打击不狠，对湘军后路的威胁不大，曾国藩仍可从皖南抽调兵力救援皖北，而李秀成率军到达六安之后，又遇难即退，半途折回，致使洪秀全关于出击敌后，挽救天京危局的计划归于失败。
这时，淮军和“常胜军”已自上海西进，并攻陷了太仓、昆山，正准备围攻苏州。天京方面，曾国荃所统围师已增至三万余人，并于6月13日占领了聚宝门外各石垒。因此，洪秀全急令李秀成速回天京。16日，李秀成率部离天长，经六合，趋浦口，于20日经九洑洲南渡抵京。太平军将士冒着清军的炮火逐日南渡，前后历时十二天，被击毙和饿死者甚众，渡至南岸进入天京城内者总数不及一万五千人。6月25日，清军水陆配合，攻陷江浦、浦口，30日陷九洑洲，太平军又损失二万余人。至此，长江北岸完全为清军所占。
“进北救南”的作战行动，非但没有达到解救天京的目的，反而损失精锐数万人，使太平军的实力进一步遭到削弱。从此，天京解围的希望变得更加渺茫了。
四、苏南诸城的失陷
（一）常熟、太仓争夺战
1862年9月，李秀成率十三王回救天京后，李鸿章所部淮军在英法军、“常胜军”配合下，乘机进袭在上海附近的太平军，于10月24日攻陷嘉定。11月3日，谭绍光组织反击，与淮军、“常胜军”（此时华尔已被击毙，“常胜军”由美人白齐文统领）战于黄渡、四江口、白鹤港一带，后因作战失利，退守昆山。
1863年1月16、17日，太平军常熟守将骆国忠等杀死忠于太平天国的将领二人和兵士五百余人，投降清军，并于19日袭占了常熟北面的福山港。当时，李秀成已由天京来到苏州，闻讯后立即与谭绍光等率军讨伐常熟叛军，企图一举夺回该城，严惩叛徒；同时，派会王蔡元隆（李秀成之婿）入守太仓，以防内变（早已通敌的太仓守将钱寿仁旋即率二千余人出城降于淮军并改姓名为周寿昌）。
由于太仓仍在太平军手中，淮军无法从陆路救援常熟，李鸿章便调派“常胜军”五百人，取道水路往援。因福山港已被太平军占领，“常胜军”于2月5日到达时，不得登岸。为此，李鸿章又饬令总兵程学启纠集清军万余和“常胜军”二千余人进攻太仓，企图打通往援常熟的陆路通道。2月14日，当敌军进至南码头时，凭河据守的太平军依托工事英勇阻击。“常胜军”以洋槍和炸炮（开花大炮）猛烈射击，太平军被迫退入城中。15日上午，“常胜军”头目奥伦督军用大炮轰塌南门城墙，淮军立即渡过浮桥冲锋，城内太平军伏兵骤起，用千余洋槍火力封锁城墙，大量杀伤敌人，打垮了敌人的进攻。接着，蔡元隆督令守军从西、南两门冲出，将敌人赶往望仙桥一带。“常胜军伤亡百余人，外国兵头亦伤十余人，一时难期力振。该军即于二十九日（16日）退回松江”。①其后，李鸿章又先后派提督黄翼升、道员潘鼎新、总兵刘铭传等率水陆师赴援常熟，均未得逞。
4月5日，新任“常胜军”统领戈登会同黄翼升、潘鼎新等率兵近万人，攻占了福山港。常熟城内的叛军立即出城接应，与淮军、“常胜军”会合。太平军围攻常熟七十余日，终未能下，谭绍光（李秀成已于2月22日返回天京）不得已于4月6日下令撤围。
