许孚远，字孟中，德清人，受业于同乡唐枢。嘉靖四十一年(1562)进士，授南京工部主事，随即改为吏部主事。其后，调北京吏部主事。吏部尚书杨博讨厌孚远讲学，乘考核京师朝官之时，将浙江的官员罢除了几乎一半，而杨博的家乡山西无一人罢黜。孚远在背后议论此事，杨博不高兴，孚远便称病离去。隆庆初年，内阁首辅高拱举荐起用孚远为考功主事，出任广东佥事。他在广东招安了大盗李茂、许俊美等，并由他们擒拿倭寇七十余人，因功受赏，不久调至福建。
神宗即位，高拱罢职，张居正任首辅，计划驱逐高拱的党羽，因而再度考核京官。王篆为考功，诬陷孚远与高拱同党，贬为两淮盐运司判官。后历任兵部郎中、建昌知府。在建昌，闲暇时，招集诸生讲学，与贡士邓元锡、刘元卿为友。不久，由于给事中邹元标的举荐，提升为陕西提学副使，对贡士王之士以最恭敬礼节接待，并致书当政者，荐举之士、元卿、元锡。后来，这三人为朝廷征用，是由于孚远的举荐。孚远调任应天府丞，因李材的诉冤案而获罪，降官阶二级，由广东佥事再调任右通政。
万历二十年(1592)，升右佥都御史，巡抚福建。日本军队攻陷朝鲜，朝廷商议对日封贡事，孚远奏请谕令日本国王擒斩平秀吉，这个意见未被采纳。吕宋国酋长之子指控中国商人杀其父亲，孚远报告了朝廷，皇帝诏令斩杀凶手，厚赏来使。福州发生饥荒，百姓劫掠官府，孚远擒斩首领，平定祸乱。给事中耿随龙、御史甘士价等弹劾孚远，皇帝并不问罪。福建寺庙田地甚多，孚远将其十分之六没收入官有。又募民开垦海地八万三千亩，筑城建营房，屯兵防守，并请将此法推行到南日、澎湖及浙中之陈钱、金塘、玉环、南麂诸岛，均得到朝廷的批准。在福建三年，后调任南京大理寺卿，随即升兵部右侍郎，改左侍郎，又调任北京兵部左侍郎。行至中途被弹劾。他多次上书请求辞职返乡，最后才允准。在家数年而逝，赠南京工部尚书，后谥恭简。
孚远深信良知之说，而厌恶把良知之学引入佛学。任建昌知府时，与该府人罗汝芳所讲之学不合。在南京做官时，与汝芳门人礼部侍郎杨起元、尚宝司卿周汝登，一同主持讲座。汝登以性无善无恶为基本思想，孚远做《九谛》来进行辩驳，文中说：“文成公的宗旨原与圣人之徒无异，认为性无有不善，故知无有不良，良知即存在于未表现出来之前，其主论至为明白清楚。所谓‘无善无恶心之体’一语，是指良知未显现出来时寂静存在而言，止表明为一“静”字，与下面三句话连读才没有问题。如今说以心意知物，皆无善恶可言，这不是对文成学术思想的真正继承。”彼此争辩，意见更加不合。孚远在巡抚福建时，又与巡按御史陈子贞的意见不合，子贞督学南京时，暗示同僚收集材料弹劾孚远。随从孚远求学者有冯从吾、刘宗周、丁元荐，皆为当时名儒。