“一·二八”之役，日飞机向商务印书馆总厂和东方图书馆乱掷硫磺弹，烧了两三天，到了夜间，登高北望，一片红光，成为火海，这是多大的文化劫运啊！原来东方图书馆，在商务印书馆总厂对面，是该馆藏书的地方，涵芬楼的珍贵书籍，也并在一起。经这一烧，毁掉了三十多万册的书本，和五千多种的图表照片。如宋元明善本的各省府厅州县志二千一百多种、公元十五世纪前所印的西洋古籍、远东唯一孤本德国李比希《化学杂志》初版全套、香港久已绝版的《中国汇报》，罗马教皇凡的康宫所藏明末唐王的太后、王后、王太子及其司礼监太监皈依天主教上教皇书的影片等，完全在牺牲之中。
林琴南生平所翻译的东西洋小说，共一百五十九种，大部分由商务印书馆收购印行，所谓《林译小说》，汇成一箱，非常精雅，大家争购一空。他老人家翻译是很迅快的，如王子仁、魏冲叔、曾宗巩、陈器、陈家麟、王庆通、王庆骥、李世中、毛文钟、林驺、廖琇琨、王寿昌、胡朝梁、力树萱、林凯、严培南、叶于沆等襄助他，差不多每天工作四小时，可成六千言。他译写得快，商务印书馆印得迟，有许多译成之本，积搁在东方图书馆，突然遭火，把他的稿本没有来得及刊印的都烧掉了。
据调查所知，烧掉的有《金缕衣》《情幻记》《军前琐话》《洞冥续记》《五丁开山记》《孝女履霜记》《雨血风毛录》《黄金铸美录》《神窝》《奴星叙传》《情桥恨水录》《学生风月鉴》《眇郎喋血录》《夏马城炸鬼》《凤藻皇后小纪》《双鸳侣》，尚有不知道书名的当然更多。琴南翁耗了心血，结果如此，能不使人感叹吗！