淮军和“常胜军”占领常熟之后，李鸿章又饬令淮军加紧进攻太仓，并派员入城策反。太平军守将蔡元隆将计就计，约定于4月26日“献城”。届时，淮军统领李鹤章（李鸿章之弟）率领一千五百人前往受降，及抵城边，太平军伏兵骤起，淮军大量被歼，李鹤章也险些送命。5月2日，戈登率领“常胜军”二千八百余人（内有英军五百余名）协同淮军猛攻太仓，蔡元隆部经顽强抵抗后撤出。淮军入城后大肆屠杀，遇害者万余人。
5月4日，淮军及“常胜军”共约二万余人乘胜进犯昆山，守将刘肇均等率所部一万二千人依托坚城阔壕，顽强抵御。不久，李鸿章亲临昆山督师，他根据戈登的建议①，于5月30日与戈登同乘英军提供的“海生”号战舰，率军一举攻占昆山西面的正仪，然后回军东向，会同围攻昆山的淮军击败谭绍光所率太平军援兵。昆山太平军见后路被袭，次日即有七八千人向西撤退。戈登率炮船跟踪追击，太平军损失严重。6月1日，太平军全部西撤苏州，昆山遂陷，槍弹制造厂随之落入敌手，使尔后的军械供应发生极大困难。
（二）苏州、无锡相继失守
敌军既得太仓、昆山，便准备进攻太平天国苏福省的首府苏州。李鸿章分析：苏常为金陵根本，物产丰富，太平军必死守力争；江南多水，进攻不易；归其统率的清军兵力仅四万余人（包括添募和收降之众）分布于常熟至金山卫之间的广阔地区内，能直接用于进攻苏州的兵力有限。因此，他决定采劝规取远势，以翦苏州枝叶，而后图其根本”的方针，并拟定了一个“以剿为堵”的三路进攻计划：中路从昆山直趋苏州，由程学启部担任；北路从常熟进攻江陰、无锡，由李鹤章及总兵刘铭传部担任；南路从泖淀湖攻吴江、平望、太湖，切断浙江太平军进援之道，由总兵李朝斌率所部太湖水师十营担任。此外，由黄翼升率淮扬水师往来策应，“常胜军”则驻昆山为总预备队，“专备各路游击援应”。②
鉴于苏南形势危急，刚由皖北回到天京的李秀成于7月7日到达苏州，布置防守事宜，不久又返回天京。当时，谭绍光在苏州主持苏南军务，他雇请数十名外国人，教练炸炮，以增强太平军的防守能力。
7月7日，北路淮军分三支向江陰进攻，太平军在江陰、常熟之交的顾山、北■、长泾一带节节阻击。直至8月下旬，淮军才进抵江陰城下。9月13日，江陰失陷。北路淮军既得江陰，李鸿章便令刘铭传驻扎青暘镇，副将周盛波部和总兵郭松林部分别进驻无锡芙蓉山与缑山，道员张树声等部进驻张泾桥以为后援，李鹤章则督小队往来调度，准备集中力量攻取无锡，以配合中路、南路军合击苏州。9月24日，郭松林部进占无锡东面的东亭镇，前锋抵达无锡南门外。
7月26日，中路淮军因南路李朝斌所部水师尚未开到，改变直取苏州的计划，会同戈登率领的“常胜军”等向吴江开进。29日进抵吴江城下时，太平军守将开门出降。吴江为浙江太平军援救苏州的必由之路，该城失陷，苏州的南路援绝。
由于苏南形势日益恶化，经李秀成再三恳请，洪秀全允其再次离开天京前往苏州，但限期四十天回京。9月23日，李秀成抵苏州，本欲召集各镇将商讨对策，以求“会司并进”，“合力解京围、解省困”①。但常州守将陈坤书、无锡守将黄子隆均未应约前来，也未发兵会师，李秀成只得将驻苏州的郜永宽等部调往苏州、无锡交界处，与无锡郊外的李世贤部相街接。自10月下旬至11月上旬，李秀成督军连日向围攻无锡的李鹤章、刘铭传等部淮军发起进攻，交战于后宅、梅村、坊前、安镇一带。面对太平军的进攻，淮军“先以坚壁勿战挫其气，继风滾营并进遏其锋”①，加之驻守无锡、常州的太平军没有很好地进行配合，因而淮军得以“稳扎稳打”地对付太平军。而中路淮军和“常胜军”则由浒墅关一带抄袭李秀成部后路，使其无法集中力量进攻围困无锡之敌。因此，李秀成部出击半个月，非但未能击败苏州、无锡外围之敌，反而损失不少兵力。
