2003年6月，美国任命了一位新官员负责管理形同灾难的伊拉克监狱。后备役准将贾尼斯·卡尔平斯基(Janis Karpinski)成为第800宪兵旅旅长，负责管理阿布格莱布监狱及所右其他在伊拉克境内的军事监狱，这项任命十分奇怪，理由有两点，其—，卡尔平斯基事战场上唯一的女性指挥官，其二，她完全缺乏经营监狱系统的经验。而现在她必须指挥三座大型监狱和位于伊拉克各地的17座监狱、八个营的士兵、数以百计的伊拉克狱卒、3400名毫无经验的后备役军人，以及位与1A层级的特殊讯问中心。对于一个经验不足的后备役军官而言，这项忽然落在肩头上的任务实在是太过沉重。
根据数个消息来源说法，卡尔平斯基很快就因危险性及生活条件恶劣而离开她在阿布格莱布的驻地，撤退到位于巴格达机场附近、安全性及防御性较佳的胜利背地(Camp Victory)。由于大多数时候卡尔平斯基都不在阿布格莱布监狱里，并经常前往科威特，因此该监狱缺乏由上到下，来自官方的日常监督管理。此外，她也声称指挥层级更高的人士曾告诉她，lA层级院区是个“特别的地方”，不在她的直接管辖范围内，因此她从来也没造访过那里。
由于整座监狱只是由—位女性在名义上负责管辖，这也助长了士兵之间的性别歧视态度，并导致一般军队纪律和秩序的瓦解。“卡尔平斯基将军在阿布格莱布的属下有时会无视于她的指挥，不遵守着军服及向上级致敬的规定，这让整座监狱纪律废弛的情形更加恶化。”一位隶属该旅的成员这么说，这名匿名发言的军人也说战场上的指挥官习惯不把卡尔平斯基将军的命令当回事，理由是他们不必听从一个女人的话。
令人难以理解的足，阿布格莱布的情况如此恶劣，卡尔平斯基将军在2003年12月接受《圣彼得堡时报》(St. Peterburg Times)的访谈时，却对此大加赞扬。她说对许多囚禁在阿布格莱布监狱的伊拉克人而言，“监狱里的生活比住在家里还舒服。”她还说，“我们有时候还担心他们不想走呢。”卡尔平斯基将军在圣诞节前夕的一个访谈中发表了如此兴高采烈的看法，然而就在此时，少将安东尼奥·塔古巴(Antonio Tagubo)却正在进行一份调查报告，内容是关于多件“残酷、露骨、肆无忌惮的犯罪虐行”，加害者正是卡尔平斯基在第372宪兵连的后备役军人，来自1A层级院区的值夜狱卒。
卡尔平斯基将军后来因此事受到申诫、停职以及官方谴责，并被免去该项职务。她也从准将被降级上校并提前退职。她是第一位也是唯一一位在虐囚调查中被认为必须受到谴责的官员，原因是她的疏忽及对此事毫无所知——不是因为做了什么事，而是因为她没做的事而受到谴责。
在她的自传《女人从军记》(One Woman’s Army)中，卡尔平斯基从她的立场提出另一种说法。她叙述由杰弗里·米勒(Geoffrey Miller)少将率领、来自关塔那摩的军事团队来访时发生的对话，米勒少将告诉她，“我们来这里的目的是要改变阿布格莱布这里的讯问方法。”意思就是“不必客气”，对于这些暴动嫌疑分子无须手下留情，而且要运用一些手段取得“可起诉的情报”，好在这场对付恐怖分子和暴动分子的战争中派上用场。
米勒也坚持将监狱的官方名称从巴格达中央监狱改回原名，因为伊拉克人民对阿布格莱布监狱这名称的恐惧感仍未消除。
她也提到美国驻伊拉克军事指挥官里卡多·桑切斯中将也曾针对囚犯和被拘留者做出和米勒少将同样的发言，他说他们“跟狗一样”，对付他们需要拿出更严厉的手腕。在卡尔平斯基的看法中，她的上级长官，也就是米勒和桑切斯将军制定了一套新办法，目的是在阿布格莱布监狱中从事去人性化及拷问工作。