萧仲恭原名萧术里者。先祖萧挞不也，在辽国做官为枢密使，守司徒，封为兰陵郡王。萧仲恭的父亲叫萧特末，官为中书令，守司空，娶公主为妻。萧仲恭性情谦恭谨慎，行为很有礼节，能够披铠甲一跃而上骆驼。辽国旧规定，宗族弟子另为一班，叫“孩儿班”，萧仲恭曾经做过班使，历宫使、本班详稳。
辽国皇帝天祚被金朝打得西逃天德，萧仲恭做护卫太保，兼领军事。到了霍里底泊，金朝大军突然追到，辽国皇帝又仓促逃跑。萧仲恭母亲的马跑乏了，不能再前进，她对萧仲恭兄弟们说：“你们尽管效忠国家，不要管我。”萧仲恭的母亲，是辽国皇帝道宗的小女儿。辽国皇帝天祚很悲哀，命令萧仲恭的弟弟萧仲宣留下来侍奉他的母亲。萧仲恭跟从皇帝再向西逃。当时大雪纷飞，天气寒冷，辽国皇帝又缺少饭吃，萧仲恭于是献上衣食。辽国皇帝困倦了，萧仲恭就伏在冰雪中，辽国皇帝卧在他身上休息。共计六天，才到达天德，至此萧仲恭才得以进食。后来，萧仲恭与辽国皇帝都被金军俘获，金太宗皇帝因为仲恭忠于其主，特以礼相待。
天会四年(1126)，萧仲恭出使宋朝。到了宋朝，宋朝人考虑萧仲恭、耶律余睹都有亡国的悲伤，而耶律余睹作为监军握有兵权，可以诱惑利用他们，于是用蜡丸写信一封让萧仲恭带给耶律余睹，让他作为宋军的内应。萧仲恭一向忠诚，没有反叛的意图，但又害怕宋朝扣下他不让他回金朝，于是假装着答应了宋朝的命令。萧仲恭回到金朝拜见完颜宗望，就把宋朝的蜡丸信献给了他。完颜宗望观察到萧仲恭没有其他的反叛迹象，就轻微地罚了他。于是金朝再次攻打宋朝，掳获宋朝二帝回到金朝。萧仲恭升为右宣徽使，改任都点检。
完颜宗磐与完颜宗干在金熙宗面前争辩，完颜宗磐拔刀刺向完颜宗干，萧仲恭呵斥宗磐使他停止了行动。不久完颜宗磐因为反叛罪被杀，萧仲恭保卫皇宫有功，加为银青光禄大夫，升为尚书右丞。
皇统初年，萧仲恭被封为兰陵郡王，授予世袭猛安，进而被授为平章政事、同监修国史，封为济王。金朝皇帝熙宗下诏在广宁埋葬辽国豫王，萧仲恭请求前去参加葬礼，金朝皇帝熙宗认为他有道义而允许了他。后来萧仲恭改任行台左丞相。居官没多久，萧仲恭又进朝做尚书右丞相，任太傅，领三省事，封为曹王。天德二年(1150)，萧仲恭被封为越国王，任命做燕京留守。金海陵王皇帝亲自写文书，把玉山子赏赐给萧仲恭。这一年萧仲恭死去，年仅六十一岁。谥号贞简。正隆年间，萧仲恭依旧例降王爵，改为仪同三司、郑国公。萧仲恭有个儿子叫萧拱。