苏州城四面环水，太平军凭河修筑长墙，墙内又筑石垒、土营数十座，南自盘门，北至娄门，联络一气。城内穴地为屋，上面覆板堆土，以御炮击。由于太平军设防相当坚固严密，因此，程学启、戈登率部围攻两月，进展甚微。11月27日，敌军在护城河上偷架浮桥，调集炸炮，水陆配合，越河进攻。经过激战，城外东、南、西三面的防御工事全被毁坏，敌军直薄城下。李秀成
太平军在苏州保卫战中，用俘获敌人的“飞尔复来”号船攻击清军水师
见苏州城危，于11月30日撤离，由谭绍光坚守危城。此时，郜永宽等发生动摇，私下与敌议降。淮军以生擒李秀成或斩杀谭绍光为条件。12月4日，郜永宽等八人将慕王谭绍光杀害，开城降敌，苏州城遂为敌所占。几天之后，郜永宽等八人均被李鸿章处死。12月12日，无锡失守，黄子隆被俘，不久遇害。淮军攻陷苏州、无锡后，遂分兵两路：一路进窥浙江嘉兴，一路准备进攻常州。
（三）常州失陷
12月15日，李鸿章到达无锡，对进攻常州作了部署。接着，提督刘铭传率部抵达常州西北的陈都桥、羊头桥、西施桥，前锋进抵孙村，与常州城仅一河之隔；总兵周盛波等部从无锡出发，经戚墅堰进抵常州城东十五里的擂鼓桥、白家桥，前锋抵三里桥一带。与此同时，常州西北奔牛镇的太平军守将邵志纶投敌，西路交通受到很大威胁。
1864年2月，戈登率“常胜军”自昆山出发，经无锡攻宜兴，以截断浙江太平军北援之路。3月2日，宜兴失守；8日，溧陽守将降敌，常州南路被敌截断。
3月8日，太平军常州守将陈坤书曾会合自句容、丹陽来援的林绍璋、陈承琦等部援军，对奔牛镇之敌进行反击，结果失利。于是，陈承琦、李容发等率部自常州循江东进，15日攻江陰未下，17日攻常熟又未下，乃于18日占福山，20日又往攻无锡。李鸿章大为震动，急调郭松林部和“常胜军”回救，并从常州外围调李鹤章部回守无锡，调张树声等率三千人驻扎江陰南面的青暘，从嘉兴前线调郑国魁水陆三营驰援常熟。
3月下旬，清援军赶到常熟外围的顾山、王庄一带，与太平军展开激战。太平军被迫撤常熟之围，退至江陰境内。31日，陈承琦部于江陰东南的华墅袭击回援的“常胜军”，使其“全队八百人覆没”。太平军缴获洋槍四百余杆。4月11日，李鸿章督令各路援军对华墅进行反扑，太平军予敌以重大杀伤后退回常州、丹陽。
太平军陈承琦、李容发部深入敌后作战，打乱了淮军的进攻部署，迫使李鸿章不得不从前线抽调部队回援，减轻了对常州等地太平军的压力。可是，这支部队深入敌占区后，仍热衷于围攻城市，并与回援之敌进行正面对阵，而没有坚持游动作战，因而最后仍难免被敌人击败。
