顺帝至正二十六年(1366)夏四月，大明的军队占领淮安路、徐州、宿州、濠州、泗州、颍州、安丰路。十一月初六，大明的军队占领湖州路。十一月十八日，大明军队占领杭州及绍兴路。十一月二十三日，大明军队占领嘉兴路。
顺帝至正二十七年(1367)春，正月二十三日，大明的军队攻取松江府。正月二十六日，大明的军队攻取沅州路。九月初八，大明的军队攻占平江路，捕获张士诚。九月十三日，大明的军队攻占通州。九月十四日，大明的军队攻占无锡州。九月二十八日，大明的军队攻占台州路。十一月初十，大明军队占据沂州。十一月十一日，大明军队占领庆元路。十二月初六，大明军队占领济宁路。十二月初七，大明军队占领莱州，进而占据济南及东平路。十二月十五日，大明军队进入杉关，占领邵武路。当月，方国珍归顺大明。
顺帝至正二十八年(1368)春，正月初一，皇太子命令关保固守晋宁，总领各军。二月十二日，大明军队攻取东昌路。二月十八日，大明军队攻占宝庆路。二月二十五日，大明军队攻取棣州。当月，大明的军队到达河南。李思齐、张良弼等撤军返回西边。三月大明军队占据河南。李思齐、张良弼会师，进驻潼关，张良弼的军营被焚烧，李思齐把军队转移到葫芦滩，调他的部下张德敛、穆薛飞防守潼关。大明军队进入潼关，进攻李思齐的营垒，李思齐丢弃辎重，奔逃到凤翔。当月，大明军队占领永州路，又占领惠州路。夏，四月初一，大明军队占领英德州。四月初八，大明军队占领广州路，又占领嵩州、陕州、汝州等地。五月初一，大明军队占领道州。六月十四日大明军队占领全州、郴州、梧州、藤州、浔州、贵县、象县、郁林等州郡。当月，广西各郡县都归顺了大明。闰七月初三，大明军队占领卫辉路。七月初五，大明军队占领彰德路。七月初七，左江、右江各路都投降大明。七月初九，大明军队占领广平路。七月二十六日，扩廓帖木儿从晋宁退守冀宁。大明军队抵达通州，左丞相失列门传皇上旨意，令太常寺礼仪院使阿鲁浑等尊奉太庙中各室所供奉的神位，与皇太子一起到北方去。阿鲁浑等即到太庙和主管官员王嗣宗、太祝哈剌不华共同护送神主，完毕之后仍留在太庙室内。七月二十八日，皇上驾临清宁殿，招集三宫的后妃、皇太子、皇太子妃共同商议躲避兵乱，前往北方的事。失列门及掌管枢密院事务的黑厮、宦官赵伯颜不花等进谏，认为不能离去。皇上未予听从。伯颜不花痛哭着劝谏说：“天下是世祖的天下，陛下应当以死相守，为什么要放弃呢？臣等愿意率领军民及护卫军出城拒敌作战，希望陛下能够固守京城。”皇上终究没有听从。半夜打开健德门向北逃跑。八月初二，大明的军队开进京城，国家灭亡。
第二年(1369)，皇上留驻在应昌府。又过了一年，四月二十八日，皇上因患痢疾在应昌府去世，享寿五十一岁，在位三十六年。五月二十六日，大明军队袭击应昌府，皇孙买的里八剌及皇上的后妃以及珍宝玉器都被大明军队所得。皇太子爱猷识礼达腊带着几十个骑手逃走了。