在东原以后的那些正统派汉学家，根本不讲义理之学。道咸以后，曾涤生（国藩）颇有不满意汉学而推崇宋学的意思，但他对于理学并没有什么贡献。晚清今文学派盛行，宋学更没有人注意。所以在清代，宋明理学始终没有重整旗鼓。
就今文学派所谈的问题看，多半是关于政治方面的，和理学家所谈的性理天道，颇不一致，但谭嗣同《仁学》一书，谈到了宇宙本体，确是理学家的问题。嗣同的思想，力求冲破名教的网罗，颇有浪漫空想的色彩，他把科学知识和儒、释、道三家学说混合在一起，而建立一天人合一的“仁”的本体，和陆王派理学思想相仿佛。但他的思想在客观上是唯物的。
完全有现代科学知识及对于西洋哲学做过有系统的研究，而又继承宋学传统，加以新发展的，要算最近发表《新理学》的冯友兰氏。冯氏之《新理学》是继承着程朱的传统而加以相当修正的。他的宇宙观仍是理气二元论的，理是形式而气是质料。理属于真际，属于逻辑的即形而上的世界，是超时空的；气属于实际，即形而下的世界，是在时空的。但在时空的实际的事物，又不只是气，而必须是由气依照理以形成的。他的“理”世界是不变的，而时时变化的实际世界，却要按照那“理”来变化，不过又不曾完全实现了那“理”。他的“理”是多样的，每一事物有其所以然之理。他的“理”是包含矛盾的，如他说事物依照理而有各类之性，有各个体之性，但个体之性与类之性可以有冲突。他修正了朱子“物物有一太极”之说，认为“太极”是一切理之总和，一物只能有一极（极是标准或极限的意思）。因而朱子“心具众理”说，也给修正了，他以为理是客观的范畴，一心不可能具众理。
他的理学，不谈各种具体的理（各种事物之理，只能由各部门的科学去研究），而专谈抽象的理，所以不至于有因穷竹子的理而生病的结果。他对于“两仪”、“四象”给了新的解释，对于历史、革命、道德等，都给时势的要素以重视。他也和程明道、谭嗣同一样，认为圣人的境界是与万物为一体（即“仁”），圣人是以“宇宙底心”为心，也可说是“为天地立心”，换句话说，就是“无私”、“无我”，纯粹客观主义，自然主义。