淮军在肃清突入江陰、常熟、无锡境内的太平军之后，又聚集于常州外围。4月22日，淮军水陆协同，攻占了常州西南的陈渡桥，太平军通金坛、丹陽之路均被切断。23日，常州城外的要点尽失，太平军全部退入城内。27日，大南门、小南门和北门城墙被淮军轰塌数处，太平军顽强抵抗，多次击退敌之冲锋。后淮军在城壕外构筑长墙，移近炮位，并在晚间于护城河上偷架浮桥。5月10日，淮军发起总攻，以大炮对准旧缺口猛烈轰击。至11日，南城、北城各被轰塌十余丈，淮军由缺口冲入。太平军与突入之敌展开激烈的巷战，淮军付出了重大代价才占领常州城。陈坤书被俘后惨遭杀害。
4月25日，提督鲍超部陷金坛。5月13日，提督冯子材部陷丹陽。至此，苏南各城全部被清军攻陷。
五、浙江战场的失利
当各路湘军节节东犯、曾国荃部兵临天京城下时，镇守浙江的太平军李世贤、黄呈忠、范汝增等部，也受到来自东西两面敌军的夹击。
浙东方面，清军与英法侵略军勾结起来，于1862年5月10日攻陷宁波。8月2日，洋将马惇率“常胜军”一队自上海到达宁波，会同“常捷军”①进犯余姚，威逼绍兴。9月，黄呈忠、范汝增部对敌发起反击，进占慈谿，威胁宁波。“常胜军”统领华尔奉李鸿章之命，率千人自上海赴宁波，于21日攻占慈谿。在这次战斗中，华尔受伤丧命。1863年3月，浙东的中外反动联军再次发起进攻，于3月15日占领绍兴，20日占萧山，前锋直抵杭州城下。
浙西方面，新任浙江巡抚左宗棠于1862年2月中旬率部由皖南进入浙江后，不久连占开化、常山、遂安、江山等地。同年5月31日，左宗棠由江山进至衢州，所部湘军进至汤溪、兰溪一线，威胁金华。从6月起，李世贤部在龙游、汤溪、兰溪一线对左宗棠所部湘军进行了顽强的反击战。同年秋，浙江布政使蒋益澧率湘军近万人由广西到达浙江，增强了左宗棠的兵力。而太平军方面，由于曾国荃部围困天京，李世贤奉命回援，留浙的太平军兵力减少。于是，左宗棠乘机督军于同年冬对浙西太平军发起新的攻势。1863年1月2日陷严州，2月28日陷汤溪，3月1日陷龙游、兰溪。3月2日，太平军弃守金华。接着，旬日之间，湘军又连陷武义、永康、东陽、义乌、诸■、桐庐，3月24日开始进攻杭州西南的富陽。
富陽是湘军进攻杭州必经之地。“县城背江面山，右阻一溪，形势完固”，太平军占领杭州之后，即“于此修筑城垒，雉堞一新”。①湘军蒋益澧部自3月下旬开始进攻富陽以来，屡为太平军守将汪海洋部所败。直至9月20日，才在“常捷军”千余人的协同下攻占该城。湘军既占富陽，便沿钱塘江直逼杭州。同时，分兵趋余杭（杭州西），企图切断杭州太平军的后路。双方在杭州、余杭展开了激烈的争夺战。
1863年底，苏南战场的军事形势严重恶化，苏州、无锡落入敌手。淮军除进攻常州外，分兵一支南入浙江，进攻杭州东北的重镇嘉兴。嘉兴附近的平湖、乍浦、海盐、澉浦、海宁、桐乡等地的太平军守将纷纷投敌叛变。1864年3月25日，嘉兴失守，坚守杭州的太平军陷于敌人的三路围击之下。
3月28日，湘军在“常捷军”的配合下，对杭州发起猛攻，用大炮轰塌凤山门城垛约三丈，乘势涌入，后被太平军全部逐出。30日，敌军向武林、钱塘、凤山、望江、清泰等门发起猛攻（以武林门为主攻方向），太平军坚决抗击，给敌以重大杀伤。当天晚上，陈炳文等率部北走德清，杭州于次日晨落入敌手。同日，汪海洋弃余杭北走，余杭亦失陷。
