林兴祖，字宗起，福州罗源人。至治二年(1322)，考中进士，历任承事郎、同知黄岩州事、铅山州知州。铅山一向有人制伪钞，土豪吴友文是其中的头目，远至江淮、燕蓟，都有这种伪钞。友文奸刁凶暴，因制伪钞致富，他分派流氓四、五十人到衙门当差，发现有控告他们的人，就事先杀死他。先后被杀的人很多，他们抢良家妻女十一人为妾，百姓含冤十多年不敢报官。兴祖至该地就任后，说：“此害不除，怎能治理百姓？”当即通告禁制伪钞，并悬赏告密者，不久有人去控告，佯装以其告不实，申斥而去；接着又有人控告抓获两个制伪钞者和赃证。审讯刚结束，友文亲自到官府去营救，兴祖命令将他们一起抓住，很快，控告友文的就有百余人。兴祖审讯了其中情节最严重的，逮捕其党羽二百多人，并按法定罪，民害既除，政治声誉也大振。江浙行省丞相别儿怯不花向朝廷推荐了兴祖，升兴祖为南阳知府。
至正八年(1348)特旨迁升为道州路总管，行至道州城外，撞族贼已至，相距仅二十里，当时湖南副使哈剌帖木儿屯兵城外，听说贼兵来了，因军需不足，想撤退，兴祖连夜劝说挽留。哈剌帖木儿说“：明天能有五千锭银钞，五百只桐盾，可破贼兵。”兴祖次日就任，以朝廷之恩德与信用劝盐商贷款五千锭，并取郡楼旧桐板为盾，中午备齐送哈剌帖木儿，哈即决定留守御敌。贼兵听说此情连夜逃跑了。永明县洞徭族常盗窃人民，为害一方，兴祖张贴告示，贼说“：总管廉洁爱民不可违犯。”三年不入境为害。接着，停止兴土木，赈济贫困，轻赋税，全州大治。据监察御史考核，政务以道州最好。年老退职，卒于家。