姚僧垣字法卫，吴兴武康人，是吴国太常姚信的八世孙。父亲姚菩提，梁朝高平县令。幼婴患病一年多，于是留心医术。梁武帝召见与他讨论医卜星相之术，言语多有领悟，由此比较礼遇他。
姚僧垣自幼博识，服丧期间曲尽礼义，年二十四岁，便继承家业。仕宦梁朝时是太医正，加授文德主帅。梁武帝曾因发热，服用大黄。姚僧垣说：“大黄是利药，天子年事已高，不应轻易服用。”皇帝不听劝阻，于是导致病情加重。太清元年(547)，迁职镇西湘东王府中记室参军。姚僧垣年轻时喜好文史，为学者称道。梁简文帝继位后，姚僧垣任中书舍人。梁元帝平定侯景后，召请姚僧垣到荆州，改授晋安王府谘议。梁元帝曾患有心腹疼痛，许多医生都请求皇上服用普通药物。姚僧垣说：“脉搏有力充实，适宜服用大黄。”梁元帝听从他的话，药汁喝完，果然能吃下平素饭食，因而病疾得以痊愈。当时刚铸造的钱，一顶十，于是赏赐钱十万贯。实际上是百万贯。
魏军攻破荆州时，姚僧垣仍然侍奉梁元帝，被士兵所阻止，才哭着离开。不久周文派使臣驰马急速征召姚僧垣，燕公于谨坚决挽留不放行，对使臣说：“我年已衰老迟暮，疾病很重，现在得到这人，希望能与他相处到老。”周文因于谨功德隆重，便不再征召。明年，随于谨到长安。
武成元年(559)，授官小畿伯下大夫。金州刺史伊娄穆因病回京，请姚僧垣去看病，说从腰间到肚脐，好像有三根绳索捆绑，两脚痿痹，不能把持，姚僧垣就给他开三剂汤药。伊娄穆刚服第一剂药，上面绳索就解开了；再服第二剂药，中间绳索又解开了；又服一剂药，三根绳索全部解除，而两脚痿痹，仍然..曲孱弱，又配一剂散药，两脚稍能伸展。姚僧垣说：“必须等到下霜，这种病才会好。”等到九月，伊娄穆能够起来行走。大将军、襄乐公贺兰隆开始患有胸气堵塞病，又加上水肿，喘息急促，坐卧不安。有劝他服用决命大散药的，他的家人犹豫不能决定。于是请教姚僧垣。姚僧垣说：“我想这种病，不与大散药相适应。”便给他开一药方，让他快速服下。随即胸气畅通，又服一剂药，各种病都好了。大将军、乐平公窦集突然受风得病，精神错乱，没有知觉。最初给他看病的医生，都说已经不可救治。姚僧垣到后，说：“疲惫了，终不会死。”配制一盒汤散药。所得病很快好了。大将军、永世公叱伏列椿被痢病所苦有很久时间，但不影响他进朝中拜谒。燕公于谨曾对姚僧垣说：“乐平公、永世公都患有经久难愈的疾病，我觉得永世公的病情稍轻。”回答说：“病有深浅，时有危杀，乐平公虽然困窘，最终能够保全；永世公虽然较轻，一定免不了死。”燕公于谨说：“应该在什么时候。”回答说“：不出四月份。”结果正像他说的那样，燕公谨很是叹愕惊异。
天和六年(570)，升职为遂伯中大夫。建德三年(574)，文宣太后卧病，医生巫师纷纷发表自己的意见，互有异同。武帝召请姚僧垣同坐，问他。回答说：“我以普通人衡量，私下很担心忧虑。”皇帝哭着说：“您既然决定下来了，还能再说什么呢？”不久太后死去。这之后又因被召见，授骠骑大将军、开府仪同三司。诏令他不再入朝拜谒，如果不是其他诏书，不烦劳入朝相见。建德四年(575)，皇帝亲自带兵东征，到河阴时得病，口不能说话，眼下垂盖住眼睛，不得看东西，一只脚缩短，又不能行走。姚僧垣认为各内脏器官同时得病，不能同时治疗，而军中要务，莫过于语言，于是开处方逐次用药。皇帝能够说话；又治疗眼睛，眼病很快痊愈；未治疗到脚，脚病也好了。等到华州，皇帝已经完全康复。当即授职华州刺史。仍令他随宫驾回京，不让他在镇府。宣政元年(578)，上奏章请求辞官归居，特别优待下诏准许。这一年，皇帝到云阳去，卧病，便召请姚僧垣到行宫所在地。内史柳昂偷偷地问道“：天子脉象怎么样？”回答说：“天子应和上天之心，恐怕不是我能做到的。如果一般人患病到这个样子，万人中无一保全。”不久皇帝下世。
宣帝最初在东宫当太子的时候，常为心痛所苦，就让姚僧垣治疗，病很快好了。即位后，对姚僧垣的恩惠礼遇更加丰厚。对他说“：曾经听到先帝喊您为姚公，有这回事吗？”回答说：“臣下如弯荷特受偏爱，确实如圣主所言。”皇帝说：“这是尊崇老人的话，不是显贵爵位的称号。我应为您建立封地开创家业，成为子孙的长久基业。”于是封为长寿县公，册封那天，又赏金带以及衣服等物。大象二年(580)，授职太医下大夫。皇帝不久得病，后来加重，姚僧垣便在殿堂住宿，侍奉皇上。皇帝对隋公说：“今天我的性命，只有交付给这个人。”姚僧垣知道皇帝一定不会痊愈，就回答说：“臣子只担心医道平庸不及，岂敢不竭尽心力！”皇帝点头称是。静帝即位后，升迁上开府仪同大将军。
隋朝开皇初年，增封爵位为北绛郡公。开皇三年(583)，下世，时年八十五岁。遗嘱中告诫衣帽放入棺，朝服不要入殓，灵柩上只放香匣，每天摆放清水罢了。追赠本官，加授荆、湖二州刺史。
姚僧垣医术高妙，为当时人所推重，前后验证，不可一一记载。声誉隆盛，远闻边境，以至于各蕃疆外域，都请求委托他。姚僧垣便参详校正有征验的，编为《集验方》十二卷，又撰写《行记》三卷，流传于世。