4月14日，李世贤会同陈炳文、汪海洋、黄呈忠、陆顺德等，自德清抵浙西昌化，拟离浙入皖。杨辅清、黄文金等留守湖州。至此，浙江全省基本上为湘军占领。
太平军在浙江转战三年，给了敌人以沉重打击，但由于缺乏不间断的集中统一指挥，各部行动不能协调一致，加上后期士气低落，有的将领投敌叛变，终于在中外反动派的联合进攻下失败了。苏南与浙江根据地的丧失，使天京的东南屏障不复存在，军需和粮食供应断绝，进一步陷入了被动局面。
六、天京的陷落
湘军于1863年6月底攻破九洑洲，控制了长江北岸以后，鲍超部自江北南渡，扎营神策门（今中央门）外沿江一带。9月，曾国荃部攻占了天京城东南的上方桥和城西南的江东桥。11月上旬，又连续攻占了城东南的上方门、高桥门、双桥门、七桥瓮以及秣陵关、中和桥，太平军在紫金山西南的要点全部失守。中旬，湘军又攻占了淳化、解溪、龙都、湖熟、三岔镇；侍郎彭玉麟、提督杨岳斌（即杨载福）的水师和鲍超部又攻占了天京东南要地高淳、东坝。下旬，溧水太平军守将降清。从此，天京城南百里内再无太平军踪迹。
11月25日，巡抚曾国荃及提督萧庆衍部进扎城东孝陵卫。这时，天京城只有太平门、神策门尚与外界相通，危在旦夕。
12月20日，李秀成自丹陽回到天京，次日即向洪秀全建议：鉴于湘军壕深垒固，围困甚严，天京内无粮草，外援难至，不如“让城别走”。洪秀全厉声斥责说：“朕奉上帝圣旨、天兄耶稣圣旨下凡，作天下万国独一真主，何具［惧］之有。……朕铁桶江山，尔不扶，有人扶。尔说无兵，朕之天兵多过与［于］水，何具［惧］曾（妖）者乎！尔怕死，便是会死，政事不与尔干，王次兄勇王执掌，幼西王出令，有不遵幼西王令者台朝诛之。”①当时，可供洪秀全选择的只有两种可能：或者死守天京，与孤城共存亡；或者让城别走，摆脱被围的困境，收集各支太平军，重整旗鼓，另作良图。权衡利弊，后者才是太平军唯一的出路。因为，当时天京尚未完全中断与外面的联系，突围仍有可能；更重要的是这时散布于各地的太平军尚有数十万之众，在洪秀全的号召下，把他们集中起来，统一指挥，重振军威，实行正确的战略战术，仍有可能打出一个新的局面。可是，由于洪秀全迷信愚昧、刚愎自负已经到了无可挽救的程度，断然拒绝了李秀成“让城别走”的建议，致使太平天国革命事业丧失了最后的一线希望。
1864年2月28日，湘军攻占了紫金山巅的天保城。3月2日，曾国荃部进驻太平门、神策门外，对天京形成合围。
曾国荃部合围金陵之后，曾于3月14日用云梯攻城，但未得逞。4月开始，在朝陽、神策、金川门外挖掘地道十余处，准备轰塌城墙。太平军一面组织力量从城内对挖，进行破坏，一面构筑月城，以便城墙轰塌后继续组织抵抗。
1864年（同治三年）6月1日，天王洪秀全病逝（一说自杀），终年五十一岁。此后，天京人心愈加不安。五天之后，全朝文武扶幼天王洪天贵福即位，一切军政事务统归忠王李秀成执掌。
7月3日，湘军攻占紫金山地保城（即龙脖子），从而可以居高临下监视城内的动静。湘军在龙脖子山麓修筑炮台数十座，对城内日夜轰击，压制太平军的炮火，掩护其攻城准备工作的进行；同时，在龙脖子山麓与城墙间大量填塞芦苇、蒿草，上覆沙土，高与城齐，为攻城铺平道路，还在附近距城十数丈处日夜挖掘地道，准备轰城。半个月后，湘军攻城准备工作基本就绪。
