蔡清，字介夫，晋江人。年少时到侯官，跟从林王比学《易》，尽得其精髓。成化十三年(1477)乡试第一，二十年中进士，但不愿做官，请求归家讲学，而后选为礼部祠祭主事。王恕主持吏部工作时，器重蔡清，调任稽勋主事。清向王恕提出两条建议，一是整顿纪纲，一是荐举刘大夏等三十余人，恕均采纳。不久，因母亲去世归家守丧，三年期满复官任祠祭员外郎，后改任南京文选郎中。有一天忽然心动，请求归家奉养父亲，回家仅两个月父亲便去世。从此居家教授学生，再不出来做官。正德改元，起任他为江西提学副使。宁王宸濠骄横无忌，每月初一、十五，地方官员都先去朝拜宁王，次日才去文庙，清认为这样不妥，应该先文庙后宁王。宁王生辰，令各地方官员穿朝服去庆贺，清认为此不合礼制，只把平时系在衣服前的围裙解掉而前往参拜，宁王颇不高兴。宁王要求恢复护卫，清背后非议。宁王欲诬陷他诋毁诏旨，清则请求辞职归家。宁王假意挽留，并欲将自己的女儿许配给清之子为妻，清则坚决辞官而去。刘瑾知道天下人在非议自己，于是援用蔡京召杨时的故事，起用蔡清为南京国子祭酒。朝命刚下，而清已去世，这时是正德三年(1508)，寿终五十六岁。
蔡清的学术思想，最初主张静，以后主张虚，故以虚为其斋名。清平生凡事必亲自实践，虽贫而好施舍，同族乡党都依赖于他。他以精通《易》而著称。嘉靖八年(1529)，其子推官存远将他所著《易经》、《四书蒙引》呈送朝廷，诏令刊刻流传于世。万历中追谥文庄，赠礼部右侍郎。其门人有陈琛、王宣、易时中、林同、赵逯、蔡烈，均为当时名儒。其中以陈琛最称著。