邓文原字善之，一字匪石，绵州人，父亲邓漳迁居于钱塘。文原十五岁就通晓《春秋》。至元二十七年(1290)，江浙行省召聘为杭州路儒学正。大德二年(1298)，调任崇德州教授。五年升应奉翰林文字。九年，升修撰，请假回江南。至大元年(1308)，又任修撰，参加修纂《成宗实录》。三年，授江浙儒学提举。
皇庆元年(1312)，入朝任国子司业。他上任的第一件事，是建议改革学校的管理。当权者因循守旧，与他意见不合，文原便借病辞职。实行科举考试制，文原出任江浙行省主考官，为防止考生们守旧的陋习，将朱熹的《贡举私议》一文书写，贴在考场门口。延..四年(1317)，升为翰林待制。五年，出佥江南浙西道肃政廉访司事。平江有一僧人，与该府判官理熙有私怨，收买其徒弟控告理熙贪赃，熙被迫认罪，文原巡察时，审问得其实情，将那个诬告和尚施以杖刑，释放了理熙。吴兴百姓夜间回家，巡逻者逮捕绑于亭下，此人逃走了。追赶的人将他在途中刺死。其兄问杀人者是什么模样，有人说是个高个子人，头戴白帽，身穿青衣。其兄向官府投诉，官府问初更值班者是谁，回答是张福儿，于是逮捕审问，强行认罪，把他囚禁了三年。文原察觉原判不实，福儿身不满六尺，并非高个子；死者刀伤在右胁，而福儿一贯是用左手，伤应在左胁。经过调查，捕获真正的凶手，福儿得以释放。桐庐人戴汝惟家被盗，官府捕获了盗贼，审理后送到郡衙处治。夜间戴家房屋被焚，汝惟下落不明。文原认为其中必有缘故，经访察，得汝惟之妻叶氏与其弟谋杀汝惟的罪状，又在水塘边的树下发现了汝惟的尸体和行凶的斧头，证实了案情，人们把文原当作是神。
六年，调佥江东道肃政廉访司事。该道之徽州、宁国、广德三郡每年征收茶课钞原为三千锭，后增至十八万锭，把山谷中所出产的茶叶都送交，也不到一半，其余都是另向民间勒索的，而且年年如此。当时，转运司的官吏，任用乡间奸狡之徒，动不动以犯法罪诬陷百姓，而且转运司对当地官府实行专制，凡五品以下的官员都可以判以杖刑，州县把他们无可奈何。文原奏请废除专收茶课的转运司，让郡县自己征收上交。但这建议未能呈送到朝廷。徽州民谢兰的家僮汪某被人杀死，兰之侄谢回买通汪族人，诬告兰是凶手，兰被迫服罪。文原复审，得以昭雪，判谢回之罪。
至治二年(1322)，入朝为集贤直学士。地震，朝廷诏令朝臣拟定消灾的办法。文原奏请判决尚在关押的囚犯；在河北设置仓廪，存储粮食以备荒年。再次请求废除榷茶转运司，但此条陈仍未上报皇帝。三年，兼任国子监祭酒。江浙省臣赵简奏请开经筵，为皇帝讲解经史。泰定元年(1324)，任命文原兼经筵讲官，他因病请求辞职归家。二年，召入朝拜翰林侍讲学士，又以疾病而辞谢。三年，拜岭北湖南道肃政廉访使，因病未赴任。天历元年(1328)卒，终年七十岁。
文原内严厉而外宽恕，家贫而为官廉洁。早年客居京师时，有一书生病重，从袋中取出一金，嘱托文原将此金交给他家属。此书生病逝，而同房一书生把那金子偷走了，文原另买同量的金子给死者家属，此事他终身未同人说起。有文集若干卷，藏于家中。至顺四年(1333)，赠江浙行省参知政事，谥“文肃”。