李秀成见湘军攻城在即，于7月18日深夜，选派千余人伪装湘军，冲出城去，企图破坏太平门附近的地道，结果被湘军识破，退回城内。
7月19日晨，湘军担任主攻任务的部队齐集太平门外。午刻，地雷轰发，城墙被轰开很大缺口，湘军蜂拥而入。太平军纷纷以槍炮还击，虽给敌人以重大杀伤，但终未能堵住缺口。湘军由太平门入城后，兵分四路向纵深进攻：中路由副将王远和等率领，直插天王府；右路由按察使刘连捷率领，直插神策门，与由神策门缘梯而入的朱南桂部会合后，西趋狮子山，夺取仪凤门；中左路由道员彭毓橘等率领，直插通济门；左路由提督萧孚泗等率领，夺取朝陽门、洪武门。朝陽等门失守后，驻守西南各门的太平军开始动摇，提督罗逢源等部乘势自聚宝门攻入，总兵李金洲等部自通济门攻入。与此同时，提督黄翼升也率水师各营夺占中关，乘胜猛攻滨江之垒，会同道员陈湜等部夺取了水西、旱西两门。及至傍晚，天京全城各门均为湘军夺占。
李秀成于19日凌晨自太平门败退后，即回到天王府，独带幼天王一人，由数千文武护送，奔向旱西门，企图由此突围出城，结果为陈湜部所阻，只得转上清凉山。入夜，折回太平门，伪装湘军，由缺口冲出，向孝陵卫方向突围。不久，李秀成与幼天王失散，便分道奔逃。曾国荃派七百名马队追击。21日，在淳化镇俘获列王李万材，在湖熟镇一带追杀章王林绍璋和幼西王萧友和等。22日，李秀成也在方山附近被俘。7月28日，曾国藩自安庆到金陵，令李秀成书写供词。8月7日，李秀成写完供词，即被杀害，年仅四十岁。
湘军于大肆抢劫之后，将天京城内某些建筑物付之一炬，以消灭罪迹。全城一片火海，一直燃烧至26日。城内所有太平军将士，或在战斗中牺牲，或被湘军杀害，或聚众自焚，十余万人无一降者。湘军围城两年有余，前后死于疾病者万余人，战死者八九千人，同样付出了高昂的代价。
七、太平军余部的继续奋战与最后失败
天京的陷落，标志着太平天国的失败。但是，分散在长江南北各个战场上的数十万太平军，继续高举太平天国的旗帜，英勇顽强地抗击着敌人的进攻。
在长江以北活动的主要是自西北回援的太平军。1864年2月，远征西北的陈得才等部太平军为救援天京，决定由陕西南部分三路东下：北路由陈得才、蓝成春、赖文光等率领，由宁陕出镇安、山陽、商州（今商县）；中路由梁成富率领，由石泉、汉陰出兴安府（今安康）、郧陽（今湖北郧县）；南路由马融和等率领，由西乡出紫陽、砖坪（今岚皋）、平利、竹山。三路太平军相约于南陽、襄陽一带会齐。北路按预定路线东进，中路和南路则为清军阻截，亦转由北路出陕。4月下旬，在河南西南的淅川一带先后与捻军陈大喜、张宗禹两部会师，众至数十万，声势甚壮。不久，梁成富部又折回陕西，主力则由陈得才等率领，由新野入湖北，经枣陽、随州、应山、黄陂，于6、7月间进抵黄安、麻城，受到湖北提督成大吉部的阻截，未能进援天京。当得知天京陷落后，军心动摇，战斗力大不如前，8月下旬，这支部队在麻城一带分兵两路：一由陈得才等率领，东入安徽；一由赖文光、张宗禹等率领，北入河南。之后，又一起转战于鄂皖地区。11月上旬，在安徽霍山黑石渡为清军所败，马融和率众数万降清，蓝成春被叛徒出卖殉难，陈得才见大势已去，服毒而死。余部在赖文光率领下，与捻军合编，经过整顿，又成为一支很有战斗力的部队，坚持与清军战斗到1868年。
长江以南的太平军，开始以浙江湖州和江西为基地，后转至福建、广东，至1866年失败。
1864年7月，从天京突围出来的幼天王洪天贵福在江苏东坝与率兵来迎的洪仁玕相遇，随即回到皖南广德。8月13日，洪仁玕至湖州，准备与黄文金等坚守城池，左宗棠部湘军、李鸿章部淮军围攻湖州甚急，守城太平军顽强作战，数次大败清军，但南门守将陈学明于8月26日向清军投降，形势对太平军极为不利。洪仁玕、黄文金等不得已于27日夜弃湖州退往广德，29日夜，护幼天王离广德走宁国、昌化。途中，黄文金受伤牺牲，洪仁玕护幼天王经开化、常山等地，于9月22日入江西玉山，企图与先期入赣的李世贤、陈炳文及汪海洋等部会合，再入湖北会合陈得才部，重振太平天国大业。不期李世贤等部已转移至赣、粤、闽三省边界地区，洪仁玕率部追赶，10月9日在石城杨家牌遭敌袭击，幼天王与洪仁玕等被冲散。洪仁玕北走广昌，在白水镇被俘。幼天王逃至石城荒山中，25日亦被敌军搜获。11月18日，年仅十六岁的幼天王在南昌被凌迟处死。五天之后，洪仁玕亦于南昌遇害。
在洪仁玕部入赣之前，已有三批太平军突破清军重围进入江西。1864年2月4日，李世贤、谭星、林正扬等率军八万人自江苏溧陽突围，经安徽广德、宁国入浙西昌化。李世贤以宜兴、溧陽紧急，折回赴援。谭星等突破清军的重重封锁，于2月26日自浙江开化入江西玉山，进向广信。此为第一批入江西的太平军。3月上旬，溧陽太平军守将吴人杰率部降清，李世贤随即率部进入浙江，于6月中旬会同弃守杭州、余杭的陈炳文、汪海洋各部自德清经昌化入皖南，4月下旬进至江西德兴、玉山一带。此为第二批入江西的太平军，共约二十万人。第三批为刘肇均、朱兴垄林彩新所率部众约三万人，5月初自常州、丹陽出发，经浙江昌化、安徽宁国、婺源入江西德兴、弋陽。沿途遭清军堵截，损失很大，林彩新落水牺牲，刘肇均率残部与李世贤部会合。
二三十万太平军入赣，统治阶级视为“腹心大患”而全力专注。曾国藩、左宗棠等急忙从江苏、浙江和湖南等地陆续抽调湘军往援江西。7月中旬，督办江西皖南军务的新任陕甘总督杨岳斌和提督鲍超又率水陆湘军二万人到达江西，使在赣清军总数达到五六万人。
进入江西的二三十万太平军一直在赣江以东和赣闽边境活动。李世贤部攻抚州不下，6月底占宜黄、崇仁，与据南丰的谭星部相联络。陈炳文、汪海洋部则占据金溪、东乡等地。太平军对抚州形成包围之势。7月16日，杨岳斌到达南昌，立即与巡抚沈葆桢指挥清军向太平军展开进攻。8月5日，鲍超所部湘军大败汪海洋部于抚州东南的许湾镇。陈炳文惧战，弃东乡、金溪，并于13日率部六万余人（内洋槍队七千余人）向鲍超投降。16日，汪海洋等占新城，旋因鲍超部追至，弃城走南丰、石城、瑞金。在此期间，李世贤部受到敌军的猛烈攻击，先后弃崇仁、宜黄、南丰，经广昌、宁都、雩都（今于都）、信丰、大庾（今大余），于9月17日越梅岭关入广东，后游击于粤赣边境。10月4日，李世贤部占广东镇平（今蕉岭），后入福建，于14日占漳州。陆顺德部则于9日占福建永定，15日占龙岩。同日，汪海洋亦率部自江西瑞金进入福建汀州（治今长汀）境内。
由于太平军余部会集闽南，闽浙总督左宗棠不得不由杭州赶赴福建督师。所部湘军二万余人分三路入闽：西路由帮办福建军务刘典等率领，由江西建昌入汀州；中路由提督黄少春等率领，由衢州经江山，取道浦城、建宁府（今福建建瓯）南下；东路由提督高连升率领，由杭州赴宁波，乘英轮由海道抵福州。
12月1日，李世贤部在漳州万松关大败署福建陆路提督林文察部和水师总兵曾玉明部清军，毙林文察等约千人。17日，刘典率部自连城南下，汪海洋、谭体元、李远继等部大败敌军于连城南面的新泉一带。
左宗棠鉴于冒进失利的教训，改劝渐逼渐进”的战术，以高连升、黄少春部六千六百人攻漳州，康国器、刘明珍部四千五百人攻龙岩，刘典、王德榜、王开琳等部一万八千人攻汀州、连城。1865年1月26日，署汀州镇总兵关镇国在副将方耀所率广东清军的配合下，占领了永定县城。2月19日，康国器部攻占龙岩，陆顺德部败走漳州。这样，在漳州的李世贤部与在汀州、连城一带的汪海洋部之间的联系被切断。刘典和署福建按察使王德榜等部连续向汪海洋部进攻。2月22日新泉一战，汪海洋部大败，精锐损失几半。3月1日，又败于南陽，遂向龙岩、南靖、永定一带转移，沿途屡遭清军堵截，损失惨重。
清廷为加强镇压福建太平军的兵力，又从江苏调派提督郭松林率淮军八千（均装备有洋槍）由海道去福建，3月31日抵厦门。4月11日，李世贤率部自漳州主动出击，遭到郭松林部的反击，伤亡三、四千人。5月15日，郭松林、高连升、王德榜指挥淮军和湘军攻破漳州，李世贤率部巷战，伤亡万余人，力不能支，突围撤走。16日，陆顺德亦弃南靖。5月26日，李世贤、陆顺德等部于永定塔下又为刘典和康国器部清军所败，损失约二万人，次日又有三万余人投降清军。李世贤所部损失殆尽，只身逃出，陆顺德则率余部入粤，占镇平，走平远。
汪海洋部太平军也接连失利。4月22日，该部败于南靖、永定、龙岩间，六千余人牺牲。漳州失陷后，汪海洋、李远继等部与康国器部清军战于永定，损失很大，后于6月10日由上杭经武平入广东镇平。
李世贤昼伏夜行，于8月19日至镇平，入汪海洋军营，不意四天之后竟为汪海洋刺死50000061_0297_0①，年仅三十二岁。
8月29日，陆顺德、林正扬部占广东长乐（兴宁西南）。9月20日，林正扬执陆顺德，献城降清。
9月28日，镇平为高连升等部攻占，汪海洋部经平远入江西定南、龙南，又为清军席宝田部所败，复折入广东，占和平、连平。12月初，经龙川抵兴宁，8日攻占嘉应州（今梅县）。此前，清廷曾命左宗棠赴广东督师，并节制各路清军。1866年1月15日，左宗棠抵广东大埔，檄调鲍超、刘典、高连升、康国器、黄少春、王德榜诸部三四万人，在二万余粤军的配合下，对嘉应州实行四面包围。1月28日，汪海洋在督率所部反击清军时中弹受伤，2月1日牺牲，年三十六岁。余部由谭体元统领，弃嘉应州南走。后在黄沙嶂山中迷路，被清军追及，谭体元力竭坠崖牺牲，部众或战死或投降。至此，除与捻军合编的赖文光所率部众尚在坚持斗争外，太平天国革命战争终以失败而结束了。